RNA 구조 예측 소프트웨어 목록

List of RNA structure prediction software

이 RNA 구조 예측 소프트웨어 목록은 RNA 구조 예측에 사용되는 소프트웨어 도구와 웹 포털을 편집한 것입니다.

단일 시퀀스 이차 구조 예측.

이름. 묘사 매듭
[주 1] 		링크 레퍼런스
센터폴드 일반화 중심 추정기를 기반으로 한 2차 구조 예측 아니요. 소스 코드 웹 서버 [1]
중심홈폴드 상동계열정보를 이용한 2차구조 예측 아니요. 소스 코드 웹 서버 [2]
콘텍스트 폴드 기능이 풍부한 트레이닝 스코어링 모델에 근거한 RNA 2차 구조 예측 소프트웨어. 아니요. 소스 코드 웹 서버 [3]
연속해서 접다 조건부 로그 선형 모델(CLLM)에 기초한 이차 구조 예측 방법. 이는 차별적 훈련과 풍부한 특징 점수를 사용하여 SCFG를 일반화하는 유연한 확률론적 모델의 클래스이다. 아니요. 소스 코드 웹 서버 [4]
크럼플 단순하고 깔끔하게 작성된 소프트웨어.옵션의 제약이 있는 경우 1개의 시퀀스에 대해 가능한 모든 2차 구조를 생성합니다. 아니요. 소스 코드 [5]
사이클폴드 복잡한 의사 노트를 가능하게 하는 나선형의 배치를 기반으로 한 2차 구조 예측 방법. 네. 웹 서버 [6]
E2이폴드 동적 프로그래밍을 사용하지 않고 제약된 최적화 솔버를 통해 미분함으로써 2차 구조를 효율적으로 예측하는 딥 러닝 기반 방법. 네. 소스 코드 [7][8]
GTFold RNA 2차 구조를 예측하기 위한 빠르고 확장 가능한 멀티코어 코드. 아니요. 링크 소스 코드 [9]
IP노 정수 프로그래밍을 사용하여 의사 노트로 RNA 2차 구조를 빠르고 정확하게 예측합니다. 네. 소스 코드 웹 서버 [10]
키네폴드 매듭용 분할함수의 구현을 포함하여 의사노트를 포함한 RNA 배열의 접힘 속도론. 네. Linux 바이너리, 웹 서버 [11][12]
엠폴드 최소 자유 에너지(MFE) RNA 구조 예측 알고리즘. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [13]
뽀뽀 RNA 의사 노트의 제한된 클래스(H형 및 키싱 헤어핀)를 예측하기 위한 동적 프로그래밍 알고리즘입니다. 네. 소스 코드, 웹 서버 [14]
프노트 가장 가까운 인접 에너지 모델을 사용하여 최적의 RNA 유사 예측을 위한 동적 프로그래밍 알고리즘입니다. 네. 소스 코드 [15]
PknotsRG RNA 의사 노트의 제한된 클래스(H형)를 예측하기 위한 동적 프로그래밍 알고리즘입니다. 네. 소스 코드, 웹 서버 [16]
RNA123 열역학적 기반 접기 알고리즘과 RNA에 고유한 새로운 구조 기반 배열에 의한 2차 구조 예측. 네. 웹 서버
RNA폴드 MFE RNA 구조 예측 알고리즘.염기쌍 확률 및 원형 RNA 폴딩을 계산하기 위한 분할 함수의 구현을 포함한다. 아니요. 소스 코드, 웹 서버

[13][17][18][19][20]

RNA형상 추상적인 형상을 기반으로 한 MFE RNA 구조 예측.형상 추상화는 구조적 특징의 인접과 중첩을 유지하지만 나선 길이를 무시하므로 중요한 정보를 잃지 않고 차선의 솔루션 수를 줄일 수 있다.또한 모양은 볼츠만 가중 에너지에 기초한 확률을 계산할 수 있는 구조의 클래스를 나타낸다. 아니요. 소스 및 바이너리, 웹 서버 [21][22]
RNA구조 RNA 또는 DNA 시퀀스에 대한 최저 자유 에너지 구조와 염기쌍 확률을 예측하는 프로그램입니다.또한 프로그램은 최대 예상 정확도 구조를 예측하기 위해 사용할 수 있으며, 여기에는 의사 노트가 포함될 수 있습니다.구조 예측은 SHAPE, 효소 분해, 화학적 수정 접근성 등의 실험 데이터를 사용하여 제한할 수 있습니다.그래픽 사용자 인터페이스는 Windows, Mac OS X, Linux에서 사용할 수 있습니다.프로그램은 Unix 스타일의 텍스트 인터페이스에서도 사용할 수 있습니다.또한 C++ 클래스 라이브러리를 사용할 수 있습니다. 네. 소스 및 바이너리, 웹 서버

[23][24]

SARNA 예측 RNA 2차 구조 예측 방법.또한 의사 노트로 구조를 예측할 수도 있습니다. 네. 링크 [25]
접다 핵산의 최소 자유 에너지 구조를 예측한다. seqfold는 SantaLucia, 2004(DNA) 및 Turner, 2009(RNA)의 에너지 함수를 사용하여 UNAFold/mfold의 기반인 1981년 동적 프로그래밍 알고리즘의 구현이다.MIT 라이선스Python CLI 또는 모듈. 아니요. 링크 및 소스 [26]
스폴드 가능한 모든 구조의 통계적 샘플링.표본 추출은 분할 함수 확률에 따라 가중치가 부여됩니다. 아니요. 웹 서버 [27][28][29][30]
슬라이드식 Windows 및 어셈블리 슬라이딩 윈도우와 어셈블리는 유사한 헤어핀의 긴 시리즈를 접기 위한 도구 체인입니다. 아니요. 소스 코드 [5]
스폿-RNA SPOT-RNA는 모든 종류의 염기쌍(카노닉, 비카노닉, 유사 노트 및 염기 세쌍)을 예측할 수 있는 최초의 RNA 2차 구조 예측 변수이다. 네. 소스 코드

웹 서버

[31]
스위스포트 리보스위치의 대체(세컨더리) 설정을 예측하기 위한 명령줄 유틸리티.이는 두 기능 구조의 접힘을 억제하기 위해 이른바 전환 시퀀스의 예측에 기초한다. 아니요. 소스 코드 [32]
동작하지 않다 UNAFold 소프트웨어 패키지는 하나 또는 두 개의 단일 가닥 핵산 시퀀스에 대한 접힘, 교배 및 용해 경로를 시뮬레이션하는 프로그램의 통합 모음입니다. 아니요. 소스 코드 [33]
vsfold/vs 서브옵션 폴리머 물리학에서 파생된 엔트로피 모델을 사용하여 RNA 2차 구조와 유사 노트를 접고 예측합니다.vs_subopt 프로그램은 vsfold5에서 도출된 자유 에너지 경관에 따라 차선의 구조를 계산합니다. 네. 웹 서버 [34][35]
메모들
  1. ^ Nots: 의사 없음 예측, <yes no>.

단일 시퀀스 3차 구조 예측

이름. 묘사 매듭
[주 1] 		링크 레퍼런스
바나클 주어진 뉴클레오티드 배열에 적합하고 국소 길이 척도로 RNA와 유사한 RNA 구조의 확률론적 샘플링을 위한 Python 라이브러리. 네. 소스 코드 [36]
파나 천연 유사 RNA 3차 구조의 자동 de novo 예측. 네. [37]
iFoldRNA 3차원 RNA 구조 예측 및 접기 네. 웹 서버 [38]
MC-Fold MC-Sym 파이프라인 RNA 구조 예측 알고리즘을 위한 열역학 및 뉴클레오티드 순환 모티브. 2D 및 3D 구조. 네. 소스 코드, 웹 서버 [39]
나스트 지식 기반 잠재력 및 구조 필터를 사용한 대규모 RNA 분자의 거친 세분화 모델링 불명 실행 파일 [40]
MMB 제한된 실험 정보를 RNA의 3D 모델로 변환 불명 소스 코드 [41]
RNA123 하나의 직관적인 그래픽 사용자 인터페이스에서 좌표 파일 입력, 시퀀스 편집, 시퀀스 정렬, 구조 예측 및 분석 기능을 모두 사용할 수 있는 RNA 3D 구조의 신규 및 호몰로지 모델링을 위한 통합 플랫폼입니다. 네.
RNAComposer 대형 RNA 3D 구조의 완전 자동화된 예측. 네. 웹 서버 웹 서버 [42]
메모들
  1. ^ Nots: 의사 없음 예측, <yes no>.

비교 방법

위에서 언급한 단일 시퀀스 방법은 가능한 구조의 넓은 공간에서 합리적인 2차 구조의 작은 샘플을 검출하는 데 어려움이 있다.공간의 크기를 줄이는 좋은 방법은 진화적 접근법을 사용하는 것입니다.진화에 의해 보존된 구조는 기능적 형태가 될 가능성이 훨씬 더 높습니다.다음 방법에서는 이 방법을 사용합니다.

