SPATS1

SPATS1
SPATS1
식별자
에일리어스SPATS1, DDIP, SPATA8, SRSP1, 정자형성과 관련된 세린 리치 1
외부 IDMGI: 1918270 HomoloGene: 12376 GenCard: SPATS1
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

221409

71020

앙상블

ENSG00000249481

ENSMUSG000023935

유니프로트

Q496A3

A2RY8

RefSeq(mRNA)

NM_145026
NM_001372081

NM_027649
NM_001357831
NM_001357832

RefSeq(단백질)

NP_659463
NP_001359010

NP_081925
NP_001344760
NP_001344761

장소(UCSC)Chr 6: 44.34 ~44.38 MbChr 17: 45.75 ~45.79 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

정자형성과 관련된 세린 리치 1(SPATS1)은 SPATS1 유전자에 의해 인간에게 코드되는 단백질이다.또한 디시벨드-DEP 도메인 상호작용 단백질(DDIP), 정조세포형성협회(SPATA8) 및 세린이 풍부한 정조세포형 단백질 1(SRSP1)[5]이라는 별칭으로도 알려져 있다.이것의 화학적 구조, 세포하 국부화, 발현, 보존에 대한 일반적인 생각이 알려져 있다.연구에 따르면 SPATS1은 표준 Wnt 시그널링 경로와 첫 번째 정자 발생 파장에서 역할을 할 수 있다.

진

인간의 SPATS1 유전자는 1150개의 뉴클레오티드를 포함하고 있으며, 300개의 아미노산을 코드화한다.그것은 21p1 [5]영역에서 6번 염색체의 양가닥에 위치합니다.현재 임상적으로 [6]중요한 것으로 판명된 단일 뉴클레오티드 다형(SNP)은 알려져 있지 않다.

단백질

구조.

가장 긴 형태의 단백질은 8엑손이다.다른 가능한 Isoform이 있지만 실험적인 확인은 부족하다. 아마도 미성숙한 정지 [7]코돈으로 인해 낮은 수준에서 생산되기 때문일 것이다.생체정보 분석 결과 단백질은 막간 통과 구조를 가지고 있지 않고 알파헬릭스와 베타시트로 구성되어 있는 것으로 나타났다.SPATS1 등전점에는 모순된 수치가 있습니다.몇몇 소식통들은 6.68이라고 말했고, 다른 두 소식통들은 7.04와 7.[8][9][10]47이라고 말했다.

세포 외 위치

연구들은 대부분의 발현이 세포의 세포질에서 발견된다고 제안했지만,[11] 또한 핵에서 발현의 증거가 있다.SPATS1 유전자의 랫드 호몰로지가 초당 핵 국재 신호가 [12]있을 가능성이 있는 것을 실험적으로 발견했다는 사실에 의해 핵에서의 발현을 뒷받침할 수 있다.또한 생체정보 도구는 아미노산 174 - 191에서 [13]인간 단백질의 확률이 높은 초당 핵 국재 신호를 식별했다.

번역 후 수정

생물정보학적 분석에 따르면 번역 후 수정이 몇 가지 있다.보다 타당한 것은 아미노산 280에서 GPI – 변형 부위, 아미노산 49 및 229에서 N-글리코실화 부위, 아미노산 113에서 인산화 부위를 제안한다.인산화에는 85개의 예측 부위가 있으며,[14] 그 중 23개는 80% 이상의 확률을 가진다.아미노산 113에 위치한 것만이 실험적으로 [5]확인되었다.또한 아미노산 51~288에 [15]걸친 SASRP1 모티브가 있을 가능성이 높다.

단백질 상호작용

가능한 상호 작용 단백질은 아래 표에 나열되어 있습니다.이들 단백질은 SPATS1과 상호작용하는 것으로 실험적으로 확인되지 않았다.대신, 그들의 상호작용 잠재력은 관찰에 의해 결정되었다.

위의 이미지는 SPATS1 단백질의 예측된 2차 구조입니다.이 예측은 I-TASSER를 사용하여 생성되었습니다.

동시 패턴과 텍스트 마이닝에서.[16]

위 이미지는 SPATS1 단백질의 개략도입니다.녹색은 N-글리코실화 부위를 나타내고, 빨간색은 실험적으로 확인된 인산화 부위를 나타내며, 노란색은 GPI - 수정 부위를 나타내며, 보라색 막대는 Supreatite 핵 위치 신호를 나타내며, 분홍색은 SASRP1 모티브를 나타낸다.
줄임말 단백질명 기능. 스코어
ZNF683 아연핑거단백질683 전사 조절에 관여할 수 있다 0.633
TMC5 5와 같은 막 통과 채널 추정 이온 채널 0.624
GTSF1L 배우자세포특이인자1과 같은 알 수 없는 0.567
TMEM225 막관통단백질 225 가장 가능성이 높은 것은 정자의 인산염 1(PP1)을 억제하는

촉매 서브유닛 PPP1CC와의 결합을 통해

 0.566
SPATA3 정자 형성 3 알 수 없는 0.537
FAM71F1 배열 유사성을 가진 패밀리

71 멤버 F1

 알 수 없는 0.535
C9orf139 9번 염색체 공개 판독

프레임 139

 알 수 없는 0.477
SPACA4 정자 아크로솜 관련 4 있을지도 모르는 정자 표면막 단백질

정자 - 난자 혈장막에 관여하는

수정 중의 유착과 융합

 0.472
SCML4 중족부 단백질 4의 성빗 다단백질 형성에 의해 작용하는 PcG단백질

유지보수에 필요한 복합체

호메오틱의 전사적으로 억압적인 상태

발육 전반에 걸친 유전자

 0.457

표현

규정

이 단백질의 발현은 [11]태아에서 측정된 발현 수준에 비해 성인기에 크게 감소하는 것으로 밝혀졌다.연구에 따르면 임신 기간 동안 약간의 변동은 있었지만 전반적으로 비교적 높은 수준을 유지하고 있다.또한 [17]산후 28일까지 높은 발현수준의 증거가 있었다.

