자동 태그 데이터베이스

Autophagy database
자동 태그 데이터베이스
자동 태그 데이터베이스
내용
설명자가포장 관련 유전자와 단백질을 분류하는 데이터베이스
연락처
리서치센터정보 생물학 센터; 일본 DNA 데이터 뱅크, 룩셈부르크 보건 연구소
1차 인용옴마 외,[1] 룩셈부르크 보건 연구소
출시일자2010
접근
웹사이트www.tanpaku.org/autophagy/
도구들
웹autophagy.lu/index.html

자동포기 데이터베이스는 자동포기 관련 유전자와 단백질이 다른 잠재적으로 관련이 있는 단백질의 직교 또는 호몰로로 식별되는지 여부에 관계없이 광범위한 목록을 제공하는 것을 목표로 한다.시퀀스, 함수, 3D 구조 등 다양한 종류의 정보를 저장할 수 있어 검색 가능한 형식으로 접근할 수 있다.검색 가능한 형식을 사용하여 단일 출처로 이용할 수 있는 정보는 미래 연구자들을 위한 작업을 단순화할 것이다.그런 다음 이러한 출처는 사용자 등급, 유용한 리뷰 목록 및 원본 분석 결과와 같은 범주와 함께 최근 발표된 자동 호감도에 대한 참조 자료를 제공함으로써 이러한 목적을 달성하는 데 도움이 될 것이다.자동포진은 심장, 간, 신장과 같은 많은 인간 질병에서 역할을 할 수 있기 때문에, 그 메커니즘을 더 잘 이해하는 것이 필수적이다.일부 데이터베이스로 연구 과정을 단순화하는 것은 과학적인 이점을 제공할 것이다.[2]

오토파기

세포가 자신의 성분을 분해하는 과정인 오토파기는 리소솜으로 구성품을 포장하는 방식으로 진행된다.분해된 부품은 다른 세포 공정에서 사용될 수 있다.

[전체 배경은 오토패기]를 참조하십시오.

자동포기는 유기체의 세포가 비기능적이거나 불필요한 자기 성질을 파괴하는 과정이다.[3]구체적으로는 자가포진은 리소솜기계를 통한 세포 자체의 구성품들의 분해와 관련된 격변 과정이다.[1]자동포기는 또한 기아와 잠재적으로 위험한 세포물질의 제거에 매우 중요하며, 생명을 유지하는데 있어 그것의 필요성을 보여준다.[1]관련 그림 오토파기(Autophagy)에서 볼 수 있듯이, 세포 제품은 세포가 사용할 수 있는 새로운 물질을 생산하기 위해 라이소솜과 같은 파괴적인 세포 구성요소에 의해 분해된다.최근 몇 년 동안 자가포식 및 이와 관련된 과정에 대한 연구는 폭발적으로 증가했지만, 이러한 과정들 중 많은 것들이 완전히 이해되지 않았고 많은 단백질들에 대해 다른 종에서 호몰로로그가 발견되지 않았다.[1]그것의 분자 메커니즘은 보고된 수백 개의 자동포기 관련 유전자와 단백질에 의해 증명되었듯이, 그 분야의 극적인 진보에도 불구하고 완전히 설명되지 않았다.[1]이와 같이, 인간의 자동포화 단백질과 성분 및/또는 이들의 호몰로게이션과 다른 종에서 직교하는 것을 특징짓는 데이터베이스의 필요성이 입증되었다.

자동 태그 데이터베이스

오토파기 데이터베이스는 NIG(National Institute of Genetics, NIG) NIG가 1949년 6월 문부과학체육문화부에 의해 교수로 설립된 제품이다.초대 이사에는 오구마 간이 선출되었다.[4]시간이 지나면서 유전학, 유전학, DNA 연구, 그리고 특히 우리의 목적을 위해 DNA 데이터 은행과 같은 다양한 분야에 많은 학과가 추가되었다.[4]NIG는 일본 정보 시스템 연구 기구의 사단이며, 현재 9대 이사의 감독을 받고 있다.[4]NIG는 정보의 효율화를 추구하고, 연구로부터 사회 응용으로의 정보의 보급에 있어서 최고 수준의 연구를 실시하는 것을 목표로 한다.[4]이러한 목적을 위해 이 조직이 만든 도구는 오토패기 데이터베이스다.