이름. 묘사 시퀀스 수
[주 1] 		얼라인먼트
[주2] 		구조.
[주3] 		매듭
[주4] 		링크 레퍼런스
카르낙 MFE 폴딩과 결합된 비교 분석. 조금도 아니요. 네. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [43][44]
중심 알리폴드 일반화 중심 추정기를 기반으로 한 공통 2차 구조 예측 조금도 아니요. 네. 아니요. 소스 코드 [45]
중심 정렬 RNA 시퀀스를 위한 빠르고 정확한 다중 얼라이너 조금도 네. 아니요. 아니요. 소스 코드 [46]
CM파인더 모티브 기술을 위한 공분산 모델을 사용한 기대 최대화 알고리즘.효과적인 모티브 검색을 위한 휴리스틱스 및 접힘 에너지와 시퀀스 공변화를 결합한 구조 예측을 위한 베이지안 프레임워크를 사용합니다. 네. 네. 아니요. 소스 코드, 웹 서버, 웹 사이트 [47]
콘산 는 쌍방향 RNA 정렬 및 합의 구조 예측을 위한 핀형 Sankoff 알고리즘을 구현합니다. 2 네. 네. 아니요. 소스 코드 [48]
DAFS 이중 분해를 통해 RNA 시퀀스를 동시에 정렬 및 접습니다. 조금도 네. 네. 네. 소스 코드 [49]
다이날린 자유 에너지 최소화와 비교 시퀀스 분석을 결합하여 시퀀스 동일성을 필요로 하지 않고 두 시퀀스에 공통되는 낮은 자유 에너지 구조를 찾아냄으로써 구조 예측의 정확도를 향상시키는 알고리즘. 2 네. 네. 아니요. 소스 코드 [50][51][52]
폴드 얼라인먼트 RNA의 로컬 및 글로벌 쌍 구조 정렬을 모두 수행할 수 있는 알고리즘입니다.보존된 구조의 에너지 최소화와 리보섬 같은 스코어링 매트릭스를 이용한 배열 유사성의 조합에 근거한다.로컬 정렬의 경우 둘 이상의 정렬을 반환할 수 있습니다. 2 네. 네. 아니요. 소스 코드, 웹 서버, 웹 사이트 [53]
폴드 얼라인먼트m PMcomp 프로그램에 기초한 다중 RNA 구조 RNA 정렬 방법. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드 [54]
프루트 RNA 트리 비교를 기반으로 한 쌍별 RNA 구조 정렬 도구입니다.비교된 트리가 (표준 "외부 루프"에 해당하는 루트에 대해) 다르게 루트될 수 있는 정렬 및/또는 분기 순서에 대해 정렬될 수 있는 정렬을 고려합니다. 조금도 네. 입력 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [55][56]
그래프 클러스터 국소 RNA 2차 구조의 빠른 RNA 구조 클러스터링 방법.예측 클러스터는 LocARNA 및 CMsearch를 사용하여 세분화됩니다.클러스터링을 위한 선형 시간 복잡성으로 인해 큰 RNA 데이터 세트를 분석할 수 있습니다. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드 [57]
KNetFold(KNetFold) 기계 학습을 기반으로 RNA 시퀀스 정렬에서 합의 RNA 2차 구조를 계산합니다. 조금도 입력 네. 네. Linux 바이너리, 웹 서버 [58]
라라 정수 선형 프로그래밍 및 Lagrangian 이완을 사용하여 ncRNA 패밀리의 글로벌 폴딩 및 정렬을 생성합니다. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드 [59]
LocaRNA LocaRNA는 PMcomp의 후속 제품으로 시간 복잡성이 개선되었습니다.이는 동시 접힘 및 정렬을 위한 Sankoff 알고리즘의 변형으로, RNAfold -p에 의해 생성된 McCaskill 알고리즘에서 사전 계산된 염기쌍 확률 행렬을 입력으로 받아들인다.따라서 이 방법은 염기쌍 확률 행렬을 비교하는 방법으로도 볼 수 있습니다. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [60]
마스트 마르코프 체인 몬테카를로를 사용한 시뮬레이션 어닐링 프레임워크로, 작은 국소적인 변경을 가함으로써 구조와 얼라인먼트가 모두 최적화된다.점수는 정렬의 로그 우도, 공유 항 및 기저 쌍 확률을 결합합니다. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드 [61][62]
멀티라인 이 방법에서는 여러 Dynalign 계산을 사용하여 임의의 수의 시퀀스에 공통되는 낮은 자유 에너지 구조를 찾습니다.시퀀스 ID는 필요 없습니다. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드 [63]
뮬레 계산 시간과 메모리가 대폭 줄어든 Sankoff의 알고리즘에 기반한 반복 정렬을 사용하는 RNA 시퀀스를 위한 다중 정렬 도구. 조금도 네. 네. 아니요. 웹 서버 [64]
MXSCARNA SCARNA의 쌍별 구조 정렬 알고리즘을 기반으로 하는 진행 정렬을 사용하는 RNA 시퀀스를 위한 다중 정렬 도구. 조금도 네. 네. 아니요. 웹 서버 소스 코드 [65]
알리키스 pAliKiss는 의사 노팅 구조에 특히 주의를 기울여 고정 RNA 다중 배열 정렬에 대한 RNA 2차 구조를 예측합니다.이 프로그램은 RNAalishapes와 pKiss의 교잡의 산물이다. 조금도 입력 네. 네. 웹 서버 소스 코드 [14]
부품. 사전 계산된 염기쌍 및 정렬 확률에서 얻은 의사 자유 에너지에 기초한 확률론적 모델을 사용하여 2개의 RNA 시퀀스의 정렬 및 공통 2차 구조의 공동 예측을 위한 방법. 2 네. 네. 아니요. 소스 코드 [66]
Pfold rRNA 정렬에 대해 교육받은 SCFG를 사용하여 정렬을 접습니다. 입력 네. 아니요. 웹 서버 [67][68]
PET폴드 에너지 기반 및 진화 기반 접근 방식을 한 모델에 공식적으로 통합하여 최대 예상 정확도 점수를 통해 정렬된 여러 RNA 시퀀스의 접힘을 예측합니다.구조적 확률은 RNAfold와 Pfold로 계산됩니다. 조금도 입력 네. 아니요. 소스 코드 [69]
PhyloQFold 대략적인 후방 확률에 따라 의사 노트를 포함한 합의된 2차 구조를 샘플링하기 위해 정렬된 RNA 배열 그룹의 진화 이력을 이용하는 방법. 조금도 입력 네. 네. 소스 코드 [70]
PMcomp/PMMulti PMcomp는 동시 접기 및 정렬을 위한 Sankoff 알고리즘의 변형으로, RNAfold -p에서 생성된 McCaskill 알고리즘에서 사전 계산된 염기쌍 확률 행렬을 입력으로 받아들인다.따라서 이 방법은 염기쌍 확률 행렬을 비교하는 방법으로도 볼 수 있습니다.PMmulti는 pmcomp를 반복 호출하여 여러 개의 정렬을 순차적으로 수행하는 래퍼 프로그램입니다. 네. 네. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [71]
RNAG 보존된 구조와 구조 정렬을 결정하기 위한 깁스 샘플링 방법. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드 [72]
R-COFFEE 는 RNAlpfold를 사용하여 제공된 시퀀스의 2차 구조를 계산합니다.그런 다음 수정된 T-Coffee 버전을 사용하여 시퀀스 및 구조와 가장 잘 일치하는 다중 시퀀스 정렬을 계산합니다.R-Coffee는 기존의 시퀀스 정렬 방법과 조합할 수 있습니다. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [73][74]
터보폴드 이 알고리즘은 임의의 수의 시퀀스에서 보존된 구조를 예측합니다.확률론적 정렬 및 분할 함수를 사용하여 시퀀스 간에 보존된 쌍을 매핑한 다음 분할 함수를 반복하여 구조 예측 정확도를 향상시킵니다. 조금도 아니요. 네. 네. 소스 코드 [75][76]
R스케이프 공변성 염기쌍을 측정하여 보존된 2차 구조를 확인하고 순수 계통과의 비교에 대한 통계적 유의성을 확인한다.2차 구조가 제공되지 않는 경우 가장 보존성이 높은("최적화된") 구조를 제안합니다. 조금도 입력 네. 네. 홈페이지 [77]
RNA123 포함 구조 기반 시퀀스 정렬(SBSA) 알고리즘은 템플릿 및 쿼리의 2차 구조를 완전히 설명하는 니들맨-운쉬 글로벌 시퀀스 정렬 방법의 새로운 차선 버전을 사용한다.또한 RNA 나선형 및 단일 고립 영역에 최적화된 두 개의 별도의 대체 매트릭스를 사용합니다.SBSA 알고리즘은 세균성 23S rRNA(최대 2,800 nts)와 같은 큰 구조에서도 90% 이상의 정확한 시퀀스 정렬을 제공합니다. 조금도 네. 네. 네. 웹 서버
RNAalifold 자유 에너지 및 공변화 측정의 혼합을 사용하여 미리 계산된 정렬을 접습니다.Vienna RNA 패키지와 함께 배송됩니다. 조금도 입력 네. 아니요. 홈페이지 [17][78]
RNAalisphapes 자유 에너지 및 공변화 측정의 혼합을 사용하여 사전 계산된 정렬에 대한 이차 구조 예측을 위한 도구입니다.출력은 추상 도형 개념으로 선별하여 차선의 결과의 주요 차이에 초점을 맞출 수 있습니다. 조금도 입력 네. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [79]
RNA캐스트 최적에 가까운 추상 형상 공간을 열거하고, 합의로서 모든 시퀀스에 공통되는 추상 형상을 예측하며, 각 시퀀스에 대해 이 추상 형상을 갖는 열역학적으로 가장 좋은 구조를 예측한다. 조금도 아니요. 네. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [80]
RNA 포레스트 "숲 정렬" 접근 방식을 통해 RNA 2차 구조를 비교 및 정렬합니다. 조금도 네. 입력 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [81][82]
RNA민 정렬되지 않은 RNA 시퀀스의 빈번한 줄기 패턴 마이너는 RNA 시퀀스 세트에서 구조적 모티브를 추출하는 소프트웨어 도구입니다. 조금도 아니요. 네. 아니요. 웹 서버 [83]
RNAS 앰프 염기서열 내 염기쌍화 확률을 시퀀스 간 염기 정렬 확률과 결합하는 확률론적 표본 추출 접근법.이 값은 각 시퀀스에 대해 가능한 줄기를 추출하고 모든 시퀀스 쌍 간에 이러한 줄기를 비교하여 두 시퀀스에 대한 일치 구조를 예측하는 데 사용됩니다.이 방법은 모든 쌍별 구조 정렬의 정보를 통합하는 일관성 기반 점수를 사용하여 여러 시퀀스 간에 보존되는 공통 구조를 예측하도록 확장된다. 조금도 네. 네. 네. 소스 코드 [84]
스카나 Scarna(System Candidate Aligner for RNA)는 한 쌍의 RNA 시퀀스를 구조적으로 정렬하기 위한 빠르고 편리한 도구입니다.추정된 공통 2차 구조를 기반으로 두 개의 RNA 시퀀스를 정렬하고 유사도를 계산합니다.의사 노트가 있는 세컨더리 구조에서도 동작합니다. 2 네. 네. 아니요. 웹 서버 [85]
시뮬폴드 베이지안 MCMC 프레임워크를 사용하여 의사 노트, 정렬 및 트리를 포함한 RNA 구조를 동시에 추론한다. 조금도 네. 네. 네. 소스 코드 [86]
스템로크 Pair 확률적 맥락 없는 문법으로 알려진 RNA 구조의 확률론적 모델에 기초한 쌍별 RNA 구조 정렬을 위한 프로그램. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드 [87]
스트랄 빠른 진행 전략에 따라 코드화되지 않은 RNA의 다중 정렬을 제공하도록 설계된 정렬 도구입니다.이것은 RNAfold 계산에서 파생된 열역학적 염기쌍 정보를 염기쌍 확률 벡터의 형태로 1차 염기서열의 정보와 결합합니다. 네. 아니요. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [88]
TFold 의사노트를 포함한 비부호화 RNA 2차 구조를 예측하는 도구.RNA 시퀀스의 정렬을 입력하고 예측된 2차 구조를 반환합니다.줄기 및 유사 노트를 찾기 위해 안정성, 보존 및 공변화 기준을 결합합니다.사용자는 다른 파라미터 값을 변경하거나 시스템에 의해 고려되는 기존의 일부 스템(있는 경우)을 설정(또는 설정하지 않음)할 수 있습니다.여러 개의 가능한 구조체를 가져오거나1개만 가져오거나 의사노트를 검색하거나 하지 않거나 등을 선택할 수 있습니다. 조금도 네. 네. 네. 웹 서버 [89]
전쟁 비부호화 RNA 시퀀스에 대한 다중 정렬 및 이차 구조 예측을 수행하기 위해 여러 가지 최첨단 방법을 동시에 사용할 수 있는 웹 서버. 네. 네. 아니요. 웹 서버 [90]
엑스레이트 "Pfold" 프로그램의 유연한 일반화로 볼 수 있는 계통발생학적 문법을 사용하여 다중 배열 분석을 위한 프로그램. 조금도 네. 네. 아니요. 소스 코드 [91]
메모들
  1. ^ 시퀀스 수: <any num>.
  2. ^ 얼라인먼트: 얼라인먼트를 예측합니다.< input yes no >
  3. ^ 구조: 구조를 예측합니다.< input yes no >
  4. ^ Nots: 의사 없음 예측, <yes no>.

RNA용매접근성예측

이름.

(년)

 묘사 링크 레퍼런스
RNAsnap2

(2020)

 RNAsnap2는 BLAST + INFERNAL(RNAsol과 동일)에서 생성된 진화적 특징과 LinearPartition에서 예측된 염기쌍화 확률을 RNA 용매 접근성 예측을 위한 입력으로 확장 컨볼루션 뉴럴 네트워크를 사용합니다.또, RNAsnap2의 단일 배열 버전은, 진화 정보를 이용하지 않고, 소정의 입력 RNA 배열의 용매 액세스성을 예측할 수 있다. 소스 코드

웹 서버

[92]
RNA솔

(2019)

 RNAsol 예측자는 BLASTN + INFERNAL에서 생성된 진화 정보와 RNAfold에서 예측된 2차 구조를 가진 단방향 LSTM 딥러닝 알고리즘을 RNA 용매 접근성 예측을 위한 입력으로 사용합니다. 소스 코드

웹 서버

[93]
RNA 스냅

(2017)

 RNAsnap 프레딕터는 SVM 머신 러닝 알고리즘과 BLASTN에서 생성된 진화 정보를 RNA 용매 접근성 예측을 위한 입력으로 사용합니다. 소스 코드 [94]

분자간 상호작용: RNA-RNA

많은 ncRNA는 다른 RNA와 결합함으로써 기능한다.예를 들어 miRNA는 3' UTR에 결합함으로써 단백질 부호화 유전자 발현을 조절하고, 작은 핵소립 RNA는 rRNA, U4 스플라이소좀 RNA 및 U6 스플라이소좀 RNA는 서로 결합하여 전사 후 변형을 유도하며, 다수의 작은 세균 RNA는 스플라이소좀의 상호작용을 통해 유전자 발현을 조절한다.B, OxyS 및 RyhB.

이름. 묘사 분자내 구조 비교의 링크 레퍼런스
RNA 프레데터 RNApredator는 동적 프로그래밍 방식을 사용하여 RNA-RNA 상호 작용 부위를 계산합니다. 네. 아니요. 웹 서버 [95]
쿠루구글 A-U, C-G, G-U 염기쌍을 통한 완벽한 교배와 일치하는 RNA-RNA의 빠른 측정 유틸리티. 아니요. 아니요. 웹 서버 [96]
IntaRNA 타깃 사이트의 접근성을 통합한 효율적인 타깃 예측. 네. 아니요. 소스 코드 웹 서버 [97][98][99][100][101]
CopRARNA sRNA 표적 예측을 위한 도구입니다.이것은 다른 전체 게놈 IntaRNA 예측을 혼합하여 전체 게놈 예측을 계산합니다. 네. 네. 소스 코드 웹 서버 [102][98]
민트 RNA 및 DNA 분자의 3차원 구조, 전체 원자 분자 역학 궤적 또는 기타 구성 세트(예: X선 또는 NMR 유래 구조)를 분석하는 자동 도구입니다.각 RNA 또는 DNA 배치에 대해 MINT는 염기쌍 패턴을 해결하는 수소 결합 네트워크를 결정하고 2차 구조 모티브(헬리쉬, 접합, 루프 등) 및 의사 노트를 식별한다.또한 적층 및 인산 음이온-염기 상호작용의 에너지를 추정합니다. 네. 아니요. 소스 코드 웹 서버 [103]
누팩 희석 용액에서 상호작용하는 가닥의 전체 비의사 분할 함수를 계산합니다.특정 복잡도 미만의 순서 복합체의 농도, mfe 및 염기 쌍화 확률을 계산합니다.또한 의사 노트 구조의 클래스를 포함한 단일 가닥의 파티션 함수 및 베이스 쌍을 계산합니다.또한 순서가 매겨진 복합체의 설계도 가능합니다. 네. 아니요. 누팩 [104]
OligoWalk / RNAstructure 분자 내 구조의 유무에 관계없이 2분자 2차 구조를 예측합니다.또한 RNA 표적에 대한 짧은 핵산의 하이브리드화 친화성을 예측합니다. 네. 아니요. [1] [105]
piRNA RNA-RNA 상호 작용의 분할 함수 및 열역학을 계산합니다.그것은 의사 노트, 상호작용 의사 노트 또는 지그재그를 포함하지 않는 상호작용하는 두 핵산의 가능한 모든 관절 2차 구조를 고려한다. 네. 아니요. Linux 바이너리 [106]
RNAipalign 구조 정렬을 기반으로 RNA-RNA 상호 작용의 분할 함수 및 열역학을 계산합니다.또한 단일 시퀀스에 대한 RNA-RNA 상호 작용 예측을 지원합니다.Boltzmann 분포를 기반으로 차선의 구조를 출력합니다.그것은 의사 노트, 상호작용 의사 노트 또는 지그재그를 포함하지 않는 상호작용하는 두 핵산의 가능한 모든 관절 2차 구조를 고려한다. 네. 아니요. [2] [107]
RactIP 정수 프로그래밍을 사용하여 RNA-RNA 상호작용을 빠르고 정확하게 예측합니다. 네. 아니요. 소스 코드 웹 서버 [108]
RNAaliduplex 공유 사이트에 대한 보너스가 포함된 RNAduplex 기반 아니요. 네. 소스 코드 [17]
RNA폴드 RNA폴드와 매우 유사하게 작동하지만 두 개의 RNA 시퀀스를 지정할 수 있습니다. 그러면 이합체 구조를 형성할 수 있습니다. 네. 아니요. 소스 코드 [17][109]
RNA듀플렉스 하이브리드화에 최적인 2차 구조와 최적이 아닌 2차 구조를 계산합니다.분자간 염기쌍만 허용하면 계산이 단순해집니다. 아니요. 아니요. 소스 코드 [17]
RNA하이브리드 긴 RNA와 짧은 RNA의 최소 자유 에너지 교배( find 30nt)를 찾는 도구입니다. 아니요. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [110][111]
RNAup RNA-RNA 상호 작용의 열역학을 계산합니다.RNA-RNA 결합을 2단계로 분해한다. (1) 배열 간격(예를 들어 결합 부위)이 페어링되지 않은 채로 있을 확률이 계산된다. (2) 다음으로 결합 부위가 페어링되지 않은 경우 결합 에너지가 가능한 모든 유형의 결합에 대해 최적의 것으로 계산된다. 네. 아니요. 소스 코드 [17][112]

분자간 상호작용:MicroRNA: 임의의 RNA

다음 표에는 UTR에 국한되지 않는 상호작용이 포함되어 있습니다.

이름. 묘사 이종간 분자내 구조 비교의 링크 레퍼런스
모니터 주로 식물 종의 잠재적 규제 보존을 기반으로 하는 miRNA 목표물의 예측을 위한 웹 도구입니다. 네. 아니요. 아니요. 웹 툴 [113]
RNA22 첫 번째 링크(사전 계산된 예측)는 사람, 마우스, 회충 및 초파리의 모든 단백질 코드 전달에 대한 RNA22 예측을 제공합니다.이를 통해 cDNA 지도 내에서 예측을 시각화할 수 있으며, 여러 miR이 관심 대상인 스크립트를 찾을 수 있습니다.두 번째 웹 사이트 링크(인터랙티브/커스텀 시퀀스)는 우선 관심 시퀀스에서 추정 마이크로RNA 바인딩 사이트를 찾은 후 타깃 마이크로RNA를 식별합니다.두 도구 모두 Thomas Jefferson 대학의 컴퓨터 의학 센터에서 제공합니다. 네. 아니요. 아니요. 미리 계산된 예측 인터랙티브/커스텀 시퀀스 [114]
RNA하이브리드 긴 RNA와 짧은 RNA의 최소 자유 에너지 교배( find 30nt)를 찾는 도구입니다. 네. 아니요. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [110][111]
기동 안정적인 듀플렉스 세트를 찾기 위해 Gale-Shapley 알고리즘의 파생물을 사용하여 마이크로RNA의 스토키오메트릭 동작 모드를 시뮬레이션합니다.mRNA 및 microRNA 쌍 세트를 통과하기 위한 정량화와 사이트 순위 지정 및 할당을 위한 시드 상호보완성을 사용한다. 네. 아니요. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [115]

분자간 상호작용:MicroRNA:UTR

마이크로RNA는 3' UTR에 결합함으로써 단백질 코드 유전자 발현을 조절하며, 이러한 상호작용을 예측하기 위해 특별히 설계된 도구들이 있다.높은 처리량 실험 데이터에 대한 목표 예측 방법의 평가는 (Back et al., [116]Nature 2008), (Alexiou et al., Bioinformatics 2009)[117] 또는 (Ritchie et al., Nature Methods 2009)[118]를 참조한다.

