갑상선충과

Avsunviroidae
갑상선충과
바이러스 분류 e
(unranked): 바이러스
영역: 무첨정맥
왕국: 무첨정맥
Phylum: 무첨정맥
등급: 무첨정맥
주문: 무첨정맥
가족: 갑상선충과
Genera

갑상선충은 갑상선충과이다.3개 속(Avsunviroid, Elaviroid, Pelamoviroid)[1]에 4종이 있다.그들은 길이가 246개에서 375개의 뉴클레오티드 사이의 RNA 게놈으로 구성되어 있다.그것들은 단일가닥 공유원이고 분자 내 염기쌍을 가지고 있다.모든 회원들은 중앙 보존 [2]지역이 부족하다.

레플리케이션

복제는 식물 세포의 엽록체에서 일어난다.복제의 주요 특징에는 도우미 바이러스가 필요하지 않으며 단백질이 암호화되지 않습니다.다른 비로이드과와 달리, 포스피브로이드과, 포순비로이데이는 대칭적인 굴림 메커니즘을 통해 복제되는 것으로 생각됩니다.양성 RNA 가닥은 RNA 중합효소 + 3 II로 생각되는 효소의 도움으로 음의 가닥을 형성하기 위한 템플릿으로 작용한다고 생각됩니다.그리고 나서 음의 RNA 가닥은 리보자임 활성과 원형에 의해 절단된다.제2의 롤링 서클 기구는 리보자임 활성에 의해 절단된 후 결합되어 원형으로 되는 양의 가닥을 형성한다.복제 장소는 알려지지 않았지만 엽록체와 Mg [2]이온이 존재하는2+ 것으로 생각된다.

구조.

구조의 예측에 따르면 그것들은 일부 헤어핀 루프를 형성하는 염기쌍의 영역을 가진 막대 모양의 분자로 존재하거나 분기된 [2][3]구성을 가지고 있는 것으로 나타났다.

이 가족은 보존된 네 개의 뉴클레오티드, , , , , , , , , , , 그리고 고리의 다른 끝에 왓슨과 크릭의 쌍을 가지고 있습니다.이것은 망치머리 리보자임의 [1]일부입니다.그렇지 않으면 [Fl 1]가족 내에서 구조적인 유사성이 거의 없다.이들은 보존된 CCH, TCR 또는 TCH 모티브를 가지고 있지 않으며,[Fl 2] 이는 Pospiviroidae와의 분리를 정의하는 특징 중 하나이다.

분류

이 과는 3개 [2]속에 총 5종으로 이루어져 있다.

검출

길고 중앙의 보존된 지역이 부족하기 때문에, 홍합과의 식별은 Pospiviroidae보다 어렵습니다.그것들을 검출하는 방법은, 그 원형성을 사용하는 것입니다.컴퓨터는 선형으로 [4]배치했을 때 반복을 형성하는 것처럼 보이는 많은 겹치는 읽기를 조합할 수 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ a b Di Serio, F; Li, SF; Matoušek, J; Owens, RA; Pallás, V; Randles, JW; Sano, T; Verhoeven, JTJ; Vidalakis, G; Flores, R; Ictv Report, Consortium (May 2018). "ICTV Virus Taxonomy Profile: Avsunviroidae". The Journal of General Virology. 99 (5): 611–612. doi:10.1099/jgv.0.001045. PMID 29580320.
  2. ^ a b c d "ICTV Online Report Avsunviroidae". Archived from the original on 2022-02-12. Retrieved 2018-05-03.
  3. ^ Giguère, T; Adkar-Purushothama, CR; Bolduc, F; Perreault, JP (October 2014). "Elucidation of the structures of all members of the Avsunviroidae family". Molecular Plant Pathology. 15 (8): 767–79. doi:10.1111/mpp.12130. PMC 6638799. PMID 25346967.
  4. ^ Wu, Q; Wang, Y; Cao, M; Pantaleo, V; Burgyan, J; Li, WX; Ding, SW (6 March 2012). "Homology-independent discovery of replicating pathogenic circular RNAs by deep sequencing and a new computational algorithm". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (10): 3938–43. Bibcode:2012PNAS..109.3938W. doi:10.1073/pnas.1117815109. PMC 3309787. PMID 22345560.
  1. ^ 페이지 120, "해머헤드 구조에 보존된 핵심 뉴클레오티드를 제외하고, 이들 사이에 광범위한 배열 유사성은 존재하지 않는다."
  2. ^ 페이지 118-120, "다른 네 개의 비로이드, 아보카도 선블로치 바이로이드(ASBVd)(47), 복숭아 잠복 모자이크 바이로이드(PLMVD)(45), 국화 클로로틱 모틀 바이로이드(CCHMVD)(65) 및 가지 잠복 바이로이드(ELVD)(30, CCR)는 보존되지 않는다.두 번째 과인 Avsunviroidae(33년 검토)를 형성한다. 유형 종은 ASBVd(이 과에 ELVd를 공식적으로 포함하는 것은 ICTV 승인 보류 중)이다(그림 1b).
  3. ^ 페이지 120, "ASBVd는 높은 A+U 함량(62%)(47)을 가진 유일한 바이로이드이며, 단종속이다."
  4. ^ a b c d 119페이지, 표 1
  5. ^ 페이지 120, "다른 2개 속 구성원의 특성 사이에 속하는 ELVd는 독자적인 속(30)을 구성하는 것이 제안되었다.
  6. ^ 페이지 120, "단, PLMVd와 CChMVD는 분지된 2차 구조(21, 45, 65) 때문에 1속으로 분류되며, 이는 의사 노트(10; S)에 의해 안정화된다.Gago, M. De la Peaa & R. Flores, 미발표 결과(그림 1b) 및 2M LiCl(65)의 불용성.

외부 링크