오토파기 데이터베이스는 오토파기와 관련된 단백질의 데이터베이스다.Autophagy 데이터베이스는 모든 관련 정보를 수집하고 정리하며 사용자가 쉽게 최신 지식을 얻을 수 있도록 공개하고자 한다.특히 오토파기 데이터베이스는 관심사, 연구 및 기타 자동파기를 가진 사람들을 위해 "모든 것을 위한 무료" 도구를 제공한다.[3]이러한 목적을 더 잘 달성하기 위해, NIG의 이용 가능한 Autophagy 데이터베이스는 데이터베이스 사용자들이 정보를 전파하고 공유할 것을 요청하여, 필요한 모든 사람들에게 무료로 자동포기 관련 데이터를 이용할 수 있도록 한다.[1]관심 있는 연구 공동체에 있어서, 이 연구 보급 모델은 장래성이 있다.2018년 4월 현재, 4년 전(2018-04) 이 데이터베이스에는 582개의 검토된 단백질이 있다.[3]NCBI 호몰로진에서 이용할 수 있는 자기소독성 단백질을 포함하면 총 52,000개 이상의 단백질이 있다.[3]자동포기 데이터베이스는 41종의 서로 다른 종들 사이의 동음이의 단백질의 비교를 제공하여 새로운 자동포기 관련 단백질과 오래된 자동포기 관련 단백질을 검색함으로써 현재의 자동포기 연구가 합리화될 수 있도록 한다.[1]이 데이터베이스는 2010년 3월에 공개되었고 현재 82개의 eukaryotes에 7,444개의 유전자/단백질을 포함하고 있다.

인간 자동 응답 데이터베이스

인간 자동포기 데이터베이스는 룩셈부르크 보건 연구소(LIH)의 제품이다.[5]LIH는 룩셈부르크 전역에 바이오모니터링, 감염 및 면역, 보건 관리, 온콜로지, 스포츠 의학, 바이오뱅크를 위한 몇 개의 지점을 가지고 있다.이들 각 부서는 '건강관리와 개인화된 의학의 미래 도전에 영향을 미치는 연구 지식을 생성하여 임상 애플리케이션으로 변환하는 것'[5]이라는 LIH 사명선언을 지원하는 것을 목표로 한다.그것은 도구를 제공했다.[5]LIH의 실험 암 연구소는 이러한 도구들 중 하나를 확립하는데 도움을 주었는데, 그 도구는 인간 자동포기 데이터베이스로 알려진 데이터베이스였다.

인간 자동포기 데이터베이스(HADB)는 이용 가능한 또 다른 자동포기 자원이다.[2]오토파기 데이터베이스와 달리 인간의 자동포기 데이터베이스는 인간에게서 발견되는 단백질만을 비교한다.HADb는 최초의 인간 전용 자동포화 데이터베이스로, 이전에 자가포화 연구의 큰 확장을 보상할 수 있는 일관된 데이터베이스가 없었던 점을 감안할 때 연구자들이 직접 및 간접적으로 관련된 자동포화 단백질의 최신 목록을 찾을 수 있다.[2]HADb는 관심 유전자에 대한 정보를 제공할 뿐만 아니라 관심 유전자를 분석하는 데 사용될 수 있는 데이터베이스로 진화하는 것을 목표로 한다.[2]이를 위해, 새로 발견된 단백질과 유전자는 서로 다른 사용자가 제출 섹션에 제출할 수 있지만, HADb는 자가포장 관련 단백질 측면에서 최대한 완전하게 만들어졌다.인간 자동포기 데이터베이스에 의해 제공된 정보는 생물정보학 애플리케이션에서 더 많이 사용될 수 있다.

생물정보학에서 사용

이러한 데이터베이스가 생물학적 정보의 대규모 저장 공간임을 감안하여, 이러한 데이터베이스는 정보 수집과 분석을 단순화하기 위한 생물정보학 응용 프로그램에 사용될 수 있다.생물정보학자는 생물학적 발견과 빅데이터를 결합하여 과학적 발견을 개선하는데 도움을 줄 것으로 기대하고 있다.각 데이터베이스는 사용자 제출에 의해 이러한 데이터베이스가 유지되는 자동 자극 단백질 또는 관심 유전자를 연구하기 위해 사용될 수 있다.각 유전자에 대한 정보는 엔트레스, 앙상블, 펍메드에 접속하는 데 사용될 수 있다.FASTA 시퀀스는 블라스트와 같은 사이트를 이용한 시퀀스 분석에도 사용할 수 있다. Autoppagy 데이터베이스와 Human autophagy 데이터베이스가 사용할 수 있는 구체적인 용도는 다음과 같다.

자동포기 데이터베이스는 다른 종에서 자동포기 관련 단백질을 검색하는 데 사용할 수 있는 몇 가지 기능을 가지고 있다.

ADB 옵션

사용자는 http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html에서 Autophagy 데이터베이스에 접속할 수 있다.주어진 이미지 "Options for ADb"는 이 데이터베이스에 사용할 수 있는 다양한 옵션을 보여준다.강조 표시되지 않은 모든 탭은 유전자 검색과 무관한 추가 정보와 연락처 정보를 제공한다.사용자는 다음을 참조할 수 있다.