이름. 묘사 이종간 분자내 구조 비교의 링크 레퍼런스
큐피드 miRNA-target 상호작용과 이들의 매개 경합 내인성 RNA(ceRNA) 상호작용을 동시에 예측하는 방법.이는 유방암 세포군의 mRNA 및 단백질 수준 측정에 의해 평가된 miRNA 목표 예측 정확도를 크게 향상시키는 통합적 접근법이다.큐피드는 다음 3단계로 구현됩니다.1단계: 3' UTR에서 후보 miRNA 결합 부위를 재평가합니다.2단계: 선택된 사이트에 대한 정보와 miRNA의 발현 프로파일과 추정 대상 간의 통계적 의존성을 통합하여 상호작용을 예측한다.3단계: Cupid는 예측된 목표물이 예측된 miRNA 규제 기관과 경쟁하는지 여부를 평가합니다. 인간적인 아니요. 네. 소프트웨어(MATLAB) [119]
다이애나 마이크로t 버전 3.0은 각 마이크로RNA에 대해 개별적으로 계산된 여러 매개변수에 기초한 알고리즘으로, 보존된 마이크로RNA 인식 요소와 비보존된 마이크로RNA 인식 요소를 최종 예측 점수로 결합한다. 인간, 마우스 아니요. 네. 웹 서버 [120]
마이크로타르 miRNA-target 상보성과 열역학 데이터에 기초한 동물 miRNA 목표 예측 도구. 네. 아니요. 아니요. 소스 코드 [121]
miTarget 서포트 벡터 머신을 이용한 마이크로RNA 표적 유전자 예측. 네. 아니요. 아니요. 웹 서버 [122]
거울 miRNA 또는 유전자의 합성에 의한 조합 규제 개념을 기반으로 합니다.miRror는 상보적인 알고리즘에 기초한 12개의 miRNA 자원의 예측을 통합 통계 프레임워크에 통합합니다. 네. 아니요. 아니요. 웹 서버 [123][124]
PicTar 조합 마이크로RNA 목표 예측. 8척추동물 아니요. 네. 예측 [125]
피타 mRNA 내의 염기쌍 상호작용에 의해 결정되는 표적 사이트 접근성의 역할을 마이크로RNA 표적 인식에 통합한다. 네. 네. 아니요. 실행 파일, 웹 서버, 예측 [126]
RNA22 첫 번째 링크(사전 계산된 예측)는 사람, 마우스, 회충 및 초파리의 모든 단백질 코드 전달에 대한 RNA22 예측을 제공합니다.이를 통해 cDNA 지도 내에서 예측을 시각화할 수 있으며, 여러 miR이 관심 대상인 스크립트를 찾을 수 있습니다.두 번째 웹 사이트 링크(인터랙티브/커스텀 시퀀스)는 우선 관심 시퀀스에서 추정 마이크로RNA 바인딩 사이트를 찾은 후 타깃 마이크로RNA를 식별합니다.두 도구 모두 Thomas Jefferson 대학의 컴퓨터 의학 센터에서 제공합니다. 네. 아니요. 아니요. 미리 계산된 예측 인터랙티브/커스텀 시퀀스 [114]
RNA하이브리드 긴 RNA와 짧은 RNA의 최소 자유 에너지 교배( find 30nt)를 찾는 도구입니다. 네. 아니요. 아니요. 소스 코드, 웹 서버 [110][111]
슬라머 정렬된 유전자 목록에 따라 배열에서 유의하게 과잉 또는 과소 표현된 단어를 찾는 방법.일반적으로 마이크로 어레이 발현 데이터에서 마이크로RNA 또는 siRNA 시드 시퀀스의 유의한 농축 또는 고갈을 찾는 데 사용됩니다. 네. 아니요. 아니요. 소스 코드 웹 서버 [127][128]
타레프 TARget REFiner(TAREF)는 기존의 구조 예측 접근방식이 개방성을 평가하는 데 성공하지 못할 수 있는 예측 대상 사이트의 측면 영역에서 도출된 여러 특징 정보를 바탕으로 마이크로RNA 대상을 예측한다.또한 인코딩된 패턴을 사용하여 필터링을 세분화하는 옵션도 제공합니다. 네. 아니요. 아니요. 서버/소스 코드 [129]
p-TAREF 발전소 TARget REFiner(p-TAREF)는 기존의 구조 예측 접근방식이 개방성을 평가하는 데 성공하지 못할 수 있는 예측 대상 현장의 측면 영역에서 도출된 다중 특성 정보에 기초하여 발전소 마이크로RNA 대상을 식별한다.또한 인코딩된 패턴을 사용하여 필터링을 세분화하는 옵션도 제공합니다.처음으로 발전소 고유의 모델을 가진 플랜트에서의 구조 및 정렬의 측면을 고려하면서 지원 벡터 회귀(SVR)를 통한 스코어링 체계와 함께 머신 러닝 접근법의 힘을 채택했다. p-TAREF는 서버 및 독립형 형태의 동시 아키텍처로 구현되어 사용 가능한 몇 안 되는 t 중 하나가 되었다.arget 식별 툴을 사용하면 간단한 데스크톱에서 동시에 실행하면서 방대한 스크립트 수준 분석을 정확하고 빠르게 수행할 수 있습니다.또한 SVR 점수와 함께 예측에 대한 신뢰를 얻기 위해 백엔드에 통합된 식 데이터를 사용하여 예측 대상을 현장에서 실험적으로 검증할 수 있는 옵션을 제공한다.p-TAREF 성능 벤치마킹은 다양한 테스트를 통해 광범위하게 수행되었으며 다른 발전소 miRNA 표적 식별 도구와 비교되었다.s. p-TAREF가 더 나은 성능을 보였습니다. 네. 아니요. 아니요. 서버/스탠드 아론
타깃 스캔 각 miRNA의 시드 영역과 일치하는 부위의 존재를 검색하여 miRNA의 생물학적 대상을 예측합니다.파리와 선충의 경우, 예측은 진화 보존의 확률에 따라 순위가 매겨진다.zebrafish에서는 사이트 번호, 사이트 유형 및 사이트 컨텍스트에 따라 예측 순위가 매겨집니다. 여기에는 타깃 사이트의 접근성에 영향을 미치는 요인이 포함됩니다.포유동물에서 사용자는 예측이 보존 확률을 기준으로 순위를 매길지, 현장 번호, 유형 및 상황에 따라 순위를 매길지 선택할 수 있다.포유류와 선충류에서 사용자는 예측 범위를 보존된 부위로 확장하고 모든 부지를 고려하도록 선택할 수 있다. 척추동물, 파리, 선충류 간접적으로 평가되다 네. 소스 코드, 웹 서버 [130][131][132][133][134][135]

ncRNA 유전자 예측 소프트웨어

이름. 묘사 시퀀스 수
[주 1] 		얼라인먼트
[주2] 		구조.
[주3] 		링크 레퍼런스
알리폴츠 비정상적으로 안정되고 보존된 RNA 2차 구조의 존재에 대한 다중 배열 정렬 평가. 조금도 입력 네. 소스 코드 [136]
에보폴드 다계열 정렬에서 기능적 RNA 구조를 식별하기 위한 비교 방법.이것은 Phylo-SCFG라고 불리는 확률론적 모델 구조에 기초하며, 예측하기 위해 스템페어링 및 비쌍 영역에서의 대체 프로세스의 특성 차이를 이용한다. 조금도 입력 네. Linux 바이너리 [137]
그래프 클러스터 일반적인(국소) RNA 2차 구조를 식별하기 위한 빠른 RNA 구조 클러스터링 방법.예측된 구조 군집은 선형으로 표시됩니다.클러스터링을 위한 선형 시간 복잡성으로 인해 큰 RNA 데이터 세트를 분석할 수 있습니다. 조금도 네. 네. 소스 코드 [57]
MSARi 심층 다중 시퀀스 정렬에서 RNA 2차 구조의 통계적으로 유의한 보존을 위한 휴리스틱 검색. 조금도 입력 네. 소스 코드 [138]
QRNA 이것은 Elena Rivas가 제출한 "비교 배열 분석을 사용하여 RNA 유전자를 코드화하지 않음" 문서에 첨부한 코드입니다.QRNA는 비교 게놈 배열 분석을 사용하여 ncRNA 유전자와 시스 조절 RNA 구조를 모두 포함한 보존된 RNA 2차 구조를 검출합니다. 2 입력 네. 소스 코드 [139][140]
RNAz 다중 시퀀스 정렬에서 구조적으로 보존되고 열역학적으로 안정적인 RNA 2차 구조를 예측하기 위한 프로그램입니다.비부호화 RNA 및 mRNA의 시스 작용 조절 요소에서 발견되는 기능적 RNA 구조를 검출하기 위해 게놈 와이드 스크린에서 사용될 수 있습니다. 조금도 입력 네. 소스 코드, 웹 서버 RNAz 2 [141][142][143]
스캔폴드 비정상적으로 안정적인 접힘을 가진 큰 시퀀스에서 고유한 국소 RNA 구조를 예측하는 프로그램입니다. 1 없음. 네. 소스 코드 웹 서버 [144]
엑스레이트 "Evofold" 프로그램의 유연한 일반화로 볼 수 있는 계통발생학적 문법을 사용하여 다중 배열 분석을 위한 프로그램. 조금도 네. 네. 소스 코드 [91]
메모들
  1. ^ 시퀀스 수: <any num>.
  2. ^ 얼라인먼트: 얼라인먼트를 예측합니다.< input yes no >
  3. ^ 구조: 구조를 예측합니다.< input yes no >

패밀리 고유 유전자 예측 소프트웨어

이름. 묘사 가족 링크 레퍼런스
아라곤 ARAGORN은 뉴클레오티드 배열에서 tRNA와 tmRNA를 검출한다. tRNA 전송하다 웹 서버 원천 [145]
miReader miReader는 게놈 또는 참조 시퀀스에 의존하지 않고 성숙한 miRNA를 검출하는 최초의 타입입니다.지금까지 miRNA의 발견은 대부분의 miRNA 발견 도구가 사전 miRNA 후보를 그리는 데 의존했기 때문에 게놈 또는 참조 염기서열을 사용할 수 있는 종에서만 가능했다.이로 인해 miRNA 생물학은 주로 모델 유기체로 제한되었다. miRader는 게놈 참조 염기서열 없이도 작은 RNA 염기서열 데이터에서 성숙한 miRNA를 직접 식별할 수 있게 해준다.그것은 척추동물에서 식물 모델에 이르기까지 많은 필라와 종들을 위해 개발되었다.그 정확도는 엄격한 검증 테스트에서 일관되게 90%를 넘는 것으로 나타났습니다. 성숙 miRNA 웹 서버/소스 웹 서버/소스 [146]
miRNA미너 검색 쿼리가 주어지면 후보 호몰로지를 BLAST 검색을 사용하여 식별한 후 충실도를 평가하기 위해 2차 구조, 에너지, 정렬 및 보존과 같은 알려진 miRNA 특성에 대해 테스트한다. 마이크로RNA 웹 서버 [147]
RISC바인더 마이크로RNA의 가이드 가닥 예측. 성숙 miRNA 웹 서버 [148]
RNA마이크로 합의된 2차 구조를 위한 비스트링 필터와 함께 다중 시퀀스 정렬에서 마이크로RNA 전구체를 인식할 수 있는 SVM 기반 접근법. 마이크로RNA 홈페이지 [149]
RNAmmer RNAmmer는 유전자 배열에서 rRNA 유전자에 주석을 달기 위해 HMER를 사용한다.프로파일은 유럽 리보솜 RNA[150] 데이터베이스와 5S 리보솜 RNA 데이터베이스의 [151]정렬을 사용하여 구축되었다. rRNA 웹 서버 원천 [152]
Sno Report(스노 리포트) ncRNA 후보 시퀀스 중 snoRNA의 두 가지 주요 클래스(박스 C/D 및 박스 H/ACA snoRNA)를 인식하도록 설계된 RNA 2차 구조 예측과 머신러닝을 혼합하여 사용합니다. snoRNA 소스 코드 [153]
SnoScan 유전자 염기서열에서 C/D 박스 메틸화 가이드 snoRNA 유전자를 검색합니다. C/D 박스 snoRNA 소스 코드, 웹 서버 [154][155]
tRNAscan-SE 유전체 배열에서 전달 RNA 유전자를 검출하는 프로그램 tRNA 소스 코드, 웹 서버 [155][156]
miRNAFold 게놈에서 마이크로RNA 전구체를 찾기 위한 빠른 ab initio 소프트웨어. 마이크로RNA 웹 서버 [157]

RNA 호몰로지 검색 소프트웨어

이름. 묘사 링크 레퍼런스
해독(소프트웨어) FindNonCoding은 패턴 마이닝 접근방식을 사용하여 비코딩 RNA 패밀리를 나타내는 필수 시퀀스 모티브와 헤어핀 루프를 캡처하고 게놈에서 일치하는 것을 신속하게 식별합니다.FindNonCoding은 사용이 편리하도록 설계되었으며 잘못된 검색률이 낮은 비코딩 RNA를 정확하게 찾습니다. 소스 코드 [158]
에러핀 "Easy RNA Profile IdentificatioN"은 RNA 모티브 검색 프로그램으로 배열 및 2차 구조를 읽어 통계적 "2차 구조 프로파일"(SSP)을 자동으로 추론합니다.그런 다음 원래의 다이내믹 프로그래밍 알고리즘이 이 SSP를 임의의 타깃 데이터베이스와 대조하여 솔루션과 관련된 점수를 찾습니다. 소스 코드 웹 서버 [159][160][161]
지옥 "IFFERence of RNA ALignment"는 RNA 구조와 배열 유사성에 대한 DNA 배열 데이터베이스를 검색하기 위한 것입니다.이것은 공분산 모델(CM)이라고 불리는 프로파일 확률적 문맥 자유 문법의 특수한 경우 구현이다. 소스 코드 [162][163][164]
그래프 클러스터 일반적인(국소) RNA 2차 구조를 식별하기 위한 빠른 RNA 구조 클러스터링 방법.예측된 구조 군집은 선형으로 표시됩니다.클러스터링을 위한 선형 시간 복잡성으로 인해 큰 RNA 데이터 세트를 분석할 수 있습니다. 소스 코드 [57]
PHMMTS "나무 구조의 쌍 숨겨진 마르코프 모델"은 나무의 정렬에서 정의된 쌍 숨겨진 마르코프 모델의 확장입니다. 소스 코드, 웹 서버 [165]
레이브나 공분산 모형에 대한 느리고 엄격한 필터 또는 빠르고 경험적인 시퀀스 기반 필터입니다. 소스 코드 [166][167]
검색 보조 구조와 함께 하나의 RNA 시퀀스를 취하고 로컬 정렬 알고리즘을 사용하여 데이터베이스에서 상동 RNA를 검색합니다. 소스 코드 [168]
구조체 새로운 고속 프래그먼트 체인 스트래티지와 조합된 혁신적인 인덱스 기반의 양방향 매칭 알고리즘을 사용하는 RNA 구조 모티브를 검색하기 위한 초고속 프래그먼트 체인 스트래티지. 소스 코드 [169]
RaligNAtor RNA 시퀀스 구조 패턴의 대략적인 검색을 위한 빠른 온라인 및 인덱스 기반 알고리즘 소스 코드 [170]

