DUF3800 RNA 모티브

DUF3800 RNA motifs

DUF3800 RNA 모티브는 생물정보학에[1] 의해 발견된 보존된 RNA 구조를 가리키며 보통 "DUF3800"이라고 불리는 보존 도메인을 포함하는 단백질을 코드하는 유전자와 가까운 곳에 위치한다.그러나 이 유전자는 RNA에 대해 5' 또는 3'에 위치할 수 있으며, 같은 DNA 가닥 위 또는 반대 DNA 가닥 위에 있을 수 있다.이 배열은 RNA-단백질 복합체로 기능하는 RNA와 단백질의 전형적인 배열이지만 다른 설명이 있을 수 있다.이 단백질 도메인의 기능은 알려져 있지 않으며 RNA에 대한 특정 생물학적 기능은 제안되지 않았습니다.그러나 RNA 모티브가 검출된 후 DUF3800 도메인은 [2]레트론에 관여할 것으로 예측되었다.

DUF3800 [1]유전자와 관련된 11가지 구조가 확인되었다.DUF3800-I RNA 모티브는 가장 먼저 발견되었으며, 5개의 세균 필라에서 발생한다.이러한 Phyla 중 하나에서만 RNA로 분석이 제한되더라도 DUF3800 유전자와는 여전히 빈번한 연관성이 있습니다.따라서, 이 연관성은 RNA와 이들 유전자 사이의 생물학적 연관성과 관련이 있을 가능성이 높으며, 우연히 발생했을 가능성은 낮다.

여러 DUF3800 RNA 모티브가 박테리아에서 발견되며, 하나는 고세균에서 발생한다.많은 DUF3800 RNA 모티브는 Rho 비의존적 전사 터미네이터 헤어핀에 의해 밀접하게 뒤따른다.이것과 일관된 다운스트림 유전자의 결여로 인해, DUF3800 RNA는 sRNA로서 트랜스에서 기능할 가능성이 있다.

레퍼런스

  1. ^ a b Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (October 2017). "Detection of 224 candidate structured RNAs by comparative analysis of specific subsets of intergenic regions". Nucleic Acids Res. 45 (18): 10811–10823. doi:10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401.
  2. ^ Mestre MR, González-Delgado A, Gutiérrez-Rus LI, Martínez-Abarca F, Toro N (December 2020). "Systematic prediction of genes functionally associated with bacterial retrons and classification of the encoded tripartite systems". Nucleic Acids Res. 48 (22): 12632–12647. doi:10.1093/nar/gkaa1149. PMC 7736814. PMID 33275130.