SoyBase 데이터베이스

소이 베이스
내용
묘사	SoyBase USDA-ARS 콩 유전학 및 게놈 데이터베이스
데이터형; 발동.	핵산, 단백질, 발현, 대사, 후생유전학
유기체	글리신맥스, 글리신소자(간장, 콩, 콩)
연락
연구소	USDA 농업연구청
실험실.	옥수수 곤충 및 작물 유전학 연구팀
주요 인용문	PMID 20008513
접근
data 형식	여러가지
웹 사이트	soybase.org
여러가지 종류의
면허증.	퍼블릭 도메인 - 미국 정부
버전 관리	없음.
데이터 릴리즈; 빈도수.	계속
큐레이션 정책	전문 큐레이션

SoyBase는 미국 농무부가 작성한 데이터베이스입니다.그것은 콩에 대한 유전 정보를 포함하고 있다.그것은 유전자 지도, 멘델 유전학에 대한 정보, 그리고 유전자와 배열에 관한 분자 데이터를 포함한다.1990년에 시작되어 전 세계 개인 및 단체에서 자유롭게 이용할 수 있습니다.

역사

SoyBase는 아이오와주 에임스에 있는 CICGRU(Corn Pulvits and Corn Genetics Research Unit)에 의해 대두유전학계의 출판된 ^[1]정보의 중앙 저장소로 설립되었습니다.원래, 데이터베이스는 유전자 연결 지도와 다른 멘달인 정보와 같은 유전 정보에 초점을 맞췄다.SoyBase 유전자 지도는 발표된 모든 매핑 및 QTL 연구의 수동 큐레이션된 합성물이며, 따라서 마커와 QTL의 종별 뷰를 제공한다.

2010년^[2] 콩 게놈 배열은 유전자 모델 및 많은 다른 유형의 게놈 주석과 함께 SoyBase에 통합되었습니다.SoyBase 유전자 연계 지도는 콩 게놈 조립에 필수적이었다.

2018년에는 130개국에서 매월 2,600명의 사용자로부터 약 63,000장의 페이지 요청을 받았습니다.미국 내 약 40개 기관과 82개 외국 교육기관이 매년 SoyBase에 접속하고 있습니다.SoyBase는 미국과 외국 정부 기관 및 기업체에 데이터를 제공합니다.

데이터 전송 및 릴리스 정책

데이터는 원래 소스 생성기에서만 허용됩니다.데이터베이스에 포함할 데이터를 독립적으로 식별하는 사용자는 SoyBase에 직접 연락할 수 있습니다.데이터를 SoyBase에 쉽게 포함시키기 위해 Excel 기반의 스프레드시트 템플릿을 다수 사용할 수 있습니다.

SoyBase의 모든 데이터는 제한 없이 사용할 수 있습니다.다수의 데이터 서브 설정 및 다운로드 툴이 제공되며, 필요한 경우 SoyBase 큐레이터에게 데이터의 애드혹 서브셋을 요청할 수 있습니다.

검색 도구

SoyBase 툴박스

SoyBase 데이터베이스 검색 도구는 질의에 텍스트 입력 상자를 사용합니다.결과는 텍스트 및 디스플레이로 반환됩니다.결과는 GMOD(Generic Model Organism Database) 오픈 소스 소프트웨어를 사용하여 콩 유전자(및 게놈) 데이터를 표시합니다.쿼리 용어와 정확히 일치하는 어휘로 식별되는 개체인 SoyBase와 더불어 이 도구는 콩 고유의 온톨로지를 사용하여 생물학적으로 관련된 SoyBase 개체를 식별합니다.

일부 SoyBase 시퀀스 데이터와 주석은 콩류 정보 시스템 ^[3]프로젝트와의 협업인 InterMine 인스턴스(SoyMine)를 통해 사용할 수 있습니다.

그래픽 디스플레이

유전자 지도에는 마커(SSR, RFLP, SNP 등), 유전자 및 양친 및 게놈 전체 연관 연구(GWAS) 정량적 특성 위치(QTL)에 대한 정보가 포함되어 있으며, 콩 유전자 지도는 CMap 비교 유전자 뷰어를 사용하여 표시됩니다.GBrowse 배열 뷰어를 사용하여 콩의 게놈 배열 및 유전자 모델 데이터를 표시한다.이 뷰어의 다른 게놈 주석에는 DNA 메틸화와 같은 후생유전 데이터와 다양한 처리 및 다른 콩 조직/배양종의 유전자 발현 데이터가 포함된다.대사 데이터 및 생화학 경로 정보는 Pathway Tools(경로 도구)를 사용하여 표시됩니다.콩 대사 경로 정보(SoyCyc)는 식물 대사^[4] 네트워크 프로젝트에 의해 추론되어 경로를 채우는 데 사용되었다.툴이 표시됩니다.

레퍼런스

^ Grant, David; Nelson, Rex T.; Cannon, Steven B.; Shoemaker, Randy C. (2010). "SoyBase, the USDA-ARS soybean genetics and genomics database". Nucleic Acids Research. 38 (Suppl 1) (Database issue): D843–D846. doi:10.1093/nar/gkp798. PMC 2808871. PMID 20008513.
^ Schmutz, Jeremy; Cannon, Steven B.; Schlueter, Jessica; et al. (2010). "Genome sequence of the palaeopolyploid soybean". Nature. 463 (7278): 178–183. Bibcode:2010Natur.463..178S. doi:10.1038/nature08670. PMID 20075913. S2CID 4372224.
^ Dash, S.; Campbell, J.D.; Cannon, E.K.; et al. (2016). "Legume information system (LegumeInfo. org): a key component of a set of federated data resources for the legume family". Nucleic Acids Research. 44 (D1): D1181–D1188. doi:10.1093/nar/gkv1159. PMC 4702835. PMID 26546515.
^ Schlapfer, P.; Zhang, P.; Wang, C.; et al. (2010). "Genome-Wide Prediction of Metabolic Enzymes, and Gene Clusters in Plants". Plant Physiology. 173 (4): 2041–2059. doi:10.1104/pp.16.01942. PMC 5373064. PMID 28228535.

외부 링크

[1] Grant, David; Nelson, Rex T.; Cannon, Steven B.; Shoemaker, Randy C. (2010). "SoyBase, the USDA-ARS soybean genetics and genomics database". Nucleic Acids Research. 38 (Suppl 1) (Database issue): D843–D846. doi:10.1093/nar/gkp798. PMC 2808871. PMID 20008513.

[2] Schmutz, Jeremy; Cannon, Steven B.; Schlueter, Jessica; et al. (2010). "Genome sequence of the palaeopolyploid soybean". Nature. 463 (7278): 178–183. Bibcode:2010Natur.463..178S. doi:10.1038/nature08670. PMID 20075913. S2CID 4372224.

[3] Dash, S.; Campbell, J.D.; Cannon, E.K.; et al. (2016). "Legume information system (LegumeInfo. org): a key component of a set of federated data resources for the legume family". Nucleic Acids Research. 44 (D1): D1181–D1188. doi:10.1093/nar/gkv1159. PMC 4702835. PMID 26546515.

[4] Schlapfer, P.; Zhang, P.; Wang, C.; et al. (2010). "Genome-Wide Prediction of Metabolic Enzymes, and Gene Clusters in Plants". Plant Physiology. 173 (4): 2041–2059. doi:10.1104/pp.16.01942. PMC 5373064. PMID 28228535.

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