독
DOCK| 원저작자 | 브라이언 K.쇼이쳇, 데이비드 A.사건, 로버트 C.리조 |
|---|---|
| 개발자 | 캘리포니아 대학교 샌프란시스코 |
| 초기 릴리즈 | 전 ( |
| 안정된 릴리스 | 3시리즈 : 3.7, 6시리즈 : 6.7 / 2015년 2월 , 전( |
| 기입처 | 독 3: 포트란, C 도킹 스테이션 6: C++, C, Fortran 77 |
| 운영 체제 | 독 3: 소스 코드 독 6: Linux, MacOS, Windows |
| 플랫폼 | x86, x86-64 |
| 크기 | 100 MB |
| 이용가능기간: | 영어 |
| 유형 | 분자 도킹 |
| 면허증. | 독자 사양: 프리웨어 아카데믹, 커머셜 |
| 웹 사이트 | dock |
UCSF DOK 프로그램은 1980년대에 Irwin "Tack" Kuntz's Group에 의해 개발되었으며 최초의 도킹 [1]프로그램입니다.DOK는 기하학적 알고리즘을 사용하여 작은 [2][3][4]분자의 결합 모드를 예측합니다.브라이언 K.쇼이쳇, 데이비드 A.사건, 그리고 로버트 C.Rizzo는 DOK의 코드 개발자입니다.
도킹 프로그램에는 DOK 6과 DOK 3의 두 가지 버전이 현재 개발되어 있습니다.
DOK 프로그램에서 사용하는 리간드 샘플링 방법은 다음과 같습니다.
- 견고한 도킹: 모양 매칭, 포켓에 있는 구를 사용하여 이러한 구와 분자(모든 버전) 간에 초당 매칭을 수행합니다.
- 유연한 리간드는 앵커 앤 그레이드(v4-v6)[2]라고 불리는 알고리즘과 데이터베이스의 계층적 도킹(v3.5-3.7)[5][6]을 사용하여 설명됩니다.
DOCK v6에는 David A에 의해 분자역학 엔진이 구현되었습니다.스코어링 함수의 케이스 그룹(AMBER 점수)이 기능은 수신기의 유연성을 설명하며 도킹 [4]계산에서 에너지 앙상블을 사용하여 순위를 정렬할 수 있습니다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Kuntz, ID; Blaney, JM; Oatley, SJ; Langridge, R; Ferrin, TE (1982). "A geometric approach to macromolecule-ligand interactions". Journal of Molecular Biology. 161 (2): 269–88. doi:10.1016/0022-2836(82)90153-X. PMID 7154081.
- ^ a b Ewing, TJ; Makino, S; Skillman, AG; Kuntz, ID (2001). "DOCK 4.0: search strategies for automated molecular docking of flexible molecule databases". Journal of Computer-aided Molecular Design. 15 (5): 411–28. Bibcode:2001JCAMD..15..411E. doi:10.1023/A:1011115820450. PMID 11394736. S2CID 5553209.
- ^ Moustakas, DT; Lang, PT; Pegg, S; Pettersen, E; Kuntz, ID; Brooijmans, N; Rizzo, RC (2006). "Development and validation of a modular, extensible docking program: DOCK 5". Journal of Computer-aided Molecular Design. 20 (10–11): 601–19. Bibcode:2006JCAMD..20..601M. doi:10.1007/s10822-006-9060-4. PMID 17149653. S2CID 24495648.
- ^ a b Lang, PT; Brozell, SR; Mukherjee, S; Pettersen, EF; Meng, EC; Thomas, V; Rizzo, RC; Case, DA; et al. (2009). "DOCK 6: Combining techniques to model RNA–small molecule complexes". RNA. 15 (6): 1219–30. doi:10.1261/rna.1563609. PMC 2685511. PMID 19369428.
- ^ Lorber, DM; Shoichet, BK (1998). "Flexible ligand docking using conformational ensembles". Protein Sci. 7 (4): 938–950. doi:10.1002/pro.5560070411. PMC 2143983. PMID 9568900.
- ^ Lorber, DM; Shoichet, BK (2005). "Hierarchical Docking of Databases of Multiple Ligand Conformations". Curr Top Med Chem. 5 (8): 739–49. doi:10.2174/1568026054637683. PMC 1364474. PMID 16101414.
