배열된 진핵생물 게놈 목록
List of sequenced eukaryotic genomes사카로미세스 세레비시아이는 완전한 게놈 배열이 결정된 최초의 진핵생물이었다.
이 "시퀀스된" 진핵생물 게놈 목록은 배열, 조립, 주석 달기 및 출판된 완전한 핵 및 소립자 게놈 서열을 가진 것으로 알려진 모든 진핵생물을 포함합니다; 초안 게놈은 포함되지도 않고 소립자만의 서열이 아닙니다.
DNA는 1977년에 처음 염기서열 분석되었다.게놈 배열이 완전히 된 최초의 자유생명체는 1995년 해모필러스 인플루엔자 박테리아였다.1996년 사카로미세스 세레비시아이(제빵 효모)는 최초로 진핵생물 게놈 배열이 공개되었고 1998년 다세포 진핵생물인 케노하브디티스 엘레강스의 첫 게놈 배열이 공개되었다.
프로테스트
다음은 초기 염기서열 분석의 9개 게놈이다.자세한 목록은 배열된 프로테이트 게놈 목록을 참조하십시오.
| 유기체 | 유형 | 관련성 | 게놈 크기 | 예측되는 유전자 수 | 조직 | 완료년도 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 길라디아 세타 | 크립토모나드 | 모델 유기체 | 0.551 Mb (동형 게놈만 해당) | 465,[1] 513, 598(UniProt) | 캐나다 고등연구연구소, 필립스 대학교 마버그와 브리티시컬럼비아 대학교 | 2001년[1] |
| 플라즈모듐팔시파룸 클론: 3D7 | 아피콤플렉스 | 인간 병원체(말라리아) | 22.9 Mb | 5,268[2] | 말라리아 게놈 프로젝트 컨소시엄 | 2002년[2] |
| 요엘리 플라즈모듐 변형률: 17XNL | 아피콤플렉스 | 설치류 병원체(말라리아) | 23.1 Mb | 5,878[3] | TIGR 및 NMRC | 2002년[3] |
| 호미니속 변형률: TU502 | 아피콤플렉스 | 인체 병원체 | 10.4 Mb | 3,994[4] | 버지니아 커먼웰스 대학교 | 2004년[4] |
| 크립토스포리디움 파르붐 C형 또는 유전자형 2 분리 | 아피콤플렉스 | 인체 병원체 | 16.5 Mb | 3,807[5] | UCSF 및 미네소타 대학교 | 2004년[5] |
| 타라시오시라 슈도나나 스트레인: CCMP 1335 | 규조류 | 모델 유기체 | 34.5 Mb | 11,242[6] | 공동 게놈 연구소와 워싱턴 대학교 | 2004년[6] |
| 트리파노소마크루지 변형률: CL-Brener | 키네토플라스티드 | 인간 병원체 | 67 Mb | 22,570[7] | 게놈 연구소(TIGR), 카롤린스카 연구소(KI), 시애틀 생물의학 연구소(SBRI) | 2005년[7] |
| 트리파노소마 브루시 클론: TREU 927/4 | 키네토플라스티드 | 인간 병원체 | 26 Mb | 9,068[8] | 웰컴 트러스트 생어 연구소 및 게놈 연구소(TIGR) | 2005년[8] |
| 큰라이슈마니아 변형률: Friedlin | 키네토플라스티드 | 인간 병원체 | 32.8 Mb | 8,272[9] | Wellcome Trust Sanger Institute 및 시애틀 생물의학연구소(SBRI) | 2005년[9] |
식물
다음은 식물의 초기 염기서열 분석된 다섯 개의 게놈이다.자세한 목록은 배열된 식물 게놈 목록을 참조하십시오.
