심티르

SimThyr
심티르
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Simthyr 3.1 on openSUSE 11.png
SimThyr 3.1 온SUSE 11
원저작자요하네스 W.디트리히, 울라 미츠도르프, 레나테 피카르트, 루돌프 호어만, 존 E. M. 미들리
개발자루르 대학교 보쿰
초기 릴리즈2002
안정된 릴리스
4.0.6 / 2022년 4월 23일, 3개월 전(2022-04-23)
저장소
기입처파스칼 및 객체 파스칼
운영 체제MacOS, Windows 및 Linux
플랫폼PowerPC, IA-32, x86-64 및 ARM,
m68k(일부 버전만)
이용가능기간:영국 영어, 독일어(SimThyr 2.0 이전 버전만 해당)
유형생리학 시뮬레이션을 위한 무료 과학 애플리케이션 소프트웨어
면허증.BSD 스타일의
웹 사이트더 끓는다.소스 포지로 이동합니다.그물 Edit this on Wikidata

SimThyr은 뇌하수체-갑상선 피드백 제어 [1]시스템을 위한 무료 연속 동적 시뮬레이션 프로그램입니다.오픈 소스 프로그램은 갑상선 항상성의 [2][3][4]비선형 모델에 기초한다.이 소프트웨어는 시간 영역의 시뮬레이션 외에도 다양한 민감도 분석 방법을 지원합니다.시뮬레이션 엔진은 멀티 스레드이며 여러 프로세서 코어를 지원합니다.SimThyr은 시계열 시각화, 피드백 루프의 일정한 구조 파라미터 수정(예를 들어 특정 질병의 시뮬레이션), 파라미터 세트를 XML 파일로 저장(소프트웨어에서는 "시나리오"라고 함), 통계 소프트웨어에 적합한 다양한 형식으로 시뮬레이션 결과를 내보낼 수 있는 GUI를 제공합니다.SimThyr는 교육 목적과 인실리코 [4][5]연구를 목적으로 하고 있습니다.

수학적 모형

갑상선 항상성의 기본 모델은 기본적인 생화학, 생리학적, 약리학적 원리, 예를 들어 Michaelis-Menten kinetics, 비경쟁적 억제 및 경험적으로 정당화된 운동 매개변수에 [1]기초한다.이 모델은 갑상선기능저하증 및 갑상선독성증 [6]환자의 건강한 대조군과 집단에서 검증되었다.

과학적 용도

컴퓨터 자원 센터에서 교육 목적으로 사용되는 SimThyr

여러 연구들이 갑상선 [7][8]기능 조절에 대한 실리코 연구를 위해 SimThyr를 채용했다.

원래 버전은 맥동 TSH [9]방출 생성에 대한 가설을 확인하기 위해 개발되었습니다.이후 확장된 버전의 소프트웨어는 시상하부-하수체-갑상선 [10]축에서 TSH-T3 션트의 가설을 개발하고 갑상선 항상성([13][14]SPINA-GT [11][12]및 SPINA-GD 포함)의 계산된 매개 변수의 유효성을 평가하고 비갑상선 질환으로 이어지는 알로스타틱 메커니즘을 연구하기 위해 사용되었다.

SimThyr는 또한 티로트로핀의 방출 속도가 T4 이외의 여러 인자에 의해 제어되고 유리 T4와 TSH의 관계가 부갑상선 기능 저하증,[15] 갑상선 기능 저하증 및 갑상선 독성증에서 다를 수 있음을 보여주기 위해 사용되었다.

소프트웨어에 대한 대중의 인식, 수신 및 논의

SimThyr은 무료 오픈 소스 소프트웨어입니다.이를 통해 소스 코드를 사용할 수 있으므로 기본 [16][17]모델에 대한 과학적 논의 및 검토가 용이해집니다.또한, 무료로 이용할 수 있다는 사실은 경제적 [18][19]편익을 가져올 수 있다.

이 소프트웨어는 사용자가 정보처리 [20]구조의 대부분의 구조 파라미터를 수정할 수 있는 편집기를 제공합니다.이 기능은 갑상선과 뇌하수체의 여러 기능성 질환에 대한 시뮬레이션을 촉진합니다.파라미터 세트는 MIRIAM 및 MIASE 호환 XML 파일로 저장할 수 있습니다.

