밀리톰

Millitome
신장 참조 기관(왼쪽), 조직 블록 ID가 있는 3D 인쇄 밀톰(가운데), 일치하는 3D 블록

밀리톰(millitome, 라틴어로 "천"을 의미하는 밀리미터와 그리스어로 "절단"을 의미하는 템네어에서 유래)은 새로 얻은 장기를 보관하고 단일 세포 분석에 사용하기 위해 많은 작은 조직 블록으로 절단하도록 설계된 장치입니다.밀리톰에는 탄소강 절단 나이프가 균일한 크기의 조직 재료 조각 또는 큐브를 생성하도록 유도하기 위해 x 및 y 방향으로 동일하게 배치된 개별 절단 홈이 있습니다.밀리톰 설계 및 사용은 미국 인디애나 대학교의 HIVE MC-IU 팀(PI: Katy Börner; NIH Award No: OT2OD026671)과 CNS([1]Cyber Infrastructure for Network Science Center) 회원들이 개발했습니다. 국립보건원 공동 기금의 인간 생체 분자 지도 프로그램(HuBMAP).[2]

밀리톰은 HuBMAP의 3D Reference Object [3]Library에서 장기의 모양과 크기에 맞는 균일한 크기의 조직 블록을 만드는 데 사용됩니다.밀리톰에는 STL 파일, HuBMAP ID에 공간 위치를 할당하기 위한 스프레드시트 및 밀리톰이 장착된 참조 기관의 크기, 치수, 기증자 성별 및 좌우방향에 대한 정보가 포함된 메타데이터 파일이 포함된 연결된 디지털 데이터 패키지가 있습니다.여기에 설명된 절차는 밀리톰이 생성되는 방법과 각 슬라이스 또는 큐브의 공간 위치가 인간 참조 [4]아틀라스에 유지되는 방법을 설명합니다.

모델

밀리톰 모델러는 3D 인쇄가 가능한 밀리톰 3D 파일을 생성하고 HuBMAP CCF 탐색 사용자[5] 인터페이스 또는 기타 가상 환경에서 사용할 3D 가상 블록을 생성하는 역할을 담당합니다.오픈 소스 코드 기반 3D 모델러인 OpenScad는 3D [6]지오메트리를 만드는 데 사용됩니다.모든 밀리톰 모델은 휴먼 레퍼런스 아틀라스 [7]포털을 통해 제공되는 NLM Visible Human Project의 3D 레퍼런스 기관을 사용합니다.

결과적인 3D 모델은 다음 두 가지 주요 용도로 사용됩니다.

  1. 는 3D 인쇄가 가능한 3D 지오메트리 데이터를 제공하여 물리적 밀리톰을 생성합니다.이 경우 3D 파일을 STL 형식으로 내보내고 Ultimaker Cura[8] 또는 [9]Matter Control과 같은 3D 인쇄 응용 프로그램으로 가져옵니다.
  2. HuBMAP의 [5]EUI와 같은 웹 인터페이스에서 사용할 동일한 밀리톰으로 절단된 조직 블록에 대한 3D 데이터를 제공합니다.

두 가지 목적 모두에 동일한 3D 지오메트리를 사용하면 물리적 버전과 가상 버전 모두에서 특정 밀리톰의 치수, 비율 및 기타 속성이 일치합니다.

액세스 및 사용

밀리톰 사용자는 HRA 밀리톰[10] 웹사이트를 방문하여 다양한 장기에 대해 사전 컴파일된 밀리톰에 액세스하고 기증자의 성별, 장기 좌우 방향(해당되는 경우), 장기 크기 및 절단 거리 측면에서 가장 적합한 장기를 선택합니다.그런 다음 사용자가 다음 세 개의 파일로 구성된 사용자 정의 밀리톰용 데이터 파일 패키지를 다운로드합니다.

  1. 조직 절단 도구를 3D 프린팅하는 데 사용되는 STL 파일
  2. 미리 정의된 밀리톰 ID를 HuBMAP ID에 연결하는 Lookup CSV 파일
  3. 재현성을 보장하기 위해 밀리톰에 대한 정보가 포함된 메타데이터 CSV 파일

STL 파일은 사내에서 3D 인쇄하거나 상용 인쇄 서비스로 전송할 수 있습니다.Lookup CSV 파일은 밀리톰 ID(밀리톰의 조직 블록을 나타냄)를 HuBMAP ID(밀리톰으로 절단된 물리적 조직 블록)에 연결합니다.메타데이터 CSV 파일은 기관, 성별, 좌우방향(해당되는 경우), 조직 블록의 크기 및 밀리톰에서 사용되는 절단 그리드의 크기와 같은 밀리톰에 대한 메타데이터를 제공합니다.또한 millitome STL의 각 millitome ID(x, y, z-position 및 x, y-dimension)에 대한 메타데이터도 포함되어 있습니다.