| 유기체 | 유형 | 관련성 | 게놈 크기 | 염색체수 | 예측되는 유전자 수 | 조직 | 완료년도 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 아라비도시스탈리아나 에코타입:컬럼비아 | 야생 머스터드 탈레 크레스 | 모델 플랜트 | 135 Mb[10] | 5 | 25,498,[11]27,400,[12]31,670 (UniProt) | 아라비도시스 게놈 이니셔티브[13] | 2000년[11] |
| 시아니디오시존메롤레 변형률: 10d | 홍조류 | 단순 진핵생물 | 16.5 Mb | 20 | 5,331[14] | 도쿄 대학, 릿쿄 대학, 사이타마 대학, 구마모토 대학 | 2004년[14] |
| 오리자 사티바 SSP 인디케이터 | 밥 | 작물 및 모형 생물 | 420 Mb | 12 | 32 ~ 50,000[15] | 베이징게노믹스연구소, 저장대학, 중국과학원 | 2002년[15] |
| 오스트레오코커스타우리 | 녹조 | 단순한 진핵생물, 작은 게놈 | 12.6 Mb | 7,969 (UniProt) | 라바토에레 아라고 | 2006년[16] | |
| 민달팽이속 | 발삼 포플러 또는 블랙 코튼우드 | 탄소 격리, 모델 트리, 상업적 용도(팀버), A. 탈리아나와의 비교 | 550 Mb | 19 | 45,555[17] | 국제 포플러 게놈 컨소시엄 | 2006년[17] |
곰팡이
다음은 곰팡이의 초기 염기서열 분석된 다섯 개의 게놈이다.자세한 목록은 배열된 균류 게놈 목록을 참조하십시오.
| 유기체 | 유형 | 관련성 | 게놈 크기 | 예측되는 유전자 수 | 조직 | 완료년도 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 사카로미세스 세레비시아 변형률: S288C | 당균류 | 베이커 효모; 모델 진핵생물 | 12.1 Mb | 6,294[18] | 효모 게놈 배열을[19] 위한 국제 협력 | 1996년[18] |
| 쿠니쿨리 | 미포자충 | 인체 병원체 | 2.9 Mb | 1,997명[20] | Genoscope 및 University Blaise Pascal | 2001년[20] |
| 시오당류 폼베 변형률: 972h- | 분열당균류 | 진핵생물 모형 | 14 Mb | 4,824[21] | 생어 연구소 및 콜드 스프링 하버 연구소 | 2002년[21] |
| 뉴로스포라크라사 | 소르다리오균류 | 진핵생물 모형 | 40 Mb | 10,082[22] | 브로드 연구소, 오리건 보건 과학 대학, 켄터키 대학 및 캔자스 대학 | 2003년[22] |
| 파네로카에테 크리소스포리움 스트레인: RP78 Imagine! | 한천균류 | 나무 썩는 곰팡이 균, 미코어 매개에 사용 | 30 Mbps | 11,170[23] | 공동 게놈 연구소 | 2004년[23] |
동물
다음은 동물의 초기 염기서열 분석된 다섯 개의 게놈이다.더 자세한 목록은 배열된 동물 게놈 목록을 참조하십시오.
| 유기체 | 유형 | 관련성 | 게놈 크기 | 예측되는 유전자 수 | 조직 | 완료년도 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 케노하브디시스엘레건스 변형률: 브리스톨 N2 | 네마토데 | 모델 동물 | 100 Mb | 19,000[24] | 워싱턴 대학교와 생어 연구소 | 1998년[24] |
| 드로소필라멜라노가스터 | 초파리 | 모델 동물 | 165 Mb | 13,600[25] | Celera, UC Berkeley, Baylor 의과대학, 유럽 DGP | 2000년[25] |
| 아노펠레스감비아 변형률: PEST | 모기 | 말라리아 벡터 | 278 Mb | 13,683[26] | Celera Genomics 및 Genoscope | 2002년[26] |
| 타키후구 루브리프 | 복어 | 작은 게놈을 가진 척추동물 | 390 Mb | 22 ~ 29,000[27] | 국제 후구 게놈 컨소시엄[28] | 2002년[29] |
| 호모 사피엔스 | 인간 | 3.2 Gb[30] | 18,826 (CCDS 컨소시엄) | 인간 게놈 프로젝트 컨소시엄과 Celera Genomics | 2001년 초안[31][32] 2006년 완료[33] |
「 」를 참조해 주세요.
