FAM166B

FAM166B


배열 유사성을 가진 패밀리 166, 구성원 B 또는 FAM166B는 FAM166Bgene에 의해 암호화되는 인간의 특성 없는 단백질이다.

진

FAM166B 유전자는 9번 염색체의 짧은 팔에서 9p13.3의 마이너스 [1]가닥에 위치한다.게놈 배열은 35563899에서 35561830까지의 2,069개의 염기쌍에 걸쳐 있다.유전자 네이버는 RUSC2, RPS29P17 및 TESK1입니다.

9번 염색체의 FAM166B 위치 및 근방

표현

FAM166B는 인간의 [2]평균보다 0.5배 높게 발현된다.FAM166B는 부신, 나팔관 및 호흡기 상피조직에서 고도로 발현된다.골격근과 [3][4][5]심장근에서 적당히 발현되기에는 약하다.

주최자

FAM166B는 680bp에 [6]걸쳐 5' UTR을 포함하는 프로모터를 가질 것으로 예상된다.

mRNA

사람의 경우 FAM166B는 모두 [2]스플라이스된 10개의 전사 변형을 가지고 있다.FAM166B 트랜스크립트바리안트1의 길이는 1,092 bp로 총 6개의 엑손이 포함되어 있습니다.이 바리안트의 등록 번호는 NM_001164310입니다.[7]

단백질

아미노산 배열은 275개의 아미노산 길이이며 3개의 DUF 2475개 [8]영역을 포함합니다.3개의 DUF2475 영역은 아미노산 15~80, 174~234, 234~261입니다.예측 분자량은 30.6 kdal이고 예측 등전점은 8.414이다.[9]다른 인간 단백질에 비해 프롤린 구성이 12.4%로 정상보다 높은 것으로 알려져 있다.단백질은 잔류물 141에서 [10]172까지의 음전하 영역을 가지고 있다. 

1 MAVASTFIPGLNPHYPGYPGHCPLLRFSVGTYGGGLGLAWPPVHRTLLPPRPSPR71PRESPRESSFIFAKNCSQVAEALSDFHEKSELPKGRK 141 DTEKDQVPEGQLEEPLECTLEVEQASPISMDDRKFFFFGYVP

번역 후 변경

FAM166B는 12개의 인산화 부위,[11][12][13] 3개의 섬모일화 부위, 1개의 아세틸화 부위가 있을 것으로 예측된다.FAM166에는 예측된 신호 펩타이드 [14]배열이 없습니다.

구조.

FAM166B는 주로 알파 헬리크와 베타 [15]시트의 짧은 산란 영역을 가진 코일로 구성될 것으로 예상된다.예측된 막 통과 도메인은 없으며 이는 정형외과(Othologs)[16]를 통해 일관된다.

서브셀룰러 현지화

단, FAM166B의 세포내 위치는 [17][18]불분명하다.단백질의 평균 소수성은 -0.519272로, 이는 [16]수용성 단백질임을 시사한다.

호몰로지

맞춤법

FAM166B는 포유류, 조류, 파충류, 어류 및 일부 무척추동물에 다수의 철자를 가지고 있다.아래 표에는 [19]BLAST를 사용하여 발견된 다수의 FAM166B 맞춤법이 나열되어 있습니다.내림표는 FAM166B 철자를 가진 종의 다양성을 정체성의 내림차순으로 보여준다.