벤치마크

이름. 묘사 구조[Note 1] 얼라인먼트[Note 2] 계통발생학 링크 레퍼런스
브라리베이스 I 비교 RNA 구조 예측 접근법의 포괄적 비교 네. 아니요. 아니요. 데이터. [171]
브라리베이스 II 구조 RNA에 대한 다중 시퀀스 정렬 프로그램의 벤치마크 아니요. 네. 아니요. 데이터. [172]
브라리베이스 2.1 구조 RNA에 대한 다중 시퀀스 정렬 프로그램의 벤치마크 아니요. 네. 아니요. 데이터. [173]
브라리베이스 III 비부호화 RNA에 대한 호몰로지 검색 방법의 성능에 대한 비판적 평가 아니요. 네. 아니요. 데이터. [174]
CompaRNA RNA 2차 구조 예측을 위한 단일 배열 및 비교 방법의 독립적 비교 네. 아니요. 아니요. AMU 미러 또는 IIMCB 미러 [175]
RNAcon 테스트 완전히 알려진 3차원 RNA 구조를 기반으로 한 RNA 다중 배열 테스트 네. 네. 아니요. 데이터. [176]
메모들
  1. ^ 구조: 벤치마크는 예측 툴을 구축합니다.< yes no >
  2. ^ 얼라인먼트: 벤치마크 얼라인먼트 툴 <yes no>

얼라인먼트 뷰어, 에디터

이름. 묘사 얼라인먼트[Note 1] 구조[Note 2] 링크 레퍼런스
4세일 동기 RNA 시퀀스 및 보조 구조 정렬 및 편집을 위한 도구 네. 네. 소스 코드 [177]
Colorstock, SScolor, Raton ANSI 터미널 색상을 사용하는 명령줄 스크립트인 colorstock, 정적 HTML 페이지를 생성하는 Perl 스크립트인 SScolor, 동적 HTML을 생성하는 Ajax 웹 응용 프로그램인 Raton. 각 도구는 RNA 얼라인먼트를 2차 구조에 따라 색칠하고 줄기의 보정 돌연변이를 시각적으로 강조하기 위해 사용할 수 있습니다. 네. 네. 소스 코드 [178]
통합 게놈 브라우저(IGB) 다중 정렬 뷰어가 Java로 작성되었습니다. 네. 아니요. 소스 코드 [179]
잘뷰 Java로 작성된 다중 정렬 편집기입니다. 네. 아니요. 소스 코드 [180][181]
래리 Emacs 텍스트에디터의 메이저모드구조화된 RNA의 다중 시퀀스 정렬을 보고 편집할 수 있는 기능을 제공합니다. 네. 네. 소스 코드 [182]
서스 RNA의 구조 정렬 작업을 위한 그래픽 시퀀스 편집기입니다. 네. 네. 소스 코드 [183]
메모들
  1. ^ 얼라인먼트: 얼라인먼트를 표시 및 편집합니다.< yes no >
  2. ^ 구조: 구조 보기 및 편집, <yes no>.

역접이식, RNA 설계

이름. 묘사 링크 레퍼런스
단일 상태 설계
EteRNA/EteRNABOT 플레이어가 목표 RNA 구조로 접히는 시퀀스를 만들도록 도전하는 RNA 폴딩 게임입니다.주어진 퍼즐에 대한 최고의 시퀀스는 합성되고 그들의 구조는 화학적 매핑을 통해 조사됩니다.그런 다음 대상 구조에 대한 데이터의 일치에 의해 시퀀스가 채점되고 참가자에게 피드백이 제공된다.EteRNABOT은 EteRNA 플레이어가 제출한 설계 규칙을 기반으로 한 소프트웨어 구현입니다. EteRNA 게임 EteRNABot 웹 서버 [184]
RNAinverse ViennaRNA 패키지는 원하는 구조를 가진 시퀀스를 설계하기 위한 알고리즘인 RNAinverse를 제공합니다. 웹 서버 [17]
RNAiFold 제약 조건 프로그래밍에 기반한 완전한 RNA 역접기 접근법이며, 광범위한 설계 제약 조건을 지정할 수 있는 OR 도구를 사용하여 구현됩니다.RNAiFold 소프트웨어는 역접힘 문제를 해결하기 위한 두 가지 알고리즘을 제공합니다. i) RNA-CPdesign은 완전한 검색 공간을 탐색하고 ii) 대규모 근린 탐색 메타휴리스틱에 기반한 RNA-LNSdesign은 대형 구조물을 설계하는 데 적합합니다.이 소프트웨어는 또한 ViennaRNA 패키지의 RNAcofold를 사용하여 상호작용하는 RNA 분자를 설계할 수 있습니다.COMET을 사용한 완전한 기능의 초기 구현을 이용할 수 있습니다. 웹 서버 소스 코드 [185][186][187]
RNA-SSD/RNA 설계자 RNA-SSD(RNA Secondary Structure Designer) 접근방식은 먼저 각 위치 기반 확률론적 모델에 확률적으로 베이스를 할당한다.이어서 확률적 로컬 검색을 사용하여 이 시퀀스를 최적화한다.RNA-SSD는 RNASoft 웹 페이지에서 RNA Designer라는 이름으로 공개적으로 제공됩니다. 웹 서버 [188]
정보-RNA INFO-RNA는 에너지 최적화 시작 시퀀스를 생성하기 위해 동적 프로그래밍 접근방식을 사용하며, 이후 효과적인 인접 선택 방법을 사용하는 확률적 로컬 검색에 의해 더욱 개선된다. 웹 서버 소스 코드 [189][190]
RNAExinv RNAexinv는 원하는 구조로 접히는 시퀀스를 생성하기 위한 RNAinverse의 확장일 뿐 아니라 열역학적 안정성 및 돌연변이 강건성과 같은 선택된 속성을 보여야 합니다.이 접근방식은 반드시 입력 구조에 완벽하게 맞는 시퀀스를 출력하는 것이 아니라 형상 추상화, 즉 구조 요소의 인접과 중첩을 유지하지만 나선 길이와 그것의 정확한 비쌍 위치를 무시한다. 소스 코드 [191]
RNA 인자의 이 접근방식은 구조 및 열역학적 제약 조건 하에서 변이 경관을 조사하기 위해 효율적인 전역 샘플링 알고리즘을 적용한다.저자들은 글로벌 샘플링 접근법이 국소 접근법보다 더 강력하고, 더 자주 성공하며, 열역학적으로 더 안정적인 시퀀스를 생성한다는 것을 보여준다. 소스 코드 [192]
잉카RNATION GC 가중 볼츠만 앙상블과 확률적 역추적을 사용하여 특정 GC 함량을 가진 시퀀스를 구체적으로 설계할 수 있는 RNA-센서의 후속 모델 소스 코드 [193]
DSS-Opt 시퀀스 공간 최적화 역학(DSS-Opt)은 음의 설계 항과 시뮬레이션 어닐링을 사용하여 시퀀스가 원하는 2차 구조로 접히도록 시퀀스를 최적화합니다. 소스 코드 [194]
모뎀 이 접근법은 RNA 역접힘을 다목적 최적화 문제로 해석하고 유전 알고리즘을 사용하여 해결합니다.확장 버전에서 MODENA는 IPnot의 도움을 받아 의사 노티드 RNA 구조를 설계할 수 있습니다. 소스 코드 [195][196]
에러디 ERD(Evolutionary RNA Design)를 사용하여 주어진 표적 구조로 접히는 RNA 시퀀스를 설계할 수 있습니다.모든 RNA 2차 구조는 각기 다른 길이를 가진 다른 구조적 구성요소를 포함합니다.따라서 첫 번째 단계에서는 길이가 다른 다른 다른 성분에 대응하는 RNA 서브시퀀스(풀)가 재구성됩니다.이러한 풀을 사용하여 ERD는 주어진 표적 구조와 호환되는 초기 RNA 시퀀스를 재구성합니다.다음으로 ERD는 진화 알고리즘을 사용하여 컴포넌트에 대응하는 서브시퀀스의 품질을 향상시킵니다.ERD의 주요 기여는 자연 RNA 염기서열, 각 모집단의 염기서열을 평가하기 위한 다른 방법, 그리고 더 작은 하부구조로의 표적 구조의 다른 계층적 분해이다. 웹 서버 소스 코드 [197]
안티RNA 기초 개미 군락을 탐색하는 휴리스틱 지형 모델을 사용하여 역접기 문제를 해결합니다.설계된 RNA 시퀀스는 입력 구조 및 시퀀스 구속조건에 대한 높은 준수를 보여줍니다.가장 중요한 것은 설계된 시퀀스의 GC 값도 고정밀로 조절할 수 있다는 점입니다.솔루션 세트의 GC 값 분포 샘플링이 가능하며 하나의 엔티티 내에서 여러 GC 값의 시퀀스 도메인 고유 정의가 가능합니다.RNAfold, pKiss 또는 HotKnots 및 IPKnot과 같은 기본 프로그램을 사용한 중간 배열의 유연한 평가로 인해, H형과 K형의 RNA 2차 중첩 구조 및 또한 이 접근방식으로 해결할 수 있다. 웹 서버 소스 코드 [198][199]
듀얼 스테이트 설계
switch.pl ViennaRNA 패키지는 두 가지 상태를 채택할 수 있는 RNA 시퀀스를 설계하기 위한 Perl 스크립트를 제공합니다.예를 들어, 환경 온도에 따라 구조 상태가 변화하는 RNA 온도계는 이 프로그램을 사용하여 성공적으로 설계되었습니다. 맨 페이지 소스 코드 [200]
Ribo Maker 소형 RNA(sRNA) 및 대상 mRNA의 5'UTR을 설계하기 위한 것입니다.sRNA는 mRNA의 단백질 발현을 활성화하거나 억제하도록 설계되었습니다.또한 다른 시퀀스가 고정될 경우 두 RNA 성분 중 하나만 설계할 수 있습니다. 웹 서버 소스 코드 [201]
멀티스테이트 설계
RNA 청사진 이 C++ 라이브러리는 RNA 설계 다중 표적 샘플링 알고리즘을 기반으로 합니다.Perl과 Python을 위한 SWIG 인터페이스를 제공하여 다양한 툴에 쉽게 통합할 수 있습니다.따라서 다중 표적 시퀀스 샘플링은 많은 최적화 기법 및 객관적 기능과 결합할 수 있습니다. 소스 코드 [202]
RNA 설계 기본 알고리즘은 그래프 컬러링과 발견적 로컬 최적화의 혼합에 기초해 시퀀스를 여러 개의 사전 구성을 적용할 수 있습니다.소프트웨어는 또한 RNAcofold를 사용하여 상호작용하는 RNA 배열 쌍을 설계할 수 있습니다. 소스 코드[영구 데드링크] [203]
프르나켄슈타인 Frnakenstein은 유전 알고리즘을 적용하여 역 RNA 접힘 문제를 해결합니다. 소스 코드 [204]
ARD 시그너 알로스테릭 RNA 디자이너(ARDesigner)는 돌연변이 견고성을 통합하여 역접힘 문제를 해결하는 웹 기반 도구입니다.로컬 검색 외에 소프트웨어에는 효과적인 솔루션 검색을 위한 시뮬레이션 어닐링 접근법이 탑재되어 있습니다.이 도구는 RNA 온도계를 설계하는 데 사용되었습니다. [3][데드링크] [205]
메모들

보조 구조 뷰어, 편집기

이름. 묘사 링크 레퍼런스
유사 뷰어 RNA 유사 노 구조를 평면 그래프로 자동 시각화. 웹 어플리케이션/브라우저 [206][207][208][209]
RNA 무비 RNA 2차 구조를 통해 순차 경로를 탐색하다 소스 코드 [210][211]
RNA-DV RNA-DV는 RNA 2차 구조를 시각화하고 설계하기 위한 사용하기 쉬운 GUI를 제공하는 것을 목표로 합니다.이를 통해 사용자는 RNA 구조와 직접 상호 작용하고 1차 배열 내용 변경 및 뉴클레오티드 결합 연결/절단과 같은 작업을 수행할 수 있습니다.또한 4가지 주요 에너지 모델을 포함한 열역학적 에너지 계산도 통합됩니다.RNA-DV는 CT, RNAML 및 도트 브래킷(dp)을 포함한 세 가지 입력 형식을 인식합니다. 소스 코드 [212]
RNA2D3D RNA의 3차원 모델을 생성하고 보고 비교하는 프로그램 바이너리 [213]
RNA구조 RNA구조에는 ct 파일의 구조에 대한 뷰어가 있습니다.또한 동그라미 프로그램을 사용하여 예측된 구조를 비교할 수도 있습니다.구조는 포스트스크립트 파일로 출력할 수 있습니다. 소스 코드 [214]
RNAView/RnamlView RNAView를 사용하여 핵산 구조에서 형성되는 염기쌍의 유형을 자동으로 식별하고 분류합니다.RnamlView를 사용하여 RNA 구조를 정렬합니다. 소스 코드 [215]
RILOGO 평면 그래프에서 시퀀스 로고를 사용하여 상호 작용하는 두 RNA의 분자 내/분자 간 염기 쌍을 시각화합니다. 웹 서버/소스 코드 [216]
VARNA 처음에는 웹 서버 및 데이터베이스용 보조 소프트웨어로 설계된 RNA의 2차 구조의 자동 그리기, 시각화 및 주석을 위한 도구입니다. webapp/소스 코드 [217]
포르나 d3.js 시각화 라이브러리에서 제공되는 힘 지향 그래프 레이아웃을 사용하여 RNA 2차 구조를 표시하는 웹 기반 뷰어.웹 페이지에 2차 구조를 간단하게 그릴 수 있는 Javascript 컨테이너인 fornac을 기반으로 합니다. 웹 앱포르나크 소스포르나원 [218]
R2R 자동화된 쌍 공분산 인식을 사용하여 미적 RNA 합의 다이어그램을 그리기 위한 프로그램.Rfam은 인간 주석 SS와 R-scape 공분산 최적화 구조를 그리기 위해 이 프로그램을 사용한다. 원천 [219]