자동 포화 데이터베이스용 한 가지 사용-Prote
  • 노란색으로 강조 표시된 단백질 목록에는 사용자가 유기체를 선택하고 동의어, 유전자 ID, 단백질 접근 등을 검색할 수 있다.이 함수는 사용자에게 관심 있는 유전자에 대한 정보를 검색하는 방법에 대한 다중 옵션을 제공한다.단백질 목록에 대해 Autoppagy 데이터베이스에서 사용할 수 있는 옵션은 오른쪽에 주어진 단백질 목록에 주어진 예에서 볼 수 있다.동의어와 같은 다양한 옵션을 선택하면 사용자가 특정 쿼리를 사용하여 검색할 수 있다.
  • 녹색으로 강조 표시된 호몰로고 탭 아래의 호몰로고와 직교 사이의 자동 포기와 관련된 단백질의 일치.이것은 필요한 상자를 선택하여 다른 유기체와 세자를 비교할 수 있는 오른쪽의 이미지인 호몰로그에 따라 사용될 수 있다.
  • 특정 유전자를 찾다이것은 파란색으로 강조된 키워드 검색을 사용하여 수행될 수 있으며, 특정 종에 관심 있는 알려진 유전자를 일치시키기 위해 사용될 수도 있다.이것은 잠재적인 정형외과 의사를 결정하는 데 도움이 된다.
자동 응답 데이터베이스-호몰로그에 한 번 사용
  • 관심 유전자에 대한 호몰로글과 직교주황색으로 강조된 호몰로지 검색은 알려진 유전자의 FASTA 또는 비정형 텍스트 시퀀스를 검색하는 데 사용될 수 있다.이것은 연결된 자동포기 관련 단백질을 찾거나, 동음이의어나 직교체를 찾는데 도움이 될 수 있다.호몰로그와 직교는 관련 그림에서 볼 수 있는 것과 같이 다른 종과 택사 옵션이 주어지며, 종 내에서 또는 종 간에 사용자가 비교할 수 있다.
  • 데이터베이스에서 사용할 수 있는 한 유전자와 자동포자 유전자 사이의 연관성을 분석한다.회색으로 강조 표시된 Original Analysis(원본 분석)는 알려진 유전자와 잠재적인 자가포식 관련 유전자 일치를 찾는 데 사용될 수 있다.이러한 기능을 가장 잘 활용하려면 사용자는 "다운로드" 탭을 참고하여 모든 유전자 파일을 다운로드하여 자동포기 데이터베이스의 기능을 충분히 활용할 수 있도록 해야 한다.

인간의 자동포기 데이터베이스는 Look for gene과 Clustering에 사용할 수 있는 기능을 가지고 있다.[2]

유전자를 찾아라: HADB.

http://autophagy.lu/index.html,에 접속하면 이러한 옵션들에 접속할 수 있다.이해당사자들은 또한 데이터베이스에 새로운 인간 자동포화 단백질을 제출할 수 있다.사용자는 다음 각 호의 선택사항에 따라 데이터베이스를 활용할 수 있다.

  • 사용자는 Look for gene 범주에서 이름으로 유전자를 검색할 수 있다.유전자 기호인 앙상블 접근 번호, 염색체 위치 또는 관련 키워드를 사용하기 위해 유전자를 찾을 수 있다.이 방법을 사용하여 관심 유전자에 액세스하는 방법에 대한 간단한 지침은 "Look for gene: HADB" 그림에서 제공된다. 간단히 말하면 사용자는 웹사이트에 접속하여 강조 표시된 탭을 선택하고 관련 이미지에 제공된 사용 가능한 탭을 사용하여 관심 유전자를 검색한다.특히 사용자는 관련 표에서 사용할 옵션을 선택한 다음 기호 또는 동의어, 염색체, 등록 번호 또는 키워드 등 원하는 탭에 대한 정보를 입력하십시오.탭이 선택되면 정보를 입력하고 검색하여 연결된 자동포장 관련 단백질을 확인할 수 있다.
클러스터링: HADB.
  • 사용자는 유전자를 알파벳 순서로 볼 수 있는 클러스터링을 언급할 수도 있다.이 검색을 수행하는 방법에 대한 간단한 지도가 이미지 "클러스터링: HADB"에 나타나 있다.사용자는 먼저 http://autophagy.lu/index.html,을 참조한 후 "클러스터링" 영상에서 강조 표시된 탭을 선택하여 관심 유전자에 액세스한다.그런 다음 사용자는 관심 유전자를 알파벳 순으로 선택하여 추가 정보를 수집할 수 있다.이 데이터베이스는 인간의 자기소개 유전자만을 포함하고 있지만, 사용자는 사용하기 위해 데이터베이스를 다운로드할 필요가 없으며, 자기소개 과정의 복잡한 과정에 관여하는 유전자와 단백질을 찾을 수 있다.

