뉴클레오티드 다양성

뉴클레오티드 다양성은 분자유전학의 개념으로, 인구 내 다형성의 정도를 측정하는 데 사용된다. ^[1]

뉴클레오티드 다양성의 측정은 1979년 나이와 리에 의해 처음 도입되었다. 이 측정치는 샘플 모집단의 가능한 모든 쌍에서 두 DNA 시퀀스 사이의 사이트당 평균 핵물질 차이 수로 정의되며, $\pi {\displaystyle }$ ${\displaystyle \pi }$로 표시된다$.$

$\pi {\displaystyle }$ ${\displaystyle \pi }$에 대한 추정기는 다음과 같이 제공된다$$.

${\displaystyle {\hat {\pi }}={\frac {n}{n-1}}\sum _{ij}x_{i}x_{j}\pi _{ij}={\frac {n}{n-1}}\sum _{i=2}^{n}\sum _{j=1}^{i-1}2x_{i}x_{j}\pi _{ij}}$

여기서 $x{\displaystyle {}_{}}$ ${\displaystyle i_{}}$ ${\$ 및 ${\displaystyle x_{}}$ $j{\displaystyle {}_{}}$ ${\$는 $i{\displaystyle }$ ${\displaystyle i}$ th$$ 및 $j{\displaystyle }${\$displaysty j}$ th$$ 시퀀스의 각 주파수, ${\displaystyle {\pi }_{}}$ i$$j {\$displaysty$$\pi_{ij}$는 i$}$ a$$.nd $j{\displaystyle }$ ${\displaystyle j}$ 시퀀스$$ 및 n ${\displaystyle n}$은 샘플의 시퀀스 수입니다. 합계 앞에 있는 항은 편향되지 않은 추정기를 보장하며, 이는 표본 추출의 수에 따라 달라지지 않는다.^[2]

뉴클레오티드 다양성은 유전적 변동의 척도다. 일반적으로 인구 다양성의 다른 통계적 측정과 연관되며, 예상되는 이질성과 유사하다. 이 통계는 생태 개체군 내 또는 생태 개체군 사이의 다양성을 감시하거나, 작물 및 관련 종의 유전적 변동을 조사하거나,^[3] 진화 관계를 결정하는 데 사용될 수 있다.^[4]

뉴클레오티드 다양성은 DNA 시퀀스를 직접 조사하여 계산할 수도 있고, RAPD(Random Amplicated Polymorphic DNA) 데이터와 AFP(Amplicated Depart Length Polymorphism) 데이터 등 분자표지 데이터를 통해 추정할 수도 있다.^[6]

소프트웨어

• DnaSP - DNA 시퀀스 다형성(DNA Sequence Polymorphism)은 정렬된 DNA 시퀀스 데이터에서 뉴클레오티드 다형성을 분석하기 위한 소프트웨어 패키지다.
• MEG, Molecular Evolution Genetics Analysis는 분자 진화의 비율을 추정하는 데 사용되는 소프트웨어 패키지로, 계통생성 나무를 생성하고 DNA 서열을 정렬하는 데 사용된다. Windows, Linux 및 Mac OS X에 사용 가능(Ver.x 이후).
• 아를퀸3 소프트웨어는 핵물질 다양성의 계산과 인구집중 및 인구집중 분석을 위한 다양한 통계적 시험에 사용될 수 있다. Windows에서 사용 가능.
• 바리스칸
• R 패키지 PopGenome

참조

이 유전학 기사는 단조롭다. 위키피디아를 확장하여 도울 수 있다.

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