c4 안티센스 RNA
c4 antisense RNA
| c4 안티센스 RNA | |
|---|---|
 c4 안티센스 RNA의 보존된 2차 구조 | |
| 식별자 | |
| 기호. | c4 |
| Rfam | RF01695 |
| 기타 데이터 | |
| RNA형 | 안티센스 |
| 도메인 | 박테리오파지 |
| PDB 구조 | PDBe |
c4 안티센스 RNA는 박테리아를 감염시키는 특정 파지에 의해 사용되는 비코드 RNA입니다.초기에 대장균의 [2]P1 및 P7 페이징에서 확인되었다.c4 안티센스 RNA의 식별은 항억제제인 개미 유전자의 조절 메커니즘의 미스터리를 해결했다.
c4 안티센스 RNA는 [2]표적을 보완하는 a'와 b'라고 불리는 두 개의 영역을 가지고 있다.여기에는 a1, b1 및 a2, b2라는2개의 타겟이 있습니다.a1, b1 부위는 c4 RNA의 업스트림이고, a2, b2 부위는 바로 다운스트림입니다.개미 유전자 자체는 a2, b2 표적 부위의 바로 하류에 있다.c4 안티센스 RNA에 의한 a2, b2 부위의 결합은 개미 [2]유전자를 억제한다.a1, b1 부위의 기능은 알려지지 않았지만, c4 [2]RNA에 결합하기 위해 a2, b2 부위와 경쟁할 수 있다고 제안되었다.
생물정보학 분석 결과,[1] 원래 제안된 2차 구조를 보존하는 c4 안티센스 RNA의 상동성이 다수 발견되었다.이러한 호몰로지는 박테리아 게놈뿐만 아니라 다른 파지의 정제된 파지 입자에 존재한다.P1과 P7 페이지는 온대하고 숙주 게놈에 안정적으로 통합될 수 있기 때문에 박테리아에 c4 안티센스 RNA의 존재는 예상될 수 있다.c4 안티센스 RNA는 3줄기 접합으로 구성됩니다."P2"로 지정된 줄기의 말단은 이전에 설명되었던 매우 안정적인 테트라루프 모티브와 매우 자주 일치하며, 여기서 R은 A 또는 G 뉴클레오티드를 나타내며, N은 모든 뉴클레오티드가 [1]될 수 있다.c4 안티센스 RNA [1]구조와 겹치는 rho 비의존성 전사 종단자가 종종 발견된다.RNA가 전사 풍요도를 조절하기 위해 종종 전사 터미네이터를 겹치지만, c4 안티센스 RNA에 대해 알려진 정보는 그들의 터미네이터가 구성될 가능성이 더 높다는 것을 암시한다.나중에 생물정보학 연구는 c4 안티센스 RNA로 기능하는 것처럼 보이지만 2차 [3]구조가 다소 변경된 "c4-2" RNA"라고 불리는 추가적인 RNA 세트를 발견했다.
a1, b1 부위에서 채택한 보존 RNA 구조가 확인되었고 "c4-a1b1" [1]모티브로 불렸다.이 구조는 많은 [4]반센스 RNA 상호작용을 매개하는 단백질인 Hfq 단백질에 결합하는 수많은 RNA 분자 중에서 식별된 IsrK라고 불리는 예측 RNA의 초기 패밀리와 겹칩니다.나중에 IsrK에 대한 연구는 IsrK의 전사가 늦은 성장기 동안 또는 적은 양의 산소나 [5]마그네슘으로 세포가 성장했을 때 증가한다는 것을 보여주었다.이 발현 패턴이 파지 생물학과 어떻게 관련이 있을지는 알려지지 않았다.
레퍼런스
- ^ a b c d e Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et al. (March 2010). "Comparative genomics reveals 104 candidate structured RNAs from bacteria, archaea and their metagenomes". Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186/gb-2010-11-3-r31. PMC 2864571. PMID 20230605.
- ^ a b c d Citron M, Schuster H (August 1990). "The c4 repressors of bacteriophages P1 and P7 are antisense RNAs". Cell. 62 (3): 591–598. doi:10.1016/0092-8674(90)90023-8. PMID 1696181. S2CID 5651458.
- ^ Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (October 2017). "Detection of 224 candidate structured RNAs by comparative analysis of specific subsets of intergenic regions". Nucleic Acids Res. 45 (18): 10811–10823. doi:10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401.
- ^ Sittka A, Lucchini S, Papenfort K, et al. (2008). Burkholder WF (ed.). "Deep sequencing analysis of small noncoding RNA and mRNA targets of the global post-transcriptional regulator, Hfq". PLOS Genet. 4 (8): e1000163. doi:10.1371/journal.pgen.1000163. PMC 2515195. PMID 18725932.
- ^ Padalon-Brauch G, Hershberg R, Elgrably-Weiss M, et al. (April 2008). "Small RNAs encoded within genetic islands of Salmonella typhimurium show host-induced expression and role in virulence". Nucleic Acids Res. 36 (6): 1913–1927. doi:10.1093/nar/gkn050. PMC 2330248. PMID 18267966.
