아미드 링

Amide ring

아미드 링은 단백질과 폴리펩타이드에 있는 작은 모티브다. 그것들은 측면 체인 아마이드 그룹과 짧은 폴리펩타이드의 메인 체인 원자 사이에 있는 두 개의 CONN... 수소 결합에 의해 형성된 9원자 또는 11원자 링으로 구성되어 있다.[1] 그것들은 단백질과 폴리펩타이드 내에서 글루타민이나 아스파라긴 사이드 체인으로 관찰된다. 구조적으로 유사한 고리는 단백질의 주요 사슬 원자에 푸린, 피리미딘, 니코틴아미드 염기 결합에서 발생한다. 아스파라긴과 글루타민 중 약 4%가 아미드 링을 형성한다; 단백질 영역 구조의 데이터베이스에는 평균적으로 다른 모든 단백질이 존재한다.

그러한 링에서 폴리펩타이드에는 베타 시트 또는 타입 II 폴리프로라인 나선(PPII)의 순응이 있다. 다수의 글루타민 및 아스파라긴은 이러한 모티브를 형성하여 펩타이드(PPII 순응)를 등급 II MHC(Major Histocomatic Complex) 단백질의 홈에 결합하는 것을 돕는다. 글루타민 잔류물을 포함하는 11-원자 아미드 링은 일부 면역글로불린 G 항체의 라이트 체인 가변 영역 내부에 발생하며 두 베타 시트를 연결하는 데 도움을 준다.

아미드 링은 그것이 결합하는 단백질 내의 특정 아스파라긴에 대한 어댑터 단백질 GRB2의 특수성에 사용된다. GRB2는 펜타펩타이드 EYINQ에 강하게 결합된다(티로신이 인산화되었을 때). 그러한 구조에서 9-원자 아미드 링은 펜타펩타이드 아스파라긴의 아미드 사이드 체인과 GRB2의 잔류물 109의 주요 체인 원자 사이에 발생한다.[3]

참조

  1. ^ Le Questel, JY; Morris DG (1993). "Common ring motifs in proteins involving asparagine or glutamine groups hydrogen-bonded to main-chain atoms". Journal of Molecular Biology. 231 (3): 888–896. doi:10.1006/jmbi.1993.1335. PMID 8515458.
  2. ^ Painter, CA; Negroni MP (2011). "Conformational Liability in Class II MHC 3/10-Helix". Proc Natl Acad Sci USA. 108 (48): 19329–19338. doi:10.1073/pnas.1108074108. PMC 3228433. PMID 22084083.
  3. ^ Rahuel, J; Gay B (1996). "Structural basis for specificity of GRB-2-SH2 revealed by a novel ligand binding mode". Nat Struct Biol. 90 (7): 586–589. doi:10.1038/nsb0796-586. PMID 8673601. S2CID 1899970.

외부 링크


Stub icon

이 단백질 관련 기사는 단조롭다. 위키피디아를 확장하여 도울 수 있다.

  1. ^ Leader, DP; Milner-White (2009). "Motivated Proteins: A web application for studying small three-dimensional protein motifs". BMC Bioinformatics. 10 (1): 60. doi:10.1186/1471-2105-10-60. PMC 2651126. PMID 19210785.
  2. ^ Golovin, A; Henrick (2008). "MSDmotif: exploring protein sites and motifs". BMC Bioinformatics. 9 (1): 312. doi:10.1186/1471-2105-9-312. PMC 2491636. PMID 18637174.