학명 공통명 단백질 등록 번호 시퀀스 길이(aa) 신원 유사성
호모 사피엔스 인간 NP_00115782.1 275
카멜루스 페루스 쌍봉낙타 XP_006187942.1 279 83% 87%
보스 황소자리 국내산 소 XP_005210130.1 303 81% 87%
펠리스카투스 가축 고양이 XP_003995654.1 280 81% 86%
쯔루시우스카타스 큰돌고래 XP_004312901.1 274 80% 86%
엘레판툴루스 에드워디 케이프엘리펀트 XP_006887001.1 275 80% 86%
무스쿨루스 마우스 XP_006538075.1 273 75% 82%
중편광대 아홉줄아르마딜로 XP_004457403.1 286 75% 82%
에쿠스 카발루스 말. XP_001914783.2 300 75% 80%
히가시모노도리 회색짧은꼬리주머니쥐 XP_007498869.1 292 57% 68%
킬로니아미다스 청거북 XP_007055984.1 251 47% 62%
티나무스구타투스 흰목티나무 XP_010220019.1 307 45% 55%
비단뱀이비타투스 버마 파이썬 XP_007427141.1 340 42% 56%
크세노푸스 트로피컬리스 서양발톱개구리 NP_001106452.1 306 42% 55%
아놀리스카롤리네시스 캐롤리나 아놀 XP_003228316.1 314 40% 53%
다니오 레리오 제브라피시 NP_001076489.2 299 39% 52%
포에실리아포모사 아마존 몰리 XP_007566989.1 262 34% 50%
오오나비늘보 꽃병 튜니케이트 XP_002129379.1 330 30% 42%
피코이데스 펍에스켄스 다우니 딱따구리 XP_009895146.1 296 26% 41%
히드라볼리스 민물폴립 XP_002162128.1 282 26% 41%
사코글로수스코와레프스키 도토리벌레 XP_002739701.1 332 24% 41%
강심자반자반충 청개구리 XP_786484.3 333 24% 40%

패럴로그

FAM166B에는 FAM166A라는1개의 패럴로그가 있으며 317 aa에 걸쳐 25%의 [20]아이덴티티를 가지고 있습니다.FAM166A의 등록번호는 NP_001001710입니다.

임상적 의의

질병.

현재 FAM166은 인간의 질병이나 상태 내에 관련되어 있지 않다.FAM166B는 유전성 경련성 경련성 경련성 경련성 경련성 경련성 경련성 경련(HSP)이라는 상염색체 역류성 질환을 일으키는 것으로 알려진 9번 염색체의 궤적인 경련성 경련성 경련성 경련성 경련성 경련성 경련 46에 위치하고 있지만, FAM166B는 인구대조절 [21]빈도로 인해 이 질환을 일으키는 유전자가 아닌 것으로 판정됐다.FAM166B는 고전적인 호지킨 림프종(cHL)[22]의 예후 예측 변수인 유전자를 찾는 특허에서 제외됐다.

레퍼런스

  1. ^ "NCBI Gene".
  2. ^ a b "AceView, NCBI".
  3. ^ "NCBI UniGene: FAM166B".
  4. ^ "Human Protein Atlas: FAM166B".
  5. ^ Gaudet, P; Argout-Put, G; Cusin, I; et al. (December 3, 2013). "neXtProt: Organizing Protein Knowledge in the Context of Human Proteome Projects". Journal of Proteome Research. 12 (1): 293–298. doi:10.1021/pr300830v. PMID 23205526.
  6. ^ "Genomatix ElDorado".
  7. ^ "NCBI Nucleotide". 30 June 2018. {{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항 journal=(도움말)
  8. ^ "NCBI Protein: FAM166B". Retrieved 28 Feb 2015.
  9. ^ "Biology Workbench 3.2".[영구 데드링크]
  10. ^ Brendel, V; Nourbakhsh, I.R.; Blaisdell, B.E. (March 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (6): 2002–2006. Bibcode:1992PNAS...89.2002B. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
  11. ^ "Net Phos 2.0".
  12. ^ "NetAcet".
  13. ^ "SUMOplot".
  14. ^ "SignalP".
  15. ^ "Biology Workbench 3.2: PELE".[영구 데드링크]
  16. ^ a b "SOSUI".
  17. ^ "The Human Protein Atlas".
  18. ^ "COMPARTMENTS: FAM166B".
  19. ^ "NCBI BLAST".
  20. ^ "NCBI Protein: FAM166A".
  21. ^ Martin, E; Schule, R; Smets, K; et al. (2013). "Loss of Function of Glucocerebrosidase GBA2 is responsible for Motor Neuron Defects in Hereditary Spastic Paraplegia". American Journal of Human Genetics. 92 (2): 238–244. doi:10.1016/j.ajhg.2012.11.021. PMC 3567271. PMID 23332916.
  22. ^ Gascoyne, R; Steidl, C; Scott, D. "Predicting prognosis in Classic Hodgkin Lymphoma". {{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항 journal=(도움말)