폴링 사용 가능한 구조 PDB Ortholog 검색: PDBe RCSB PDB ID 코드 목록 1NZP , 1RZT , 1XSL , 1XSN , 1XSP , 2BCQ , 2BCR , 2BCS , 2BCU , 2BCV , 2GWS , 2JW5, 2PFN , 2PFO , 2PF, 2PF , 2PF, 2PF, 2PF, 2BCS
식별자 에일리어스 POLL , BETAN, POLKAPPA, 중합효소(DNA) 람다, DNA 중합효소 람다외부 ID OMIM : 606343 MGI : 1889000 HomoloGene : 40863 GenCard : POLL 위키데이터
DNA 중합효소 람다 는 모든 진핵생물 에서 발견되는 효소 이다.인간의 경우, 그것 은 [5] [6] POLL 유전자에 의해 암호화된다.
기능. Pol δ는 X 계열 의 DNA 중합효소 이다. 이것은 DNA 이중 가닥 절단(DSB) 수복 [7] [8] 경로 인 비호몰로지 엔드 결합 (NHEJ) 중에 누락된 뉴클레오티드를 재동기화하는 것으로 생각된다. NHEJ는 DNA DSB의 수복을 위한 고등 진핵생물들의 주요 경로이다. 염색체 DSB는 DNA 손상의 가장 심각한 유형이다. NHEJ 동안 파손된 DNA 말단의 정렬에 의해 생성된 이중체에는 일반적으로 DNA 중합효소에 의해 채워져야 하는 작은 틈이 있습니다. DNA 중합효소 람다는 이 [9] 기능을 수행할 수 있다.
pol δ의 결정구조는 DNA 복제를 촉매하는 DNA 중합효소와는 달리 pol δ는 하류 DNA 가닥의 5' 인산염과 광범위하게 접촉한다는 것을 보여준다. 이를 통해 중합효소는 이중 가닥 파단의 양끝을 안정화시킬 수 있으며, 폴리γ가 비호몰로지 엔드 [10] 접합의 역할에 고유하게 적합한 방법을 설명합니다.
NHEJ와 더불어 pol δ는 Pol [11] [12] β가 없는 경우 백업 활성을 제공하는 염기절제수리 (BER)에 참여할 수 있으며, BER은 알킬화 , 산화, 탈수/탈리미드 및 DNA의 탈아미네이션 에 기인하는 작은 염기 손상을 복구하는 주요 경로이다.
폴리γ는 촉매 중합효소 도메인 외에 8kDa 도메인 및 BRCT 도메인 을 가진다. 8kDa 도메인은 가닥 [13] 절단 끝에서 5' 디옥시리보스인산기를 제거할 수 있는 리아제 활성을 가진다. BRCT 도메인은 포스포펩타이드 결합 도메인으로 DNA 복구 단백질 사이에서 공통적이며 단백질-단백질 상호작용 [14] 조정에 관여할 수 있다. Pol δ는 구조적으로나 기능적으로나 X패밀리의 다른 멤버인 Pol μ과 관련 되어 있으며 비호몰로지 엔드 [15] 결합에도 관여하고 있다. pol μ와 마찬가지로 pol δ는 척추동물 면역계 에서 B세포 와 T세포 수용체 다양성이 생성되는 과정인 V(D)J 재조합에 관여한다. 헤비체인 재배열에서는 pol μ가 중요한데 반해 라이트체인 [16] [17] 재배열에서는 pol μ가 더 중요한 것 같습니다. 효모 사카로미세스 세레비시아 에는 Pol4라고 불리는 pol [18] γ와 pol μ의 단일 상동체가 있다.
트랜스리온 합성은 복제 시 복제 중합효소 대신 특수화된 DNA 중합효소가 복제 시 손상되는 손상 내성 메커니즘이다. DNA 중합효소 람다는 아바산 부위의 전이 합성과 8-옥소드G [9] [19] 손상에 관여하는 것으로 보인다.
상호 작용 Pol has는 PCNA 와 [20] 대화하는 것 으로 나타났습니다.
