리간드 효율

Ligand efficiency

리간드 효율은 리간드의 원자당 결합 에너지를 수용체나 효소와 같이 결합 파트너에 대한 측정이다.[1]null

리간드 효율은 약물 발견 연구 프로그램에 이용되어 물리화학적 특성과 약리학적 특성의 최적 조합으로 화합물을 이끌어내는 데 초점을 좁히는 데 도움을 준다.[2]null

수학적으로 리간드 효율(LE)은 깁스 자유 에너지(ΔG)의 비율과 화합물의 비수소 원자의 수로 정의할 수 있다.

LE = (ΔG)/N

여기서 ΔG = -RTlnK와i N은 비수소 원자의 수입니다.[3]다음 방정식으로 변환할 수 있다.[4]

LE = 1.4(-logIC50)/N

기타 메트릭

리간드 효율성에 대한 더 나은 지표는 주기율표의 서로 다른 행의 요소들 간의 차이를 계산하고 고려하기 쉽기 때문에 백분율/잠재력 효율성 지수(PEI), 결합 효율성 지수(BEI), 표면 결합 효율성 지수(SYE)라고 제안한다[2].PEI는 동일한 조건(예: 단일 지점 측정)에서 시험한 화합물을 비교하기 위한 상대적 측정값이며 다른 억제제 농도에서는 비교가 되지 않는다는 점에 유의해야 한다.또한 BEI와 SEI의 경우 유사한 측정(예: 항상 pK 사용)을i 사용해야 한다.null

PEI = (분수로서 주어진 복합농도에서 % 억제: 0 – 1.0) / (분자중량, kDa)
BEI = (pKi, pKd 또는 pIC50) / (분자량, kDa)
SEI = (pKi, pKd 또는 pIC50) / (PSA/100 å)

여기서 pKi, pKd, pIC는50 각각 -log(Ki), -log(Kd), -log(IC)로 정의된다.Moli/L의 K 및 IC50.null

저자들은 평면에 SEI와 BEI 화합물을 표시하고 대각선을 향해 화합물을 최적화하고 효력, 분자량, PSA를 포함하는 SEI와 BEI 모두를 최적화할 것을 제안한다.[2]null

리드 최적화에 적중 시 유용하게 사용할 수 있는 다른 지표로는 그룹 효율성(GE), 지방질 효율성/지방질 리간드 효율성(LIPE/LLE), 리간드 지방질 지수(LLEPAT) 리간드 효율성(LE_scale), 적합 품질 스케일 리간드 효율(LE_scale), 크기 독립 리간드 효율성(SILE)[4] 등이 있다.null

참고 항목

참조

  1. ^ I. D. Kuntz; K. Chen; K. A. Sharp; P. A. Kollman (1999). "The maximal affinity of ligands". Proc Natl Acad Sci U S A. 96 (18): 9997–10002. Bibcode:1999PNAS...96.9997K. doi:10.1073/pnas.96.18.9997. PMC 17830. PMID 10468550.
  2. ^ a b c Abadzapatero, C; Metz, J (2005). "Ligand efficiency indices as guideposts for drug discovery". Drug Discovery Today. 10 (7): 464–469. doi:10.1016/S1359-6446(05)03386-6. PMID 15809192.
  3. ^ Hopkins, Andrew L.; Groom, Colin R.; Alex, Alexander (2004). "Ligand efficiency: A useful metric for lead selection". Drug Discovery Today. 9 (10): 430–431. doi:10.1016/S1359-6446(04)03069-7. PMID 15109945.
  4. ^ a b Shultz, Michael D. (2013). "Setting expectations in molecular optimizations: strengths and limitations of commonly used composite parameters". Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 23 (21): 5980–91. doi:10.1016/j.bmcl.2013.08.029. PMID 24018190.