Jpred

Jpred

Jpred v.4는 JPred 단백질 2차 구조 예측[1] 서버의 최신 버전으로 1998년부터 다양한 버전에서 [3]존재해 온 2차 구조 [2]예측의 가장 정확한 방법 중 하나인 JNet 알고리즘에 의한 예측을 제공한다.

JPred는 단백질 2차 구조 외에 용매 접근성 및 코일 코일 영역도 예측한다.JPred 서비스는 매월 최대 134,000개의 작업을 실행하고 있으며,[4] 179개국의 사용자에 대해 총 200만 개 이상의 예측을 수행했습니다.

JPred 2

JPred 2의 정적 HTML 페이지는 여전히 [5]참조할 수 있습니다.

JPred 3

JPred v3는[6] 제임스 커프와 조나단 바버에 의해 개발되고 유지 보수된 이전 버전의 JPred에서 파생되었습니다(JPred 참조[7]).이 릴리스에서는 새로운 기능이 추가되어 많은 버그가 수정되었습니다.주요 내용은 다음과 같습니다.

  • 보다 친숙한 새로운 사용자 인터페이스
  • Jnet 재교육 및 최적화 버전(v2) - 평균 2차 구조 예측 정확도 > 81%
  • 작업의 일괄 제출
  • 입력 시퀀스/얼라인먼트 오류 체크 향상
  • 예측이 이메일로 반환되었습니다(옵션).
  • 사용자는 각 제출에 대해 고유한 쿼리 이름을 제공할 수 있습니다.
  • JPred는 쿼리에 PSI-BLAST 히트가 없는 경우에도 예측합니다.
  • PS/PDF 출력에는 모든 예측이 포함되어 있습니다.

JPred 4

JPred(v4)의 현재 버전에는 다음과 같은 개선 및 업데이트가 포함되어 있습니다.

  • 최신 UniRef90 및 SCOPe/ASTRAL 버전의 Jnet(v2.3.1)에 대한 재교육 - 평균 세컨더리 구조 예측 정확도 82%[2] 이상.
  • 웹 서버를 최신 테크놀로지(부트스트랩 프레임워크, JavaScript)로 업그레이드하고 웹 페이지를 업데이트하여 응답성이 뛰어난 테크놀로지를 구현함으로써 설계와 조작성을 향상시켰습니다.
  • RESTful API 및 대량 전송 및 결과 검색 스크립트가 추가되어 [8]일일 최대 스루풋이 20,000개를 넘습니다.
  • 예측 작업 모니터링 [9]도구가 추가되었습니다.
  • 웹 사이트 및 옵션의 e-메일 요약 보고서를 통해 결과 보고서를 업그레이드했습니다.배치 전송 개선, SVG에서의 Jalview 결과 시각화 요약을 통한 결과 요약 미리보기 추가, 보고서에 완전한 다중 시퀀스 정렬 추가.
  • 도움말 페이지 개선, 툴팁 통합, 한 페이지 분량의 [10]튜토리얼 추가

배열 잔류물은 알파 나선, 베타 시트 및 코일 코일 등의 2차 구조 요소 중 하나에 분류되거나 할당된다.

Jnet은 예측을 위해 두 개의 신경망을 사용합니다.첫 번째 네트워크에는 정렬된 각 아미노산 위에 17개의 잔류물과 보존 번호가 더해진 창이 공급됩니다.9개의 노드로 이루어진 숨겨진 레이어를 사용하며, 세컨더리 구조 요소별로 1개씩 3개의 출력 노드가 있습니다.두 번째 네트워크에는 19개의 잔여물(첫 번째 네트워크의 결과)과 보존 번호를 더한 창이 공급됩니다.9개의 노드를 가진 숨겨진 레이어와 3개의 [11]출력 노드가 있습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ "JPred4: A Protein Secondary Structure Prediction Server". Retrieved 16 July 2015.
  2. ^ a b Drozdetskiy, Alexey; Cole, Chris; Procter, James; Barton, Geoffrey (Apr 16, 2015). "JPred4: a protein secondary structure prediction server". Nucleic Acids Research. 43 (W1): W389–W394. doi:10.1093/nar/gkv332. PMC 4489285. PMID 25883141.
  3. ^ "JPred old news". Oct 25, 1998. Retrieved 16 Jul 2015.
  4. ^ "JPred4 statistics". Retrieved 16 July 2015.
  5. ^ "JPred2: legacy". Retrieved 16 July 2015.
  6. ^ "JPred3: previous version of JPred". Retrieved 16 July 2015.
  7. ^ "JPred4 references". Retrieved 16 July 2015.
  8. ^ "JPred4 RESTful API". Retrieved 16 July 2015.
  9. ^ "JPred4 monitoring tools". Retrieved 16 July 2015.
  10. ^ "JPred4 Help and Tutorials". Retrieved 16 July 2015.
  11. ^ Cuff, JA; Barton, GJ (August 2000). "Application of multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary structure prediction". Proteins. 40 (3): 502–11. doi:10.1002/1097-0134(20000815)40:3<502::aid-prot170>3.0.co;2-q. PMID 10861942.