TMCO4

TMCO4
TMCO4
식별자
에일리어스TMCO4, 막간 통과 도메인 및 코일 코일 도메인 4
외부 IDMGI: 1924306 HomoloGene: 57112 GenCard: TMCO4
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

255104

77056

앙상블

ENSG00000162542

ENSMUSG000041143

유니프로트

Q5TGY1

Q91WU4

RefSeq(mRNA)

NM_181719
NM_001349112
NM_001349113
NM_001349114
NM_001349115

NM_029857
NM_001305423

RefSeq(단백질)

NP_859070
NP_001336041
NP_001336042
NP_001336043
NP_001336044

NP_001292352
NP_084133

장소(UCSC)Chr 1: 19.68 ~19.8 MbChr 4: 138.7 ~138.79 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

트랜스막 및 코일 코일 도메인 4, TMCO4는 TMCO4 유전자에 의해 암호화되는 인간의 단백질이다.현재 그 기능은 잘 정의되어 있지 않다.소포체막을 3회 통과할 것으로 예측되는 것은 경막단백질입니다.TMCO4는 암 발병에서 역할을 하는 것으로 알려진 다른 단백질과 상호작용하여 암 발병에서 가능한 역할을 암시한다.

진

1번 [5]염색체 상의 TMCO4 위치.

TMCO4는 1p36.[6]13에서 첫 번째 염색체의 마이너스 가닥에 위치한다.이 유전자는 염기쌍 19,682,213에서 1,9,800,[6]385까지 연장된 118,172개의 염기쌍으로 구성되어 있다.TMCO4의 일반적인 에일리어스는 없습니다.유전자 CAPZB와 LOC105376823은 염색체 [5]1의 이웃 TMCO4이다. TMCO4는 16개의 [5]엑손으로 구성되어 있다.

mRNA

16개의 다른 엑손의 [7]다른 조합을 통해 생성되는 20개의 mRNA 트랜스크립트 바리안트(X1-X20)가 있습니다.가장 일반적인 변종은 X1로 모든 엑손이 포함되며 118,172개의 베이스 [5]쌍 전체에 걸쳐 있습니다.

단백질

TMCO4 단백질의 개략도.노란색 다이아몬드는 예측된 인산화 부위를 나타내고 파란색 다이아몬드는 예측된 O-연결 글리코실화 부위를 나타냅니다.
iTASSER 소프트웨어에 [5]의해 생성되는 4가지 가능한 2차 구조 예측.맨 왼쪽에 있는 첫 번째 예측 구조는 가장 안정적이고, 따라서 가장 가능성이 높은 예측 구조입니다.

프라이머리 시퀀스

TMCO4에 의해 코드되는 가장 일반적인 단백질은 길이 634개의 아미노산이고, 가입 번호는 XP_011539488.[6]1이다.

일반 속성 및 구성

TMCO4의 분자량은 67.9킬로달톤이다.등전점은 5.48입니다.단백질 전체로서 TMCO4는 아미노산 분포가 비정상적이지 않다.그것은 세 개의 다른 막 통과 영역의 위치와 일치하는 세 개의 긴 무료 연장이 있습니다.TMCO4의 첫 번째 세포질 도메인은 비정상적으로 많은 양의 류신과 글루탐산과 비정상적으로 적은 양의 아스파라긴을 가지고 있다.TMCO4의 큰 내강 도메인도 아스파라긴과 페닐알라닌의 양이 비정상적으로 적다.

TMCO4 개념 번역 1페이지.노란색 원은 예측된 인산화 부위를 나타내고 파란색 원은 예측된 O-연계 글리코실화 부위를 나타낸다.시퀀스의 3' 끝에 대한 강조 표시는 스템 루프 형성을 예측합니다.

단백질 특징

TMCO4 단백질 내에서 관심 있는 두 가지 주요 영역은 세 개의 막 통과 영역과 큰 압하이드롤라아제 [8]영역입니다.TMCO4의 N말단은 세포의 세포골 내에, C말단은 소포체 내강 내에 있을 것으로 예측된다.TMCO4는 또한 류신 지퍼와 큰 코일 [9]도메인을 가질 것으로 예상됩니다.

이차 구조

TMCO4의 2차 구조는 iTASSER 소프트웨어의 [10]예측에 따라 알파 헬리크(α helic)가 지배할 것으로 예측된다.

번역 후 수정

TMCO4의 [11]두 세포질 영역에 대해 많은 인산화 부위가 예측되었으며, O-연결 글리코실화 부위는 TMCO4의 [12]두 번째 내강 영역 말기에 발생할 것으로 예측되었다.이러한 예측 사이트는 위에서 설명한 TMCO4의 개략도 또는 아래에서 설명한 TMCO4의 개념적 번역에서도 확인할 수 있습니다.

세포내 현지화

TMCO4는 많은 [9]호몰로지에 걸쳐 소포체막에 위치할 것으로 일관되게 예측된다.