위치

이 단백질의 발현은 관주위근세포, 생식구, 파키텐 정자세포, 정자세포,[11] 근세포 및 세르톨리세포에서 발견되었다.

왼쪽 이미지는 뇌하수체에 있는 SPATS1 단백질의 발현 수준에 대한 열 지도를 나타냅니다.오른쪽 그림은 표시된 색상의 척도와 좌표식 수준을 보여줍니다.이 이미지들은 Brain Allen을 사용하여 생성되었습니다.

쥐의 뇌는 뇌하수체, 전전두피질, 전두엽, 소뇌,[18] 두정엽 등 뇌의 다양한 부분에서 발현을 보여 왔다.고환에서 가장 높은 발현 수준이 발견되었고 다음으로 높은 수준이 기관 내에서 발견되었습니다.원하는 단백질의 농도를 다른 단백질과 비교하는 단백질 농도 히스토그램은 SPATS1이 [5]발현 수준이 낮음을 보여준다.

기능.

SPATS1의 구체적인 기능은 아직 연구 중입니다.연구는 그것이 최초의 남성 감수 [11]분열뿐만 아니라 첫 번째 정자 생성 파동의 시작에 역할을 할 수 있다는 것을 보여 주었다.또 다른 연구에 따르면 표준 Wnt [12]신호 경로에서 음의 조절기로 작용한다.여러 미세 원소 연구는 다른 단백질과 효소를 녹아웃시키는 효과와 그 결과 SPATS1 발현에 미치는 영향을 연구해 왔다.에피젠트 인자, 특히 히스톤 메틸화도 검토되었다.표현형에 대한 녹아웃의 영향 또한 여러 연구에서 [5]행해졌다.

보존.

SPATS1 단백질은 옥시트리차 트리파락스 초기부터 보존된다.고세균이나 박테리아에서 이 단백질에 대한 정형어는 발견되지 않았다.철자법도 [19]새에게서 발견되지 않았다.코딩 영역의 포유류 및 기타 근접 철자학자들 사이에서 높은 수준의 보존이 있다.프로모터, 5' UTR 및 3' UTR을 포함한 비코드 영역의 원격 직교체 간 보존이 있다.이러한 보존은 동일한 뉴클레오티드 또는 화학적으로 유사한 뉴클레오티드를 [20]통해 유지됩니다.다음은 맞춤법 표와 백분율 유사도 및 [19][21]발산 날짜를 나타냅니다.

맞춤법 호모 사피엔스와 배열 유사성 호모 사피엔스의 시퀀스 동일성 분기일(MYA)
퐁고 아벨리 95.70% 95.00% 15.2
헤테로케팔루스글레이버 58.30% 52.00% 88
아렉토우사슴도치 71.30% 66.90% 94
보스 황소자리 50.70% 47.70% 94
보스무투스 64.10% 58.80% 94
쿠로쿠로스트라타스카모니 80.30% 74.00% 94
록소돈타아프리카나 67.20% 61.00% 102
사코필루스해리스이 48.20% 37.50% 160
오니토린쿠스 아나티누스 49.20% 39.90% 169
간게티쿠스 45.40% 36.70% 320
아놀리스카롤리넨시스 48.30% 34.10% 320
시넨시스메로디스카스 45.90% 33.40% 320
나노라나파키 43.10% 30.30% 353
강직성 자반충 33.60% 25.60% 627
네마토스테라벡텐시스 28.30% 25.20% 685
아가미꽃차례 36.50% 29.20% 699
크라소스트레아기가스 35.00% 27.00% 758
로티아긴테아 32.70% 26.20% 758
옥시트리차삼각류 31.80% 20.40% 1781

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000249481 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000023935 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c d e "Homo sapiens spermatogenesis associated serine rich 1 (SPATS1), mRNA - Nucleotide - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2017-02-20.
  6. ^ "dbSNP Short Genetic Variations". NCBI. Retrieved April 23, 2017.
  7. ^ "UniProtKB - Q496A3 (SPAS1_HUMAN)". UniProt. Retrieved May 2, 2017.
  8. ^ "Protein isoelectric point calculator".
  9. ^ "Compute pI/Mw tool". April 28, 2017.
  10. ^ "Calculate Molecular Weight and Isoelectric Point". April 28, 2017.
  11. ^ a b c d Capoano CA, Wettstein R, Kun A, Geisinger A (2010). "Spats 1 (Srsp1) is differentially expressed during testis development of the rat". Gene Expression Patterns. 10 (1): 1–8. doi:10.1016/j.gep.2009.11.006. PMID 19948251.
  12. ^ a b Zhang H, Zhang H, Zhang Y, Ng SS, Ren F, Wang Y, Duan Y, Chen L, Zhai Y, Guo Q, Chang Z (November 2010). "Dishevelled-DEP domain interacting protein (DDIP) inhibits Wnt signaling by promoting TCF4 degradation and disrupting the TCF4/beta-catenin complex". Cellular Signalling. 22 (11): 1753–60. doi:10.1016/j.cellsig.2010.06.016. PMID 20603214.
  13. ^ "Motif Scan".
  14. ^ "Expasy: Proteomics Tools".
  15. ^ "ExPASY: Bioinformatics Resource Tool".
  16. ^ "STRING Protein - Protein Interaction Tool".
  17. ^ "GEO Profiles".
  18. ^ "Allen Brain".
  19. ^ a b "NCBI Protein Blast".
  20. ^ "Biology Workbench".
  21. ^ "TimeTree".