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Hamada M, Kiryu H, Sato K, Mituyama T, Asai K (February 2009). "Prediction of RNA secondary structure using generalized centroid estimators". Bioinformatics. 25 (4): 465–473. doi:10.1093/bioinformatics/btn601. PMID 19095700.
  2. ^ Hamada M, Sato K, Kiryu H, Mituyama T, Asai K (June 2009). "Predictions of RNA secondary structure by combining homologous sequence information". Bioinformatics. 25 (12): i330–i338. doi:10.1093/bioinformatics/btp228. PMC 2687982. PMID 19478007.
  3. ^ Zakov S, Goldberg Y, Elhadad M, Ziv-Ukelson M (November 2011). "Rich parameterization improves RNA structure prediction". Journal of Computational Biology. 18 (11): 1525–1542. Bibcode:2011LNCS.6577..546Z. doi:10.1089/cmb.2011.0184. PMID 22035327.
  4. ^ Do CB, Woods DA, Batzoglou S (July 2006). "CONTRAfold: RNA secondary structure prediction without physics-based models". Bioinformatics. 22 (14): e90–e98. doi:10.1093/bioinformatics/btl246. PMID 16873527.
  5. ^ a b Schroeder SJ, Stone JW, Bleckley S, Gibbons T, Mathews DM (July 2011). "Ensemble of secondary structures for encapsidated satellite tobacco mosaic virus RNA consistent with chemical probing and crystallography constraints". Biophysical Journal. 101 (1): 167–175. Bibcode:2011BpJ...101..167S. doi:10.1016/j.bpj.2011.05.053. PMC 3127170. PMID 21723827.
  6. ^ Bindewald E, Kluth T, Shapiro BA (July 2010). "CyloFold: secondary structure prediction including pseudoknots". Nucleic Acids Research. 38 (Web Server issue): W368–W372. doi:10.1093/nar/gkq432. PMC 2896150. PMID 20501603.
  7. ^ Chen X, Li Y, Umarov R, Gao X, Song L (2020). "RNA Secondary Structure Prediction By Learning Unrolled Algorithms". arXiv:2002.05810 [cs.LG].
  8. ^ 첸, X, Li, Y, Umarov, R., Gao, X., Song, L. RNA 2차 구조 예측.국제학술표현학회, 2020.URL https://openreview.net/forum?id=S1eALyrYDH.
  9. ^ Swenson MS, Anderson J, Ash A, Gaurav P, Sükösd Z, Bader DA, et al. (July 2012). "GTfold: enabling parallel RNA secondary structure prediction on multi-core desktops". BMC Research Notes. 5: 341. doi:10.1186/1756-0500-5-341. PMC 3748833. PMID 22747589.
  10. ^ Sato K, Kato Y, Hamada M, Akutsu T, Asai K (July 2011). "IPknot: fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming". Bioinformatics. 27 (13): i85–i93. doi:10.1093/bioinformatics/btr215. PMC 3117384. PMID 21685106.
  11. ^ Xayaphoummine A, Bucher T, Isambert H (July 2005). "Kinefold web server for RNA/DNA folding path and structure prediction including pseudoknots and knots". Nucleic Acids Research. 33 (Web Server issue): W605–W610. doi:10.1093/nar/gki447. PMC 1160208. PMID 15980546.
  12. ^ Xayaphoummine A, Bucher T, Thalmann F, Isambert H (December 2003). "Prediction and statistics of pseudoknots in RNA structures using exactly clustered stochastic simulations". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (26): 15310–15315. arXiv:physics/0309117. Bibcode:2003PNAS..10015310X. doi:10.1073/pnas.2536430100. PMC 307563. PMID 14676318.
  13. ^ a b Zuker M, Stiegler P (January 1981). "Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamics and auxiliary information". Nucleic Acids Research. 9 (1): 133–148. doi:10.1093/nar/9.1.133. PMC 326673. PMID 6163133.
  14. ^ a b Theis C, Janssen S, Giegerich R (2010). "Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs". In Moulton V, Singh M (eds.). Algorithms in Bioinformatics. Vol. 6293 (Lecture Notes in Computer Science ed.). Springer Berlin Heidelberg. pp. 52–64. doi:10.1007/978-3-642-15294-8_5. ISBN 978-3-642-15293-1.
  15. ^ Rivas E, Eddy SR (February 1999). "A dynamic programming algorithm for RNA structure prediction including pseudoknots". Journal of Molecular Biology. 285 (5): 2053–2068. arXiv:physics/9807048. doi:10.1006/jmbi.1998.2436. PMID 9925784. S2CID 2228845.
  16. ^ Reeder J, Steffen P, Giegerich R (July 2007). "pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows". Nucleic Acids Research. 35 (Web Server issue): W320–W324. doi:10.1093/nar/gkm258. PMC 1933184. PMID 17478505.
  17. ^ a b c d e f g Hofacker IL, Fontana W, Stadler PF, Bonhoeffer A, Tacker M, Schuster P (1994). "Fast Folding and Comparison of RNA Secondary Structures". Monatshefte für Chemie. 125 (2): 167–188. doi:10.1007/BF00818163. S2CID 19344304.
  18. ^ McCaskill JS (1990). "The equilibrium partition function and base pair binding probabilities for RNA secondary structure". Biopolymers. 29 (6–7): 1105–1119. doi:10.1002/bip.360290621. hdl:11858/00-001M-0000-0013-0DE3-9. PMID 1695107. S2CID 12629688.
  19. ^ Hofacker IL, Stadler PF (May 2006). "Memory efficient folding algorithms for circular RNA secondary structures". Bioinformatics. 22 (10): 1172–1176. doi:10.1093/bioinformatics/btl023. PMID 16452114.
  20. ^ Bompfünewerer AF, Backofen R, Bernhart SH, Hertel J, Hofacker IL, Stadler PF, Will S (January 2008). "Variations on RNA folding and alignment: lessons from Benasque". Journal of Mathematical Biology. 56 (1–2): 129–144. CiteSeerX 10.1.1.188.1420. doi:10.1007/s00285-007-0107-5. PMID 17611759. S2CID 15637111.
  21. ^ Giegerich R, Voss B, Rehmsmeier M (2004). "Abstract shapes of RNA". Nucleic Acids Research. 32 (16): 4843–4851. doi:10.1093/nar/gkh779. PMC 519098. PMID 15371549.
  22. ^ Voss B, Giegerich R, Rehmsmeier M (February 2006). "Complete probabilistic analysis of RNA shapes". BMC Biology. 4 (1): 5. doi:10.1186/1741-7007-4-5. PMC 1479382. PMID 16480488.
  23. ^ Mathews DH, Disney MD, Childs JL, Schroeder SJ, Zuker M, Turner DH (May 2004). "Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (19): 7287–7292. Bibcode:2004PNAS..101.7287M. doi:10.1073/pnas.0401799101. PMC 409911. PMID 15123812.
  24. ^ Mathews DH (August 2004). "Using an RNA secondary structure partition function to determine confidence in base pairs predicted by free energy minimization". RNA. 10 (8): 1178–1190. doi:10.1261/rna.7650904. PMC 1370608. PMID 15272118.
  25. ^ Tsang HH, Wiese KC (2010). "SARNA-Predict: accuracy improvement of RNA secondary structure prediction using permutation-based simulated annealing". IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 7 (4): 727–740. doi:10.1109/TCBB.2008.97. PMID 21030739. S2CID 12095376.
  26. ^ seqfold, Lattice Automation, 2022-03-27, retrieved 2022-03-27
  27. ^ Ding Y, Lawrence CE (December 2003). "A statistical sampling algorithm for RNA secondary structure prediction". Nucleic Acids Research. 31 (24): 7280–7301. doi:10.1093/nar/gkg938. PMC 297010. PMID 14654704.
  28. ^ Ding Y, Chan CY, Lawrence CE (July 2004). "Sfold web server for statistical folding and rational design of nucleic acids". Nucleic Acids Research. 32 (Web Server issue): W135–W141. doi:10.1093/nar/gkh449. PMC 441587. PMID 15215366.
  29. ^ Ding Y, Chan CY, Lawrence CE (August 2005). "RNA secondary structure prediction by centroids in a Boltzmann weighted ensemble". RNA. 11 (8): 1157–1166. doi:10.1261/rna.2500605. PMC 1370799. PMID 16043502.
  30. ^ Chan CY, Lawrence CE, Ding Y (October 2005). "Structure clustering features on the Sfold Web server". Bioinformatics. 21 (20): 3926–3928. doi:10.1093/bioinformatics/bti632. PMID 16109749.
  31. ^ Singh J, Hanson J, Paliwal K, Zhou Y (November 2019). "RNA secondary structure prediction using an ensemble of two-dimensional deep neural networks and transfer learning". Nature Communications. 10 (1): 5407. Bibcode:2019NatCo..10.5407S. doi:10.1038/s41467-019-13395-9. PMC 6881452. PMID 31776342.
  32. ^ Barsacchi M, Novoa EM, Kellis M, Bechini A (November 2016). "SwiSpot: modeling riboswitches by spotting out switching sequences". Bioinformatics. 32 (21): 3252–3259. doi:10.1093/bioinformatics/btw401. PMID 27378291.
  33. ^ Markham NR, Zuker M (2008). UNAFold: software for nucleic acid folding and hybridization. Methods in Molecular Biology. Vol. 453. pp. 3–31. doi:10.1007/978-1-60327-429-6_1. ISBN 978-1-60327-428-9. PMID 18712296.
  34. ^ Dawson WK, Fujiwara K, Kawai G (September 2007). "Prediction of RNA pseudoknots using heuristic modeling with mapping and sequential folding". PLOS ONE. 2 (9): e905. Bibcode:2007PLoSO...2..905D. doi:10.1371/journal.pone.0000905. PMC 1975678. PMID 17878940.
  35. ^ Dawson WK, Takai T, Ito N, Shimizu K, Kawai G (2014). "A new entropy model for RNA: part III. Is the folding free energy landscape of RNA funnel shaped?". Journal of Nucleic Acids Investigation. 5 (1): 2652. doi:10.4081/jnai.2014.2652.
  36. ^ Frellsen J, Moltke I, Thiim M, Mardia KV, Ferkinghoff-Borg J, Hamelryck T (June 2009). Gardner P (ed.). "A probabilistic model of RNA conformational space". PLOS Computational Biology. 5 (6): e1000406. Bibcode:2009PLSCB...5E0406F. doi:10.1371/journal.pcbi.1000406. PMC 2691987. PMID 19543381.
  37. ^ Das R, Baker D (September 2007). "Automated de novo prediction of native-like RNA tertiary structures". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (37): 14664–14669. Bibcode:2007PNAS..10414664D. doi:10.1073/pnas.0703836104. PMC 1955458. PMID 17726102.
  38. ^ Sharma S, Ding F, Dokholyan NV (September 2008). "iFoldRNA: three-dimensional RNA structure prediction and folding". Bioinformatics. 24 (17): 1951–1952. doi:10.1093/bioinformatics/btn328. PMC 2559968. PMID 18579566.
  39. ^ Parisien M, Major F (March 2008). "The MC-Fold and MC-Sym pipeline infers RNA structure from sequence data". Nature. 452 (7183): 51–55. Bibcode:2008Natur.452...51P. doi:10.1038/nature06684. PMID 18322526. S2CID 4415777.
  40. ^ Jonikas MA, Radmer RJ, Laederach A, Das R, Pearlman S, Herschlag D, Altman RB (February 2009). "Coarse-grained modeling of large RNA molecules with knowledge-based potentials and structural filters". RNA. 15 (2): 189–199. doi:10.1261/rna.1270809. PMC 2924536. PMID 19144906.
  41. ^ Flores SC, Altman RB (September 2010). "Turning limited experimental information into 3D models of RNA". RNA. 16 (9): 1769–1778. doi:10.1261/rna.2112110. PMC 2648710. PMID 20651028.
  42. ^ Popenda M, Szachniuk M, Antczak M, Purzycka KJ, Lukasiak P, Bartol N, et al. (August 2012). "Automated 3D structure composition for large RNAs". Nucleic Acids Research. 40 (14): e112. doi:10.1093/nar/gks339. PMC 3413140. PMID 22539264.
  43. ^ Perriquet O, Touzet H, Dauchet M (January 2003). "Finding the common structure shared by two homologous RNAs". Bioinformatics. 19 (1): 108–116. doi:10.1093/bioinformatics/19.1.108. PMID 12499300.
  44. ^ Touzet H, Perriquet O (July 2004). "CARNAC: folding families of related RNAs". Nucleic Acids Research. 32. 32 (Web Server issue): W142–W145. doi:10.1093/nar/gkh415. PMC 441553. PMID 15215367.
  45. ^ Hamada M, Sato K, Asai K (January 2011). "Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences". Nucleic Acids Research. 39 (2): 393–402. doi:10.1093/nar/gkq792. PMC 3025558. PMID 20843778.
  46. ^ Hamada M, Sato K, Kiryu H, Mituyama T, Asai K (December 2009). "CentroidAlign: fast and accurate aligner for structured RNAs by maximizing expected sum-of-pairs score". Bioinformatics. 25 (24): 3236–3243. doi:10.1093/bioinformatics/btp580. PMID 19808876.
  47. ^ Yao Z, Weinberg Z, Ruzzo WL (February 2006). "CMfinder--a covariance model based RNA motif finding algorithm". Bioinformatics. 22 (4): 445–452. doi:10.1093/bioinformatics/btk008. PMID 16357030.
  48. ^ Dowell RD, Eddy SR (September 2006). "Efficient pairwise RNA structure prediction and alignment using sequence alignment constraints". BMC Bioinformatics. 7 (1): 400. doi:10.1186/1471-2105-7-400. PMC 1579236. PMID 16952317.
  49. ^ Sato K, Kato Y, Akutsu T, Asai K, Sakakibara Y (December 2012). "DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition". Bioinformatics. 28 (24): 3218–3224. doi:10.1093/bioinformatics/bts612. PMID 23060618.
  50. ^ Mathews DH, Turner DH (March 2002). "Dynalign: an algorithm for finding the secondary structure common to two RNA sequences". Journal of Molecular Biology. 317 (2): 191–203. doi:10.1006/jmbi.2001.5351. PMID 11902836.
  51. ^ Mathews DH (May 2005). "Predicting a set of minimal free energy RNA secondary structures common to two sequences". Bioinformatics. 21 (10): 2246–2253. doi:10.1093/bioinformatics/bti349. PMID 15731207.
  52. ^ Harmanci AO, Sharma G, Mathews DH (April 2007). "Efficient pairwise RNA structure prediction using probabilistic alignment constraints in Dynalign". BMC Bioinformatics. 8 (1): 130. doi:10.1186/1471-2105-8-130. PMC 1868766. PMID 17445273.
  53. ^ Sundfeld D, Havgaard JH, de Melo AC, Gorodkin J (April 2016). "Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise structural RNA alignment". Bioinformatics. 32 (8): 1238–1240. doi:10.1093/bioinformatics/btv748. PMC 4824132. PMID 26704597.
  54. ^ Torarinsson E, Havgaard JH, Gorodkin J (April 2007). "Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences". Bioinformatics. 23 (8): 926–932. doi:10.1093/bioinformatics/btm049. PMID 17324941.