한편, 사용자 인터페이스의 복잡성과 치료 효과를 모델링할 수 있는 능력 부족은 비판을 [21]받아왔다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ a b Dietrich, JW; Landgrafe, G; Fotiadou, EH (2012). "TSH and Thyrotropic Agonists: Key Actors in Thyroid Homeostasis". Journal of Thyroid Research. 2012: 351864. doi:10.1155/2012/351864. PMC 3544290. PMID 23365787.
  2. ^ Hoermann, R; Midgley, JE; Larisch, R; Dietrich, JW (2015). "Homeostatic Control of the Thyroid-Pituitary Axis: Perspectives for Diagnosis and Treatment". Frontiers in Endocrinology. 6: 177. doi:10.3389/fendo.2015.00177. PMC 4653296. PMID 26635726.
  3. ^ Berberich, Julian (13 September 2018). "Mathematical Modeling of the Pituitary-Thyroid Feedback Loop: Matlab/Simulink Files for Simulation and Sensitivity Analysis". doi:10.5281/zenodo.1415331. {{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항 journal=(도움말)
  4. ^ a b Dietrich, Johannes W. (2002). Der Hypophysen-Schilddrüsen-Regelkreis : Entwicklung und klinische Anwendung eines nichtlinearen Modells. Berlin: Logos-Verlag. ISBN 978-3897228504.
  5. ^ Dietrich, Johannes W.; Midgley, John E. M.; Hoermann, Rudolf (2018). Homeostasis and Allostasis of Thyroid Function. Lausanne: Frontiers Media SA. ISBN 9782889455706.
  6. ^ Hoermann, R; Pekker, MJ; Midgley, JEM; Larisch, R; Dietrich, JW (February 2020). "Triiodothyronine secretion in early thyroid failure: The adaptive response of central feedforward control". European Journal of Clinical Investigation. 50 (2): e13192. doi:10.1111/eci.13192. PMID 31815292. S2CID 208956920.
  7. ^ Ramos, André; Chaves, Rafael; Favero, Elói (11 November 2019). "Simulação baseada em Dinâmica de Sistemas para o ensino da fisiologia do eixo Hipotálamo-hipófise-tireoide no contexto da graduação em medicina". Brazilian Symposium on Computers in Education (Simpósio Brasileiro de Informática Na Educação - SBIE) (in Portuguese). 30 (1): 962. doi:10.5753/cbie.sbie.2019.962. ISSN 2316-6533. S2CID 213401607.
  8. ^ Ghosh, Devleena; Mandal, Chittaranjan (2020). "Clustering Based Parameter Estimation of Thyroid Hormone Pathway". IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. PP (1): 343–354. doi:10.1109/TCBB.2020.2995589. PMID 32750849. S2CID 219479222.
  9. ^ DIETRICH, J. W.; TESCHE, A.; PICKARDT, C. R.; MITZDORF, U. (2004). "Thyrotropic Feedback Control: Evidence for an Additional Ultrashort Feedback Loop from Fractal Analysis". Cybernetics and Systems. 35 (4): 315–331. doi:10.1080/01969720490443354. S2CID 13421388.
  10. ^ Hoermann, R; Midgley, JE; Larisch, R; Dietrich, JW (2015). "Integration of Peripheral and Glandular Regulation of Triiodothyronine Production by Thyrotropin in Untreated and Thyroxine-Treated Subjects". Horm Metab Res. 47 (9): 674–80. doi:10.1055/s-0034-1398616. PMID 25750078. S2CID 9824656.
  11. ^ Dietrich, JW; Landgrafe-Mende, G; Wiora, E; Chatzitomaris, A; Klein, HH; Midgley, JE; Hoermann, R (2016). "Calculated Parameters of Thyroid Homeostasis: Emerging Tools for Differential Diagnosis and Clinical Research". Frontiers in Endocrinology. 7: 57. doi:10.3389/fendo.2016.00057. PMC 4899439. PMID 27375554.
  12. ^ Hoermann, Rudolf; Midgley, John E. M.; Larisch, Rolf; Dietrich, Johannes W. (October 2018). "The role of functional thyroid capacity in pituitary thyroid feedback regulation". European Journal of Clinical Investigation. 48 (10): e13003. doi:10.1111/eci.13003. PMID 30022470. S2CID 51698223.
  13. ^ Hoermann, R; Midgley, JE; Larisch, R; Dietrich, JW (February 2013). "Is pituitary TSH an adequate measure of thyroid hormone-controlled homoeostasis during thyroxine treatment?". European Journal of Endocrinology. 168 (2): 271–80. doi:10.1530/EJE-12-0819. PMID 23184912. S2CID 34158774.
  14. ^ Chatzitomaris, A; Hoermann, R; Midgley, JE; Hering, S; Urban, A; Dietrich, B; Abood, A; Klein, HH; Dietrich, JW (2017). "Thyroid Allostasis-Adaptive Responses of Thyrotropic Feedback Control to Conditions of Strain, Stress, and Developmental Programming". Frontiers in Endocrinology. 8: 163. doi:10.3389/fendo.2017.00163. PMC 5517413. PMID 28775711.
  15. ^ Midgley, JE; Hoermann, R; Larisch, R; Dietrich, JW (April 2013). "Physiological states and functional relation between thyrotropin and free thyroxine in thyroid health and disease: in vivo and in silico data suggest a hierarchical model". Journal of Clinical Pathology. 66 (4): 335–42. doi:10.1136/jclinpath-2012-201213. PMID 23423518. S2CID 46291947. Retrieved 4 December 2018.
  16. ^ Gezelter, Dan. "SimThyr – simulation software for pituitary thyroid feedback The OpenScience Project". The OpenScience Project. Archived from the original on 4 April 2019. Retrieved 6 February 2019.
  17. ^ Glensbo, Henrik. "Fokus i 2020 - stofskiftesygdom.dk". www.stofskiftesygdom.dk. Stofskiftesygdom. Retrieved 2 April 2020.
  18. ^ Lupínek, Jiří (2012). Freeware simulační a vizualizační nástroje pro GNU/Linux (in Czech). Západočeská univerzita v Plzni. hdl:11025/5282.
  19. ^ Arslan, M. Oguz (2014). "Özgür ve Açık Kaynak Yazılımın Ekonomik Faydaları: Saglık Sektörü Için Bir Degerlendirme [Economic Benefits of Free and Open Source Software: An Evaluation for Health Sector.]". Hacettepe Sağlık İdaresi Dergisi. 17: 119–31.
  20. ^ Dietrich, J. W. (2017). "SimThyr 4.0 Handbook and Reference". figshare. doi:10.6084/m9.figshare.4902098. {{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항 journal=(도움말)
  21. ^ Han, Simon Xian He (2013). THYROSIM: A Web Application for Human Thyroid System Regulation Education and Research. Los Angeles: UCLA.

외부 링크