제한 사이트

Restriction site

제한 부위 또는 제한 인식 부위는 제한 효소에 의해 인식되는 특정(길이[1] 4~8개의 염기쌍)의 뉴클레오티드를 포함하는 DNA 분자 위에 위치한다.이것들은 일반적으로 회문순서이며[2](제한 효소가 보통 호모디머로 결합하기 때문에), 특정 제한 효소는 인식 부위 내 또는 가까운 곳에 있는 두 개의 뉴클레오티드 사이에 서열을 절단할 수 있다.

기능.

예를 들어 공통제한효소 EcoRI는 회문배열 GAATTC를 인식하여 G와 A를 상하 양가닥으로 절단한다.이로 인해 AAT의 양 끝에 스틱엔드로[2] 알려진 오버행(보완물이 부착되지 않은 DNA 가닥의 끝부분)이 남습니다.그런 다음 돌출부는 상보적인 돌출부(예를 들어 다른 EcoRI 절단부)를 가진 DNA 조각을 결합하는 데 사용될 수 있습니다(DNA 연결효소 참조).

일부 제한 효소는 [2]둔기라고 불리는 돌출부를 남기지 않는 방식으로 제한 부위에서 DNA를 절단합니다.뭉툭한 끝은 DNA 연결 효소에 의해 결합될 가능성이 훨씬 낮습니다. 뭉툭한 끝은 효소가 인식하고 상보적인 한 [3]쌍과 일치할 수 있는 돌출된 염기쌍을 가지고 있지 않기 때문입니다.그러나 DNA의 끈적끈적한 끝은 노출되고 쌍을 이루지 않은 뉴클레오티드 때문에 DNA 연결효소의 도움으로 성공적으로 결합할 가능성이 더 높습니다.예를 들어, AATG에 의해 후행되는 끈적끈적한 끝은 5' 및 3' DNA 가닥이 쌍으로 구성된 둔한 끝보다 리가아제와 결합할 가능성이 높다.예시의 경우, AATG는 DNA 연결효소 [4]효소의 기능을 감소시키는 TTAAC의 상보 쌍을 가질 것이다.

적용들

제한 부위는 제한 단편 길이 다형(RFLP)의 식별 등 분자생물학의 여러 응용 분야에 사용할 수 있다.

데이터베이스

제한 사이트와 효소에 대해 여러 데이터베이스가 존재하며, 그 중 가장 큰 비영리 데이터베이스는 REBASE이다.[5][6]최근 바이러스 게놈에서 통계적으로 유의한 눌러머(즉, 존재할 가능성이 높은 짧은 부재 모티브)가 제한 부위인 것으로 나타났으며, 이는 바이러스가 아마도 세균 [7]숙주의 침입을 용이하게 하기 위해 이러한 모티브를 제거했음을 나타낸다.Nullomers 데이터베이스에는 아직 알려지지 않은 제한 모티브가 될 수 있는 최소 부재 모티브의 포괄적인 카탈로그가 포함되어 있다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Russell, Peter J. (2006). iGenetics: A Mendelian Approach. Benjamin Cummings. ISBN 978-0805346664.
  2. ^ a b c Lehninger, Albert L.; Nelson, David L.; Cox, Michael M. (2008). Principles of Biochemistry (5th ed.). New York, NY: W.H. Freeman and Company. p. 305–306. ISBN 978-0-7167-7108-1.
  3. ^ Mousavi-Khattat, Mohammad; Rafati, Adele; Gill, Pooria (5 February 2015). "Fabrication of DNA nanotubes using origami-based nanostructures with sticky ends". Journal of Nanostructure in Chemistry. 5 (2): 177–183. doi:10.1007/s40097-015-0148-z.
  4. ^ Gao, Song; Zhang, Jiannan; Miao, Tianjin; Ma, Di; Su, Ying; An, Yingfeng; Zhang, Qingrui (28 March 2015). "A Simple and Convenient Sticky/Blunt-End Ligation Method for Fusion Gene Construction". Biochemical Genetics. 53 (1–3): 42–48. doi:10.1007/s10528-015-9669-x. PMID 25820211. S2CID 16709792.
  5. ^ Roberts, Richard J.; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (2009-10-21). "REBASE—a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes". Nucleic Acids Research. 38 (suppl_1): D234–D236. doi:10.1093/nar/gkp874. ISSN 0305-1048. PMC 2808884. PMID 19846593.
  6. ^ Roberts, Richard J.; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (2014-11-05). "REBASE—a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes". Nucleic Acids Research. 43 (D1): D298–D299. doi:10.1093/nar/gku1046. ISSN 1362-4962. PMC 4383893. PMID 25378308.
  7. ^ Koulouras, Grigorios; Frith, Martin C (2021-04-06). "Significant non-existence of sequences in genomes and proteomes". Nucleic Acids Research. 49 (6): 3139–3155. doi:10.1093/nar/gkab139. ISSN 0305-1048. PMC 8034619. PMID 33693858.