  55. ^ Milo N, Zakov S, Katzenelson E, Bachmat E, Dinitz Y, Ziv-Ukelson M (2012). "RNA Tree Comparisons via Unrooted Unordered Alignments". Algorithms in Bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science. 7534: 135–148. doi:10.1007/978-3-642-33122-0_11. ISBN 978-3-642-33121-3.
  56. ^ Milo N, Zakov S, Katzenelson E, Bachmat E, Dinitz Y, Ziv-Ukelson M (April 2013). "Unrooted unordered homeomorphic subtree alignment of RNA trees". Algorithms for Molecular Biology. 8 (1): 13. doi:10.1186/1748-7188-8-13. PMC 3765143. PMID 23590940.
  57. ^ a b c Heyne S, Costa F, Rose D, Backofen R (June 2012). "GraphClust: alignment-free structural clustering of local RNA secondary structures". Bioinformatics. 28 (12): i224–i232. doi:10.1093/bioinformatics/bts224. PMC 3371856. PMID 22689765.
  58. ^ Bindewald E, Shapiro BA (March 2006). "RNA secondary structure prediction from sequence alignments using a network of k-nearest neighbor classifiers". RNA. 12 (3): 342–352. doi:10.1261/rna.2164906. PMC 1383574. PMID 16495232.
  59. ^ Bauer M, Klau GW, Reinert K (July 2007). "Accurate multiple sequence-structure alignment of RNA sequences using combinatorial optimization". BMC Bioinformatics. 8 (1): 271. doi:10.1186/1471-2105-8-271. PMC 1955456. PMID 17662141.
  60. ^ Will S, Reiche K, Hofacker IL, Stadler PF, Backofen R (April 2007). "Inferring noncoding RNA families and classes by means of genome-scale structure-based clustering". PLOS Computational Biology. 3 (4): e65. Bibcode:2007PLSCB...3...65W. doi:10.1371/journal.pcbi.0030065. PMC 1851984. PMID 17432929.
  61. ^ Lindgreen S, Gardner PP, Krogh A (December 2006). "Measuring covariation in RNA alignments: physical realism improves information measures". Bioinformatics. 22 (24): 2988–2995. doi:10.1093/bioinformatics/btl514. PMID 17038338.
  62. ^ Lindgreen S, Gardner PP, Krogh A (December 2007). "MASTR: multiple alignment and structure prediction of non-coding RNAs using simulated annealing". Bioinformatics. 23 (24): 3304–3311. CiteSeerX 10.1.1.563.7072. doi:10.1093/bioinformatics/btm525. PMID 18006551.
  63. ^ Xu Z, Mathews DH (March 2011). "Multilign: an algorithm to predict secondary structures conserved in multiple RNA sequences". Bioinformatics. 27 (5): 626–632. doi:10.1093/bioinformatics/btq726. PMC 3042186. PMID 21193521.
  64. ^ Kiryu H, Tabei Y, Kin T, Asai K (July 2007). "Murlet: a practical multiple alignment tool for structural RNA sequences". Bioinformatics. 23 (13): 1588–1598. doi:10.1093/bioinformatics/btm146. PMID 17459961.
  65. ^ Tabei Y, Kiryu H, Kin T, Asai K (January 2008). "A fast structural multiple alignment method for long RNA sequences". BMC Bioinformatics. 9 (1): 33. doi:10.1186/1471-2105-9-33. PMC 2375124. PMID 18215258.
  66. ^ Harmanci AO, Sharma G, Mathews DH (April 2008). "PARTS: probabilistic alignment for RNA joinT secondary structure prediction". Nucleic Acids Research. 36 (7): 2406–2417. doi:10.1093/nar/gkn043. PMC 2367733. PMID 18304945.
  67. ^ Knudsen B, Hein J (June 1999). "RNA secondary structure prediction using stochastic context-free grammars and evolutionary history". Bioinformatics. 15 (6): 446–454. doi:10.1093/bioinformatics/15.6.446. PMID 10383470.
  68. ^ Knudsen B, Hein J (July 2003). "Pfold: RNA secondary structure prediction using stochastic context-free grammars". Nucleic Acids Research. 31 (13): 3423–3428. doi:10.1093/nar/gkg614. PMC 169020. PMID 12824339.
  69. ^ Seemann SE, Gorodkin J, Backofen R (November 2008). "Unifying evolutionary and thermodynamic information for RNA folding of multiple alignments". Nucleic Acids Research. 36 (20): 6355–6362. doi:10.1093/nar/gkn544. PMC 2582601. PMID 18836192.
  70. ^ Doose G, Metzler D (September 2012). "Bayesian sampling of evolutionarily conserved RNA secondary structures with pseudoknots". Bioinformatics. 28 (17): 2242–2248. doi:10.1093/bioinformatics/bts369. PMID 22796961.
  71. ^ Hofacker IL, Bernhart SH, Stadler PF (September 2004). "Alignment of RNA base pairing probability matrices". Bioinformatics. 20 (14): 2222–2227. doi:10.1093/bioinformatics/bth229. PMID 15073017.
  72. ^ Wei D, Alpert LV, Lawrence CE (September 2011). "RNAG: a new Gibbs sampler for predicting RNA secondary structure for unaligned sequences". Bioinformatics. 27 (18): 2486–2493. doi:10.1093/bioinformatics/btr421. PMC 3167047. PMID 21788211.
  73. ^ Wilm A, Higgins DG, Notredame C (May 2008). "R-Coffee: a method for multiple alignment of non-coding RNA". Nucleic Acids Research. 36 (9): e52. doi:10.1093/nar/gkn174. PMC 2396437. PMID 18420654.
  74. ^ Moretti S, Wilm A, Higgins DG, Xenarios I, Notredame C (July 2008). "R-Coffee: a web server for accurately aligning noncoding RNA sequences". Nucleic Acids Research. 36 (Web Server issue): W10–W13. doi:10.1093/nar/gkn278. PMC 2447777. PMID 18483080.
  75. ^ Harmanci AO, Sharma G, Mathews DH (April 2011). "TurboFold: iterative probabilistic estimation of secondary structures for multiple RNA sequences". BMC Bioinformatics. 12 (1): 108. doi:10.1186/1471-2105-12-108. PMC 3120699. PMID 21507242.
  76. ^ Seetin MG, Mathews DH (March 2012). "TurboKnot: rapid prediction of conserved RNA secondary structures including pseudoknots". Bioinformatics. 28 (6): 792–798. doi:10.1093/bioinformatics/bts044. PMC 3307117. PMID 22285566.
  77. ^ Rivas E, Clements J, Eddy SR (January 2017). "A statistical test for conserved RNA structure shows lack of evidence for structure in lncRNAs". Nature Methods. 14 (1): 45–48. doi:10.1038/nmeth.4066. PMC 5554622. PMID 27819659.
  78. ^ Hofacker IL, Fekete M, Stadler PF (June 2002). "Secondary structure prediction for aligned RNA sequences". Journal of Molecular Biology. 319 (5): 1059–1066. doi:10.1016/S0022-2836(02)00308-X. PMID 12079347.
  79. ^ Voss B (2006). "Structural analysis of aligned RNAs". Nucleic Acids Research. 34 (19): 5471–5481. doi:10.1093/nar/gkl692. PMC 1636479. PMID 17020924.
  80. ^ Reeder J, Giegerich R (September 2005). "Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction". Bioinformatics. 21 (17): 3516–3523. doi:10.1093/bioinformatics/bti577. PMID 16020472.
  81. ^ Höchsmann M, Töller T, Giegerich R, Kurtz S (2003). "Local similarity in RNA secondary structures". Proceedings. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2: 159–168. PMID 16452790.
  82. ^ Höchsmann M, Voss B, Giegerich R (2004). "Pure multiple RNA secondary structure alignments: a progressive profile approach". IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 1 (1): 53–62. doi:10.1109/TCBB.2004.11. PMID 17048408. S2CID 692442.
  83. ^ Hamada M, Tsuda K, Kudo T, Kin T, Asai K (October 2006). "Mining frequent stem patterns from unaligned RNA sequences". Bioinformatics. 22 (20): 2480–2487. doi:10.1093/bioinformatics/btl431. PMID 16908501.
  84. ^ Xu X, Ji Y, Stormo GD (August 2007). "RNA Sampler: a new sampling based algorithm for common RNA secondary structure prediction and structural alignment". Bioinformatics. 23 (15): 1883–1891. doi:10.1093/bioinformatics/btm272. PMID 17537756.
  85. ^ Tabei Y, Tsuda K, Kin T, Asai K (July 2006). "SCARNA: fast and accurate structural alignment of RNA sequences by matching fixed-length stem fragments". Bioinformatics. 22 (14): 1723–1729. doi:10.1093/bioinformatics/btl177. PMID 16690634.
  86. ^ Meyer IM, Miklós I (August 2007). "SimulFold: simultaneously inferring RNA structures including pseudoknots, alignments, and trees using a Bayesian MCMC framework". PLOS Computational Biology. 3 (8): e149. Bibcode:2007PLSCB...3..149M. doi:10.1371/journal.pcbi.0030149. PMC 1941756. PMID 17696604.
  87. ^ Holmes I (March 2005). "Accelerated probabilistic inference of RNA structure evolution". BMC Bioinformatics. 6 (1): 73. doi:10.1186/1471-2105-6-73. PMC 1090553. PMID 15790387.
  88. ^ Dalli D, Wilm A, Mainz I, Steger G (July 2006). "STRAL: progressive alignment of non-coding RNA using base pairing probability vectors in quadratic time". Bioinformatics. 22 (13): 1593–1599. doi:10.1093/bioinformatics/btl142. PMID 16613908.
  89. ^ Engelen S, Tahi F (April 2010). "Tfold: efficient in silico prediction of non-coding RNA secondary structures". Nucleic Acids Research. 38 (7): 2453–2466. doi:10.1093/nar/gkp1067. PMC 2853104. PMID 20047957.
  90. ^ Torarinsson E, Lindgreen S (July 2008). "WAR: Webserver for aligning structural RNAs". Nucleic Acids Research. 36 (Web Server issue): W79–W84. doi:10.1093/nar/gkn275. PMC 2447782. PMID 18492721.
  91. ^ a b Klosterman PS, Uzilov AV, Bendaña YR, Bradley RK, Chao S, Kosiol C, et al. (October 2006). "XRate: a fast prototyping, training and annotation tool for phylo-grammars". BMC Bioinformatics. 7 (1): 428. doi:10.1186/1471-2105-7-428. PMC 1622757. PMID 17018148.
  92. ^ Hanumanthappa AK, Singh J, Paliwal K, Singh J, Zhou Y (January 2021). "Single-sequence and profile-based prediction of RNA solvent accessibility using dilated convolutional neural network". Bioinformatics. 36 (21): 5169–5176. doi:10.1093/bioinformatics/btaa652. PMID 33106872.
  93. ^ Sun S, Wu Q, Peng Z, Yang J (May 2019). "Enhanced prediction of RNA solvent accessibility with long short-term memory neural networks and improved sequence profiles". Bioinformatics. 35 (10): 1686–1691. doi:10.1093/bioinformatics/bty876. PMID 30321300.
  94. ^ Yang Y, Li X, Zhao H, Zhan J, Wang J, Zhou Y (January 2017). "Genome-scale characterization of RNA tertiary structures and their functional impact by RNA solvent accessibility prediction". RNA. 23 (1): 14–22. doi:10.1261/rna.057364.116. PMC 5159645. PMID 27807179.
  95. ^ Eggenhofer F, Tafer H, Stadler PF, Hofacker IL (July 2011). "RNApredator: fast accessibility-based prediction of sRNA targets". Nucleic Acids Research. 39 (Web Server issue): W149–W154. doi:10.1093/nar/gkr467. PMC 3125805. PMID 21672960.
  96. ^ Gerlach W, Giegerich R (March 2006). "GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing". Bioinformatics. 22 (6): 762–764. doi:10.1093/bioinformatics/btk041. PMID 16403789.
  97. ^ Mann M, Wright PR, Backofen R (July 2017). "IntaRNA 2.0: enhanced and customizable prediction of RNA-RNA interactions". Nucleic Acids Research. 45 (W1): W435–W439. doi:10.1093/nar/gkx279. PMC 5570192. PMID 28472523.
  98. ^ a b Wright PR, Georg J, Mann M, Sorescu DA, Richter AS, Lott S, et al. (July 2014). "CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and interaction domains". Nucleic Acids Research. 42 (Web Server issue): W119–W123. doi:10.1093/nar/gku359. PMC 4086077. PMID 24838564.
  99. ^ Busch A, Richter AS, Backofen R (December 2008). "IntaRNA: efficient prediction of bacterial sRNA targets incorporating target site accessibility and seed regions". Bioinformatics. 24 (24): 2849–2856. doi:10.1093/bioinformatics/btn544. PMC 2639303. PMID 18940824.
  100. ^ Richter AS, Schleberger C, Backofen R, Steglich C (January 2010). "Seed-based INTARNA prediction combined with GFP-reporter system identifies mRNA targets of the small RNA Yfr1". Bioinformatics. 26 (1): 1–5. doi:10.1093/bioinformatics/btp609. PMC 2796815. PMID 19850757.
  101. ^ Smith C, Heyne S, Richter AS, Will S, Backofen R (July 2010). "Freiburg RNA Tools: a web server integrating INTARNA, EXPARNA and LOCARNA". Nucleic Acids Research. 38 (Web Server issue): W373–W377. doi:10.1093/nar/gkq316. PMC 2896085. PMID 20444875.
  102. ^ Wright PR, Richter AS, Papenfort K, Mann M, Vogel J, Hess WR, et al. (September 2013). "Comparative genomics boosts target prediction for bacterial small RNAs". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (37): E3487–E3496. Bibcode:2013PNAS..110E3487W. doi:10.1073/pnas.1303248110. PMC 3773804. PMID 23980183.
  103. ^ Górska A, Jasiński M, Trylska J (September 2015). "MINT: software to identify motifs and short-range interactions in trajectories of nucleic acids". Nucleic Acids Research. 43 (17): e114. doi:10.1093/nar/gkv559. PMC 4787793. PMID 26024667.
  104. ^ Dirks RM, Bois JS, Schaeffer JM, Winfree E, Pierce NA (2007). "Thermodynamic Analysis of Interacting Nucleic Acid Strands". SIAM Review. 49 (1): 65–88. Bibcode:2007SIAMR..49...65D. CiteSeerX 10.1.1.523.4764. doi:10.1137/060651100.
  105. ^ Mathews DH, Burkard ME, Freier SM, Wyatt JR, Turner DH (November 1999). "Predicting oligonucleotide affinity to nucleic acid targets". RNA. 5 (11): 1458–1469. doi:10.1017/S1355838299991148. PMC 1369867. PMID 10580474.
  106. ^ Chitsaz H, Salari R, Sahinalp SC, Backofen R (June 2009). "A partition function algorithm for interacting nucleic acid strands". Bioinformatics. 25 (12): i365–i373. doi:10.1093/bioinformatics/btp212. PMC 2687966. PMID 19478011.
  107. ^ Li AX, Marz M, Qin J, Reidys CM (February 2011). "RNA-RNA interaction prediction based on multiple sequence alignments". Bioinformatics. 27 (4): 456–463. arXiv:1003.3987. doi:10.1093/bioinformatics/btq659. PMID 21134894. S2CID 6586629.
  108. ^ Kato Y, Sato K, Hamada M, Watanabe Y, Asai K, Akutsu T (September 2010). "RactIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming". Bioinformatics. 26 (18): i460–i466. doi:10.1093/bioinformatics/btq372. PMC 2935440. PMID 20823308.
