제한도

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제한 지도는 DNA의 배열 안에 있는 알려진 제한 장소의 지도다. 제한 매핑에는 제한 효소의 사용이 필요하다. 분자생물학에서는 제한지도가 플라스미드나 다른 비교적 짧은 DNA 조각들을 기술하기 위한 참고 자료로 사용되며, 때로는 더 긴 유전자 DNA를 위해 사용된다. 더 긴 길이의 DNA 분자를 위한 DNA의 특징들을 매핑하는 다른 방법들이 있다. 예를 들어 전도에 의한 매핑과 같다.^[1]

DNA 분자의 제한 맵을 구성하는 한 가지 방법은 전체 분자의 순서를 정하고 알려진 모든 제한 효소에 대해 존재하는 인식 사이트를 찾을 컴퓨터 프로그램을 통해 시퀀스를 실행하는 것이다.

염기서열이 자동화되기 전에, DNA 가닥 전체를 염기서열 분석하는 것은 엄청나게 비쌌을 것이다. 플라스미드에서 제한 부위의 상대적 위치를 찾기 위해 단일 및 이중 제한 다이제스트를 포함하는 기술을 사용한다. 결과 DNA 조각의 크기에 기초하여 현장의 위치를 추정할 수 있다. 제한 매핑은 삽입물에 있는 오프센터 제한 사이트의 위치를 매핑하여 클로닝 벡터에서 삽입물의 방향을 결정하는 데 사용할 때 매우 유용한 기술이다.^[2]

방법

실험 절차에서는 먼저 각 다이제스트에 대해 정제된 플라스미드 DNA(부록 참조)를 증류해야 한다. 그런 다음 선택한 각 효소를 사용하여 소화를 수행한다. 그 결과 샘플은 이후 전형적으로 아가로스 젤에서 전기영동 젤로 실행된다.

전기영양증 완성에 이은 첫 번째 단계는 각 차선의 파편 크기를 합산하는 것이다. 개별 조각의 합은 원래 조각의 크기와 같아야 하며, 각 다이제스트의 파편도 서로 같은 크기로 합해야 한다. 조각 크기가 제대로 합산되지 않으면 두 가지 문제가 발생할 수 있다. 한 경우, 더 작은 파편들 중 일부는 젤의 끝부분에서 떨어져 나갔을 수 있다. 젤을 너무 오래 돌리면 이런 현상이 자주 발생한다. 두 번째로 발생할 수 있는 오류의 원인은 젤이 충분히 밀도가 높지 않았기 때문에 크기가 가까운 파편을 해결할 수 없었다는 것이다. 이는 크기가 가까웠던 파편 분리가 부족하게 된다. 모든 다이제스트에서 1개를 합한 파편이 생성되는 경우, 세 다이제스트에서 생성된 파편 크기를 모두 만족시킬 수 있는 원본 DNA 파편 위에 REN(제한 내과) 부위의 위치를 유추할 수 있다.

이 기법에 사용된 효소에 대한 자세한 내용은 제한 효소를 참조하십시오.

세포의 알칼리성 용해와 그에 따른 중성화에 의한 조잡한 DNA 조제의 빠른 변성 및 재생성

이 기법에서 세포는 알칼리성 상태로 리싱된다. 혼합물의 DNA는 두 가닥 사이의 수소 결합을 교란시켜 변성(스트랜드를 분리)된다. 대형 유전체 DNA는 중성화 과정에서 pH가 낮아지면 엉켜 변성 상태가 유지될 수 있다. 즉, 가닥들이 임의로 베이스페어링하면서 흐트러진 형태로 다시 합쳐지는 것이다. 원형 슈퍼코일 플라스미드의 가닥은 비교적 밀접하게 정렬되어 있으며 올바르게 재생될 것이다. 따라서 유전체 DNA는 불용성 골재를 형성하고 슈퍼코일 플라스미드는 용액에 남게 될 것이다. 이것은 단백질과 다른 분자들을 제거하기 위해 페놀 추출이 뒤따를 수 있다. 그런 다음 DNA는 에탄올 침수에 노출되어 샘플을 농축할 수 있다.

참고 항목

• 벡터 NTI, DNA 벡터의 제한 사이트를 예측하는 데 사용되는 생물정보학 소프트웨어
• RFLP, 무엇보다도 매우 유사한 게놈을 구별하기 위해 사용되는 방법

참조