SgrS RNA
SgrS RNA| SgrS RNA | |
|---|---|
 | |
| 식별자 | |
| 기호. | Sgrs |
| Rfam | RF00534 |
| 기타 데이터 | |
| RNA형 | 유전자; 안티센스 |
| 도메인 | 박테리아 |
| 가세요 | GO:0032057 GO:0043488 GO:0030371 |
| 그렇게 | SO:0000655 |
| PDB 구조 | PDBe |
SgrS(당류 수송 관련 sRNA, 이전 명칭 ryaA)[1]는 포도당-인산 스트레스 동안 대장균의 SgrR에 의해 활성화되는 227 뉴클레오티드 소 RNA이다.포도당-인산 스트레스의 성질은 완전히 이해되지 않지만 포도당-6-인산의 [2]세포 내 축적과 관련이 있다.SgrS는 ptsG mRNA(포도당 운반체 암호화)와 염기쌍을 이루고 RNase E 의존적인 [3][4]방식으로 분해함으로써 세포가 포도당-인산 스트레스로부터 회복하도록 돕는다.또한 SgrS와 ptsG mRNA 사이의 염기쌍에는 염기쌍을 통해 [5]표적에 영향을 미치는 작은 RNA에 의해 자주 요구되는 RNA 샤페론인 Hfq가 필요하다.sgrS를 발현하는 세포가 새로운 포도당 운반체를 생성하지 못하면 포도당 흡수가 줄어들고 포도당 6-인산 수치가 감소한다.SgrS는 또한 43개의 아미노산 기능성 폴리펩타이드인 SgrT를 코드한다는 점에서 특이하고 작은 RNA로 포도당 흡수를 막아 포도당-인산 스트레스로부터 세포 회복을 돕는다.SgrT의 활성은 PtsG [2]단백질의 ptsG mRNA 수준에 영향을 미치지 않는다.포도당 운반체 PtsG의 [6][7]조절을 통해 SgrT가 그 효과를 발휘하는 것이 제안되었다.
SgrS는 원래 대장균에서 발견되었지만, 그 이후 살모넬라 장테리카와 같은 다른 감마프로테오박테리아와 [8]시트로박터속 동물에서 발견되었다.이러한 호몰로지를 사용하는 비교 유전체 기반 표적 예측 접근법이 개발되어 SgrS 표적 ptsI(b2416)를 예측하기 위해 사용되었으며, 이후 실험적으로 [9]검증되었다.
레퍼런스
- ^ Vanderpool CK, Gottesman S (November 2004). "Involvement of a novel transcriptional activator and small RNA in post-transcriptional regulation of the glucose phosphoenolpyruvate phosphotransferase system". Molecular Microbiology. 54 (4): 1076–89. doi:10.1111/j.1365-2958.2004.04348.x. PMID 15522088. S2CID 24804508.
- ^ a b Wadler CS, Vanderpool CK (December 2007). "A dual function for a bacterial small RNA: SgrS performs base pairing-dependent regulation and encodes a functional polypeptide". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (51): 20454–9. doi:10.1073/pnas.0708102104. PMC 2154452. PMID 18042713.
- ^ Vanderpool CK, Gottesman S (March 2007). "The novel transcription factor SgrR coordinates the response to glucose-phosphate stress". Journal of Bacteriology. 189 (6): 2238–48. doi:10.1128/JB.01689-06. PMC 1899371. PMID 17209026.
- ^ Rice JB, Vanderpool CK (May 2011). "The small RNA SgrS controls sugar-phosphate accumulation by regulating multiple PTS genes". Nucleic Acids Research. 39 (9): 3806–19. doi:10.1093/nar/gkq1219. PMC 3089445. PMID 21245045.
- ^ Kawamoto H, Koide Y, Morita T, Aiba H (August 2006). "Base-pairing requirement for RNA silencing by a bacterial small RNA and acceleration of duplex formation by Hfq". Molecular Microbiology. 61 (4): 1013–22. doi:10.1111/j.1365-2958.2006.05288.x. PMID 16859494. S2CID 35533720.
- ^ Maki K, Morita T, Otaka H, Aiba H (May 2010). "A minimal base-pairing region of a bacterial small RNA SgrS required for translational repression of ptsG mRNA". Molecular Microbiology. 76 (3): 782–92. doi:10.1111/j.1365-2958.2010.07141.x. PMID 20345651. S2CID 39687800.
- ^ Kawamoto H, Morita T, Shimizu A, Inada T, Aiba H (February 2005). "Implication of membrane localization of target mRNA in the action of a small RNA: mechanism of post-transcriptional regulation of glucose transporter in Escherichia coli". Genes & Development. 19 (3): 328–38. doi:10.1101/gad.1270605. PMC 546511. PMID 15650111.
- ^ Horler RS, Vanderpool CK (September 2009). "Homologs of the small RNA SgrS are broadly distributed in enteric bacteria but have diverged in size and sequence". Nucleic Acids Research. 37 (16): 5465–76. doi:10.1093/nar/gkp501. PMC 2760817. PMID 19531735.
- ^ Wright PR, Richter AS, Papenfort K, Mann M, Vogel J, Hess WR, Backofen R, Georg J (September 2013). "Comparative genomics boosts target prediction for bacterial small RNAs". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (37): E3487-96. Bibcode:2013PNAS..110E3487W. doi:10.1073/pnas.1303248110. PMC 3773804. PMID 23980183.
추가 정보
- Vanderpool CK (April 2007). "Physiological consequences of small RNA-mediated regulation of glucose-phosphate stress". Current Opinion in Microbiology. 10 (2): 146–51. doi:10.1016/j.mib.2007.03.011. PMID 17383224.
- Aiba H (April 2007). "Mechanism of RNA silencing by Hfq-binding small RNAs". Current Opinion in Microbiology. 10 (2): 134–9. doi:10.1016/j.mib.2007.03.010. PMID 17383928.
- Sun Y, Vanderpool CK (November 2013). "Physiological consequences of multiple-target regulation by the small RNA SgrS in Escherichia coli". Journal of Bacteriology. 195 (21): 4804–15. doi:10.1128/JB.00722-13. PMC 3807494. PMID 23873911.
- Bobrovskyy M, Vanderpool CK (2014). "The small RNA SgrS: roles in metabolism and pathogenesis of enteric bacteria". Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 4: 61. doi:10.3389/fcimb.2014.00061. PMC 4021124. PMID 24847473.
- Papenfort K, Sun Y, Miyakoshi M, Vanderpool CK, Vogel J (April 2013). "Small RNA-mediated activation of sugar phosphatase mRNA regulates glucose homeostasis". Cell. 153 (2): 426–37. doi:10.1016/j.cell.2013.03.003. PMC 4151517. PMID 23582330.
