진 디자이너
Gene Designer | |
| 개발자 | ATUM |
|---|---|
| 초기 릴리즈 | 전( |
| 안정된 릴리스 | 2015년 10월 9일, 7년 전() |
| 운영 체제 | Windows, macOS, Linux |
| 플랫폼 | x86, x86-64 |
| 이용가능기간: | 영어 |
| 유형 | 분자생물학 툴킷 |
| 면허증. | 프리웨어, 등록 필요 |
| 웹 사이트 | www.atum.bio/module/tools/module-module |
Gene Designer는 생물 정보학을 [1][2]위한 컴퓨터 소프트웨어 패키지입니다.학계, 정부, 제약, 화학, 농업 및 생명공학 분야의 분자생물학자들이 유전자 서열을 설계,[3] 복제 및 검증하기 위해 사용합니다.등록이 필요한 프리웨어로 출시되는 독점 소프트웨어입니다.
특징들
Gene Designer는 분자생물학자들이 다양한 설계 도구를 사용하여 하나의 응용 프로그램에서 전체 유전자 설계 과정을 관리할 수 있도록 합니다.
- in silico 클로닝, 코돈 최적화, 역번역 및 프라이머 설계를 위한 알고리즘
- 구성을 표시, 주석 지정 및 편집하기 위한 그래픽 분자 뷰
- 유전자, 유전자 및 구조를 저장, 관리 및 추적하기 위한 맞춤형 데이터베이스
- 인터페이스를 드래그 앤 드롭하여 구성 요소 내부 또는 구성 요소 간에 이동(특허 기능)
- 시퀀스 모티브, 제한 부위 및 열린 판독 프레임 검색 기능
- 코돈은 여러 알고리즘을 사용하여 모든 유기체의 재조합 단백질 생산을 최적화합니다.
- 제한 부위 또는 기타 시퀀스 모티브 제거 또는 추가
- 열려 있는 읽기 프레임의 재코딩
- 변환 프레임과 퓨전 접합을 확인합니다.
- 올리고뉴클레오티드를 시퀀스 프라이머에 설계하고 실시간 녹는점 계산기를 포함합니다.
- 드래그 앤 드롭 기능을 갖춘 클로닝 툴로 삽입 및 벡터 절단, 결합 및 클로닝 가능
교육자 및 학생용
이 무료 소프트웨어는 합성 생물학, 시스템 생물학, 생물 공학 및 생물 정보학을 위한 교실 및 실험실 커리큘럼에 통합되었습니다.학생들은 다양한 설계 도구를 사용하여 하나의 응용 프로그램에서 전체 유전자 설계 과정을 관리하는 프로젝트를 만들고 완성합니다.
커리큘럼에서의 사용 예:
- 합성 바이오포토닉스 코스유타 주립 대학교 공학부[4]
- Gene Designer 2.0을 사용한[5] 랩 프로젝트
- 시스템 생물학 수업의[6] 개요
- 합성 생물학 수업의[7] 개요
- 학생[8] 프로젝트
「 」를 참조해 주세요.
- 생물정보학
- 계산생물학
- 유전자 합성
- 벡터(분자생물학), 벡터 DNA, 클로닝 벡터, 발현 벡터
- 제한 맵
- 분자 복제
- 오픈 소스 바이오 인포매틱스 소프트웨어 목록
레퍼런스
- ^ Villalobos, Alan; Ness, Jon E; Gustafsson, Claes; Minshull, Jeremy; Govindarajan, Sridhar (2006). "Gene Designer: A synthetic biology tool for constructing artificial DNA segments". BMC Bioinformatics. 7: 285. doi:10.1186/1471-2105-7-285. PMC 1523223. PMID 16756672.
- ^ Villalobos, Alan; Welch, Mark; Minshull, Jeremy (2012). "In Silico Design of Functional DNA Constructs". In Peccoud, Jean (ed.). Gene Synthesis: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol. 852. pp. 197–213. doi:10.1007/978-1-61779-564-0_15. ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435.
- ^ Welch, M; Villalobos, A; Gustafsson, C; Minshull, J (2011). "Designing genes for successful protein expression". In Voigt, Christopher (ed.). Synthetic Biology, Part B: Computer Aided Design and DNA Assembly. Methods in Enzymology. Vol. 498. pp. 43–66. doi:10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6. ISBN 9780123851208. PMID 21601673.
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010[데드링크]
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Systems_Biology_Laboratory[데드링크]
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Systems_Biology[데드링크]
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Synthetic_Biology[데드링크]
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Student_Projects[데드링크]
