데이빗

DAVID
다른 용도는 David(동음이의)를 참조하십시오.
DAVID 생물정보학 리소스
안정된 릴리스
2021년 갱신 / 2021년 12월, 7개월 전(2021-12년)
유형생물정보학
면허증.프리웨어[1]
웹 사이트david.ncifcrf.gov

DAVID(주석, 시각화 및 통합 발견을 위한 데이터베이스)는 면역병리학 및 생물정보학 연구소(LIB)[2][3][4][5][6][7]가 개발한 무료 온라인 생물정보학 자원이다.DAVID Bio Informatics Resources의 모든 도구는 마이크로어레이 및 프로테오믹스 연구 등 게놈 연구에서 파생된 유전자의 방대한 목록을 기능적으로 해석하는 것을 목표로 한다.DAVID는 https://david.ncifcrf.gov/에서 찾을 수 있습니다.

DAVID 생물정보학 리소스는 DAVID Knowledgebase와 5개의 통합된 웹 기반 기능 주석 도구 스위트(DAVID Gen Functional Classification Tool, DAVID Gename Viewer, NIAID Pathogen)로 구성되어 있습니다.확장된 DAVID Knowledgebase는 이제 DAVID Gene Concept에 의해 중앙 집중화된 거의 모든 주요 공공 생물 정보학 자원을 통합한다. DAVID Gene Concept는 다양한 공공 생물 정보학 데이터베이스에서 수천만 개의 다양한 유전자/단백질 식별자와 주석 용어를 집적하는 단일 링크 방법이다.업로드된 모든 유전자 목록에 대해, DAVID Resources는 현재 일반적인 유전자 항 농축 분석뿐만 아니라, 사용자가 유전자/단백질 식별자 간의 변환, 다종 대 다종 다종 간 관계 시각화, 클러스터 중복 및 이종 간 유전자 분류를 가능하게 하는 새로운 도구와 기능을 제공한다.그룹으로 분류하고, 흥미롭고 관련된 유전자나 용어를 검색하며, 생물학 등의 목록에서 동적으로 유전자를 봅니다.

DAVID 6.8은 2016년 [8]10월에 출시되었습니다.

기능

DAVID는 연구자들이 많은 유전자 목록 뒤에 숨은 생물학적 의미를 이해할 수 있도록 포괄적인 기능 주석 도구 세트를 제공한다.주어진 유전자 목록에 대해 DAVID 도구는 다음을 수행할 수 있습니다.

  • 풍부한 생물학적 주제, 특히 GO 용어 식별
  • 풍부한 기능 관련 유전자 그룹 발견
  • 클러스터 중복 주석 용어
  • BioCarta 및 KEGG 경로 지도에서 유전자 시각화
  • 관련된 다원 대 다항식을 2-D 뷰에 표시합니다.
  • 목록에 없는 다른 기능 관련 유전자 검색
  • 상호 작용하는 단백질 목록
  • 유전자 이름을 일괄적으로 조사하다
  • 유전자-질병 연관성
  • 단백질 기능 영역 및 모티브 강조
  • 관련 자료로 리다이렉트
  • 유전자 식별자를 한 유형에서 다른 유형으로 변환합니다.

외부 링크

레퍼런스

  1. ^ http://david.abcc.ncifcrf.gov/ease/EASELicense.htm[데드링크]
  2. ^ Huang DW, Lempicki RA (2009). "Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources". Nature Protocols. 4 (1): 44–57. doi:10.1038/nprot.2008.211. PMID 19131956. S2CID 10418677.
  3. ^ Sherman BT, Huang DW, Tan Q, Guo Y, Bour S, Liu D, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). "DAVID Knowledgebase: a gene-centered database integrating heterogeneous gene annotation resources to facilitate high-throughput gene functional analysis". BMC Bioinformatics. 8: 426. doi:10.1186/1471-2105-8-426. PMC 2186358. PMID 17980028.
  4. ^ Huang DW, Sherman BT, Tan Q, Collins JR, Alvord WG, Roayaei J, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). "The DAVID Gene Functional Classification Tool: a novel biological module-centric algorithm to functionally analyze large gene lists". Genome Biol. 8 (9): R183. doi:10.1186/gb-2007-8-9-r183. PMC 2375021. PMID 17784955.
  5. ^ Huang Da, HC; Sherman, BT; Tan, Q; Kir, J; Liu, D; Bryant, D; Guo, Y; Stephens, R; et al. (2007). "DAVID Bioinformatics Resources: expanded annotation database and novel algorithms to better extract biology from large gene lists". Nucleic Acids Research. 35 (Web Server issue): W169–75. doi:10.1093/nar/gkm415. PMC 1933169. PMID 17576678.
  6. ^ Hosack; Dennis Jr, G; Sherman, BT; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). "Identifying biological themes within lists of genes with EASE". Genome Biology. 4 (10): R70. doi:10.1186/gb-2003-4-10-r70. PMC 328459. PMID 14519205.
  7. ^ Dennis Jr; Sherman, BT; Hosack, DA; Yang, J; Gao, W; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). "DAVID: Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery". Genome Biology. 4 (5): P3. doi:10.1186/gb-2003-4-5-p3. PMID 12734009.
  8. ^ 릴리즈 및 버전 정보, DAVID 바이오 인포매틱스 리소스