FAM178B

FAM178B
FAM178B
식별자
별칭FAM178B, 시퀀스 유사성 178 멤버 B
외부 IDMGI: 3026913 호몰로진: 87288 GeneCard: FAM178B
직교체
종인간마우스
엔트레스

51252

381337

앙상블

ENSG00000168754

ENSMUSG00000046337

유니프로트

Q8IXR5

Q24JP3

RefSeq(mRNA)

NM_001122646
NM_00117267
NM_016490

NM_001126046
NM_027957
NM_201365
NM_001372416
NM_001372417

RefSeq(단백질)

NP_001116118
NP_001166138
NP_057574

NP_001119518
NP_082233
NP_958753
NP_001359345
NP_001359346

위치(UCSC)Cr 2: 96.88 – 96.99MbCr 1: 36.6 – 36.72Mb
PubMed 검색[3][4]
위키다타
인간 보기/편집마우스 보기/편집

FAM178B는 2번 염색체의 플러스 가닥에 위치한 단백질 부호화다.[5]그 유전자의 중심은 2Q11.2이다.시퀀스 유사성 178, 멤버 B, HSPC234의 가명으로도 알려져 있다.[6]이 유전자는 모두 24개의 엑손이다.FAM178B는 110,720개의 염기쌍에 걸쳐 있으며 827개의 아미노산을 함유하고 있다.

양식

대체 스플라이싱에 의해 존재하는 유전자 성적 증명서의 2개의 이소 형태와 1개의 유전자 전구체가 있다.[5]

이음매 변동의 FAM178B 이소형:
이소폼: 식별자: 아미노산의 길이: 질량(달튼):
1 Q8IXR5-1 827 93,514
2 Q8IXR5-2 119 13,809
3 Q8IXR5-3 679 76,515

SLF2(FAM178A)는 FAM178B의 중요한 패러로그다.SLF2는 UV 손상 DNA의 복제 후 보수, 유전학적 안정성 유지 등을 규제함으로써 DNA 손상 대응(DDR) 경로에 역할을 할 것으로 예측된다.[7]

단백질 구조

단백질의 분자량은 76.5킬로달톤이며,[8] 등전점은 5.47이다.그 유전자는 6개의 대본 이음매가 변형되어 있다.[9]단백질은 위치뿐만 아니라 [10]체질량지수(BMI)와 세포 접착력 때문에 양극성 질환과 표현적으로 연관되어 왔다.[11]단백질에 대한 제안된 구조는 제안된 구조물의 영상에서 찾을 수 있다.[12]FAM178B 단백질의 2차 구조는 주로 알파 나선형으로 예측된다.[13]단백질의 3차 구조는 코일 구조를 가정할 수 있다.[13]

표현

FAM178B는 골격근과 뇌조직에서[14] 가장 잘 표현된다.그것이 고도로 집중된 구조는 뇌의 말뭉치에 있다.[14]또한 삼차신경과 척수에서도 높은 수준이다.또한 심장, 고환, 후각 부위 근처에서 발견되는 고농도 유전자가 있다.

Allen Brain Atlas에 따르면,[15] 실험적으로 실험했을 때, 후각 부위, 그리고 쥐 뇌의 해마가 이 유전자의 가장 위대한 표현을 보여주었다.

Gene Expression FAM178B.png

DNA 수준 조절

제안된 FAM178B 단백질의 프로모터 영역은 아래와 같다.[16]프로모터 지역에서 강조된 순서 및 색상에 해당하는 관련 전사 인자 바인딩 사이트 표도 수록되어 있다.


FAM178B의 발기인 지역은 가장 관련성이 높은 직교체들에 걸쳐 보존성이 높으며, 인간, 고릴라, 침팬지, 보노보, 긴팔원숭이 유기체들에서도 거의 동일하다.[17]


단백질 수준 조절

아래 표는 FAM178B에 잠재적으로 적용될 수 있는 단백질 수정과 이러한 변경이 단백질 자체에 미치는 잠재적 영향을 보여주는 것이다.[18]


