Pfl RNA 모티브
Pfl RNA motif| pfl RNA | |
|---|---|
 pfl RNA의 합의 2차 구조 | |
| 식별자 | |
| 기호. | 빠루 |
| Rfam | RF01750 |
| 기타 데이터 | |
| RNA형 | 시스 조절 요소 |
| 도메인 | 박테리아 |
| PDB 구조 | PDBe |
pfl RNA 모티브(현재의 ZMP/ZTP 리보스위치)는 일부 박테리아에 존재하는 보존된 RNA 구조를 말하며, 원래 생체정보학을 [1]사용하여 발견되었다. pfl RNA는 단백질 코드 유전자의 5' 미번역 영역(5' UTR)에 해당하는 게놈 위치에 일관되게 존재한다.박테리아의 이러한 배열은 일반적으로 시스 조절 요소와 관련이 있다.또한, 그것들은 복수의 비호몰로지 유전자의 추정 5' UTR에 있어 이러한 위치에서만 기능한다는 것을 시사한다.시스 조절 기능의 추가 증거는 예측된 rho-비의존적 전사 종단기가 pfl RNA와 겹친다는 관찰로부터 나왔다.이러한 중복은 pfl RNA의 대체 2차 구조와 전사 종단자 줄기-루프가 서로 경쟁하고, 이는 박테리아에서 cis 유전자 제어를 위한 일반적인 메커니즘임을 시사한다.
pfl RNA는 박테리아의 다양한 식물에서 발견되지만, 그 문 모든 종에서 발견되는 것은 아니다. pfl RNA는 Actinomycetales와 Clostridiales, Alphaproteobacteria와 Betaproteobacteria 그리고 Deinoccus속 중에서 공통적이다.그들은 또한 박테로이드타, 클로로플렉소타, 그리고 델타프로테오박테리아의 고립된 종에서 발견됩니다.
몇 가지 증거들이 pfl RNA가 리보스위치로 기능한다는 가설을 이끌었다.첫째, pfl RNA가 시스 조절 요소에 대응한다는 위의 증거는 대부분의 알려진 리보스위치와 일치한다.둘째, 상대적으로 복잡한 의사 노트의 2차 구조는 리보스위치의 전형적인 형태입니다.마지막으로, 몇몇 뉴클레오티드 위치는 pfl RNA를 사용하는 종들 사이의 큰 진화적 거리에도 불구하고 고도로 보존됩니다; 이러한 높은 수준의 보존은 종종 대사물을 특별히 결합하기 위해 복잡한 구조를 형성해야 하는 필요성의 결과입니다.2015년 [3]리간드가 ZTP(AICAR라고도 함)뿐만 아니라 ZTP로 확인되기 전에 이미 pfl RNA가 시스 [2]조절 요소로 기능한다는 가설을 뒷받침하는 실험 증거가 있었다.
pfl RNA에 의해 조절되는 것으로 추정되는 유전자는 1탄소 대사와 관련이 있다.예를 들어 포름산테트라히드로폴산염 연결효소는 10-포름산테트라히드로폴산을 합성한다.글리A와 folD는 테트라히드로폴산의 다른 1탄소 부가물 사이에서 변환됩니다.pfl RNA와 일반적으로 관련된 또 다른 유전자는 퓨린의 탈노보 합성에서 중간 AICAR의 포밀화를 촉매하는 purH이다.포밀기는 포밀테트라히드로폴레이트로부터 추출되며, 푸린 생합성은 종종 포밀테트라히드로폴레이트의 지배적인 사용자이다.이와 유사한 방식으로, 직접적이지는 않더라도, 대부분의 pfl RNA는 1탄소 대사에 직간접적으로 관여하는 유전자와 연관되어 있다.ZTP/ZMP 푸린 유도체는 10-포르밀-테트라히드로폴산 결핍을 간접적으로 감지하여 1탄소 대사를 조절하는 데 사용될 수 있는 것으로 보인다.
원자 분해능 구조는 X선 [4][5]결정학으로 해결되었다.
레퍼런스
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et al. (March 2010). "Comparative genomics reveals 104 candidate structured RNAs from bacteria, archaea and their metagenomes". Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186/gb-2010-11-3-r31. PMC 2864571. PMID 20230605.
- ^ Meyer MM, Hammond MC, Salinas Y, Roth A, Sudarsan N, Breaker RR (2011). "Challenges of ligand identification for riboswitch candidates". RNA Biol. 8 (1): 5–10. doi:10.4161/rna.8.1.13865. PMC 3142362. PMID 21317561.
{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크) - ^ PB Kim, JW Nelson, RR Breaker (2015). "An ancient riboswitch class in bacteria regulates purine biosynthesis and one-carbon metabolism". Molecular Cell. 57 (2): 317–328. doi:10.1016/j.molcel.2015.01.001. PMC 4538711. PMID 25616067.
{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크) - ^ Ren A, Rajashankar KR, Patel DJ (Aug 2015). "Global RNA Fold and Molecular Recognition for a pfl Riboswitch Bound to ZMP, a Master Regulator of One-Carbon Metabolism". Structure. 23: 1375–1381. doi:10.1016/j.str.2015.05.016. PMC 4685959. PMID 26118534.
- ^ Jones CP, Ferre-D'Amare AR (Sep 2015). "Recognition of the alarmone ZMP through long-distance association of two RNA subdomains". Nature Structural & Molecular Biology. 22: 679–685. doi:10.1038/nsmb.3073. PMC 4824399. PMID 26280533.
