CheShift
CheShift | |
| 안정된 릴리스 | 3.0 / 2013년 9월 1일( |
|---|---|
| 저장소 | |
| 기입처 | Python, HTML |
| 운영 체제 | 크로스 플랫폼 |
| 이용가능기간: | 영어 |
| 유형 | 생물정보학 |
| 면허증. | 학술용 무료 |
| 웹 사이트 | cheshift |
CheShift-2(/teeʃft/로 발음)는 C 및β C 단백질의 화학적 변화를 계산하고α 단백질 구조를 검증하기 위해 개발된 응용 프로그램입니다.20개 아미노산의 비틀림 각도(θ, θ, θ, θ1, θ2)의 함수로서 C와 Cchemicalβ shift의 양자역학α 연산에 기초하고 있다.
CheShift-2는 PDB 파일에서 이론적 화학적 이동 값 목록을 반환할 수 있습니다.또한 업로드된 PDB 파일과 화학적 시프트 값을 기반으로 3D 단백질 모델을 표시할 수 있습니다.3D 단백질 모델은 이론적인 화학적 이동 값과 관찰된 화학적 이동 값의 차이를 나타내는 5가지 색상 코드를 사용하여 색칠됩니다.관찰되고 예측된α C와β C의 화학적 변화 간의 차이는 단백질 [1]구조의 가능한 국소적 결함을 감지하는 민감한 탐침으로 사용될 수 있다.C 및 Cβ 관측된 화학적 이동이 모두α 제공된다면 CheShift-2가 관측된 화학적 이동과 계산된 화학적 이동 간의 차이를 줄일 수 있는 대체 측쇄 비틀림 각도 목록을 제공하려고 시도할 경우, 이러한 값은 [2]단백질 구조의 결함을 복구하는 데 사용될 수 있다.
CheShift-2는 온라인 http://www.cheshift.com 또는 PyMOL 플러그인을 통해 액세스할 수 있습니다.
「 」를 참조해 주세요.
관련 소프트웨어
외부 링크
레퍼런스
- ^ Martin, O. A., Vila, J. A. and Scheraga, H. A. (2012). "CheShift-2: graphic validation of protein structures". Bioinformatics. 28 (11): 1538–1539. doi:10.1093/bioinformatics/bts179. PMC 3356844. PMID 22495749.
{{cite journal}}: CS1 maint: 여러 이름: 작성자 목록(링크) - ^ Martin O.A. Arnautova Y.A. Icazatti A.A. Scheraga H.A. and Vila J.A. (2013). "A Physics-Based Method to Validate and Repair Flaws in Protein Structures". PNAS. 110 (42): 16826–16831. doi:10.1073/pnas.1315525110. PMC 3801053. PMID 24082119.
