단백질 구조 평가 스위트 및 서버

Protein Structure Evaluation Suite & Server
장점
내용
묘사단백질 구조 평가 스위트 및 서버
데이터형
발동.		X선 또는 NMR 좌표(PDB 형식)
연락
연구소앨버타 대학교
실험실.데이비드 위샤트 박사
주요 인용문PROSESS: 단백질 구조 평가 스위트 및 서버.[1]
접근
웹 사이트http://www.prosess.ca
PROSESS 홈페이지
메인 결과 페이지의 PROSESS 전체 및 카테고리 품질 지수

단백질 구조 평가 스위트 & 서버(PROSESS)는 단백질 구조 [1]검증을 위한 무료 웹 서버입니다.NMR 분광법에 의해 해결된 단백질 구조를 평가하고 검증하는 과정을 지원하기 위해 앨버타 대학에서 설계되었다.

구조 검증

많은 단백질 구조가 육안 검사로는 쉽게 검출되지 않는 작은 구조적 오류(즉, 왜곡된 결합 길이 또는 각도, 양립할 수 없는 비틀림 각도, 겹치는 원자)를 가지고 있기 때문에 구조 검증은 구조 결정 파이프라인의 특히 중요한 구성요소이다.많은 수의 구조가 생성되고 좌표의 부정확성이 공통적인 NMR 분광법에 의해 해결된 단백질 구조의 경우, 이 문제는 특히 심각하다.

방법론

대부분의 NMR 기반 구조 검증 프로토콜은 구조를 평가하거나 검증하기 위해 주로 NOE(Nuclear Overhauser Enhancement), J-커플링 또는 잔류 쌍극자 결합(RDC) 데이터를 사용한다.특히, 실험적으로 관찰된 NOE, RDC 및/또는 J 커플링과 계산된 NOE, RDC 및/또는 J 커플링 사이의 일치성을 평가하려고 한다.계산된 모수와 관측된 모수가 잘 일치하면 일반적으로 양호한 구조를 나타냅니다.구조 검증을 위한 다른 방법(ProCheck, MolProbity, ResProx 및 VADAR 등)은 결합 또는 비틀림 각도 형상의 품질을 평가하기 위해 실험 데이터보다는 좌표 데이터 측정에 초점을 맞춥니다.PROSESS는 좌표 품질과 실험 데이터 품질을 모두 평가한다는 점에서 구조 검증 서버 중 독특합니다.

PROSESS는 또한 단백질 구조를 평가하거나 검증하기 위해 NMR 화학적 이동(NOE도 포함)을 사용할 수 있다.화학적 이동은 단백질 구조와 역학에 대한 많은 정보를 제공하는 쉽고 매우 정밀하게 측정할 수 있는 NMR 관측 자료입니다(단백질 화학적 이동 예측 참조).특히 PROSESS는 관측된 화학적 이동과 ShiftX가 예측한 HA, CA, CB, N, C 및 HN NMR 화학적 [1]이동 간의 일치성을 평가합니다.

PROSESS는 화학적 이동을 사용하여 구조를 검증할 수 있을 뿐만 아니라 공유 결합 품질, 비공유 결합 및 원자 패킹 품질, 비틀림 각도 품질 및 NOE 품질(NOE 기반 거리 구속으로 모델 일치 측정)을 포함한 많은 다른 단백질 구조 매개변수를 점검한다.PROSESS 평가 및 검증 프로세스에는 총 8개의 다른 프로그램(아래의 PROSESS 서브 프로그램 참조)이 사용됩니다.

PROSESS는 단일 사슬 X선 모델, 다중 사슬 X선 모델, 단일 사슬 NMR 앙상블, 단일 사슬 및 다중 사슬 단백질의 다중 사슬 NMR 앙상블을 처리할 수 있습니다.NMR 단백질 구조를 검증할 수 있을 뿐만 아니라, PROSESS를 사용하여 해결 방법(X선, NMR, 비교 모델링 등)에 관계없이 단백질 모델을 검증하거나 평가할 수 있다.

산출량

PROSESS는 표, 색상으로 구분된 이미지, 그래프 또는 막대 차트를 포함한 상세하고 다채로운 구조 검증 보고서를 생성합니다.대부분의 테이블에는 추가 상세 또는 설명에 대한 하이퍼링크가 포함되어 있습니다.대부분의 그래프와 그래프에서 PROSESS는 단순한 RAG(빨간색, 황색, 녹색) 색상표를 사용하여 단백질 전체, 구조 앙상블의 다양한 멤버, 특정 잔류물 및 특정 원자에 대한 다양한 구조 매개변수의 품질을 나타낸다.빨간색의 다른 색조는 심각한 문제를 나타내며, 노란색 또는 황색의 다른 색조는 잠재적 문제를 나타내며, 녹색의 다른 색조는 단백질 모델 또는 그 잔류물/아톰이 문제가 없음을 나타냅니다.또, 각 색에는, 구조 품질 평가를 보다 수량화할 수 있도록, 번호(0~9의 범위)가 할당됩니다.PROSESS의 품질지수와 품질색척도는 비구조 생물학자들이 단백질 구조 검증 보고서를 보다 쉽고 빠르게 이해할 수 있도록 특별히 설계되었다.

입력

  1. PDB 파일(필수)
  2. FASTA 형식의 단백질 시퀀스(옵션)
  3. XPLOR-NIH 형식의 거리 제한(옵션)
  4. BMRB NMR-STAR 2.1 형식의 NMR 화학적 변화(옵션)

PROSESS 모델 품질 범주

  1. 공유 결합 품질
  2. 비공유/포장품질
  3. 비틀림 각도 품질
  4. 화학적 이동 품질(즉, NMR 화학적 이동과의 모델 일치)
  5. NOE 품질(즉, NOE 기반 거리 구속장치와의 모델 일치).

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ a b c Berjanskii, Mark; Yongjie Liang; Jianjun Zhou; Peter Tang; Paul Stothard; You Zhou; Joseph Cruz; Cam MacDonell; Guohui Lin; Paul Lu; David S. Wishart (May 11, 2010). "PROSESS: a protein structure evaluation suite and server". Nucleic Acids Res. 38 (Web Server issue): W633-40. doi:10.1093/nar/gkq375. PMC 2896095. PMID 20460469.