탄수화물 구조 데이터베이스

Carbohydrate Structure Database
탄수화물 구조 데이터베이스
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내용
묘사NMR, 서지 및 생물학적 주석이 있는 천연 탄수화물 구조.
데이터형
발동.		탄수화물 구조 및 관련 데이터
유기체
연락
연구소젤린스키 유기화학연구소
작가들필립 5세투카흐, 크세니아 S에고로바, 유리 에이니렐 등
주요 인용문탄수화물 구조 데이터베이스
발매일2005
접근
웹 사이트http://csdb.glycoscience.ru/
다운로드 URL웹 인터페이스에서의 내보내기 기능
도구들
웹
여러가지 종류의
버전 관리네.
데이터 릴리즈
빈도수.		연간.
버전1 (표준)
큐레이션 정책○(수동 및 자동)

탄수화물 구조 데이터베이스(CSDB)는 N.D.의 러시아 과학자 그룹이 2005년에[2] 시작한 글리코인 포매틱스의 무료 큐레이션 데이터베이스 및 서비스 플랫폼입니다. 젤린스키 유기화학 연구소, 러시아 과학 아카데미.CSDB는 천연 탄수화물 및 탄수화물 관련 분자에 대해 발표된 구조, 분류학, 서지학 및 NMR 분광 데이터를 저장합니다.

개요

CSDB에 저장된 주요 데이터는 세균, 곰팡이, 식물 유래의 탄수화물 구조이다.각 구조는 유기체에 할당되며, 그것이 기술된 대응하는 과학 출판물에 대한 링크가 제공된다.구조 데이터 외에도 CSDB는 NMR 스펙트럼, 특정 구조를 해독하는 데 사용되는 방법에 대한 정보 및 기타 [1][3]데이터도 저장한다.CSDB는 다음과 같은 탄수화물 관련 연구 도구에 대한 액세스를 제공합니다.

이력 및 자금 지원

2015년까지는 세균탄수화물구조 데이터베이스(BCSDB)와 식물&풍알탄수화물구조 데이터베이스(PFCSDB) 데이터베이스가 동시에 존재했다.2015년에는 단일 탄수화물 구조 데이터베이스(CSDB)[1]에 통합되었다.CSDB의 개발 및 유지보수는 국제과학기술센터(2005-2007), 러시아연방총재 조성 프로그램(2005-2006), 러시아 기초연구재단(2005-2007, 2012-2014, 2015-2017, 2018-2020), 독일 크렙스포르스첸츠룸(2006-2010)에서 자금을 조달하고 있다.8-2020).

데이터 소스 및 적용 범위

CSDB 데이터의 주요 소스는 다음과 같습니다.

  • 과학 출판물은 NCBI Pubmed 및 Thomson Reuters Web Of Science(약 18000개의 레코드)를 포함한 전용 인용 데이터베이스에서 색인화되었습니다.
  • CCSD(Carbbank) 데이터베이스(약).3000 레코드).

데이터는 원본 과학 출판물을 참조하여 CSDB에 수동으로 추가되고 선택됩니다.다른 데이터베이스에서 생성된 데이터는 오류 수정 및 승인 [14]절차를 따릅니다.2017년 현재, 박테리아와 고세균에 대한 적용 범위는 ca이다.과학 문헌에 발표된 탄수화물 구조의 80% 상대 데이터의 발행과 CSDB로의 축적 사이의 시간 차이는 약 18개월이다.식물은 1997년까지, 곰팡이는 [15]2012년까지 덮여있다.CSDB는 단세포 메타조아를 제외하고 동물영역의 데이터를 다루지 않는다.동물 탄수화물에 대한 많은 전용 데이터베이스가 있다.UniCarbKB 또는 GLYCOSCIENCES.de.[17]

CSDB는 글리코인 [18][19][20][21][22][23][24]포매틱스에서 가장 큰 프로젝트 중 하나로 보고되고 있다.그것은 천연[25][26][27] 탄수화물의 구조 연구 및 당 [28]프로파일에 사용된다.CSDB의 내용은 다른 글리코인 포매틱스 [29][30][31][32]프로젝트에서 데이터 소스로 사용되어 왔습니다.

퇴적물

  • 글리칸, 당고분자 및 당결합체의 분자구조: 일차구조, 농약정보, 중합도 및 분자분류.구조범위는 글리코시드, 에스테르, 아미드, 케탈, 인산 또는 설포디스터 결합에 의해 결합된 잔류물(단당, 알디톨, 아미노산, 지방산 등)로 이루어진 분자로 구성되며, 적어도 1개의 잔류물이 단당 또는 그 유도체이다.
  • 구조와 관련된 서지 목록: 서지 데이터베이스의 각인 데이터, 키워드, 추상, ID
  • 구조의 생물학적 맥락: 관련 분류군, 변종, 혈청 그룹, 숙주 유기체, 질병 정보.대상 영역은 원핵생물, 식물, 곰팡이 및 선별된 병원성 단세포 메타조아입니다.데이터베이스는 이러한 도메인에서 유래하거나 그러한 글리칸의 화학적 변형을 통해 얻은 글리칸만을 포함한다.
  • 할당된 NMR 스펙트럼 및 실험 조건.
  • 분류군과 관련된 글리코실전달효소: 유전자 및 효소 식별자, 전체 구조, 기증자와 기질, 효소 활성 증명에 사용되는 방법, 신뢰성 수준.
  • 다른 데이터베이스에 대한 참조
  • 원본 출판물에서 수집한 기타 데이터
  • 분자역학 시뮬레이션에서 도출된 이당류의 배치도.

다른 데이터베이스와의 상호 관계

CSDB는 단당DB, 글리코사이언스와 같은 다른 글리코믹스 데이터베이스와 [33][34]가교되어 있다.DE, NCBI Pubmed, NCBI Taxonomy, NLM 카탈로그, 국제질병분류11 등원어민 [35]표기법인 CSDB Linear 외에도 구조는 여러 탄수화물 표기법(SNFG,[36] SweetDB,[37] 글리코CT,[38] WURCS,[39] GLICAM [40]등)으로 제시된다.CSDB는 ProciRDF 온톨로지에 [41][42]따라 Resource Description Framework(RDF) 피드로 내보낼 수 있습니다.

외부 링크

레퍼런스

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