진핵 선형 모티브 리소스

Eukaryotic Linear Motif resource
ELM
Database.png
내용
설명진핵 선형 모티프
연락처
작가들홀거 딩켈
토비 깁슨
1차 인용딩켈 & al. (2012년)[1]
출시일자2011
접근
웹사이트elm.eu.org

진핵 선형 모티브(ELM) 자원은 진핵 단백질에서 짧은 선형 모티브(SLiMs)를 조사하기 위한 계산 생물 자원(European Molecular Biology Laboratory, EMBL)이다.[2][3] 그것은 현재 주석 처리되고 실험적으로 검증된 선형 모티브 인스턴스가 있는 선형 모티브 클래스의 가장 큰 모음입니다.

선형 모티브는 정규식 규칙을 사용하여 패턴으로 지정된다. 이러한 표현은 단백질 시퀀스에서 삽입 모티브 인스턴스(instance)를 검출하는 ELM 예측 파이프라인에 사용된다. 예측력을 향상시키기 위해 컨텍스트 기반 규칙과 논리 필터를 개발하여 잘못된 긍정 일치의 양을 줄이고 있다.

2010년 현재 ELM에는 단백질 내에서 실험적으로 결정된 1300개 이상의 인스턴스(instance)에 주석을 달 수 있는 146개의 다른 모티브가 포함되어 있다.[3] 현재 버전의 ELM 서버는 (SMART/Pfam 데이터베이스를 사용한) 셀 컴파트먼트, 유전체, 구상 도메인 충돌 및 구조에 의한 필터링을 제공한다.[4] 또한 알려진 ELM 인스턴스 및 ELM 인스턴스 시퀀스와 유사한 시퀀스에서 위치적으로 보존된 일치 항목이 모두 식별되고 표시된다.

참고 항목

참조

  1. ^ Dinkel, Holger; Michael Sushama; Weatheritt Robert J; Davey Norman E; Van Roey Kim; Altenberg Brigitte; Toedt Grischa; Uyar Bora; Seiler Markus; Budd Aidan; Jödicke Lisa; Dammert Marcel A; Schroeter Christian; Hammer Maria; Schmidt Tobias; Jehl Peter; McGuigan Caroline; Dymecka Magdalena; Chica Claudia; Luck Katja; Via Allegra; Chatr-Aryamontri Andrew; Haslam Niall; Grebnev Gleb; Edwards Richard J; Steinmetz Michel O; Meiselbach Heike; Diella Francesca; Gibson Toby J (Jan 2012). "ELM--the database of eukaryotic linear motifs". Nucleic Acids Research. 40 (D1): D242–D251. doi:10.1093/nar/gkr1064. PMC 3245074. PMID 22110040.
  2. ^ Puntervoll P, Linding R, Gemünd C, et al. (July 2003). "ELM server: A new resource for investigating short functional sites in modular eukaryotic proteins". Nucleic Acids Res. 31 (13): 3625–30. doi:10.1093/nar/gkg545. PMC 168952. PMID 12824381.
  3. ^ a b Gould CM, Diella F, Via A, et al. (January 2010). "ELM: the status of the 2010 eukaryotic linear motif resource". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D167–80. doi:10.1093/nar/gkp1016. PMC 2808914. PMID 19920119.
  4. ^ Via A, Gould CM, Gemünd C, Gibson TJ, Helmer-Citterich M (2009). "A structure filter for the Eukaryotic Linear Motif Resource". BMC Bioinformatics. 10: 351. doi:10.1186/1471-2105-10-351. PMC 2774702. PMID 19852836.

외부 링크

  • ELM 홈 페이지