- 게놈 프로젝트, 인간 게놈
- 게놈 구성
- 유전학의 역사
- 배열된 동물의 게놈 목록
- 염기서열 분석된 고대 게놈 목록
- 배열된 세균 게놈 목록
- 염기서열진균 게놈 목록
- 배열된 식물 게놈 목록
- 배열된 플라스톰 목록
- 염기서열원생생물 게놈 목록
레퍼런스
- ^ a b Douglas S, Zauner S, Fraunholz M, et al. (April 2001). "The highly reduced genome of an enslaved algal nucleus". Nature. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001Natur.410.1091D. doi:10.1038/35074092. PMID 11323671.
- ^ a b Gardner MJ, Hall N, Fung E, et al. (October 2002). "Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum". Nature. 419 (6906): 498–511. Bibcode:2002Natur.419..498G. doi:10.1038/nature01097. PMC 3836256. PMID 12368864.
- ^ a b Carlton JM, Angiuoli SV, Suh BB, et al. (October 2002). "Genome sequence and comparative analysis of the model rodent malaria parasite Plasmodium yoelii yoelii". Nature. 419 (6906): 512–9. Bibcode:2002Natur.419..512C. doi:10.1038/nature01099. PMID 12368865.
- ^ a b Xu P, Widmer G, Wang Y, et al. (October 2004). "The genome of Cryptosporidium hominis". Nature. 431 (7012): 1107–12. Bibcode:2004Natur.431.1107X. doi:10.1038/nature02977. PMID 15510150.
- ^ a b Abrahamsen MS, Templeton TJ, Enomoto S, et al. (April 2004). "Complete genome sequence of the apicomplexan, Cryptosporidium parvum". Science. 304 (5669): 441–5. Bibcode:2004Sci...304..441A. doi:10.1126/science.1094786. PMID 15044751. S2CID 26434820.
- ^ a b Armbrust EV, Berges JA, Bowler C, et al. (October 2004). "The genome of the diatom Thalassiosira pseudonana: ecology, evolution, and metabolism". Science. 306 (5693): 79–86. Bibcode:2004Sci...306...79A. CiteSeerX 10.1.1.690.4884. doi:10.1126/science.1101156. PMID 15459382. S2CID 8593895.
- ^ a b El-Sayed NM, Myler P, Bartholomeu DC, et al. (July 2005). "The Genome Sequence of Trypanosoma cruzi, Etiologic Agent of Chagas Disease". Science. 309 (5733): 409–415. doi:10.1126/science.1112631. PMID 16020725.
- ^ a b Berriman M, Ghedin E, Hertz-Fowler CH, et al. (July 2005). "The genome of the African trypanosome Trypanosoma brucei". Science. 309 (5733): 416–422. doi:10.1126/science.1112642. PMID 16020726.
- ^ a b Ivens AC, Peacock CS, Worthey EA, et al. (July 2005). "The genome of the kinetoplastid parasite, Leishmania major". Science. 309 (5733): 436–442. doi:10.1126/science.1112680. PMID 16020728.
- ^ "TAIR - Genome Assembly".
- ^ a b The Arabidopsis Genome Initiative (December 2000). "Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana". Nature. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Natur.408..796T. doi:10.1038/35048692. PMID 11130711.
- ^ 앙상블 엔트리
- ^ Arabidopsis Genome Initiative 2006-02-07 Wayback Machine 아카이브 완료
- ^ a b Matsuzaki M, Misumi O, Shin-I T, et al. (April 2004). "Genome sequence of the ultrasmall unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 10D". Nature. 428 (6983): 653–7. Bibcode:2004Natur.428..653M. doi:10.1038/nature02398. PMID 15071595.
- ^ a b Goff SA, Ricke D, Lan TH, et al. (April 2002). "A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica)". Science. 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Sci...296...92G. doi:10.1126/science.1068275. PMID 11935018. S2CID 2960202.
- ^ Derelle E, Ferraz C, Rombauts S, et al. (August 2006). "Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features". PNAS. 103 (31): 11647–52. Bibcode:2006PNAS..10311647D. doi:10.1073/pnas.0604795103. PMC 1544224. PMID 16868079.
- ^ a b Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, et al. (September 2006). "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)". Science. 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Sci...313.1596T. doi:10.1126/science.1128691. PMID 16973872. S2CID 7717980.