TMCO4 개념 번역 (P.2).
유기체 공통명 소포체 골지 미토콘드리아 핵 플라즈마막
호모 사피엔스 인간 44.4% 22.2% 22.2% 11.1% -
근육 마우스 39.1% 4.3% 17.4% 8.7% 21.7%
라에비스이노푸스 개구리 55.6% - 22.2% 11.1% -
다니오 레리오 제브라피시 33.3% 11.1% 11.1% - 22.2%
카로린쿠스밀리 오스트레일리아 고스트샤크 33.3% 11.1% 33.3% - 22.2%

상호작용단백질

TMCO4는 많은 단백질과 상호작용하는 것으로 밝혀졌다.TMCO4가 상호작용하는 단백질 중 하나는 FLT1입니다.[13] FLT1은 VEGF [14]수용체입니다.VEGF는 암 발생에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다.TMCO4가 실험적으로 상호작용하는 것으로 나타난 다른 단백질로는 UBB, UBC, KPTN 및 BVLF1이 [13]있다.UBB와 UBC는 분자를 분해 대상으로 하는 폴리유비퀴틴으로,[15][16] 어느 시점에서 TMCO4가 분해되었음을 나타냅니다.KPTN은 신경형성에 [17]필수적인 단백질이다.BVLF1은 Epstein-Barr 바이러스 [18]단백질이다.

호몰로지

패럴로그

TMCO4에는 패럴로그가 없습니다.

맞춤법

TMCO4에 대한 직설체는 박테리아, 원생동물, 식물, 곰팡이, 트리코플락스, 무척추동물, 어류, 양서류, 파충류, 조류 및 [19]포유동물에서 발견될 수 있다.이러한 맞춤법 중 일부는 [19]아래 표에 나와 있습니다.맞춤법은 인간으로부터 진화한 날짜의 내림차순으로 정렬되고 다음으로 백분율 순서 정체성의 내림차순으로 정렬됩니다.TMCO4는 빠르게 진화하는 유전자로 [19]진화를 통해 잘 보존되어 왔다.직교체 전체에 걸쳐 고도로 보존되는 TMCO4의 영역은 다양한 막 통과 도메인과 압하이드롤라아제 영역을 포함한다.

속과 종 등록번호 시퀀스 길이 시퀀스 아이덴티티 시퀀스 유사성
호모 사피엔스(인간) NP_859070.3 634 100% 100%
파피오 아누부스(바푼) XP_017813266.1 568 96% 97%
근골(쥐) AAH13471.1 631 83% 88%
흑곰(북극곰) XP_008692882.1 608 87% 90%
가비아스텔라타(빨간목등어) XP_009808720.1 610 78% 87%
비단뱀 비비타투스(미얀마 비단뱀) XP_007441490.1 617 70% 83%
제노푸스 라에비스(개구리) XP_018083828.1 635 75% 87%
다니오 레리오(제브라 물고기) XP_003201275.2 688 59% 74%
청개구리(거미) XP_015925328.1 642 56% 74%
케노하브디시스엘레건스 NP_494812.2 617 42% 59%
트리코플락스 아드헤렌스 XP_002107886.1 378 52% 70%
아스페르길루스클라바투스 XP_001275560.1 686 40% 58%
부용혈성 비브리오 WP_069539226.1 412 28% 48%

표현

각종 조직 페이지 1의 TMCO4 발현 수준.[5]
다양한 조직 페이지 2의 TMCO4 발현 수준.[5]

TMCO4는 많은 조직에서 많이 발현된다.전립선, 기관, 자궁, 소장, 태반, 갑상선, 침샘, 부신에서 가장 높은 발현이 나타난다.TMCO4의 발현은 많은 전사 인자에 의해 제어될 것으로 예측된다.

임상적 의의

TMCO4는 현재 어떤 질병이나 표현형과도 직접적으로 연관되어 있지 않다.그러나 VEGF 수용체와 상호작용하는 것은 암에서 가능한 역할을 나타낼 수 있다.

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000162542 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000041143 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c d e f g "TMCO4 transmembrane and coiled-coil domains 4 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2017-05-06.
  6. ^ a b c Database, GeneCards Human Gene. "TMCO4 Gene - GeneCards TMCO4 Protein TMCO4 Antibody". www.genecards.org. Retrieved 2017-02-18.
  7. ^ mieg@ncbi.nlm.nih.gov, Danielle Thierry-Mieg and Jean Thierry-Mieg, NCBI/NLM/NIH. "AceView: Gene:TMCO4, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2017-02-18.
  8. ^ "transmembrane and coiled-coil domain-containing protein 4 [Homo sapiens - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2017-02-18.
  9. ^ a b "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Retrieved 2017-05-06.
  10. ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Retrieved 2017-05-06.
  11. ^ "NetPhos 3.1 Server". www.cbs.dtu.dk. Retrieved 2017-05-06.
  12. ^ "NetOGlyc 4.0 Server". www.cbs.dtu.dk. Retrieved 2017-05-06.
  13. ^ a b "STRING: functional protein association networks". string-db.org. Retrieved 2017-05-06.
  14. ^ "FLT1 - Vascular endothelial growth factor receptor 1 precursor - Homo sapiens (Human) - FLT1 gene & protein". www.uniprot.org. Retrieved 2017-05-06.
  15. ^ "UBC - Polyubiquitin-C precursor - Homo sapiens (Human) - UBC gene & protein". www.uniprot.org. Retrieved 2017-05-06.
  16. ^ "UBB - Polyubiquitin-B precursor - Homo sapiens (Human) - UBB gene & protein". www.uniprot.org. Retrieved 2017-05-06.
  17. ^ "KPTN - Kaptin - Homo sapiens (Human) - KPTN gene & protein". www.uniprot.org. Retrieved 2017-05-06.
  18. ^ "BVLF1 - BVLF1 - Epstein-Barr virus (strain GD1) (HHV-4) - BVLF1 gene & protein". www.uniprot.org. Retrieved 2017-05-06.
  19. ^ a b c "Protein BLAST: search protein databases using a protein query". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2017-05-06.