GcvB RNA

GcvB RNA
GcvB RNA
RF00022.jpg
GcvB의 예측된 2차 구조 및 배열 보존
식별자
기호.GcvB
RfamRF00022
기타 데이터
RNA형진
도메인박테리아
그렇게SO:0000379
PDB 구조PDBe

gcvB RNA 유전자는 아미노산 생합성 유전자뿐만 아니라 많은 아미노산 수송 시스템의 조절에 관여하는 작은 비코드 RNA를 암호화한다.GcvB 유전자는 대장균과 같은 장내 세균에서 발견된다.GcvB는 각 조절 유전자에 대한 mRNA의 안티센스 결합 파트너 역할을 함으로써 유전자를 조절합니다.이 결합은 Hfq라고 불리는 단백질과의 결합에 의존합니다.GcvB RNA의 전사는 인접한 GcvA 유전자에 의해 활성화되어 GcvR [1]유전자에 의해 억제된다.Y. 페스티스로부터 GcvB RNA의 결실은 성장을 [2]감소시킬 뿐만 아니라 콜로니 형태를 변화시켰다.유전자 결실에 의해 GcvB가 대장균의 내산성 조절제라는 것이 밝혀졌다.GcvB는 대체 시그마 인자 RpoS의 [3]수준을 상향 조정함으로써 낮은 pH에서 살아남는 박테리아의 능력을 향상시킨다.GcvB의 고분자 형태가 최근에 확인되었다.[citation needed]GcvB와 작은 RNA SroC의 상호작용은 RNase E에 의한 GcvB의 분해를 유발하여 표적 [4]유전자의 GcvB 매개 mRNA 억제를 상승시킨다.

GcvB 타깃

GcvB는 대장균과 살모넬라균의 많은 유전자를 조절하는 것으로 나타났다.GcvB는 올리고펩타이드와 디펩타이드를 [5][6]각각 운반하는 Oppa와 DppA에 결합하는 것으로 나타났다.또한 다양한 아미노산 [7][8][9]흡수에 관여하는 gltL, argT, STM, livK, livJ, brnQ, sstT 및 cycA를 조절하는 것으로 나타났다.GcvB RNA는 또한 ilvC, gdhA, thrL 및 [10]serA와 같은 아미노산 생합성과 관련된 다양한 유전자 조절에 관여한다.GcvB RNA는 마그네슘 항상성에 [11]관여하는 2성분 시스템을 암호화하는 PhoPQ mRNA와 결합합니다.

중합

대장균 GcvB가 폴리머를 형성할 수 있다는 증거가 있다.잠재적인 [12]폴리머에 대응하는 고분자량 대역을 나타내기 위해 천연 폴리아크릴아미드겔 전기영동을 사용했다.다음으로 투과전자현미경법을 사용하여 폴리머의 필라멘트 구조를 확인하였습니다.그러나 저자들은 이러한 긴 필라멘트가 생리적으로 관련이 없을 것이라고 제안한다.첫 번째 스템 루프를 포함한 첫 번째 61개의 뉴클레오티드만을 포함하는 구조는 중합에 충분한 것으로 나타났다.최근 DsrA [13]RNA에 대해서도 유사한 결과가 나타났다.중합물의 생리학적 관련성은 알려지지 않았다.

종 분포

GcvB RNA는 다음을 [14]포함한 다양한 박테리아에서 발견됩니다.

