페이와 우의 H

Fay and Wu's H

페이와 우의 H는 저스틴 페이와 우충이 두 명의 연구자가 만들고 이름을 붙인 통계 시험이다.[1]테스트의 목적은 무작위로 진화하는 DNA 염기서열("중성")과 양성 선택 하에서 진화하는 DNA 염기서열을 구별하는 것이다.이 테스트는 타지마 D에 대한 진전으로서,[2] 중성적으로 진화하는 시퀀스와 비임의 진화하는 시퀀스(방향 선택 또는 균형 선택, 인구통계학적 확대 또는 수축 또는 유전적 히치하이킹을 통해)를 구별하는 데 사용된다.페이와 우의 H는 진화 역사에서 선택적 스위프를 경험한 시퀀스를 식별하는 데 자주 사용된다.

개념

다른 모집단에 걸쳐 그 대립에 다형성이 거의 없는 DNA 염기서열을 상상해 보라.이는 최소 세 가지 원인으로 인해 발생할 수 있다.

  1. 시퀀스는 심한 음의 선택을 경험하고 있으므로 시퀀스의 새로운 돌연변이는 유해하며 즉시 제거되거나 또는
  2. 그 순서는 방금 한 차례의 선택적 싹쓸이(얼레 하나가 고정/근접 고정으로 상승)를 경험했고, 그래서 모든 얼레임이 균질화되었다.보기 드문 다형체는 매우 최근이거나
  3. 모집단 병목 현상이 있었으므로 모집단의 모든 개인은 작은 집합(또는 하나)의 공통 조상에서 파생된다.

자, 모든 모집단에 걸친 모든 알레르기를 이용하여 타지마 D를 계산할 때, 희귀한 다형성(多形性)의 과잉이 있기 때문에 타지마 D는 음성으로 나타나서 특정한 순서가 무작위로 진화하고 있었다는 것을 말해 줄 것이다.그러나 이것이 어떤 선정 행위 때문인지, 최근 선별적인 싹쓸이가 있었는지, 아니면 인구 확대/축소 때문인지 알 수 없다.그것을 알기 위해 페이와 우의 H를 계산한다.[3]

페이와 우의 H는 모집단 다형성 데이터뿐만 아니라 아웃그룹 종의 데이터도 사용한다.외래종 때문에 이제 두 개의 선형이 갈라지기 전의 알레르기의 조상 상태가 어땠는지 알 수 있다.예를 들어, 조상들의 주장이 달랐다면, 이제 그 지역에 선택적 싹쓸이가 있었다고 말할 수 있다(연계 때문도 있을 수 있다.선택적 스윕의 크기는 H의 강도에 의해 결정된다. 알레르기가 같다면 시퀀스가 음의 선택을 경험하고 있고 조상 상태가 유지되고 있다는 것을 의미한다.반면 H가 0에 가까우면 중립성 이탈의 증거가 없다는 뜻이다.

해석

유의미하게 양성인 페이와 우의 H는 평형 기대치에 비해 중간과 고주파에서 파생된 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)의 결손을 나타내는 반면, 유의미하게 음성인 페이와 우의 H는 고주파에서 파생된 SNP의 과잉을 나타낸다.[4]

참조

  1. ^ Fay, JC.; Wu, CI. (July 2000). "Hitchhiking under positive Darwinian selection". Genetics. 155 (3): 1405–13. PMC 1461156. PMID 10880498.
  2. ^ Tajima F (November 1989). "Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism". Genetics. 123 (3): 585–95. doi:10.1093/genetics/123.3.585. PMC 1203831. PMID 2513255.
  3. ^ Hedrick, Philip W. (2005). Genetics of Populations. Jones & Bartlett Learning. p. 436. ISBN 978-0-7637-4772-5.
  4. ^ Sterken R, Kiekens R, Coppens E, Vercauteren I, Zabeau M, Inzé D, Flowers J, Vuylsteke M (October 2009). "A population genomics study of the Arabidopsis core cell cycle genes shows the signature of natural selection". Plant Cell. 21 (10): 2987–98. doi:10.1105/tpc.109.067017. PMC 2782269. PMID 19880799.

추가 읽기

  • Hartl, Daniel L.; Clark, Andrew G. (2007). Principles of Population Genetics (4th ed.). Sinauer Associates. ISBN 978-0878933082.

외부 링크

계산 도구:


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