  109. ^ Bernhart SH, Tafer H, Mückstein U, Flamm C, Stadler PF, Hofacker IL (March 2006). "Partition function and base pairing probabilities of RNA heterodimers". Algorithms for Molecular Biology. 1 (1): 3. doi:10.1186/1748-7188-1-3. PMC 1459172. PMID 16722605.
  110. ^ a b c Rehmsmeier M, Steffen P, Hochsmann M, Giegerich R (October 2004). "Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes". RNA. 10 (10): 1507–1517. doi:10.1261/rna.5248604. PMC 1370637. PMID 15383676.
  111. ^ a b c Krüger J, Rehmsmeier M (July 2006). "RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast and flexible". Nucleic Acids Research. 34 (Web Server issue): W451–W454. doi:10.1093/nar/gkl243. PMC 1538877. PMID 16845047.
  112. ^ Mückstein U, Tafer H, Hackermüller J, Bernhart SH, Stadler PF, Hofacker IL (May 2006). "Thermodynamics of RNA-RNA binding". Bioinformatics. 22 (10): 1177–1182. doi:10.1093/bioinformatics/btl024. PMID 16446276.
  113. ^ Chorostecki U, Palatnik JF (July 2014). "comTAR: a web tool for the prediction and characterization of conserved microRNA targets in plants". Bioinformatics. 30 (14): 2066–2067. doi:10.1093/bioinformatics/btu147. PMID 24632500.
  114. ^ a b Miranda KC, Huynh T, Tay Y, Ang YS, Tam WL, Thomson AM, et al. (September 2006). "A pattern-based method for the identification of MicroRNA binding sites and their corresponding heteroduplexes". Cell. 126 (6): 1203–1217. doi:10.1016/j.cell.2006.07.031. PMID 16990141.
  115. ^ Weill N, Lisi V, Scott N, Dallaire P, Pelloux J, Major F (August 2015). "MiRBooking simulates the stoichiometric mode of action of microRNAs". Nucleic Acids Research. 43 (14): 6730–6738. doi:10.1093/nar/gkv619. PMC 4538818. PMID 26089388.
  116. ^ Baek D, Villén J, Shin C, Camargo FD, Gygi SP, Bartel DP (September 2008). "The impact of microRNAs on protein output". Nature. 455 (7209): 64–71. Bibcode:2008Natur.455...64B. doi:10.1038/nature07242. PMC 2745094. PMID 18668037.
  117. ^ Alexiou P, Maragkakis M, Papadopoulos GL, Reczko M, Hatzigeorgiou AG (December 2009). "Lost in translation: an assessment and perspective for computational microRNA target identification". Bioinformatics. 25 (23): 3049–3055. doi:10.1093/bioinformatics/btp565. PMID 19789267.
  118. ^ Ritchie W, Flamant S, Rasko JE (June 2009). "Predicting microRNA targets and functions: traps for the unwary". Nature Methods. 6 (6): 397–398. doi:10.1038/nmeth0609-397. PMID 19478799. S2CID 205417583.
  119. ^ Chiu HS, Llobet-Navas D, Yang X, Chung WJ, Ambesi-Impiombato A, Iyer A, et al. (February 2015). "Cupid: simultaneous reconstruction of microRNA-target and ceRNA networks". Genome Research. 25 (2): 257–267. doi:10.1101/gr.178194.114. PMC 4315299. PMID 25378249.
  120. ^ Maragkakis M, Alexiou P, Papadopoulos GL, Reczko M, Dalamagas T, Giannopoulos G, et al. (September 2009). "Accurate microRNA target prediction correlates with protein repression levels". BMC Bioinformatics. 10 (1): 295. doi:10.1186/1471-2105-10-295. PMC 2752464. PMID 19765283.
  121. ^ Thadani R, Tammi MT (December 2006). "MicroTar: predicting microRNA targets from RNA duplexes". BMC Bioinformatics. 7. 7 (Suppl 5): S20. doi:10.1186/1471-2105-7-S5-S20. PMC 1764477. PMID 17254305.
  122. ^ Kim SK, Nam JW, Rhee JK, Lee WJ, Zhang BT (September 2006). "miTarget: microRNA target gene prediction using a support vector machine". BMC Bioinformatics. 7 (1): 411. doi:10.1186/1471-2105-7-411. PMC 1594580. PMID 16978421.
  123. ^ Friedman Y, Naamati G, Linial M (August 2010). "MiRror: a combinatorial analysis web tool for ensembles of microRNAs and their targets". Bioinformatics. 26 (15): 1920–1921. doi:10.1093/bioinformatics/btq298. PMID 20529892.
  124. ^ Balaga O, Friedman Y, Linial M (October 2012). "Toward a combinatorial nature of microRNA regulation in human cells". Nucleic Acids Research. 40 (19): 9404–9416. doi:10.1093/nar/gks759. PMC 3479204. PMID 22904063.
  125. ^ Krek A, Grün D, Poy MN, Wolf R, Rosenberg L, Epstein EJ, et al. (May 2005). "Combinatorial microRNA target predictions". Nature Genetics. 37 (5): 495–500. doi:10.1038/ng1536. PMID 15806104. S2CID 22672750.
  126. ^ Kertesz M, Iovino N, Unnerstall U, Gaul U, Segal E (October 2007). "The role of site accessibility in microRNA target recognition". Nature Genetics. 39 (10): 1278–1284. doi:10.1038/ng2135. PMID 17893677. S2CID 1721807.
  127. ^ van Dongen S, Abreu-Goodger C, Enright AJ (December 2008). "Detecting microRNA binding and siRNA off-target effects from expression data". Nature Methods. 5 (12): 1023–1025. doi:10.1038/nmeth.1267. PMC 2635553. PMID 18978784.
  128. ^ Bartonicek N, Enright AJ (November 2010). "SylArray: a web server for automated detection of miRNA effects from expression data". Bioinformatics. 26 (22): 2900–2901. doi:10.1093/bioinformatics/btq545. PMID 20871108.
  129. ^ Heikham R, Shankar R (March 2010). "Flanking region sequence information to refine microRNA target predictions". Journal of Biosciences. 35 (1): 105–118. doi:10.1007/s12038-010-0013-7. PMID 20413915. S2CID 7047781.
  130. ^ Lewis BP, Shih IH, Jones-Rhoades MW, Bartel DP, Burge CB (December 2003). "Prediction of mammalian microRNA targets". Cell. 115 (7): 787–798. doi:10.1016/S0092-8674(03)01018-3. PMID 14697198.
  131. ^ Lewis BP, Burge CB, Bartel DP (January 2005). "Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets". Cell. 120 (1): 15–20. doi:10.1016/j.cell.2004.12.035. PMID 15652477.
  132. ^ Grimson A, Farh KK, Johnston WK, Garrett-Engele P, Lim LP, Bartel DP (July 2007). "MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing". Molecular Cell. 27 (1): 91–105. doi:10.1016/j.molcel.2007.06.017. PMC 3800283. PMID 17612493.
  133. ^ Garcia DM, Baek D, Shin C, Bell GW, Grimson A, Bartel DP (September 2011). "Weak seed-pairing stability and high target-site abundance decrease the proficiency of lsy-6 and other microRNAs". Nature Structural & Molecular Biology. 18 (10): 1139–1146. doi:10.1038/nsmb.2115. PMC 3190056. PMID 21909094.
  134. ^ Agarwal V, Bell GW, Nam JW, Bartel DP (August 2015). "Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs". eLife. 4: e05005. doi:10.7554/eLife.05005. PMC 4532895. PMID 26267216.
  135. ^ Agarwal V, Subtelny AO, Thiru P, Ulitsky I, Bartel DP (October 2018). "Predicting microRNA targeting efficacy in Drosophila". Genome Biology. 19 (1): 152. doi:10.1186/s13059-018-1504-3. PMC 6172730. PMID 30286781.
  136. ^ Washietl S, Hofacker IL (September 2004). "Consensus folding of aligned sequences as a new measure for the detection of functional RNAs by comparative genomics". Journal of Molecular Biology. 342 (1): 19–30. CiteSeerX 10.1.1.58.6251. doi:10.1016/j.jmb.2004.07.018. PMID 15313604.
  137. ^ Pedersen JS, Bejerano G, Siepel A, Rosenbloom K, Lindblad-Toh K, Lander ES, et al. (April 2006). "Identification and classification of conserved RNA secondary structures in the human genome". PLOS Computational Biology. 2 (4): e33. Bibcode:2006PLSCB...2...33P. doi:10.1371/journal.pcbi.0020033. PMC 1440920. PMID 16628248.
  138. ^ Coventry A, Kleitman DJ, Berger B (August 2004). "MSARI: multiple sequence alignments for statistical detection of RNA secondary structure". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (33): 12102–12107. Bibcode:2004PNAS..10112102C. doi:10.1073/pnas.0404193101. PMC 514400. PMID 15304649.
  139. ^ Rivas E, Eddy SR (2001). "Noncoding RNA gene detection using comparative sequence analysis". BMC Bioinformatics. 2 (1): 8. doi:10.1186/1471-2105-2-8. PMC 64605. PMID 11801179.
  140. ^ Rivas E, Klein RJ, Jones TA, Eddy SR (September 2001). "Computational identification of noncoding RNAs in E. coli by comparative genomics". Current Biology. 11 (17): 1369–1373. doi:10.1016/S0960-9822(01)00401-8. PMID 11553332.
  141. ^ Washietl S, Hofacker IL, Stadler PF (February 2005). "Fast and reliable prediction of noncoding RNAs". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (7): 2454–2459. Bibcode:2005PNAS..102.2454W. doi:10.1073/pnas.0409169102. PMC 548974. PMID 15665081.
  142. ^ Gruber AR, Neuböck R, Hofacker IL, Washietl S (July 2007). "The RNAz web server: prediction of thermodynamically stable and evolutionarily conserved RNA structures". Nucleic Acids Research. 35 (Web Server issue): W335–W338. doi:10.1093/nar/gkm222. PMC 1933143. PMID 17452347.
  143. ^ Washietl S (2007). "Prediction of Structural Noncoding RNAs With RNAz". Comparative Genomics. Methods in Molecular Biology. Vol. 395. pp. 503–26. doi:10.1007/978-1-59745-514-5_32. ISBN 978-1-58829-693-1. PMID 17993695.
  144. ^ Andrews RJ, Roche J, Moss WN (2018). "ScanFold: an approach for genome-wide discovery of local RNA structural elements-applications to Zika virus and HIV". PeerJ. 6: e6136. doi:10.7717/peerj.6136. PMC 6317755. PMID 30627482.
  145. ^ Laslett D, Canback B (2004). "ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences". Nucleic Acids Research. 32 (1): 11–16. doi:10.1093/nar/gkh152. PMC 373265. PMID 14704338.
  146. ^ Jha A, Shankar R (2013). "miReader: Discovering Novel miRNAs in Species without Sequenced Genome". PLOS ONE. 8 (6): e66857. Bibcode:2013PLoSO...866857J. doi:10.1371/journal.pone.0066857. PMC 3689854. PMID 23805282.
  147. ^ Artzi S, Kiezun A, Shomron N (January 2008). "miRNAminer: a tool for homologous microRNA gene search". BMC Bioinformatics. 9 (1): 39. doi:10.1186/1471-2105-9-39. PMC 2258288. PMID 18215311.
  148. ^ Ahmed F, Ansari HR, Raghava GP (April 2009). "Prediction of guide strand of microRNAs from its sequence and secondary structure". BMC Bioinformatics. 10 (1): 105. doi:10.1186/1471-2105-10-105. PMC 2676257. PMID 19358699.
  149. ^ Hertel J, Stadler PF (July 2006). "Hairpins in a Haystack: recognizing microRNA precursors in comparative genomics data". Bioinformatics. 22 (14): e197–e202. doi:10.1093/bioinformatics/btl257. PMID 16873472.
  150. ^ Wuyts J, Perrière G, Van De Peer Y (January 2004). "The European ribosomal RNA database". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): D101–D103. doi:10.1093/nar/gkh065. PMC 308799. PMID 14681368.
  151. ^ Szymanski M, Barciszewska MZ, Erdmann VA, Barciszewski J (January 2002). "5S Ribosomal RNA Database". Nucleic Acids Research. 30 (1): 176–178. doi:10.1093/nar/30.1.176. PMC 99124. PMID 11752286.
  152. ^ Lagesen K, Hallin P, Rødland EA, Staerfeldt HH, Rognes T, Ussery DW (2007). "RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes". Nucleic Acids Research. 35 (9): 3100–3108. doi:10.1093/nar/gkm160. PMC 1888812. PMID 17452365.
  153. ^ Hertel J, Hofacker IL, Stadler PF (January 2008). "SnoReport: computational identification of snoRNAs with unknown targets". Bioinformatics. 24 (2): 158–164. doi:10.1093/bioinformatics/btm464. PMID 17895272.
  154. ^ Lowe TM, Eddy SR (February 1999). "A computational screen for methylation guide snoRNAs in yeast". Science. 283 (5405): 1168–1171. Bibcode:1999Sci...283.1168L. doi:10.1126/science.283.5405.1168. PMID 10024243.
  155. ^ a b Schattner P, Brooks AN, Lowe TM (July 2005). "The tRNAscan-SE, snoscan and snoGPS web servers for the detection of tRNAs and snoRNAs". Nucleic Acids Research. 33 (Web Server issue): W686–W689. doi:10.1093/nar/gki366. PMC 1160127. PMID 15980563.
  156. ^ Lowe TM, Eddy SR (March 1997). "tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence". Nucleic Acids Research. 25 (5): 955–964. doi:10.1093/nar/25.5.955. PMC 146525. PMID 9023104.
  157. ^ Tempel S, Tahi F (June 2012). "A fast ab-initio method for predicting miRNA precursors in genomes". Nucleic Acids Research. 40 (11): e80. doi:10.1093/nar/gks146. PMC 3367186. PMID 22362754.
  158. ^ Wright ES (October 2021). "FindNonCoding: rapid and simple detection of non-coding RNAs in genomes". Bioinformatics. Oct12 (3): 841–843. doi:10.1093/bioinformatics/btab708. PMID 34636849.
  159. ^ Gautheret D, Lambert A (November 2001). "Direct RNA motif definition and identification from multiple sequence alignments using secondary structure profiles". Journal of Molecular Biology. 313 (5): 1003–1011. doi:10.1006/jmbi.2001.5102. PMID 11700055.
  160. ^ Lambert A, Fontaine JF, Legendre M, Leclerc F, Permal E, Major F, et al. (July 2004). "The ERPIN server: an interface to profile-based RNA motif identification". Nucleic Acids Research. 32 (Web Server issue): W160–W165. doi:10.1093/nar/gkh418. PMC 441556. PMID 15215371.
  161. ^ Lambert A, Legendre M, Fontaine JF, Gautheret D (May 2005). "Computing expectation values for RNA motifs using discrete convolutions". BMC Bioinformatics. 6 (1): 118. doi:10.1186/1471-2105-6-118. PMC 1168889. PMID 15892887.
  162. ^ Nawrocki EP, Eddy SR (March 2007). "Query-dependent banding (QDB) for faster RNA similarity searches". PLOS Computational Biology. 3 (3): e56. Bibcode:2007PLSCB...3...56N. doi:10.1371/journal.pcbi.0030056. PMC 1847999. PMID 17397253.
  163. ^ Eddy SR (July 2002). "A memory-efficient dynamic programming algorithm for optimal alignment of a sequence to an RNA secondary structure". BMC Bioinformatics. 3 (1): 18. doi:10.1186/1471-2105-3-18. PMC 119854. PMID 12095421.
