GenMPP

GenMAPP
GenMPP
개발자알렉산더 피코

크리스티나 한스퍼스, 네이선 살로모니, 캄 달퀴스트, 스콧 도니거, 제프 롤러, 알렉스 잠본, 린 페란테, 카렌 브라니잔, 스티븐 C.로러

브루스 콩클린
운영 체제창문들
유형생물정보학
면허증.Apache 라이선스
웹 사이트www.genmapp.org

GenMPP(Gene Map Annotator and Pathway Profiler)는 유전자 수준 데이터 세트를 생물학적 프로세스 및 질병과 연결하는 경로(메타볼릭, 시그널링)의 맥락에서 게놈 데이터를 시각화하고 분석하도록 설계된 무료 오픈 소스 생물 정보학 소프트웨어 도구이다.[1] 2000년에 처음 만들어진 GenMAPP는 학술 연구소를 거점으로 한 오픈 소스 팀에 의해 개발되었습니다.GenMPP는 시각화 및 분석 도구와 더불어 유전자 식별자 및 경로 지도 모음 데이터베이스를 유지한다.GenMPP는 다른 공공 자원과 함께 유전자에서 단백질, 질병 경로까지 다양한 데이터 유형의 통합을 통해 생물학에 대한 통찰력을 얻을 수 있는 도구를 연구 커뮤니티에 제공하는 것을 목표로 하고 있습니다.

역사

GenMPP는 2000년 샌프란시스코에 있는 J. David Gladstone Institute의 Bruce Conklin 연구소에서 시제품 소프트웨어 툴로 처음 개발되었으며, 계속해서 동일한 비영리 학술 연구 환경에서 개발되고 있습니다.GenMPPP 1.0의 첫 번째 릴리스 버전은 2002년에 제공되었으며, 사람, 마우스, 쥐 및 효모의 DNA 마이크로 어레이 데이터 분석을 지원합니다.2004년에는 GenMPP 2.0이 출시되어 종래의 액세서리 프로그램인 MAPPFinder와 MAPPBuilder를 조합하여 추가 종으로 지원을 확대하였습니다.GenMPP 2.1은 2006년에 새로운 시각화 기능과 총 11종을 지원하여 출시되었습니다.

사용.

GenMPPP는 생물학자들에 의해 개발되었으며 벤치 생물학자들을 위한 경로 시각화에 초점을 맞추고 있다.다른 많은 컴퓨터 시스템 생물학 도구와 달리 GenMPP는 셀/시스템 모델링용으로 설계되지 않았습니다.이는 직관적이고 사용하기 쉬운 인터페이스를 통해 게놈 데이터를 신속하게 해석할 수 있도록 함으로써 벤치 생물학자들의 즉각적인 요구에 초점을 맞춥니다.GenMPP는 Visual Basic 6.0에 구현되어 있으며 Mac의 부트캠프 또는 Parallels Workstation 등 Microsoft Windows 운영체제용 스탠드아론 어플리케이션으로 사용할 수 있습니다.

콘텐츠 및 기능

GenMPP는 다양한 주요 모델 유기체에 대한 유전자 데이터베이스를 구축하고 유지합니다.


GenMAPP는 생물학적 경로 맵을 작성, 편집 및 주석을 달 수 있는 도구를 제공합니다.

GenMAPP MAPP2.jpg

GenMPPP는 사용자가 경로 수집과 Gene Ontology의 맥락에서 데이터를 시각화하고 분석할 수 있도록 한다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Dahlquist KD; Salomonis N; Vranizan K; Lawlor SC; Conklin BR (May 2002). "GenMAPP, a new tool for viewing and analyzing microarray data on biological pathways". Nature Genetics. 31 (1): 19–20. doi:10.1038/NG0502-19. ISSN 1061-4036. PMID 11984561. Wikidata Q29618720.

외부 링크