5-브로모우리딘

5-Bromouridine
5-브로모우리딘
5-Bromouridine Haworth.svg
이름
IUPAC 이름
5-브로모우리딘
우선 IUPAC 이름
1-[(2R, 3R, 4S, 5R)-3, 4-디히드록시-5-(히드록시메틸)옥소란-2-일]-5-브로모이미다졸-2, 4(1H, 3H)-디온
기타 이름
5-브로모우라실 리보뉴클레오시드, 1-β-리보푸라노실-5-브로모우라실, 5-브로모우리딘
식별자
3D 모델(JSmol)
약어 부루도
33664
체비
켐스파이더
ECHA 정보 카드 100.012.260 Edit this at Wikidata
EC 번호
  • 213-486-6
유니
  • InChI=1S/C9H11BrN2O6/c10-3-12(9)11-7(3)16)8-6(15)5(14)4(14)18-8/h1,4-6,8,13-15H,2H2,11,17)
    키: AGFIRQJZCNVMCW-UAKXSSHOSA-N
  • InChI=1/C9H11BrN2O6/c10-3-12(9)11-7(3)16)8-6(15)5(14)4(2-13)18-8/h1,4-6,8,13-15H,2H2,(11,11,17)t
    키: AGFIRQJZCNVMCW-UAKXSSHOBS
  • BrC=1C(=O)NC(=O)N(C=1)[C@@H]2O[C@@H]([C@H](O)[C@H]2O)CO
특성.
C9H11브르N2O6
몰 질량 323.099g/120−1
외모 결정성, 백색 고체
밀도 2.043 g/cm3
녹는점 180~182°C(356~360°F, 453~455K)(분해)
키랄 회전([α])D
 [α]22/D -11°, c = 2 in2[1] HO
위험 요소
화재시 유해분해 생성물 - 탄소산화물, 질소산화물(NOx), 수소

브롬화 가스

달리 명시되지 않은 한 표준 상태(25°C[77°F], 100kPa)의 재료에 대한 데이터가 제공됩니다.

5-브로모우리딘(BrUrd, 5BrU, br5Urd 또는 드물게 1글자 코드 B)[2]은 5번째 [3]탄소에 브로모 치환기를 가진 우리딘 유도체이다.BrUrd는 RNA에 통합되어 면역세포화학적으로 검출되고 세포측정법에 의해 분석될 수 있다.염기 치환을 통해 DNA 손상을 일으키고 [4]돌연변이 수를 증가시킵니다.

사용하다

반감기 액티비티 검출

5-브로모우리딘은 또한 RNA 분자의 반감기를 검출하는데 사용되어 왔다.5'-브로모-우리딘 면역침강 추적-깊이 염기서열분석(BRIC-seq)이라는 방법에서는 5'-브로모우리딘을 사용하여 RNA를 표시하고 시간에 따른 RNA 수준 측정을 가능하게 한다.이 방법은 코드화되지 [5]않은 RNA의 기능을 조사하기 위해 RNA 반감기를 결정하는 Tani 등의 연구에서 사용되었다.

프리 mRNA 스플라이싱

또한 5-브로모리딘은 Wansink의 연구에서 시험관내 mRNA 슬라이싱을 연구하기 위해 사용되었으며, 5-브로모리딘 5'-트리인산(BruUTP)은 사전 mRNA 라벨 부착 및 스플라이싱의 효율성 조사에 사용되었다.그들은 RNA 전사체의 우리딘이 BrU로 대체되면 스플라이싱이 억제된다는 것을 발견했는데, 이는 Us가 스플라이싱 반응에 [6]매우 중요하다는 것을 시사했다.

개별 세포에서 RNA 합성 검출

개별 세포에 의한 5-브로모우리딘의 혼입은 BrdU에 대한 항체를 이용하여 면역세포화학적으로 검출되었고, 그 후 흐름세포측정법이 [7]실시되었다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Peter J., Linstrom, Peter J., Mallard, William G. (ed.); NIST 화학 웹북, NIST 표준 참조 데이터베이스 번호 69, 국립 표준 기술 연구소, Gaithersburg(MD), http://webbook.nist.gov (2012년 12월)
  2. ^ IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature (1970). "Abbreviations and symbols for nucleic acids, polynucleotides, and their constituents". Biochemistry. 9 (20): 4022–4027. doi:10.1021/bi00822a023.
  3. ^ CSID:82616, http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.82616.html (2012년 10월 19일 22:51)
  4. ^ '5-글루코우리딘(CHEBI:20553)' EBI.ac.uk유럽생물정보학연구소, 2010년 11월 30일웹. 2012년 10월 26일<http://www.ebi.ac.uk/chebi/advancedSearchFT.do;jsessionid=29B3462C81CE2E1F80223B50A927F832?chebiId=20553&structureSearchMethod=substructure>
  5. ^ Tani, H; Mizutani, R; Salam, KA; Tano, K; Ijiri, K; Wakamatsu, A; Isogai, T; Suzuki, Y; Akimitsu, N (2012). "Genome-wide determination of RNA stability reveals hundreds of short-lived noncoding transcripts in mammals". Genome Research. 22 (5): 947–56. doi:10.1101/gr.130559.111. PMC 3337439. PMID 22369889.
  6. ^ Wansink, DG; Nelissen, RL; De Jong, L (1994). "In vitro splicing of pre-mRNA containing bromouridine". Molecular Biology Reports. 19 (2): 109–13. doi:10.1007/BF00997156. hdl:11245/1.105890. PMID 8072491. S2CID 10367635.
  7. ^ Larsen, J. K.; Jensen, P. Ø.; Larsen, J (2001). Flow cytometric analysis of RNA synthesis by detection of bromouridine incorporation. Current Protocols in Cytometry. Vol. 12. pp. 7.12.1–7.12.11. doi:10.1002/0471142956.cy0712s12. ISBN 978-0471142959. PMID 18770724. S2CID 39703414.

외부 링크

  • Peter J., Linstrom, Peter J., Mallard, William G. (ed.); NIST 화학 웹북, NIST 표준 참조 데이터베이스 번호 69, 국립 표준 기술 연구소, Gaithersburg(MD), http://webbook.nist.gov (2012년 12월)