  164. ^ Eddy SR, Durbin R (June 1994). "RNA sequence analysis using covariance models". Nucleic Acids Research. 22 (11): 2079–2088. doi:10.1093/nar/22.11.2079. PMC 308124. PMID 8029015.
  165. ^ Sato K, Sakakibara Y (September 2005). "RNA secondary structural alignment with conditional random fields". Bioinformatics. 21. 21 (suppl_2): ii237–ii242. doi:10.1093/bioinformatics/bti1139. PMID 16204111.
  166. ^ Weinberg Z, Ruzzo WL (August 2004). "Exploiting conserved structure for faster annotation of non-coding RNAs without loss of accuracy". Bioinformatics. 20. 20 (suppl_1): i334–i341. doi:10.1093/bioinformatics/bth925. PMID 15262817.
  167. ^ Weinberg Z, Ruzzo WL (January 2006). "Sequence-based heuristics for faster annotation of non-coding RNA families". Bioinformatics. 22 (1): 35–39. doi:10.1093/bioinformatics/bti743. PMID 16267089.
  168. ^ Klein RJ, Eddy SR (September 2003). "RSEARCH: finding homologs of single structured RNA sequences". BMC Bioinformatics. 4 (1): 44. doi:10.1186/1471-2105-4-44. PMC 239859. PMID 14499004.
  169. ^ Meyer F, Kurtz S, Backofen R, Will S, Beckstette M (May 2011). "Structator: fast index-based search for RNA sequence-structure patterns". BMC Bioinformatics. 12 (1): 214. doi:10.1186/1471-2105-12-214. PMC 3154205. PMID 21619640.
  170. ^ Meyer F, Kurtz S, Beckstette M (July 2013). "Fast online and index-based algorithms for approximate search of RNA sequence-structure patterns". BMC Bioinformatics. 14 (1): 226. doi:10.1186/1471-2105-14-226. PMC 3765529. PMID 23865810.
  171. ^ Gardner PP, Giegerich R (September 2004). "A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches". BMC Bioinformatics. 5 (1): 140. doi:10.1186/1471-2105-5-140. PMC 526219. PMID 15458580.
  172. ^ Gardner PP, Wilm A, Washietl S (2005). "A benchmark of multiple sequence alignment programs upon structural RNAs". Nucleic Acids Research. 33 (8): 2433–2439. doi:10.1093/nar/gki541. PMC 1087786. PMID 15860779.
  173. ^ Wilm A, Mainz I, Steger G (October 2006). "An enhanced RNA alignment benchmark for sequence alignment programs". Algorithms for Molecular Biology. 1 (1): 19. doi:10.1186/1748-7188-1-19. PMC 1635699. PMID 17062125.
  174. ^ Freyhult EK, Bollback JP, Gardner PP (January 2007). "Exploring genomic dark matter: a critical assessment of the performance of homology search methods on noncoding RNA". Genome Research. 17 (1): 117–125. doi:10.1101/gr.5890907. PMC 1716261. PMID 17151342.
  175. ^ Puton T, Kozlowski LP, Rother KM, Bujnicki JM (April 2013). "CompaRNA: a server for continuous benchmarking of automated methods for RNA secondary structure prediction". Nucleic Acids Research. 41 (7): 4307–4323. doi:10.1093/nar/gkt101. PMC 3627593. PMID 23435231.
  176. ^ Wright ES (May 2020). "RNAconTest: comparing tools for noncoding RNA multiple sequence alignment based on structural consistency". RNA. 26 (5): 531–540. doi:10.1261/rna.073015.119. PMC 7161358. PMID 32005745.
  177. ^ Seibel PN, Müller T, Dandekar T, Schultz J, Wolf M (November 2006). "4SALE--a tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing". BMC Bioinformatics. 7 (1): 498. doi:10.1186/1471-2105-7-498. PMC 1637121. PMID 17101042.
  178. ^ Bendaña YR, Holmes IH (February 2008). "Colorstock, SScolor, Ratón: RNA alignment visualization tools". Bioinformatics. 24 (4): 579–580. doi:10.1093/bioinformatics/btm635. PMC 7109877. PMID 18218657.
  179. ^ Nicol JW, Helt GA, Blanchard SG, Raja A, Loraine AE (October 2009). "The Integrated Genome Browser: free software for distribution and exploration of genome-scale datasets". Bioinformatics. 25 (20): 2730–2731. doi:10.1093/bioinformatics/btp472. PMC 2759552. PMID 19654113.
  180. ^ Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ (May 2009). "Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench". Bioinformatics. 25 (9): 1189–1191. doi:10.1093/bioinformatics/btp033. PMC 2672624. PMID 19151095.
  181. ^ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (February 2004). "The Jalview Java alignment editor". Bioinformatics. 20 (3): 426–427. doi:10.1093/bioinformatics/btg430. PMID 14960472.
  182. ^ Griffiths-Jones S (January 2005). "RALEE--RNA ALignment editor in Emacs". Bioinformatics. 21 (2): 257–259. doi:10.1093/bioinformatics/bth489. PMID 15377506.
  183. ^ Andersen ES, Lind-Thomsen A, Knudsen B, Kristensen SE, Havgaard JH, Torarinsson E, et al. (November 2007). "Semiautomated improvement of RNA alignments". RNA. 13 (11): 1850–1859. doi:10.1261/rna.215407. PMC 2040093. PMID 17804647.
  184. ^ Lee J, Kladwang W, Lee M, Cantu D, Azizyan M, Kim H, et al. (February 2014). "RNA design rules from a massive open laboratory". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111 (6): 2122–2127. Bibcode:2014PNAS..111.2122L. doi:10.1073/pnas.1313039111. PMC 3926058. PMID 24469816.
  185. ^ Garcia-Martin JA, Clote P, Dotu I (April 2013). "RNAiFOLD: a constraint programming algorithm for RNA inverse folding and molecular design". Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 11 (2): 1350001. doi:10.1142/S0219720013500017. PMID 23600819.
  186. ^ Garcia-Martin JA, Clote P, Dotu I (July 2013). "RNAiFold: a web server for RNA inverse folding and molecular design". Nucleic Acids Research. 41 (Web Server issue): W465–W470. doi:10.1093/nar/gkt280. PMC 3692061. PMID 23700314.
  187. ^ Garcia-Martin JA, Dotu I, Clote P (July 2015). "RNAiFold 2.0: a web server and software to design custom and Rfam-based RNA molecules". Nucleic Acids Research. 43 (W1): W513–W521. arXiv:1505.04210. Bibcode:2015arXiv150504210G. doi:10.1093/nar/gkv460. PMC 4489274. PMID 26019176.
  188. ^ Andronescu M, Fejes AP, Hutter F, Hoos HH, Condon A (February 2004). "A new algorithm for RNA secondary structure design". Journal of Molecular Biology. 336 (3): 607–624. doi:10.1016/j.jmb.2003.12.041. PMID 15095976.
  189. ^ Busch A, Backofen R (August 2006). "INFO-RNA--a fast approach to inverse RNA folding". Bioinformatics. 22 (15): 1823–1831. doi:10.1093/bioinformatics/btl194. PMID 16709587.
  190. ^ Busch A, Backofen R (July 2007). "INFO-RNA--a server for fast inverse RNA folding satisfying sequence constraints". Nucleic Acids Research. 35 (Web Server issue): W310–W313. doi:10.1093/nar/gkm218. PMC 1933236. PMID 17452349.
  191. ^ Avihoo A, Churkin A, Barash D (August 2011). "RNAexinv: An extended inverse RNA folding from shape and physical attributes to sequences". BMC Bioinformatics. 12 (319): 319. doi:10.1186/1471-2105-12-319. PMC 3176266. PMID 21813013.
  192. ^ Levin A, Lis M, Ponty Y, O'Donnell CW, Devadas S, Berger B, Waldispühl J (November 2012). "A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures". Nucleic Acids Research. 40 (20): 10041–10052. doi:10.1093/nar/gks768. PMC 3488226. PMID 22941632.
  193. ^ Reinharz V, Ponty Y, Waldispühl J (July 2013). "A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution". Bioinformatics. 29 (13): i308–i315. doi:10.1093/bioinformatics/btt217. PMC 3694657. PMID 23812999.
  194. ^ Matthies MC, Bienert S, Torda AE (October 2012). "Dynamics in Sequence Space for RNA Secondary Structure Design". Journal of Chemical Theory and Computation. 8 (10): 3663–3670. doi:10.1021/ct300267j. PMID 26593011.
  195. ^ Taneda A (2011). "MODENA: a multi-objective RNA inverse folding". Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry. 4: 1–12. doi:10.2147/aabc.s14335. PMC 3169953. PMID 21918633.
  196. ^ Taneda A (2012). "Multi-objective genetic algorithm for pseudoknotted RNA sequence design". Frontiers in Genetics. 3: 36. doi:10.3389/fgene.2012.00036. PMC 3337422. PMID 22558001.
  197. ^ Esmaili-Taheri A, Ganjtabesh M, Mohammad-Noori M (May 2014). "Evolutionary solution for the RNA design problem". Bioinformatics. 30 (9): 1250–1258. doi:10.1093/bioinformatics/btu001. PMID 24407223.
  198. ^ Kleinkauf R, Mann M, Backofen R (October 2015). "antaRNA: ant colony-based RNA sequence design". Bioinformatics. 31 (19): 3114–3121. doi:10.1093/bioinformatics/btv319. PMC 4576691. PMID 26023105.
  199. ^ Kleinkauf R, Houwaart T, Backofen R, Mann M (November 2015). "antaRNA--Multi-objective inverse folding of pseudoknot RNA using ant-colony optimization". BMC Bioinformatics. 16 (389): 389. doi:10.1186/s12859-015-0815-6. PMC 4652366. PMID 26581440.
  200. ^ Flamm C, Hofacker IL, Maurer-Stroh S, Stadler PF, Zehl M (February 2001). "Design of multistable RNA molecules". RNA. 7 (2): 254–265. doi:10.1017/s1355838201000863. PMC 1370083. PMID 11233982.
  201. ^ Rodrigo G, Jaramillo A (September 2014). "RiboMaker: computational design of conformation-based riboregulation". Bioinformatics. 30 (17): 2508–2510. doi:10.1093/bioinformatics/btu335. PMID 24833802.
  202. ^ Hammer S, Tschiatschek B, Flamm C, Hofacker IL, Findeiß S (September 2017). "RNAblueprint: flexible multiple target nucleic acid sequence design". Bioinformatics. 33 (18): 2850–2858. doi:10.1093/bioinformatics/btx263. PMC 5870862. PMID 28449031.
  203. ^ Höner zu Siederdissen C, Hammer S, Abfalter I, Hofacker IL, Flamm C, Stadler PF (December 2013). "Computational design of RNAs with complex energy landscapes". Biopolymers. 99 (12): 1124–1136. doi:10.1002/bip.22337. PMID 23818234. S2CID 7337968.
  204. ^ Lyngsø RB, Anderson JW, Sizikova E, Badugu A, Hyland T, Hein J (October 2012). "Frnakenstein: multiple target inverse RNA folding". BMC Bioinformatics. 13 (260): 260. doi:10.1186/1471-2105-13-260. PMC 3534541. PMID 23043260.
  205. ^ Shu W, Liu M, Chen H, Bo X, Wang S (December 2010). "ARDesigner: a web-based system for allosteric RNA design". Journal of Biotechnology. 150 (4): 466–473. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.10.067. PMID 20969900.
  206. ^ Byun Y, Han K (June 2009). "PseudoViewer3: generating planar drawings of large-scale RNA structures with pseudoknots". Bioinformatics. 25 (11): 1435–1437. doi:10.1093/bioinformatics/btp252. PMID 19369500.
  207. ^ Byun Y, Han K (July 2006). "PseudoViewer: web application and web service for visualizing RNA pseudoknots and secondary structures". Nucleic Acids Research. 34 (Web Server issue): W416–W422. doi:10.1093/nar/gkl210. PMC 1538805. PMID 16845039.
  208. ^ Han K, Byun Y (July 2003). "PSEUDOVIEWER2: Visualization of RNA pseudoknots of any type". Nucleic Acids Research. 31 (13): 3432–3440. doi:10.1093/nar/gkg539. PMC 168946. PMID 12824341.
  209. ^ Han K, Lee Y, Kim W (2002). "PseudoViewer: automatic visualization of RNA pseudoknots". Bioinformatics. 18. 18 (Suppl 1): S321–S328. doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S321. PMID 12169562.
  210. ^ Kaiser A, Krüger J, Evers DJ (July 2007). "RNA Movies 2: sequential animation of RNA secondary structures". Nucleic Acids Research. 35 (Web Server issue): W330–W334. doi:10.1093/nar/gkm309. PMC 1933240. PMID 17567618.
  211. ^ Evers D, Giegerich R (January 1999). "RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces". Bioinformatics. 15 (1): 32–37. doi:10.1093/bioinformatics/15.1.32. PMID 10068690.
  212. ^ Tsang HH, Dai DC (2012). "RNA-DV: an interactive tool for editing and visualizing RNA secondary structures". Proceeding BCB '12 Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine: 601–603. doi:10.1145/2382936.2383036. ISBN 9781450316705. S2CID 15910737.
  213. ^ Martinez HM, Maizel JV, Shapiro BA (June 2008). "RNA2D3D: a program for generating, viewing, and comparing 3-dimensional models of RNA". Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. 25 (6): 669–683. doi:10.1080/07391102.2008.10531240. PMC 3727907. PMID 18399701.
  214. ^ Reuter JS, Mathews DH (March 2010). "RNAstructure: software for RNA secondary structure prediction and analysis". BMC Bioinformatics. 11 (1): 129. doi:10.1186/1471-2105-11-129. PMC 2984261. PMID 20230624.
  215. ^ Yang H, Jossinet F, Leontis N, Chen L, Westbrook J, Berman H, Westhof E (July 2003). "Tools for the automatic identification and classification of RNA base pairs". Nucleic Acids Research. 31 (13): 3450–3460. doi:10.1093/nar/gkg529. PMC 168936. PMID 12824344.
  216. ^ Menzel P, Seemann SE, Gorodkin J (October 2012). "RILogo: visualizing RNA-RNA interactions". Bioinformatics. 28 (19): 2523–2526. doi:10.1093/bioinformatics/bts461. PMID 22826541.
  217. ^ Darty K, Denise A, Ponty Y (August 2009). "VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure". Bioinformatics. 25 (15): 1974–1975. doi:10.1093/bioinformatics/btp250. PMC 2712331. PMID 19398448.
  218. ^ Kerpedjiev P, Hammer S, Hofacker IL (October 2015). "Forna (force-directed RNA): Simple and effective online RNA secondary structure diagrams". Bioinformatics. 31 (20): 3377–3379. doi:10.1093/bioinformatics/btv372. PMC 4595900. PMID 26099263.
  219. ^ Weinberg Z, Breaker RR (January 2011). "R2R--software to speed the depiction of aesthetic consensus RNA secondary structures". BMC Bioinformatics. 12 (1): 3. doi:10.1186/1471-2105-12-3. PMC 3023696. PMID 21205310.