스테이든 패키지
Staden Package| 원본 작성자 | 로저 스타든 |
|---|---|
| 개발자 | 제임스 본필드 외 |
| 초기 릴리즈 | 1977; 전 ( |
| 안정적 해제 | 2.0.0b9 / 2012년 1월 24일; 전 |
| 릴리스 미리 보기 | 2.0.0b11 / 2016년 4월 25일; 전 |
| 리포지토리 | sourceforge |
| 기록 위치 | C, C++, 포트란, Tcl |
| 운영 체제 | Unix, Linux, macOS, Windows |
| 플랫폼 | IA-32, x86-64 |
| 다음에서 사용 가능 | 영어 |
| 유형 | 생물정보학 |
| 면허증 | BSD 3-클라우스 |
| 웹사이트 | 스타덴.소스포레지 |
Staden 패키지는 컴퓨터 소프트웨어로 DNA 시퀀스 조립, 편집 및 시퀀스 분석을 위한 도구 모음입니다.그것은 BSD 3-clause 라이센스에 따라 출시되는 오픈 소스 소프트웨어다.
패키지 구성 요소
Staden 패키지는 몇 가지 다른 프로그램으로 구성되어 있다.주요 구성 요소는 다음과 같다.
- pregap4 – Prred, 엔드 클리핑 및 벡터 트리밍을 사용한 베이스 호출
- trev – 추적 보기 및 편집
- gap4 – 시퀀스 조립, 편집 및 마감
- gap5 – 조립체 시각화, 편집 및 NGS 데이터[1] 마감
- 스핀 – DNA 및 단백질 시퀀스 분석
역사
스테이든 패키지는 1977년부터 영국 케임브리지 분자생물학회의 의학연구협의회(MRC) 연구소에 있는 로저 스타든의 연구팀이 개발했다.[2][3][4]이 패키지는 학계 사용자들에게 무료로 제공되었고, 2003년에 2,500개의 면허가 발급되었고 추가 개발을 위한 자금 지원이 종료되었을 때 약 1만 명의 사용자들이 사용했을 것으로 추정된다.[5]이 패키지는 2004년에 오픈 소스로 전환되었고, 이후 몇 가지 새로운 버전이 출시되었다.
몇 년간의 활발한 개발 기간 동안, Staden 그룹은 SCF 파일 형식,[6] 정확한 컨센서스 시퀀스를 생성하기 위한 시퀀스 품질 점수 사용,[7] ZTR 파일 형식 등 널리 사용되는 많은 파일 형식과 아이디어를 발표했다.[8]
참고 항목
참조
- ^ Bonfield JK, Whitwham A (2010). "Gap5—editing the billion fragment sequence assembly". Bioinformatics. 26 (14): 1699–1703. doi:10.1093/bioinformatics/btq268. PMC 2894512. PMID 20513662.
- ^ Staden R (1979). "A strategy of DNA sequencing employing computer programs". Nucleic Acids Res. 6 (7): 2601–2610. doi:10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874. PMID 461197.
- ^ Staden R (1984). "Computer methods to aid the determination and analysis of DNA sequences". Biochem Soc Trans. 12 (6): 1005–1008. doi:10.1042/bst0121005. PMID 6397374.
- ^ Staden R, Beal KF, Bonfield JK (2000). "The Staden package, 1998". Methods Mol Biol. 132: 115–130. doi:10.1385/1-59259-192-2:115. PMID 10547834.
- ^ "UK s MRC Ends Support for Staden Package: First Sign of Post-HGP Funding Priority Shift?". Genomeweb. Genomeweb LLC. 5 May 2003. Retrieved 15 November 2016.
- ^ Dear S, Staden R (1992). "A standard file format for data from DNA sequencing instruments". DNA Seq. 3 (2): 107–110. doi:10.3109/10425179209034003. PMID 1457811.
- ^ Bonfield JK, Staden R (1995). "The application of numerical estimates of base calling accuracy to DNA sequencing projects". Nucleic Acids Res. 23: 1406–1410. doi:10.1093/nar/23.8.1406. PMC 306869. PMID 7753633.
- ^ Bonfield JK, Staden R (2002). "ZTR: a new format for DNA sequence trace data". Bioinformatics. 18: 3–10. doi:10.1093/bioinformatics/18.1.3. PMID 11836205.
