수평상관

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수평적 상관관계는 유전자 염기서열 분석을 위한 방법론이다.수평적 상관관계는 한 가지 특정 기법을 언급하기보다는 대신 두 가지 특정 테마에 의해 통일되는 다양한 시퀀스 분석 접근방식을 포괄한다.

• 시퀀스 분석은 단일 유전적 시퀀스의 길이를 따라 수평으로 비교함으로써 수행된다. 이는 여러 다른 유전적 시퀀스에 걸쳐 비교하는 수직적 방법과 대조적이다.
• 비교는 일반적으로 순서의 두 영역 간의 상호 정보 기능의 가치와 같은 정보 이론적 양을 측정한다.

수평적 상관관계 접근법의 핵심 아이디어는 그로스, 헤르젤, 불디레브, 스탠리(그로스 등)가 2000년 논문에서 처음 제시하였다.2000). 이 첫 번째 공식에서 그로스와 동료들은 그 순서를 코딩 영역과 비코딩 영역으로 나누어 큰 유전자 서열을 특성화하려고 했다.코딩-vs.- 코딩 문제에 대한 전통적인 접근방식은 일반적으로 처음에는 작은 입력에 대해 훈련된 다음 전체 시퀀스에 걸쳐 실행되는 정교한 패턴 인식 시스템에 의존했지만(Ohler, et al. 1999), 그로스 및 동료의 수평적 상관관계 접근방식은 그 시퀀스를 많은 상대적인 것으로 분해함으로써 대신 작동했다.각각 길이가 500개의 염기쌍만 있는 짧은 염기서열 조각들.그리고 나서 그들은 각각의 파편들을 코딩 또는 비코딩으로 특징짓기 위해 노력했다.이것은 조각의 길이를 따라 각각의 크기 3 창과 그 조각의 첫 번째 크기 3 창을 비교하여 두 창 사이의 상호 정보 기능의 가치를 측정함으로써 이루어졌다.코딩 시퀀스는 코딩되지 않은 3주기 패턴의 양식화된 패턴을 표시하는 것으로 밝혀졌다.그러한 패턴은 인식하기 쉬웠고, 코딩 영역을 훨씬 더 빠르고, 더 많은 종에 독립적인 식별을 가능하게 했다(그로스 등).2000).

2000년 이후 유전자 염기서열의 길이에 따른 정보 이론적 수량의 측정을 강조하는 수평적 상관관계 방법론이 널리 사용되었고, 엽총 염기서열 파편 조립체에서도 적용이 발견되었다(Otu & Sayood, 2004).

참조

• Grosse, Ivo; Herzel, Hanspeter; Buldyrev, Sergey V.; Stanley, H. Eugene (2000-05-01). "Species independence of mutual information in coding and noncoding DNA". Physical Review E. American Physical Society (APS). 61 (5): 5624–5629. Bibcode:2000PhRvE..61.5624G. doi:10.1103/physreve.61.5624. ISSN 1063-651X. PMID 11031617.
• Ohler, U.; Harbeck, S.; Niemann, H.; Noth, E.; Reese, M. G. (1999-05-01). "Interpolated markov chains for eukaryotic promoter recognition". Bioinformatics. Oxford University Press (OUP). 15 (5): 362–369. doi:10.1093/bioinformatics/15.5.362. ISSN 1367-4803. PMID 10366656.
• Otu, H. H.; Sayood, K. (2003-01-01). "A divide-and-conquer approach to fragment assembly". Bioinformatics. Oxford University Press (OUP). 19 (1): 22–29. doi:10.1093/bioinformatics/19.1.22. ISSN 1367-4803. PMID 12499289.