컨센서스 경로DB

ConsensusPath
컨센서스 경로
Database.png
내용
설명인간 기능 상호작용 네트워크.
유기체호모 사피엔스, 사카로미세스 세레비시아에, 무스 무스 무스쿨루스
연락처
리서치센터막스 플랑크 분자 유전학 연구소
작가들아타나 캄부로프
1차 인용캄부로프 외(2011년)[1]
출시일자2008
접근
데이터 형식바이오팩스
PSI-MI
SBML
웹사이트consensuspathdb.org
다운로드 URL네
웹 서비스 URL네
잡다한
버전30; 2015년 1월 9일; 7년 전(2015-01-09)

ConsensusPathDB는 단백질 상호작용, 유전자 상호작용 신호, 신진대사, 유전자 조절, 약물 표적 상호작용에 대한 정보를 통합한 분자 기능 상호작용 데이터베이스다.ConsensusPathDB는 현재 32개 데이터베이스의 상호작용을 포함하고 있다.[1]ConsensusPathDB는 http://ConsensusPathDB.org에 따라 자유롭게 학술적으로 사용할 수 있다.

통합 데이터베이스

  • 반응기(금속 및 신호 경로)
  • KEGG(메타볼릭 경로만 ConsensusPath에 통합됨DB)
  • HumanCyc(메타볼릭 경로)
  • PID - 경로 상호 작용 데이터베이스(서명 경로)
  • 바이오카르타 (신호 경로)
  • Netpath(신호 경로)
  • IntAct(단백질 상호작용)
  • DIP(단백질 상호작용)
  • MINT(단백질 상호작용)
  • HPRD(단백질 상호작용)
  • 바이오GRID(단백질 상호작용)
  • SPIK(단백질 상호작용, 신호 반응)
  • Wiki 경로(메타볼릭 및 신호 경로)
  • 그리고 더 많은 것.

기능성

ConsensusPathDB는 다양한 기능을 제공하는 웹 인터페이스를 통해 액세스할 수 있다.

검색 및 시각화

웹 인터페이스를 사용하여 사용자는 공통 이름이나 접근 번호(예: UniProt 식별자)를 사용하여 물리적 실체(예: 단백질, 대사물 등) 또는 경로를 검색할 수 있다.선택한 상호작용을 대화형 환경에서 확장 가능한 네트워크로 시각화할 수 있다.ConsensusPathDB는 현재 사용자가 자신의 모델을 BioPAX 형식 또는 여러 형식으로 이미지로 내보낼 수 있도록 하고 있다.

Cpdb network.png

최단 경로

사용자는 데이터베이스의 모든 상호작용에 기초하여 물리적 실체 간 기능 상호작용의 최단 경로를 검색할 수 있다.경로 검색은 특정 물리적 실체를 통과하는 것을 금지함으로써 제한될 수 있다.

데이터 업로드

사용자는 BioPAX, PSI-MI 또는 SBML 파일에 자신의 상호 작용 네트워크를 업로드하여 ConsensusPathDB의 상호 작용 맥락에서 그러한 네트워크를 검증 및/또는 확장할 수 있다.

과대표현황

데이터베이스의 웹 인터페이스를 이용하여, 「반경」(중앙으로부터의 상호작용 횟수) 내에서 중심 주위의 모든 물리적 실체를 포함하는 전체 상호작용 네트워크의 하위 네트워크를 구성하는, 생화학적 경로나 인접 기반 실체 집합(NESTs)에 근거한 과대표현 분석을 실시할 수 있다.미리 정의된 각 집합(경로/NEST)에 대해 P-값은 초기하 분포를 기반으로 계산된다.사용자별 입력 유전자 목록과 사전 정의된 집합의 구성원 간에 관찰된 중복의 중요성을 반영한다.

과표현 분석은 사용자 지정 유전자 또는 대사물로 수행할 수 있다.

참조

  1. ^ a b Kamburov, Atanas; Pentchev Konstantin; Galicka Hanna; Wierling Christoph; Lehrach Hans; Herwig Ralf (Jan 2011). "ConsensusPathDB: toward a more complete picture of cell biology". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D712-7. doi:10.1093/nar/gkq1156. PMC 3013724. PMID 21071422.

외부 링크