호몰로지 앤 에볼루션

이 유전자의 중요한 패러로그는 SLF2로, UV 손상 DNA의 복제 후 수리를 규제함으로써 DNA 손상 대응(DDDR) 경로에 역할을 한다.그것은 또한 게놈의 안정성을 유지하는데 도움을 준다.[19]알려진 이 단백질에는 74개의 직교자가 있으며, 갑각류까지 거슬러 올라갈 수 있다.[5]FAM178B는 척추동물과 무척추동물 모두에서 많이 발견된다.FAM178B 단백질의 직교 공간은 7억9400만년 전(mya)부터 사과 달팽이, 태평양 오이스터까지 거슬러 올라갈 수 있어 상당히 넓다.FAM178B의 알려진 직교자는 134명이다.하지만, 이 단백질은 절지동물, 즉 곤충에서는 발견되지 않는데, 그 이유는 이 유기체들이 또한 그 기간 동안 존재했기 때문에 흥미롭다. 왜냐하면 이 유기체들은 그것이 일부 세사에 보존되었지만 다른 것들은 보존되지 않았다는 것을 의미한다.이 단백질은 영장류와 다른 영장류가 아닌 포유류에서 가장 쉽게 발견된다.이 단백질은 파충류, 일부 뼈 있는 물고기, 수족관 물고기, 조류에도 보존된다.

아래 표는 블라스트와[20] 블라트를 사용하여 FAM178B의 일부 맞춤법을 나타낸 것이다.[21]

학명: 공통 이름: 등록 번호

NCBI 출신:

 시퀀스 길이:

(아미노산)

 휴먼 리니지로부터의 다이버전스 날짜:

(수년 전)

 백분율 ID: 유사도 백분율:
호모 사피엔스 인간 Q8IXR5.2 827 -- -- --
마카카 물라타 맥케 XP_014968433 709 28.1 80 83
클로로체부스 사바에우스 그린 몽키 XP_008006245 724 28.1 91 94
세부스 카푸치누스 카푸친 XP_017379417 808 42.6 88 91
올톨레무르 가르네티 갈라고 XP_012666502 675 73.0 74 81
마르모타 마모타 마못 XP_015355109 692 88.0 74 80
마이크로투스 오크로가스터 볼 XP_026641579 561 88.0 68 75
펠리스 카투스 고양이 XP_019682636 720 94.0 71 77
에쿠스 카발루스 말 XP_023474395 659 94.0 78 84
판테라 티그리스 호랑이 XP_007097881 674 94.0 75 80
미노프테루스 나탈렌시스 박쥐 XP_016077151 649 94.0 73 81
비슨 비슨 들소 XP_010828157 664 94.0 65 73
투르시웁스 꼬르카투스 돌고래 JH473473 827 94.0 61 68
앨리게이터 미시시피엔시스 악어 XP_019343229 802 320.0 34 47
포고나 비티체프스 수염 드래곤 XP_020635880 1003 320.0 41 56
압테릭스 로위 키위 XP_025941058 512 320.0 42 58
갈루스 갈루스 치킨 XP_024998603 547 320.0 37 50
린코돈 타이푸스 고래상어 XP_020388490 1155 465.0 34 53
칼로린추스 밀리 오스트레일리아 고스트샤크 XP_007910600 860 465.0 33 50
크라소스트레아 기가스 퍼시픽 오이세르 EKC42969 1222 794.0 24 38
포마세아 카날레쿠아 사과네일 PVD30455 1229 794.0 24 45

FAM178B 시간표[22]

상호작용 단백질

FAM 178B와의 상호작용에 대한 예측값이 높은 2개의 단백질,[23] 즉 LRSAM 1과 ZNF598이 있다.LRSAM1은[24] 또한 루신 농후한 반복과 멸균 알파 모티브 단백질 1로도 알려져 있다.단백질 값은 .29이고 증거는 하이브리드 풀링 접근방식에서 물리적인 것이다.LRSAM1은 이전에 Tsg 관련 리가아제로 알려져 있었으며 LRSAM1 유전자에 위치한다.돌연변이는 주변 신경 장애, 감각 장애와 관련이 있다.그것은 FAM178B와 마찬가지로 척수에 고도로 표현된다.현재 알려진 단백질 구조는 없다.ZNF598은 아연 핑거 단백질이고 값은 .13이다.그것은 리보솜 품질 관리에서 핵심적인 역할을 한다.예측된 구조는 두 단백질 모두 아래에 있다.

FAM178B Interacting Proteins.pngMENTA는[23] FAM178B를 위해 단백질 상호작용을 한다.

FAM178B를 위한 스트링[25] 상호작용 단백질.


