팅커(소프트웨어)
Tinker (software)| 원본 작성자 | Jay Thunder, Penyu Ren, Jean-Philip Piquemal |
|---|---|
| 개발자 | 제이 머더랩 워싱턴대 화학과 세인트루이스 교수 Louis; Penyu Ren Lab, Oustin의 텍사스 대학교의 생물 의학 공학 학부; Jean-Philip Piquemal, 소르본 대학교 |
| 초기 릴리즈 | 2004년 9월 8일; 전 |
| 안정적 해제 | 8.10 / 2021년 10월 1일; 전 |
| 기록 위치 | Fortran 95, CUDA, OpenMP 및 MPI 병렬 |
| 운영 체제 | Windows, MacOS, Linux, Unix |
| 다음에서 사용 가능 | 영어 |
| 유형 | 분자역학 |
| 면허증 | 소유권 프리웨어[1] |
| 웹사이트 | tinkertools |
팅커는 분자역학 시뮬레이션을 위한 컴퓨터 소프트웨어 응용 프로그램 모음입니다. 이 코드는 분자 역학과 분자 역학을 위한 완전하고 일반적인 도구 세트를 제공하며, 생체 분자를 위한 몇 가지 특수 기능을 제공한다. 소프트웨어의 핵심은 간단한 수단을 통해 좌표를 조작하고 잠재적 에너지와 파생상품을 평가할 수 있는 콜링 가능한 일련의 모듈형 루틴이다.
Tinker는 Windows, MacOS, Linux, Unix에서 일한다. 소스 코드는 독점 라이선스 하에 비상업적 사용자에게 무료로 제공된다. 코드는 휴대용 FORTRAN 77, Fortran 95 또는 CUDA에 공통 확장자로 작성되었으며, 일부 C.
핵심 개발자는 (a) 워싱턴 대학교의 화학 학부에 있는 Jay Wonder 연구실이다. 미주리 주 세인트루이스 루이스 Laboratory Head Thunder는 텍사스 오스틴에 있는 텍사스 생물공학과에 있는 생화학 및 분자 생물물리학과 전임 교수다. Ren 연구소장은 생물의학공학과 전임교수; (c) 프랑스 파리 소르본대학교 화학학과 Rohabatoire de Chimie Théorique의 Jean-Philip Piquemal 연구팀. Piquemal 연구팀장은 이론화학 전 교수다.
특징들
The Tinker package is based on several related codes: (a) the canonical Tinker, version 8, (b) the Tinker9 package as a direct extension of canonical Tinker to GPU systems, (c) the Tinker-HP package for massively parallel MPI applications on hybrid CPU and GPU-based systems, (d) Tinker-FFE for visualization of Tinker calculations via a Java-based g(e) OpenMM 소프트웨어 인터페이스를 통해 GPU와 함께 Tinker를 사용하기 위한 Raphical 인터페이스 및 (e) Tinker-OpenMM 패키지. 모든 Tinker 코드는 Github의 TinkerTools 조직 사이트에서 사용할 수 있다. 추가 정보는 TinkerTools 커뮤니티 웹 사이트에서 확인할 수 있다.
프로그램을 제공하여 다음과 같은 다양한 기능을 수행한다.
- 접합 구배, 가변 미터법 또는 잘린 뉴턴 방법을 통해 데카르트 좌표, 비틀림 각도 또는 강체 본체에 미치는 에너지 최소화
- 분자, 확률적, 그리고 주기적인 경계와 온도와 압력의 제어를 가진 강체 신체 역학
- 정상 모드 진동 분석
- 효율적인 무작위 쌍별 계량화를 포함한 거리 기하학
- 연속해서 단백질과 핵산 구조를 만드는 것
- 다양한 냉각 프로토콜을 사용한 시뮬레이션된 어닐링
- 단일 점 전위 에너지의 분석 및 분석
- 표준 및 사용자 정의 잠재적 분석 파생상품의 검증
- 두 미니마 사이의 전환 상태 위치
- 정합성 검사 방법을 통한 전체 에너지 표면 검색
- 자유 에너지 섭동 또는 가중 히스토그램 분석을 통한 자유 에너지 계산
- 구조 및 열역학 데이터에 분자간 전위 매개변수 적합
- 잠재적 스무딩 및 검색(PSS) 방법을 포함한 에너지 표면 스무딩을 통한 글로벌 최적화
수상
- 팅커-HP는 고성능 컴퓨팅 분야에서 2018 아토스-조셉 푸리에 상을 받았다.
참고 항목
참조
- Lagardère, Louis; Jolly, Luc-Henri; Lipparini, Filippo; Aviat, Félix; Stamm, Benjamin; Jing, Zhifeng F.; Harger, Matthew; Torabifard, Hedieh; Cisneros, Andrés; Schnieders, Michael; Gresh, Nohad; Maday, Yvon; Ren, Pengyu; Ponder, Jay; Piquemal, Jean-Philip (2018). "Tinker-HP: a Massively Parallel Molecular Dynamics Package for Multiscale Simulations of Large Complex Systems with Advanced Point Dipole Polarizable Force Fields". Chemical Science. 9 (4): 956–972. doi:10.1039/C7SC04531J. PMC 5909332. PMID 29732110.
- Harger, Matthew; Li, Daniel; Wang, Zhi; Dalby, Kevin; Lagardère, Louis; Piquemal, Jean-Philip; Ponder, Jay W.; Ren, Pengyu (2017). "Tinker-OpenMM : Absolute and Relative Alchemical Free Energies using AMOEBA on GPUs". Journal of Computational Chemistry. 38 (23): 2047–2055. doi:10.1002/jcc.24853. PMC 5539969. PMID 28600826.
- Ren, Pengyu; Ponder, Jay W. (2003). "Polarizable Atomic Multipole Water Model for Molecular Mechanics Simulation". The Journal of Physical Chemistry B. 107 (24): 5933–5947. doi:10.1021/jp027815+.
- Pappu, Rohit V.; Hart, Reece K.; Ponder, Jay W. (1998). "Analysis and Application of Potential Energy Smoothing and Search Methods for Global Optimization". The Journal of Physical Chemistry B. 102 (48): 9725. doi:10.1021/jp982255t.
- Kong, Yong; Ponder, Jay W. (1997). "Calculation of the reaction field due to off-center point multipoles". The Journal of Chemical Physics. 107 (2): 481. Bibcode:1997JChPh.107..481K. doi:10.1063/1.474409.
- Dudek, Michael J.; Ponder, Jay W. (1995). "Accurate modeling of the intramolecular electrostatic energy of proteins". Journal of Computational Chemistry. 16 (7): 791. CiteSeerX 10.1.1.502.6823. doi:10.1002/jcc.540160702.
- Kundrot, Craig E.; Ponder, Jay W.; Richards, Frederic M. (1991). "Algorithms for calculating excluded volume and its derivatives as a function of molecular conformation and their use in energy minimization". Journal of Computational Chemistry. 12 (3): 402. CiteSeerX 10.1.1.511.419. doi:10.1002/jcc.540120314.
- Ponder, Jay W.; Richards, Frederic M. (1987). "An efficient newton-like method for molecular mechanics energy minimization of large molecules". Journal of Computational Chemistry. 8 (7): 1016. doi:10.1002/jcc.540080710.