- ^ a b Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, et al. (October 1996). "Life with 6000 genes". Science. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Sci...274..546G. doi:10.1126/science.274.5287.546. PMID 8849441. S2CID 16763139.
- ^ 웨이백 머신에서 2007-09-27년 효모 게놈 염기서열을 위한 국제협력
- ^ a b Katinka MD, Duprat S, Cornillot E, et al. (November 2001). "Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi". Nature. 414 (6862): 450–3. Bibcode:2001Natur.414..450K. doi:10.1038/35106579. PMID 11719806.
- ^ a b Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA, et al. (February 2002). "The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe". Nature. 415 (6874): 871–80. doi:10.1038/nature724. PMID 11859360.
- ^ a b Galagan JE, Calvo SE, Borkovich KA, et al. (April 2003). "The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa". Nature. 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003Natur.422..859G. doi:10.1038/nature01554. PMID 12712197.
- ^ a b Martinez, Diego; Larrondo, Luis F; Putnam, Nik; Gelpke, Maarten D Sollewijn; Huang, Katherine; Chapman, Jarrod; Helfenbein, Kevin G; Ramaiya, Preethi; et al. (2004). "Genome sequence of the lignocellulose degrading fungus Phanerochaete chrysosporium strain RP78". Nature Biotechnology. 22 (6): 695–700. doi:10.1038/nbt967. PMID 15122302.
- ^ a b C. elegans Sequencing Consortium (December 1998). "Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology". Science. 282 (5396): 2012–8. Bibcode:1998Sci...282.2012.. doi:10.1126/science.282.5396.2012. PMID 9851916.
- ^ a b Adams MD, Celniker SE, Holt RA, et al. (March 2000). "The genome sequence of Drosophila melanogaster". Science. 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639. doi:10.1126/science.287.5461.2185. PMID 10731132.
- ^ a b Holt RA, Subramanian GM, Halpern A, et al. (October 2002). "The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae". Science. 298 (5591): 129–49. Bibcode:2002Sci...298..129H. CiteSeerX 10.1.1.149.9058. doi:10.1126/science.1076181. PMID 12364791. S2CID 4512225.H
- ^ 국제 후구 게놈 컨소시엄Wayback Machine에서 2012-02-05년 제4차 게놈 조립체
- ^ Wayback Machine에 2012-02-05 국제복구 게놈 컨소시엄 아카이브
- ^ Aparicio S, Chapman J, Stupka E, et al. (August 2002). "Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes". Science. 297 (5585): 1301–10. Bibcode:2002Sci...297.1301A. doi:10.1126/science.1072104. PMID 12142439. S2CID 10310355.
- ^ Human Genome Sequencing Consortium, International (October 2004). "Finishing the euchromatic sequence of the human genome". Nature. 431 (7011): 931–45. Bibcode:2004Natur.431..931H. doi:10.1038/nature03001. PMID 15496913.
- ^ McPherson JD, Marra M, Hillier L, et al. (February 2001). "A physical map of the human genome". Nature. 409 (6822): 934–41. Bibcode:2001Natur.409..934M. doi:10.1038/35057157. PMID 11237014.
- ^ Venter JC, Adams MD, Myers EW, et al. (February 2001). "The sequence of the human genome". Science. 291 (5507): 1304–51. Bibcode:2001Sci...291.1304V. doi:10.1126/science.1058040. PMID 11181995.
- ^ Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, et al. (May 2006). "The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1". Nature. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006Natur.441..315G. doi:10.1038/nature04727. PMID 16710414.
외부 링크
- 디아크 - 진핵생물 게놈 연구를 위한 자원
- EMBL-EBL 진핵유전체
- UCSC 게놈 브라우저
- International Sequencing Consortium - 대규모 Sequencing Project 데이터베이스
- Ensubbl The Ensubbl Genome Browser (초안 및 저커버리지 게놈 포함)
- GOLD: Genomes OnLine Database v 3.0
- SUPER FAMILY 비교 유전체 데이터베이스 완전 배열된 모든 진핵 생물의 게놈, 분석을 위한 정교한 데이터 마이닝 및 시각화 도구 포함
- 쥐 게놈 데이터베이스