참조

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리스 89: ENSG00000168754 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리스 89: ENSMUSG000046337 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c FAM178B - 단백질 FAM178B - 호모 사피엔스(인간) - FAM178B 유전자 & 단백질. (n.d.)https://www.uniprot.org/uniprot/Q8IXR5에서 2019년 2월 25일 검색
  6. ^ 재호명:Full=단백질 FAM178B - 단백질 - NCBI(n.d.)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q8IXR5.2에서 2019년 2월 25일 검색
  7. ^ Räschle M, Smeenk G, Hansen RK, Temu T, Oka Y, Hein MY, Nagaraj N, Long DT, Walter JC, Hofmann K, Storchova Z, Cox J, Bekker-Jensen S, Mailand N, Mann M (May 2015). "DNA repair. Proteomics reveals dynamic assembly of repair complexes during bypass of DNA cross-links". Science. 348 (6234): 1253671. doi:10.1126/science.1253671. PMC 5331883. PMID 25931565.
  8. ^ "SAPS < Sequence Statistics < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk. Retrieved 2019-04-21.
  9. ^ Gene: FAM178B (ENSG00000168754) - 스플라이스 변형 - 호모 사피엔스 - 앙상블 게놈 브라우저 95. (n.d.)http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Splice?db=core;g=ENSG00000168754;r=2:96875882-96986592에서 2019년 2월 25일 검색
  10. ^ 조울증 리튬 반응(연속) 또는 조현병 - 조울증 리튬 반응(연속) 또는 조현병과 연관된 로키 - 호모 사피엔스 - 앙상블 게놈 브라우저 95. (n.d.)http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Phenotype/Locations?db=core;g=ENSG00000168754;ph=70698;r=2:96875882-96986592에서 2019년 2월 25일 검색
  11. ^ Gene: FAM178B (ENSG00000168754) - Phetotypes - Homo sapiens - Ensangel 게놈 브라우저 95. (n.d.)http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Phenotype?db=core;g=ENSG00000168754;r=2:96875882-96986592에서 2019년 2월 25일 검색
  12. ^ 스위스-모델 리포지토리 Q8IXR5. (n.d.)https://swissmodel.expasy.org/repository/uniprot//Q8IXR5에서 2019년 2월 25일 검색
  13. ^ a b "PHYRE2 Protein Fold Recognition Server". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Retrieved 2019-04-22.
  14. ^ a b "Gene2Promoter". ExPasy.
  15. ^ "Allen Brain Atlas".
  16. ^ "ElDorado Introduction". www.genomatix.de. Retrieved 2019-04-29.
  17. ^ "Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk. Retrieved 2019-04-29.
  18. ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Categories". www.expasy.org. Retrieved 2019-04-29.
  19. ^ 라슐, M, 스민크, G, 한센, R. K, 테무, T, 오카, Y, 하인, M., …만, M. (2015년)DNA 복구.프로테오믹스는 DNA 교차 링크를 우회하는 동안 수리 콤플렉스의 동적 조립을 보여준다.과학, 348(6234), 1253671.https://doi.org/10.1126/science.1253671
  20. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2019-04-21.
  21. ^ "Human BLAT Search". genome.ucsc.edu. Retrieved 2019-04-21.
  22. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Retrieved 2019-04-29.
  23. ^ a b "mentha: the interactome browser". www.mentha.uniroma2.it. Retrieved 2019-04-29.
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  25. ^ "FAM178B protein (human) - STRING interaction network". string-db.org. Retrieved 2019-04-29.

추가 읽기

  1. Hillier, Ladeana W.; Graves, Tina A.; Fulton, Robert S.; Fulton, Lucinda A.; Pepin, Kymberlie H.; Minx, Patrick; Wagner-McPherson, Caryn; Layman, Dan; Wylie, Kristine (2005-04-07). "Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4". Nature. 434 (7034): 724–731. doi:10.1038/nature03466. ISSN 1476-4687. PMID 15815621.
  2. Stelzl, Ulrich; Worm, Uwe; Lalowski, Maciej; Haenig, Christian; Brembeck, Felix H.; Goehler, Heike; Stroedicke, Martin; Zenkner, Martina; Schoenherr, Anke (2005-09-23). "A human protein-protein interaction network: a resource for annotating the proteome". Cell. 122 (6): 957–968. doi:10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl:11858/00-001M-0000-0010-8592-0. ISSN 0092-8674. PMID 16169070. S2CID 8235923.
  3. CD34+ 조혈모세포/조혈모세포에서 발현된 300개의 이전에 정의되지 않은 유전자에 대한 개방형 판독틀을 가진 cDNA의 복제 및 기능분석