ORFe

ORFeome

분자 유전학에서, ORFeome은 게놈에 있는 열린 읽기 프레임의 완전한 세트를 말합니다.이 용어는 복제된 ORF 세트를 [1]설명하기 위해서도 사용될 수 있다. ORF는 유전자의 단백질 코드 배열(CDS)에 대응한다.ORF는 GENSCAN과 같은 컴퓨터 프로그램에 의해 게놈 배열에서 발견되고 PCR에 의해 증폭될 수 있다.이것은 박테리아에서는 비교적 사소한 것이지만, 문제는 진핵생물 게놈에서는 사소하지 않다. 왜냐하면 스플라이스 변형뿐만 아니라 인트론이나 엑손의 존재 때문이다.

연구에 사용

완전한 ORFeomes의 사용은 생물학의 새로운 트렌드를 반영하며, 이는 간결하게 요약될 수 있다.ORFeomes는 단백질-단백질 상호작용,[2][3] 단백질 마이크로어레이, 항원 [4]및 기타 연구 분야에 사용됩니다.

클론된 ORFeomes

Bruceella melitensis,[5] Clamydia pneumonia,[6] Eschericia coli,[7] Neisseria gonorhoae,[8] Pseudomonas aeruginosa,[9] Chrisocaus pombe, Sthylococus aureus[10] pombe 및[11] herpesvirus를 포함한 다수의 유기체에 대해 완전한 ORF 세트가 복제되었습니다.

부분적인 인간 ORFeome도 생산되었다.[12][13]

레퍼런스

  1. ^ Ohara, O. (2009). "ORFeome Cloning". Reverse Chemical Genetics. Methods in Molecular Biology. Vol. 577. pp. 3–9. doi:10.1007/978-1-60761-232-2_1. ISBN 978-1-60761-231-5. PMID 19718504.
  2. ^ Titz B, Rajagopala SV, Goll J, Häuser R, McKevitt MT, Palzkill T, Uetz P (2008). Hall N (ed.). "The binary protein interactome of Treponema pallidum--the syphilis spirochete". PLOS ONE. 3 (5): e2292. Bibcode:2008PLoSO...3.2292T. doi:10.1371/journal.pone.0002292. PMC 2386257. PMID 18509523. open access
  3. ^ Uetz P, Rajagopala SV, Dong YA, Haas J (Oct 2004). "From ORFeomes to protein interaction maps in viruses". Genome Research. 14 (10B): 2029–33. doi:10.1101/gr.2583304. PMID 15489322.
  4. ^ McKevitt, Matthew; Brinkman, Mary Beth; McLoughlin, Melanie; Perez, Carla; Howell, Jerrilyn K.; Weinstock, George M.; Norris, Steven J.; Palzkill, Timothy (2005-07-01). "Genome scale identification of Treponema pallidum antigens". Infection and Immunity. 73 (7): 4445–4450. doi:10.1128/IAI.73.7.4445-4450.2005. ISSN 0019-9567. PMC 1168556. PMID 15972547.
  5. ^ Viadas C, Rodríguez MC, García-Lobo JM, Sangari FJ, López-Goñi I (Oct 2009). "Construction and evaluation of an ORFeome-based Brucella whole-genome DNA microarray". Microbial Pathogenesis. 47 (4): 189–95. doi:10.1016/j.micpath.2009.06.002. PMID 19524659.
  6. ^ Maier CJ, Maier RH, Virok DP, Maass M, Hintner H, Bauer JW, Onder K (2012). "Construction of a highly flexible and comprehensive gene collection representing the ORFeome of the human pathogen Chlamydia pneumoniae". BMC Genomics. 13: 632. doi:10.1186/1471-2164-13-632. PMC 3534531. PMID 23157390.
  7. ^ Rajagopala SV, Yamamoto N, Zweifel AE, Nakamichi T, Huang HK, Mendez-Rios JD, Franca-Koh J, Boorgula MP, Fujita K, Suzuki K, Hu JC, Wanner BL, Mori H, Uetz P (2010). "The Escherichia coli K-12 ORFeome: a resource for comparative molecular microbiology". BMC Genomics. 11: 470. doi:10.1186/1471-2164-11-470. PMC 3091666. PMID 20701780.
  8. ^ Brettin T, Altherr MR, Du Y, Mason RM, Friedrich A, Potter L, Langford C, Keller TJ, Jens J, Howie H, Weyand NJ, Clary S, Prichard K, Wachocki S, Sodergren E, Dillard JP, Weinstock G, So M, Arvidson CG (2005). "Expression capable library for studies of Neisseria gonorrhoeae, version 1.0". BMC Microbiology. 5: 50. doi:10.1186/1471-2180-5-50. PMC 1236931. PMID 16137322.
  9. ^ Labaer J, Qiu Q, Anumanthan A, Mar W, Zuo D, Murthy TV, Taycher H, Halleck A, Hainsworth E, Lory S, Brizuela L (Oct 2004). "The Pseudomonas aeruginosa PA01 gene collection". Genome Research. 14 (10B): 2190–200. doi:10.1101/gr.2482804. PMC 528936. PMID 15489342.
  10. ^ Brandner CJ, Maier RH, Henderson DS, Hintner H, Bauer JW, Onder K (2008). "The ORFeome of Staphylococcus aureus v 1.1". BMC Genomics. 9: 321. doi:10.1186/1471-2164-9-321. PMC 2474624. PMID 18605992.
  11. ^ Fossum E, Friedel CC, Rajagopala SV, Titz B, Baiker A, Schmidt T, Kraus T, Stellberger T, Rutenberg C, Suthram S, Bandyopadhyay S, Rose D, von Brunn A, Uhlmann M, Zeretzke C, Dong YA, Boulet H, Koegl M, Bailer SM, Koszinowski U, Ideker T, Uetz P, Zimmer R, Haas J (Sep 2009). Sun R (ed.). "Evolutionarily conserved herpesviral protein interaction networks". PLOS Pathogens. 5 (9): e1000570. doi:10.1371/journal.ppat.1000570. PMC 2731838. PMID 19730696.
  12. ^ Lamesch P, Li N, Milstein S, Fan C, Hao T, Szabo G, Hu Z, Venkatesan K, Bethel G, Martin P, Rogers J, Lawlor S, McLaren S, Dricot A, Borick H, Cusick ME, Vandenhaute J, Dunham I, Hill DE, Vidal M (Mar 2007). "hORFeome v3.1: a resource of human open reading frames representing over 10,000 human genes". Genomics. 89 (3): 307–15. doi:10.1016/j.ygeno.2006.11.012. PMC 4647941. PMID 17207965.
  13. ^ http://horfdb.dfci.harvard.edu/ Human ORFeome 2011 출시