바이오팩스

BioPAX(Biological Path Exchange)는 분자 및 세포 수준에서 생물학적 경로를 나타내는 RDF/OWL 기반 표준 언어이다.주요 용도는 경로 데이터의 교환을 촉진하는 것이다.경로 데이터는 생물학적 프로세스에 대한 우리의 이해를 포착하지만, 그 빠른 성장으로 인해 해석을 돕기 위한 데이터베이스와 계산 도구의 개발이 필요하다.그러나 호환되지 않는 형식을 가진 많은 데이터베이스에 걸친 경로 정보의 현재 단편화는 경로 정보의 효과적인 사용에 장벽을 제공한다.BioPAX는 경로 데이터를 수집, 색인화, 해석 및 공유하기 훨씬 쉽게 함으로써 이 문제를 해결한다.바이오PAX는 대사 및 신호 경로, 분자 및 유전자 상호작용 및 유전자 조절 네트워크를 나타낼 수 있습니다.BioPAX는 커뮤니티 프로세스를 통해 만들어졌습니다.BioPAX를 통해, 점점 더 많은 소스로부터 많은 유기체를 가로지르는 수천 개의 경로로 구성된 수백만 개의 상호작용을 이용할 수 있다.따라서 시각화, 분석 및 생물학적 발견을 지원하기 위해 많은 양의 경로 데이터를 계산 가능한 형태로 사용할 수 있다.

다양한 온라인 데이터베이스(예: Reactome) 및 도구에 의해 지원됩니다.가장 최근에 출시된 버전은 BioPAX 레벨 3입니다.OBO의 일부로 BioPAX 버전을 만들기 위한 노력도 있다.

거버넌스와 개발

BioPAX의 다음 버전인 레벨 4는 연구자 커뮤니티에 의해 개발되고 있다.개발은 편집자 이사회에 의해 조정되고 다양한 Bio에 의해 촉진됩니다.PAX 작업 그룹

Systems Biology Path Exchange(SBPAX)는 수준 3의 확장 및 수준 4의 제안으로 정량 데이터 및 시스템 생물학 용어(시스템 생물학 온톨로지 등)를 추가합니다.SBPAX 내보내기는 경로 데이터베이스 Signaling Gateway Molecular^[1] Pages 및 SABIO-Reaction Kinetics Database에 의해 구현되었다.SBPAX Import는 셀룰러 모델링 프레임워크 Virtual Cell에 의해 구현되었습니다.

레벨 4에 대한 다른 제안에는 시멘틱 웹, 검증 및 시각화에 대한 향상된 지원이 포함됩니다.

BioPAX 내보내기 데이터베이스

BioPAX 내보내기를 제공하는 온라인 데이터베이스는 다음과 같습니다.

• 시그널링 게이트웨이 분자 페이지(SGMP)
• 리액톰
• 바이오사이크
• INOH
• 바이오 모델
• Nature/NCI 경로 상호작용 데이터베이스
• 암세포 지도
• 패스 커먼스
• Netpath - 인간의 신호 전달 경로의 큐레이션된 자원
• Consensus Path DB - 인간의 기능적 상호작용 네트워크를 통합한 데이터베이스
• PANTER(경로 목록)
• Wiki Pathways
• Pharm GKB/Pharm GKB*

소프트웨어

BioPAX를 지원하는 소프트웨어는 다음과 같습니다.

• Paxtools, BioPAX 파일을 처리하기 위한 Java API
• Systems Biology Linker(Sybil)는 BioPAX를 시각화하고 BioPAX를 SBML로 변환하는 애플리케이션으로 Virtual Cell의 일부입니다.
• BioPAX 시각화 및 편집 애플리케이션 ChiBE(Chisio BioPAX Editor)^[2]
• BioPAX Validator - 구문 및 의미 규칙과 베스트 프랙티스(프로젝트 Wiki)
• Cytoscape에는 BioPAX 리더와 Path Commons 플러그인 및 CyPath2 앱과 같은 기타 확장 기능이 포함되어 있습니다.
• 네트워크 분석용 Cytoscape 플러그인인 BiNoM은 BioPAX 레벨 3 파일을 Import 및 내보내는 기능을 갖추고 있습니다.
• BioPAX-pattern: BioPAX 파일의 그래프 패턴을 정의 및 검색하기 위한 Java API입니다.

「 」를 참조해 주세요.

• SBML
• 링크된 열린 어휘

레퍼런스

외부 링크

• BioPAX 홈페이지
• BioPAX 소스포지 Wiki