프라이머 연장

Primer extension
프라이머 익스텐션 개요관심 있는 전사물의 유라실이 +1(측정 전에는 알 수 없음)입니다.2) 5' 말단표지 프라이머를 합성한다([3232P] ATP.3) 역전사효소를 가진 프라이머를 전사체의 5' 말단까지 연장하여 cDNA를 만든다.4) 결과는 폴리아크릴아미드겔에서 변성 및 분리되고 자동방사선촬영으로 검출되는 방사성 라벨 확장프라이머 cDNA이다.일반적으로 동일한 프라이머를 사용하는 배열 사다리도 겔 위에 있으므로 +1 뉴클레오티드(보라색으로 표시)를 빠르게 식별할 수 있습니다.

프라이머 익스텐션은 RNA의 5' 말단을 매핑할 수 있는 기술이다. 즉, RNA의 염기서열 분석과 적절한 식별이 가능하다.

프라이머 확장을 사용하여 전사의 시작 부위를 결정할 수 있습니다(이 방법으로는 최종 부위를 결정할 수 없습니다).이 기법은 mRNA의 3' 말단 부근에 있는 영역을 보완하는 방사선 방출 프라이머(일반적으로 20 - 50 뉴클레오티드 길이)가 필요하다.프라이머는 RNA에 아닐이 허용되고 역전사효소는 RNA의 5' 말단에 도달할 때까지 RNA에서 cDNA를 합성하는데 사용된다. 하이브리드를 변성하고 확장된 프라이머 cDNA를 전기영동겔의 마커로 사용함으로써 전사 시작 부위를 결정할 수 있다.일반적으로 겔에서의 위치를 DNA 배열(예: 생어 배열)과 비교하고, 바람직하게는 DNA 템플릿 가닥에 동일한 프라이머를 사용하여 수행한다.전사가 시작되는 정확한 뉴클레오티드는 라벨이 부착된 확장 프라이머와 마커 뉴클레오티드를 매칭함으로써 특정할 수 있으며, 둘 다 겔에서 동일한 이동 거리를 공유하고 있다.

프라이머 확장은 RNA 전사물의 정량화 및 매핑을 위한 핵산가수분해효소 보호 분석(S1 핵산가수분해효소 매핑)의 대안을 제공한다.프라이머 확장을 위한 교배 프로브는 합성 올리고뉴클레오티드이며, S1 매핑은 DNA 단편을 분리해야 한다.두 방법 모두 mRNA가 시작되는 곳의 정보를 제공하고 결과 자동 방사선 촬영 상의 전사 대역의 강도에 의한 전사 농도의 추정치를 제공한다.그러나 S1 매핑과 달리 프라이머 확장은 검사에 필요한 DNA 합성이 역전사효소(5' → 3' 방향으로만 중합)에 의존하기 때문에 mRNA 전사체의 5' 말단을 찾는 데만 사용될 수 있다.

프라이머 익스텐션은 스플라이스 부위의 영향을 받지 않으므로 스플라이스 부위가 개입하여 S1 매핑을 방해하는 상황에서 바람직하다.마지막으로 프라이머 확장은 S1 매핑에 사용되는 S1 뉴클레아제가 RNA-DNA 하이브리드의 말단을 "nible off"하거나 단일 가닥 영역을 완전히 분해하지 못해 전사물이 짧거나 길어 보일 수 있기 때문에 S1 매핑보다 정확하다.

레퍼런스

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