우업 RNA 모티브
uup RNA motif| 업 | |
|---|---|
 | |
| 식별자 | |
| 기호. | 업 |
| Rfam | RF03060 |
| 기타 데이터 | |
| RNA형 | 시스레그 |
| 그렇게 | 순서:0005836 |
| PDB 구조 | PDBe |
Uup RNA 모티브는 생물정보학에서 [1]발견한 보존된 RNA 구조입니다.uup 모티브 RNA는 Bacilota와 Gammaproteobacteria에서 발견된다.
uup 모티브 RNA는 단백질 코드 유전자의 상류에 위치하는 관점에서 시스 조절 요소로 기능할 가능성이 있다.uup RNA는 ATP 효소를 코드하는 유전자의 상류에서 지속적으로 발견된다.이러한 ATPase의 정확한 역할은 알려져 있지 않지만, 그들은 보통 ATP 결합 카세트 운반체의 일부 또는 진균 신장 인자 3으로 기능할 것으로 예측된다.어떤 경우에, uup RNA의 하류에 있는 ATPase 유전자는 더 큰 오퍼론의 일부로 전사되는 것처럼 보입니다.이러한 소수의 경우, 오퍼론의 유전자 중 하나가 DUF2992 보존된 단백질 도메인을 암호화합니다.이 유전자는 차례로 yjdF RNA [2]모티브에 의해 조절되는데, 이것은 아로마 [3]화합물을 감지하는 기능을 할 수 있다.
uup RNA는 일반적으로 예측된 Rho-비의존적 전사종단자의 업스트림에 100개의 뉴클레오티드에 위치한다.이러한 문자 변환 터미네이터는 다소 떨어져 있기 때문에 기능적으로 관련이 있는지는 명확하지 않습니다.만약 Uup RNA가 cis-조절 요소로 기능한다면, 그들은 하류 유전자의 발현을 제어하기 위해 전사 종단자의 2차 구조의 형성을 억제할 수 있다.
Uup RNA가 리보스위치에 해당한다는 가설이 [1]고려되었다.이 RNA들은 두 박테리아에 광범위하게 분포되어 있음에도 불구하고 여러 고도로 보존된 뉴클레오티드 위치를 나타낸다.그러나 이러한 RNA의 2차 구조는 알려진 대부분의 리보스위치 구조에 비해 비정상적으로 단순한 것으로 간주되었다[1].
레퍼런스
- ^ a b c Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (October 2017). "Detection of 224 candidate structured RNAs by comparative analysis of specific subsets of intergenic regions". Nucleic Acids Res. 45 (18): 10811–10823. doi:10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401.
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et al. (March 2010). "Comparative genomics reveals 104 candidate structured RNAs from bacteria, archaea and their metagenomes". Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186/gb-2010-11-3-r31. PMC 2864571. PMID 20230605.
- ^ Li S, Hwang XY, Stav S, Breaker RR (2016). "The yjdF riboswitch candidate regulates gene expression by binding diverse azaaromatic compounds". RNA. 22 (4): 530–541. doi:10.1261/rna.054890.115. PMC 4793209. PMID 26843526.