레퍼런스 ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000166169 - 앙상블 , 2017년 5월 ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000025218 - 앙상블 , 2017년 5월 ^ "Human PubMed Reference:" . National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine . ^ "Mouse PubMed Reference:" . National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine . ^ "Entrez Gene: POLL polymerase (DNA directed), lambda" . ^ Aoufouchi S, Flatter E, Dahan A, Faili A, Bertocci B, Storck S, Delbos F, Cocea L, Gupta N, Weill JC, Reynaud CA (September 2000). "Two novel human and mouse DNA polymerases of the polX family" . Nucleic Acids Res . 28 (18): 3684–93. doi :10.1093/nar/28.18.3684 . PMC 110747 . PMID 10982892 . ^ Daley JM, Laan RL, Suresh A, Wilson TE (August 2005). "DNA joint dependence of pol X family polymerase action in nonhomologous end joining" . J. Biol. Chem . 280 (32): 29030–7. doi :10.1074/jbc.M505277200 . PMID 15964833 . ^ Lee JW, Blanco L, Zhou T, Garcia-Diaz M, Bebenek K, Kunkel TA, Wang Z, Povirk LF (January 2004). "Implication of DNA polymerase lambda in alignment-based gap filling for nonhomologous DNA end joining in human nuclear extracts" . J. Biol. Chem . 279 (1): 805–11. doi :10.1074/jbc.M307913200 . PMID 14561766 . ^ a b Bebenek K, Pedersen LC, Kunkel TA (2014). "Structure-function studies of DNA polymerase λ" . Biochemistry . 53 (17): 2781–92. doi :10.1021/bi4017236 . PMC 4018081 . PMID 24716527 . ^ Garcia-Diaz M, Bebenek K, Krahn JM, Blanco L, Kunkel TA, Pedersen LC (February 2004). "A structural solution for the DNA polymerase lambda-dependent repair of DNA gaps with minimal homology" . Mol. Cell . 13 (4): 561–72. doi :10.1016/S1097-2765(04)00061-9 . PMID 14992725 . ^ Tano K, Nakamura J, Asagoshi K, Arakawa H, Sonoda E, Braithwaite EK, Prasad R, Buerstedde JM, Takeda S, Watanabe M, Wilson SH (June 2007). "Interplay between DNA polymerases beta and lambda in repair of oxidation DNA damage in chicken DT40 cells" . DNA Repair (Amst.) . 6 (6): 869–75. doi :10.1016/j.dnarep.2007.01.011 . PMC 2080795 . PMID 17363341 . ^ Braithwaite EK, Prasad R, Shock DD, Hou EW, Beard WA, Wilson SH (May 2005). "DNA polymerase lambda mediates a back-up base excision repair activity in extracts of mouse embryonic fibroblasts" . J. Biol. Chem . 280 (18): 18469–75. doi :10.1074/jbc.M411864200 . PMID 15749700 . ^ García-Díaz M, Bebenek K, Kunkel TA, Blanco L (September 2001). "Identification of an intrinsic 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity in human DNA polymerase lambda: a possible role in base excision repair" . J. Biol. Chem . 276 (37): 34659–63. doi :10.1074/jbc.M106336200 . PMID 11457865 . ^ Yu X, Chini CC, He M, Mer G, Chen J (October 2003). "The BRCT domain is a phospho-protein binding domain". Science . 302 (5645): 639–42. doi :10.1126/science.1088753 . PMID 14576433 . S2CID 29407635 . ^ Nick McElhinny SA, Ramsden DA (August 2004). "Sibling rivalry: competition between Pol X family members in V(D)J recombination and general double strand break repair". Immunol. Rev . 200 : 156–64. doi :10.1111/j.0105-2896.2004.00160.x . PMID 15242403 . S2CID 36516952 . ^ Bertocci B, De Smet A, Berek C, Weill JC, Reynaud CA (August 2003). "Immunoglobulin kappa light chain gene rearrangement is impaired in mice deficient for DNA polymerase mu" . Immunity . 19 (2): 203–11. doi :10.1016/S1074-7613(03)00203-6 . PMID 12932354 . ^ Bertocci B, De Smet A, Weill JC, Reynaud CA (July 2006). "Nonoverlapping functions of DNA polymerases mu, lambda, and terminal deoxynucleotidyltransferase during immunoglobulin V(D)J recombination in vivo" . Immunity . 25 (1): 31–41. doi :10.1016/j.immuni.2006.04.013 . PMID 16860755 . ^ Lieber MR (July 2006). "The polymerases for V(D)J recombination" . Immunity . 25 (1): 7–9. doi :10.1016/j.immuni.2006.07.007 . PMID 16860749 . ^ Burak MJ, Guja KE, Hambardjieva E, Derkunt B, Garcia-Diaz M (2016). "A fidelity mechanism in DNA polymerase lambda promotes error-free bypass of 8-oxo-dG" . EMBO J . 35 (18): 2045–59. doi :10.15252/embj.201694332 . PMC 5282837 . PMID 27481934 . ^ Maga G, Villani G, Ramadan K, Shevelev I, Tanguy Le Gac N, Blanco L, Blanca G, Spadari S, Hübscher U (December 2002). "Human DNA polymerase lambda functionally and physically interacts with proliferating cell nuclear antigen in normal and translesion DNA synthesis" . J. Biol. Chem . 277 (50): 48434–40. doi :10.1074/jbc.M206889200 . PMID 12368291 .
PDB 갤러리
1nzp : 인간 DNA 중합효소 람다의 리아제 도메인 용액 구조
1rzt : 2개의 뉴클레오티드 갭 DNA 분자와 복합된 DNA 중합효소 람다의 결정구조
1xsl : 인간 DNA 중합효소 람다의 결정구조와 하나의 뉴클레오티드 DNA 갭
1xsn : 1개의 뉴클레오티드 DNA 갭과 ddTTP를 가진 복합체에서의 인간 DNA 중합효소 람다의 결정구조
1xsp : 절단된 DNA와 피로인산염 복합체의 인간 DNA 중합효소 람다의 결정구조
2bcq : 비쌍 Dtmp를 포함하는 DNA 이중체와 복합체 내 DNA 중합효소 람다
2bcr : 무쌍의 댐프를 포함한 DNA 이중체와 복합체의 DNA 중합효소 람다
2bcs : 무쌍 Dcmp를 포함하는 DNA 이중체와 복합체 DNA 중합효소 람다
2bcu : 무쌍 감쇠 및 T:T 불일치를 포함하는 DNA 이중체와 복합체 내 DNA 중합효소 람다
2bcv : Dtp 및 비쌍 Dtmp를 포함하는 DNA 이중체와 복합체인 DNA 중합효소 람다
2gws : 프라이머 말단에서 G/G 불일치가 있는 인간 DNA 중합효소 람다의 결정 구조
2pfn : DNA 중합효소 람다의 활성부위 중 Na
2ppo : DNA와 dUPNPP 복합체의 DNA 중합효소 람다
2pfp : DNA 및 dCTP와 복합체의 DNA 중합효소 람다
2pfq : 망간은 DNA 중합효소 람다-DNA 결정에서 촉매 작용을 촉진합니다.