레퍼런스

  1. ^ Urbanowski, ML; Stauffer LT; Stauffer GV (2000). "The gcvB gene encodes a small untranslated RNA involved in expression of the dipeptide and oligopeptide transport systems in Escherichia coli". Mol Microbiol. 37 (4): 856–868. doi:10.1046/j.1365-2958.2000.02051.x. PMID 10972807. S2CID 811119.
  2. ^ a b McArthur SD, Pulvermacher SC, Stauffer GV (2006). "The Yersinia pestis gcvB gene encodes two small regulatory RNA molecules". BMC Microbiol. 6: 52. doi:10.1186/1471-2180-6-52. PMC 1557403. PMID 16768793.
  3. ^ Jin Y, Watt RM, Danchin A, Huang JD (2009). "Small noncoding RNA GcvB is a novel regulator of acid resistance in Escherichia coli". BMC Genomics. 10: 165. doi:10.1186/1471-2164-10-165. PMC 2676305. PMID 19379489.
  4. ^ Miyakoshi, Masatoshi; Chao, Yanjie; Vogel, Jörg (2015-06-03). "Cross talk between ABC transporter mRNAs via a target mRNA-derived sponge of the GcvB small RNA". The EMBO Journal. 34 (11): 1478–1492. doi:10.15252/embj.201490546. ISSN 1460-2075. PMC 4474525. PMID 25630703.
  5. ^ Urbanowski ML, Stauffer LT, Stauffer GV (August 2000). "The gcvB gene encodes a small untranslated RNA involved in expression of the dipeptide and oligopeptide transport systems in Escherichia coli". Mol. Microbiol. 37 (4): 856–868. doi:10.1046/j.1365-2958.2000.02051.x. PMID 10972807. S2CID 811119.
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  7. ^ Sharma CM, Darfeuille F, Plantinga TH, Vogel J (November 2007). "A small RNA regulates multiple ABC transporter mRNAs by targeting C/A-rich elements inside and upstream of ribosome-binding sites". Genes Dev. 21 (21): 2804–2817. doi:10.1101/gad.447207. PMC 2045133. PMID 17974919.
  8. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (January 2009). "The small RNA GcvB regulates sstT mRNA expression in Escherichia coli". J. Bacteriol. 191 (1): 238–248. doi:10.1128/JB.00915-08. PMC 2612445. PMID 18952787.
  9. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (January 2009). "Role of the sRNA GcvB in regulation of cycA in Escherichia coli". Microbiology. 155 (Pt 1): 106–114. doi:10.1099/mic.0.023598-0. PMID 19118351.
  10. ^ Vogel J (January 2009). "A rough guide to the non-coding RNA world of Salmonella". Mol. Microbiol. 71 (1): 1–11. doi:10.1111/j.1365-2958.2008.06505.x. PMID 19007416. S2CID 205366563.
  11. ^ Coornaert, A; Chiaruttini, C; Springer, M; Guillier, M (Jan 2013). "Post-Transcriptional Control of the Escherichia coli PhoQ-PhoP Two-Component System by Multiple sRNAs Involves a Novel Pairing Region of GcvB". PLOS Genetics. 9 (1): e1003156. doi:10.1371/journal.pgen.1003156. PMC 3536696. PMID 23300478.
  12. ^ Busi F, Cayrol B, Lavelle C, LeDerout J, Piétrement O, Le Cam E, Geinguenaud F, Lacoste J, Régnier P, Arluison V (2009). "Auto-assembly as a new regulatory mechanism of noncoding RNA". Cell Cycle. 8 (6): 952–954. doi:10.4161/cc.8.6.7905. PMID 19221499.
  13. ^ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J, et al. (2009). "Auto-assembly of E. coli DsrA small noncoding RNA: Molecular characteristics and functional consequences". RNA Biol. 6 (4): 434–445. doi:10.4161/rna.6.4.8949. PMID 19535898.
  14. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (April 2008). "The role of the small regulatory RNA GcvB in GcvB/mRNA posttranscriptional regulation of oppA and dppA in Escherichia coli". FEMS Microbiol. Lett. 281 (1): 42–50. doi:10.1111/j.1574-6968.2008.01068.x. PMID 18312576.
  15. ^ Gulliver, Emily L.; Wright, Amy; Lucas, Deanna Deveson; Mégroz, Marianne; Kleifeld, Oded; Schittenhelm, Ralf B.; Powell, David R.; Seemann, Torsten; Bulitta, Jürgen B. (May 2018). "Determination of the small RNA GcvB regulon in the Gram-negative bacterial pathogen Pasteurella multocida and identification of the GcvB seed binding region". RNA. 24 (5): 704–720. doi:10.1261/rna.063248.117. ISSN 1469-9001. PMC 5900567. PMID 29440476.

추가 정보

외부 링크