히스트리오무스코럼
Sterkiella histriomuscorum| 히스트리오무스코럼 | |
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과학적 분류  | |
| Clade: | SAR |
| 인크루: | 알베올라타 |
| 문: | 실리오포라속 |
| 클래스: | 스피로트리체아 |
| 패밀리: | 옥시트리치과 |
| 속: | 스테르키엘라속 |
| 종류: | 히스트리오무스코럼 |
| 이항명 | |
| 히스트리오무스코럼 | |
| 동의어[1] | |
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Sterkiella histriomuscorum(이전의 Oxytricha tripallax)은 섬모유전학의 모델로 사용되는 고도로 단편화된 게놈으로 알려진 섬모충 종이다.
유전학
모든 섬모세포와 마찬가지로, O. tripallax는 두 가지 다른 종류의 핵을 가지고 있다: 전사와 유전자 발현 부위인 markronuclei와 성 생식기 동안에만 활성화되지만 다른 경우에는 전사가 활성화되지 않은 micronuclei.마크롱핵은 보통 어느 정도의 RNA 매개 DNA 편집을 수반하는 미량핵의 분화에 의해 형성된다.O. tripallax는 그것의 대핵 게놈에서 비정상적으로 높은 수준의 파편화를 가진 첫 번째 종이다.소핵 게놈의 최대 96%가 마크롱핵으로 분화하는 동안 제거된다. 이에 비해 파라메슘과 같은 다른 섬모세포에서는 30% 정도만 제거된다.마크롱핵 게놈은 반수체 크기가 [2]약 50Mbp이다.
마크롱핵의 염색체 또한 비정상적으로 짧다.마크롱핵 게놈은 약 1만8천500개의 유전자를 암호화하지만 길이 [2][3]때문에 나노염색체라고 불리는 1만6천개의 염색체에 분포한다.대부분 하나의 유전자만을 포함하고 있는 그들의 특이하게 짧은 나노크롬 때문에, 그들은 텔로미어를 연구하고 코드화되지 않은 [4]RNA 유전자를 선별하는 모델 유기체로 사용되어 왔다.
소핵 게놈은 또한 염기서열 분석되었으며 약 3,500개의 스크램블 유전자를 포함하고 있다.스크램블 유전자는 개별 세그먼트가 소핵 게놈의 다른 부분에 위치하는 유전자이며, 따라서 DNA 편집 단계에서 "스크램블되지 않은" 유전자가 마크롱핵 게놈의 전통적인 유전자로 전환되어야 한다.225,000개 이상의 개별 DNA 세그먼트가 그것의 미핵 [5]전구체로부터 대핵 게놈을 개발하는 동안 분해되어야 한다.
미토콘드리아 게놈은 또한 염기서열이 분석되었으며, 길이가 약 70kbp로 알려진 가장 큰 섬모성 미토콘드리아 게놈이다.다른 섬모성 미토콘드리아 게놈과 마찬가지로, O.삼분자의 게놈은 선형 분자로 다수의 분할 유전자를 포함하고 있다.그들의 미토콘드리아는 또한 별도의 플라스미드를 가지고 있는데, 이것은 미토콘드리아 [6]게놈의 진화 동안 수평 유전자 전달에 관여했을 수 있다.
분류학 및 계통학
삼엽충의 분류법은 논란이 되고 있다.형태학적 특성에 따라 Sterkiella histriomuscorum으로 재분류되었으나, 분자 계통학은 옥시트리차 [7]종으로 원래 분류된 것을 뒷받침한다.
레퍼런스
- ^ 워렌, A. (2019)World Ciliophora 데이터베이스.Sterkiella histriomuscorum (Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991년)Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991년.접속처 : 2019-01-07년 세계해양생물등록부 http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=427777
- ^ a b Swart, Estienne C.; Bracht, John R.; Magrini, Vincent; Minx, Patrick; Chen, Xiao; Zhou, Yi; Khurana, Jaspreet S.; Goldman, Aaron D.; Nowacki, Mariusz (2013-01-29). "The Oxytricha trifallax Macronuclear Genome: A Complex Eukaryotic Genome with 16,000 Tiny Chromosomes". PLOS Biology. 11 (1): e1001473. doi:10.1371/journal.pbio.1001473. ISSN 1545-7885. PMC 3558436. PMID 23382650.
- ^ "This Bizarre Organism Builds Itself a New Genome Every Time It Has Sex". WIRED. Retrieved 2017-07-25.
- ^ Jung, S.; Swart, E. C.; Minx, P. J.; Magrini, V.; Mardis, E. R.; Landweber, L. F.; Eddy, S. R. (2011-09-01). "Exploiting Oxytricha trifallax nanochromosomes to screen for non-coding RNA genes". Nucleic Acids Research. 39 (17): 7529–7547. doi:10.1093/nar/gkr501. ISSN 0305-1048. PMC 3177221. PMID 21715380.
- ^ Chen, Xiao; Bracht, John R.; Goldman, Aaron David; Dolzhenko, Egor; Clay, Derek M.; Swart, Estienne C.; Perlman, David H.; Doak, Thomas G.; Stuart, Andrew (2014). "The Architecture of a Scrambled Genome Reveals Massive Levels of Genomic Rearrangement during Development". Cell. 158 (5): 1187–1198. doi:10.1016/j.cell.2014.07.034. PMC 4199391. PMID 25171416.
- ^ Swart, Estienne C.; Nowacki, Mariusz; Shum, Justine; Stiles, Heather; Higgins, Brian P.; Doak, Thomas G.; Schotanus, Klaas; Magrini, Vincent J.; Minx, Patrick (2012-01-01). "The Oxytricha trifallax Mitochondrial Genome". Genome Biology and Evolution. 4 (2): 136–154. doi:10.1093/gbe/evr136. PMC 3318907. PMID 22179582.
- ^ Zoller, Stephen D.; Hammersmith, Robert L.; Swart, Estienne C.; Higgins, Brian P.; Doak, Thomas G.; Herrick, Glenn; Landweber, Laura F. (2012). "Characterization and Taxonomic Validity of the Ciliate Oxytricha trifallax (Class Spirotrichea) Based on Multiple Gene Sequences: Limitations in Identifying Genera Solely by Morphology". Protist. 163 (4): 643–657. doi:10.1016/j.protis.2011.12.006. PMC 3433844. PMID 22325790.