데이터베이스의 제한 사항

각 데이터베이스는 각각의 장단점을 제공한다.

  • 자동 태그 데이터베이스:개념적으로 오토파기 데이터베이스는 다양한 종의 자기포기 관련 단백질에 대한 정보에 쉽게 접근할 수 있는 기회를 제공한다.[3]그러나 이 데이터베이스를 사용하는 데는 몇 가지 문제가 있다.사용자는 ADb에 사용 가능한 옵션의 정렬을 시도할 수 있지만, 이러한 옵션은 Autoppagy 데이터베이스에서 콘텐츠를 다운로드하지 않고는 사용할 수 없다.사용자가 다운로드 탭(흰색으로 "Options for ADb"에 표시됨)에 액세스할 수 있지만, 이는 미국 기반의 와이파이 서비스를 사용할 때 텍스트 출력만 제공한다.따라서 사용자는 위에서 언급한 다양한 옵션에 GUI 형식으로 접근할 수 없고 오히려 텍스트 출력을 검색해야 한다.사용자는 Autophagy 데이터베이스를 다운로드할 수 있지만, 이 파일들은 Apple OS를 사용하여 액세스하기 어려울 수 있다.이것은 미국에 기반을 둔 사용자들의 사용 편의성을 복잡하게 만들어 오토파기 데이터베이스의 유틸리티를 감소시킨다.이것은 국제적으로 이용 가능한 데이터베이스의 잠재적인 복잡성으로, 사용 편의성을 복잡하게 만든다.
  • 인간 자동 검색 데이터베이스:국제적으로 이용 가능한 데이터베이스도 있지만, 인간 자동포기 데이터베이스의 사용 편의성은 상당히 개선되었다.이용 가능한 모든 옵션은 제한적이긴 하지만 미국에 기반을 둔 와이파이 서비스를 이용하여 접속할 수 있다.인간의 자동포기 데이터베이스는 자동포기 데이터베이스가 제공하는 것보다 사용할 수 있는 옵션이 적기 때문에 데이터 수집 및 분석에 사용할 수 있는 옵션의 배열에서 제한된다.데이터베이스는 또한 인간의 자동포기 관련 유전자와 단백질만을 저장한 반면,[2] 오토포기 데이터베이스는 다양한 다른 종에서 사용할 수 있는 자동포기 관련 유전자와 단백질에 대한 정보를 가지고 있다.

데이터베이스의 이점

데이터베이스마다 장단점이 있지만 각 데이터베이스는 공백을 메우는 데 도움을 준다.[3]추가적으로 추가하면 향후 이러한 데이터베이스를 개선하는 데 도움이 될 수 있다.NCBI, HADb, Autophagy 데이터베이스와 같이 일반 유전자 또는 단백질 검색을 위해 더 완전한 것으로 보이는 데이터베이스가 있을 수 있지만, 자동포기 관련 유전자와 단백질에 대한 가장 완전한 정보를 제공한다.GUI는 각각에 대해 완전히 정제되지 않았으며, 접근하기가 더 어려울 수 있지만, 이러한 각 데이터베이스는 자동 호피에 초점을 맞춘 반면, NCBI는 자동 호피에 대해 동일한 집중적인 접근법을 사용하지 않는다.이와 같이, HADb와 Autoppagy 데이터베이스는 자동포자기와 관련된 유전자와 단백질의 탐사를 위한 흥미로운 경로를 제공할 수 있다.

참고 항목

참조

  1. ^ a b c d e f g Homma, Keiichi; Suzuki Koji; Sugawara Hideaki (Jan 2011). "The Autophagy Database: an all-inclusive information resource on autophagy that provides nourishment for research". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D986-90. doi:10.1093/nar/gkq995. PMC 3013813. PMID 20972215.
  2. ^ a b c d e f g 룩셈부르크 보건 연구소(n.d.)HADb: 인간의 자동포기 데이터베이스.http://autophagy.lu/index.html에서 2018년 4월 13일 검색
  3. ^ a b c d e f 호마, K, 스즈키, K, & 스가와라, H. (n.d.)자동 태그 데이터베이스http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html에서 2018년 4월 13일 검색
  4. ^ a b c d e 국립유전학연구소.(2018).국립유전학연구소.https://www.nig.ac.jp/nig/에서 2018년 4월 23일 검색
  5. ^ a b c 룩셈부르크 보건 연구소(2015년).룩셈부르크 보건 연구소.https://www.lih.lu/에서 2018년 4월 23일 검색

외부 링크