절단 조직에 사용

밀리톰 트레이는 탄소 또는 스테인리스 스틸 나이프와 함께 사용됩니다.기관이 절단되면 모든 조직 블록의 위치와 회전이 유지되어야 합니다.얼음 큐브 트레이는 조직 블록을 분리하고 정돈하기 위해 성공적으로 사용되었습니다.밀리톰을 한 번 3D 프린팅하는 데 몇 시간이 걸릴 수 있기 때문에 전체 장기에서 많은 조직 큐브를 획득하는 데 관심이 있는 기관 SME는 표준 크기의 밀리톰을 미리 프린팅하여 실험실에서 보관해야 합니다.이를 통해 인체 조직이 사용 가능해지면 즉시 절단할 수 있습니다.

조직 블록 식별

데이터 패키지의 일부로 제공되는 Lookup CSV 스프레드시트에는 절단 그리드의 각 블록에 미리 할당된 Millitome ID가 나열됩니다.밀리톰 ID는 y축에 숫자, x축에 문자, 하단/상단 좌우방향에 문자 "b" 또는 "t"를 사용하여 할당됩니다.Militome 사용자는 Militome 내의 위치를 기준으로 각 조직 샘플에 할당된 조직 블록 ID를 기록합니다.따라서 조직 샘플의 데이터를 참조 기관 내의 특정 가상 조직 블록 위치에 연결할 수 있습니다.

밀리톰 조직 등록 검토

HuBMAP Consoritum의 Infrastructure Engagement Component에서 밀리톰 데이터 패키지를 수집한 후에는 탐색 사용자 인터페이스를 방문하여 모든 조직 블록의 크기, 배치 및 방향이 올바른지 확인합니다.이 프로세스에 대한 정보는 등록 사용자 인터페이스 SOP의 "탐색 사용자 [11]인터페이스로 등록 확인" 섹션에 설명되어 있습니다.수정 또는 조정이 필요한 경우 밀리터리 사용자는 조정자에게 연락하여 업데이트를 수행합니다.

레퍼런스

  1. ^ Cyberinfrastructure for Network Science Center. "Human Reference Atlas Charts Human Body at Single Cell Level – HuBMAP Consortium". Retrieved 2022-07-01.
  2. ^ "The Human BioMolecular Atlas Program - HuBMAP". commonfund.nih.gov. 2017-01-05. Retrieved 2022-07-01.
  3. ^ HIVE MC-IU Team. "HuBMAP: CCF Portal". hubmapconsortium.github.io. Retrieved 2022-06-30.
  4. ^ Börner, Katy; Teichmann, Sarah A.; Quardokus, Ellen M.; Gee, James C.; Browne, Kristen; Osumi-Sutherland, David; Herr, Bruce W.; Bueckle, Andreas; Paul, Hrishikesh; Haniffa, Muzlifah; Jardine, Laura (2021). "Anatomical structures, cell types and biomarkers of the Human Reference Atlas". Nature Cell Biology. 23 (11): 1117–1128. doi:10.1038/s41556-021-00788-6. ISSN 1465-7392. PMID 34750582. S2CID 243863416.
  5. ^ a b "HuBMAP CCF Exploration User Interface (CCF-EUI)". hubmapconsortium.github.io. Retrieved 2022-07-01.
  6. ^ "OpenSCAD". OpenSCAD. Retrieved 2022-06-30.{{cite web}}CS1 유지보수: url-status(링크)
  7. ^ HIVE MC-IU Team. "HuBMAP: CCF Portal". hubmapconsortium.github.io. Retrieved 2022-06-30.
  8. ^ "Ultimaker Cura: Powerful, easy-to-use 3D printing software". Ultimaker. Retrieved 2022-06-30.{{cite web}}CS1 유지보수: url-status(링크)
  9. ^ "MatterControl - 3D Printing Software". MatterHackers. Retrieved 2022-06-30.
  10. ^ "Millitome". hubmapconsortium.github.io. Retrieved 2022-06-30.
  11. ^ Bueckle, Andreas (2022-05-20). "SOP: Using the CCF Registration User Interface". {{cite journal}}:저널 요구 사항 인용 journal=(도움말)

외부 링크