CRISPR/Cas 도구

CRISPR/Cas Tools

CRISPR-Cas 설계 도구는 CRISPR/Cas 유전자 편집 시스템과 함께 사용하기 위한 가이드 RNA(guide RNA) 설계를 용이하게 하기 위해 사용되는 컴퓨터 소프트웨어 플랫폼과 생물정보학 도구다.

크리스퍼-카스

CRISPR/Cas(정기적으로 간격이 짧은 짧은 팔린드롬 반복/CRISPR 관련 핵으로 클러스터링) 시스템은 원래 고고학자와 박테리아가 사용하는 후천성 면역 반응 메커니즘으로 밝혀졌다.이후 고등생물의 유전공학에서 도구로 사용하기 위해 채택되었다.

적절한 gRNA를 설계하는 것은 CRISPR/Cas 시스템을 이용한 게놈 편집의 중요한 요소다.gRNA는 관심 있는 게놈의 다른 위치와 의도하지 않은 상호작용("오프 타깃")을 할 수 있다.특정 후보 gRNA의 경우, 이러한 도구는 게놈의 잠재적 목표치 리스트를 보고하므로 설계자가 실험에 착수하기 전에 적합성을 평가할 수 있다.

과학자들은 또한 CRISPR/Cas 시스템의 역학과 gRNA가 Cas nuclease를 관심 있는 게놈의 특정 위치로 유도하는 데 있어서 얼마나 훌륭하고 활동적인지를 관리하는 것에 대해 탐구하기 시작했다.[1][2]본 연구의 결과, gRNA의 '활동'에 대한 평가의 새로운 방법이 발표되었으며,[1][2] 이제 설계 단계에서 gRNA의 예측된 활동뿐만 아니라 gRNA의 의도하지 않은 상호작용을 모두 고려하는 것이 최선의 실천요강이다.

테이블

아래 표에는 사용 가능한 도구와 그 속성이 나열되어 있다.

CRISPR-Cas 설계 도구 목록
도구 이름 제공자 전체 게놈에서 대상 검색 게놈의 모든 표적을 반환함 시드 범위 및 위치를 정의할 수 있음 지원되는 최대 불일치 수 gRNA 활동 예측 사용 가능한 프로토스페이서 인접 모티브(PAM) 시퀀스 주석이 보고됨 gRNA 제안 또는 득점 참조
크리스프론, 크리스프롭 코펜하겐 대학교 기술 및 보건 분야의 비코딩 RNA 센터 네 네 네 전부 네 NGG, NGA, NAG 네 네 [3],[4]
인비트로겐 TrueDesign 게놈 편집기 써모 피셔 사이언티픽 네 네 아니요. 3 아니요. NGG 네 네 [5]
브레이킹-카스 스페인 국립 생명공학 센터 예(게놈 1000개 이상) 네 예(체중) 4 아니요. 사용자 지정 가능 네 네 [6]
캐스-오프핀더 서울대학교 네 네 아니요. 0-10 아니요. NGG, NRG, NNAAW, NNNGMTT 아니요. 네 [7]
주조 카글 네 네 아니요. 3 아니요. NGG와 NAG 아니요. 네 [8]
바삭바삭한 덴마크 공과대학교 네 네 아니요. 전부 아니요. NGG 네 네 [9]
CCTop 하이델베르크 대학교 네 네 부분적 5 (0-5) 네 NGG, NRG, NNGRRT, NNNGATT, NNAAW, NAAAC 네 네 [10]
찹찹 하버드 대학교 네 네 부분적 0, 2 아니요. NGG, NNAGAA, NNNGANN 아니요. 네 [11]
찹찹 v2 베르겐 대학교 네 네 네 3 (0-3) 네 사용자 지정 가능 네 네 [12]
크리스포 산타 크루즈 캘리포니아 대학교 테포 예(200개 이상의 게놈) 네 아니요. 4 네 NGG, NGA, NGCG, NNAGAA, NGGNG, NNGRRT, NNRRT, NNNGMTT, NNNAACA, TTTN 네 네 [13]
크리스퍼 디자인 장랩, MIT 네 아니요. 아니요. 4 아니요. NGG와 NAG mRNA exons 네 [14]
크리스퍼다이렉트 DBCLS(Database Center for Life Science) 예(200종 이상) 네 아니요. 임의의 수 아니요. NNN 네 네 [15]
크리스퍼스캔 예일 주 지랄데즈 랩 네 네 아니요. 4 네 NGG, TTTV, TTTN 네 네 [16]
크리스프릭 바이오콘덕터 네 네 아니요. 임의의 수 아니요. 사용자 지정 가능 mRNA exons 네 [17]
데스크젠 데스크톱 유전학 네 네 네 임의의 수 네 전체 사용자 지정 가능 네 네 [18]
가이드스캔 가이드스캔 네 네 네 웹 사이트에 3개 있고 명령줄로 사용자 정의 가능 네 웹 사이트의 NGG/NAG 및 명령줄로 사용자 정의 가능 네 네 [19]
GT-스캔 CSIRO & EMBL-ABR 네 네 네 3 (0-3) 아니요. 사용자 지정 가능 Ensangel 게놈 브라우저 링크 네 [20]
오프스팟터 토머스 제퍼슨 대학교 네 네 네 0-5 NGG, NAG, NNNAKA, NNGRRT(R은 A 또는 G) mRNA exons, mRNA, mRNA, 5'UTR, CDS, 3'UTR, nonsible lincRNA, lincRNA 사용자 지정 가능 [21]
sgRNA 디자이너 브로드 인스티튜트 아니요. 아니요. 아니요. 0 네 NGG CDS(대본 ID로 검색하는 경우) 네 [1]
Synthetgo 디자인 도구 신디멘고 예(120,000개 이상의 게놈) 없음(Knockout에 최적화됨) 네 3 네 NGG 예(RefSeq, 앙상블, Gencode) 네 [22]
투스카나 CSIRO 아니요. 아니요. 아니요. 0 네 NGG 아니요. 네 [23]
VARSCOT CSIRO 네 네 아니요. 0-8 네 사용자 지정 가능 아니요. 네 [24]
크리스퍼 타겟팅 진디자 Horizon Discovery[영구적 데드링크] 예, 다중 네 네 4 네 NGG, NNGRRT, YTTV, 기타 네 네 (21)
가이드메이커 미국 농무부, 농업 연구 서비스 예, 모든 사용자가 제공한 게놈 네 네 0-5 네 모든 PAM 사이트 및 PAM 방향 네 네 [25]

참조

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