R2 RNA 원소

R2 RNA element
R2 RNA 원소
RF00524.jpg
R2_retro_el의 2차 구조 및 시퀀스 보존 예측
식별자
기호.R2_retro_el
RfamRF00524
기타 데이터
RNA형시스레그
도메인진핵생물
그렇게SO:0000233
PDB 구조PDBe

R2 RNA 원소는 대부분의 곤충 [1]게놈의 28S 리보솜 RNA(rRNA) 유전자의 특정 부위에 삽입되는 비장 말단 반복(비 LTR) 역전이성 요소이다.주문은 게놈으로 삽입하기, RNA유래 전이 인자 단백질(R2)단백질 하나를 삽입 지점에서 DNA가닥에서 불린 목표가 RNA게놈 DNA.[로 출판되어 것은 오히려 전사(TPRT),-촉발 뒷면이 전사 과정을 프라이밍 하는 데 3′ 수산기 이 별명에서 노출을 사용하는 특정한 별명을 만든다를 인코딩했다.2]

3' UTR 요소

R2 요소 3' UTR RNA는 R2 역전사 과정(숙주 [3]게놈에 역전사 삽입의 필수 부분)을 프라이밍하는 데 관여하는 R2 역전사에서 식별되는 시스 작용 요소이다.R2 3' 미번역 영역(3'UTR)에서 발견된 RNA 단편은 TPRT 동안 R2 단백질의 한 복사본과 상호작용하는 것으로 나타났다.이 조각은 드로소필라와 비단나방, 그리고 두 [3]그룹 사이에 보존된 2차 구조를 가지고 있는 것으로 나타났다.

5' UTR 리보자임

R2 원소는 숙주 유기체 28S 리보솜 RNA(rRNA)와 함께 전사된다.완전히 성숙한 R2 메신저 RNA(mRNA)가 되려면 초기 R2 전사체를 처리하여 28S rRNA를 제거해야 합니다.이 과정은 R2 [4]RNA의 5' 접합부에서 형성되는 자가 절단 리보자임을 통해 일어난다.이 리보자임은 HDV 리보자임과 높은 구조적 유사성을 가지고 있는 것으로 밝혀졌지만 그들은 상동성이 아니다; 두 배열은 수렴 [4]진화를 거친 것으로 생각된다.

5' R2 단백질 결합 부위

5' R2 단백질 결합 부위는 5' UTR의 일부와 R2 ORF의 시작에 걸쳐 있는 영역에서 발생한다.또한 이 영역은 결합에서 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이, 구조 탐침 및 자유 에너지 [5]최소화까지 추론된 보존된 2차 구조를 가지고 있다.현재까지 구조 보존은 5종류의 나방에서만 기술되고 있다.봄빅스모리(R2Bm), 사미아신시아(R2Sc), 코시노세라헤라클레스(R2Ch), 콜로사미아프로메테아(R2Cpr), 새터니아피리(R2Spy)

5' R2 유사 노 RNA의 구조 비교

이 5' 단백질 결합 부위 내에서 RNA 유사 노 구조가 발생한다.[6]5종의 누에나방 사이에서 보존성이 높다.염기서열 비교는 RNA의 2차 구조가 생물학적으로 중요하다는 것을 나타내는 나선 영역 내의 보상적 돌연변이의 증거를 보여준다.특히,[7] 이 의사 노트는 변환의 개시에 영향을 주는 것으로 제안되고 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ Luan DD, Korman MH, Jakubczak JL, Eickbush TH (1993). "Reverse transcription of R2Bm RNA is primed by a nick at the chromosomal target site: a mechanism for non-LTR retrotransposition". Cell. 72 (4): 595–605. doi:10.1016/0092-8674(93)90078-5. PMID 7679954. S2CID 42587840.
  2. ^ Christensen, SM; Ye, J; Eickbush, TH (2006). "RNA from the 5′ end of the R2 retrotransposon controls R2 protein binding to and cleavage of its DNA target site". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (47): 17602–17607. Bibcode:2006PNAS..10317602C. doi:10.1073/pnas.0605476103. PMC 1693793. PMID 17105809.
  3. ^ a b Ruschak AM, Mathews DH, Bibillo A, et al. (2004). "Secondary structure models of the 3′ untranslated regions of diverse R2 RNAs". RNA. 10 (6): 978–987. doi:10.1261/rna.5216204. PMC 1370589. PMID 15146081.
  4. ^ a b Eickbush, DG; Eickbush, TH (Jul 2010). "R2 Retrotransposons Encode a Self-Cleaving Ribozyme for Processing from an rRNA Cotranscript". Molecular and Cellular Biology. 30 (13): 3142–3150. doi:10.1128/MCB.00300-10. PMC 2897577. PMID 20421411.
  5. ^ Kierzek, E., Kierzek, R., Moss, W. N., Christensen, S. M., Eickbush, T. H. & Turner, D. H. (2008)이소에너지 펜타 및 헥사뉴클레오티드 마이크로어레이 프로빙 및 화학적 매핑은 R2 역트랜스포존 단백질 기능을 관장하는 RNA 원소의 2차 구조 모델을 제공한다.핵산 반응 36, 1770-82.
  6. ^ Kierzek E., Christensen S.M., Eickbush T.H., Kierzek R., Turner D.H., Moss W.N.(2009).R2 역트랜스포존 RNA의 5' 영역에 대한 2차 구조는 새로운 보존 의사 노트와 다른 제약 조건에서 진화하는 영역을 나타낸다.J Mol Biol 390: 428~442.
  7. ^ Moss WN, Eickbush DG, Lopez MJ, Eickbush TH 및 Turner DH(2011).R2 역트랜스포존 RNA 패밀리.RNA Biol 8(5): 714~718.

외부 링크