레트로바이러스 psi 포장 요소

Retroviral psi packaging element
인간면역결핍바이러스 Type 1 이합체화 개시부위
RF00175.jpg
HIV-1_DIS의 예측된 2차 구조와 배열 보존
식별자
기호.HIV-1_DIS
Alt. 기호Retroviral_psi
RfamRF00175
기타 데이터
RNA형Cis-regp
도메인바이러스
그렇게SO:0000233
PDB 구조PDBe

레트로바이러스 psi 패키징 원소는 δ RNA 패키징 신호로도 알려져 있으며 레트로바이러스 인간면역결핍바이러스(HIV)[1]와 시미안면역결핍바이러스(SIV)[2]의 게놈에서 식별된 시스 작용 RNA 원소이다.레트로바이러스 RNA 게놈을 [3][4][5][6]복제하는 동안 바이러스 캡시드로 포장하는 필수 과정을 조절하는 데 관여합니다.마지막 비리온은 바이러스 게놈의 두 개의 동일한 복제되지 않은 이합체를 포함하고 있다.

레트로바이러스 psi 포장 요소를 포함하는 3D 표현.키싱루프 이합체 [7]내 HIV-1 이합체 개시 부위의 용액 RNA 구조 모델입니다.

HIV에서 psi 원소는 길이가 약 80-150 뉴클레오티드이며, 개그 개시 [8]코돈 바로 상류의 게놈의 5' 말단에 위치한다.SL1에서 SL4(SL은 스템루프용)라고 불리는 4개의 머리핀으로 구성된 알려진 2차 구조를 가지고 있으며, 이들 핀은 비교적 짧은 링커에 의해 연결되어 있습니다.네 개의 줄기 루프는 모두 게놈 패키징에 중요하며, 각각의 줄기 루프 [8]SL1,[9] SL2, SL3, SL4는 독립적으로 발현되고 구조적으로 특성화되었습니다.

스템루프1(SL1)(HIV-1_DIS라고도 함)은 돌연변이 [13]유발에 의해 예측 및 확인된 회문루프 시퀀스를 가진 보존 헤어핀 구조로 구성된다.이 회문 루프는 "키싱 이합체"[14] 중간체의 형성을 통해 바이러스 게놈의 이합체를 촉진하는 것으로 믿어지기 때문에 1차 이합체 개시 부위(DIS)로 알려져 있다.표시된 Rfam 구조는 공변화 모델을 기반으로 합니다.

SL1은 바이러스 Rev [15]단백질의 2차 결합 부위를 제공할 수 있는 것으로 나타났다.Rev 단백질은 정제되지 않은 바이러스 [16]RNA의 안정성과 운반을 증가시키는 필수 HIV 조절 단백질입니다.

스템루프2(SL2) (HIV-1 SD라고도 함)는 고도로 보존된19 nt 스템루프로 구성되어 있으며,[17] 이는 HIV-1 mRNA의 스플라이싱 효율을 변조하는 돌연변이 발생으로 나타났습니다.

스템 루프 3(SL3)은 돌연변이 유발과 질량 분석 검출(MS3D)에 의해 예측 및 확인된 고도로 보존된 14nt 스템 루프로 구성된다.HIV-1 SL3는 그 자체로 이종 RNA를 바이러스와 같은 입자로 유도하기에 충분하지만 결실이 캡슐화를 [17]제거하지는 않는다.

스템 루프 4(SL4)는 gag start 코돈의 바로 하류에 위치한 고도로 보존된 14nt 스템 루프로 구성됩니다.이 구조는 돌연변이 유발로 확인되었으며, NMR 및 질량분석 검출(MS3D)[17]을 가지고 있다.또한 코딩 역할과 코딩 역할이 있을 수 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ Lever A, Gottlinger H, Haseltine W, Sodroski J (1989). "Identification of a sequence required for efficient packaging of human immunodeficiency virus type 1 RNA into virions". J Virol. 63 (9): 4085–4087. doi:10.1128/JVI.63.9.4085-4087.1989. PMC 251012. PMID 2760989.
  2. ^ Strappe PM, Greatorex J, Thomas J, Biswas P, McCann E, Lever AM (2003). "The packaging signal of simian immunodeficiency virus is upstream of the major splice donor at a distance from the RNA cap site similar to that of human immunodeficiency virus types 1 and 2". J Gen Virol. 84 (9): 2423–2430. doi:10.1099/vir.0.19185-0. PMID 12917463.
  3. ^ McBride MS, Panganiban AT (1997). "Position dependence of functional hairpins important for human immunodeficiency virus type 1 RNA encapsidation in vivo". J. Virol. 71 (3): 2050–2058. doi:10.1128/JVI.71.3.2050-2058.1997. PMC 191293. PMID 9032337.
  4. ^ McBride MS, Schwartz MD, Panganiban AT (1997). "Efficient encapsidation of human immunodeficiency virus type 1 vectors and further characterization of cis elements required for encapsidation". J. Virol. 71 (6): 4544–4554. doi:10.1128/JVI.71.6.4544-4554.1997. PMC 191676. PMID 9151848.
  5. ^ McBride MS, Panganiban AT (1996). "The human immunodeficiency virus type 1 encapsidation site is a multipartite RNA element composed of functional hairpin structures". J. Virol. 70 (5): 2963–2973. doi:10.1128/JVI.70.5.2963-2973.1996. PMC 190155. PMID 8627772.
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  15. ^ Gallego J, Greatorex J, Zhang H, et al. (2003). "Rev binds specifically to a purine loop in the SL1 region of the HIV-1 leader RNA". J. Biol. Chem. 278 (41): 40385–40391. doi:10.1074/jbc.M301041200. PMID 12851400.
  16. ^ Felber, B. K.; Hadzopoulou-Cladaras, M.; Cladaras, C.; Copeland, T.; Pavlakis, G. N. (1989). "Rev protein of human immunodeficiency virus type 1 affects the stability and transport of the viral mRNA". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 86 (5): 1495–1499. Bibcode:1989PNAS...86.1495F. doi:10.1073/pnas.86.5.1495. PMC 286723. PMID 2784208.
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