폴더

IntFOLD
IntFold 서버
개발자리암 맥거핀 교수

레제프 아디야만 박사

바주나 살레 박사
안정된 릴리스
IntFold 버전 5.0
프리뷰 릴리즈
IntFold 버전 6.0
기입처자바,

Python,

R
웹 사이트https://www.reading.ac.uk/bioinf/IntFOLD/

IntFold(Integrated Fold Recognition)는 아미노산 [1]배열로부터 3D 구조와 기능을 예측하기 위한 완전 자동화된 통합 파이프라인입니다.파이프라인이 웹 서버로 정리되어 배포됩니다.서버 방식의 핵심은 내장 정밀도 자체 추정(ASE)[2]을 이용한 품질 평가로 ModFOLD를 이용한 3D 모델의 성능 예측을 개선하는 것입니다.

묘사

PID 서버에서는 3차 구조 예측 정확도와 3D 모델, 3D 모델 추정치를 포함하는 절단 에지 방법을 결합한다단백질에 관한 연구리간드 결합 부위 예측.[6]툴의 통합을 통해 사용자는 파이프라인 내의 모든 관련 정보에 접근할 수 있습니다.IntFold Web Server는 2010년 [1]1월 이후 최대 20만 건 이상의 구조 예측을 완료했습니다.

단백질 3D 구조와 [1]기능을 예측하기 위해 필요한 유일한 입력은 단백질 배열입니다.IntFOLD 출력은 생명 과학자가 사용할 수 있도록 사용자에게 친숙한 인터페이스를 통해 제공됩니다.원시 데이터는 CASP(단백질구조예측방법) 표준에서도 상세 도움말페이지와 [1]함께 포맷되어 있습니다.

CASP 및 CAMEO 실험에서의 성능

IntFOLD 방법은 단백질 구조 예측을 위한 기술의 중요 평가 9(CASP9)에서 최초로 벤치마킹되었고 상위 [7]5위 안에 들었다.IntFold 서버는 다음 CASP 실험으로 성능을 통합했습니다.

연속자동모델평가(CAMEO) 실험에서 성능을 지속적으로 평가하고 있다.

IntFold 서버 응용 프로그램

지금까지 IntFold가 적용된 도메인 중 일부를 다음에 나타냅니다.

공중 위생

IntFold는 CASP Commons COVID-19 이니셔티브[8] 및 COVID-19 대유행과 관련하여 백신 및 기타 치료제 개발을 가속화하기 위해 SARS-CoV-2 표적의 3D 모델을 생성하는 데 사용되었다.만성질환의 다른 측면에서는 IntFold를 사용하여 E형 간염 [10]바이러스의 필수 단백질인 HEV PCP를 모델링하였다.또한 IntFOLD는 신경변성 질환의 주요 원인으로 알려진 아밀로이드 원섬유 형성에 관여하는 소젖 αS2-카제인 단백질의 무질서 영역을 모델링하는 데 사용되었다.

식량 안전 보장

IntFold는 식량 안보의 여러 측면에서 사용되어 왔다.예를 들어,[12] 그것은 발리에서 곰팡이를 일으키는 이펙터 단백질 분자를 모델링하는데 사용되어 왔다.또한 대서양 연어의 주요 시스템 기능에 관련된 여러 단백질 및 널리 사용되는 식용유 [13][14]생산에 사용되는 주요 작물인 해바라기 개발과 성장에 필수적인 HaACBP1 단백질 모델링에 적용되었다.IntFOLD는 농작물 생산성을 [15]저해하는 쿠쿠르빗 가루병이라고 불리는 곰팡이병의 원인물질인 포도스파에라 크산티이의 키틴 단백질을 모델링하는 데 사용되었다.

단백질 구조 예측 방법 개발에 대한 기여

IntFold는 3D 단백질 모델 예측에 사용되는 일부 새로운 방법의 성능을 검증하는 표준 서버 기반 방법 중 하나로 사용되어 왔습니다.이것은 구조 생물 정보학 [16]분야를 발전시키는데 중요하다.

레퍼런스

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