SED-ML

SED-ML
시뮬레이션 실험 기술 마크업 언어
SED-ML logo
파일 이름 확장자
.xml
초기 릴리즈2011년 3월 25일, 11년 전(2011-03-25)
최신 릴리즈
레벨 1 버전 2, 릴리즈 1
2013년 12월 2일, 9년 전(2013-12-02)
포맷의 종류마크업 언어
확장원XML
오픈 포맷?네.
웹 사이트sed-ml.org

SED-ML(Simulation Experiment Description Markup Language)은 XML 기반의 표현 형식이며, 생물학적 시스템의 계산 [1]모델에 대한 시뮬레이션 기술 인코딩 및 교환을 위한 것입니다.그것은 자유롭고 개방적인 커뮤니티 개발 프로젝트이다.

SED-ML의 첫 번째 버전인 SED-ML 레벨 1 버전 [2]1에서는 시간 코스 시뮬레이션 실험에 대한 설명이 가능합니다.

구조.

SED-ML 형식은 5개의 주요 블록으로 구성됩니다.

  • 모델 엔티티는 시뮬레이션 실험에 사용된 모델을 참조하고 시뮬레이션 전에 이러한 모델에 대한 전처리 절차를 정의하는 데 사용됩니다.모델은 표준 표현 형식(예: SBML, CellML, NeuroML)이어야 합니다.전처리의 예로는 예를 들어 관찰 가능한 값의 변경, 수학을 사용한 값의 변경 계산 또는 모델 표현의 XML 요소에 대한 일반적인 변경 등이 있습니다.
  • 시뮬레이션 엔티티에는 시뮬레이션 설정 및 시뮬레이션 중 취한 단계(예: 시뮬레이션의 특정 유형 및 시뮬레이션 실행에 사용되는 알고리즘)에 대한 모든 정보가 포함됩니다.시뮬레이션 알고리즘은 Kinetic Simulation Algorithm Ontology 용어로 지정됩니다.
  • 작업 엔티티는 정의된 시뮬레이션 중 하나를 참조된 모델 중 하나로 한 번에 적용합니다.
  • Data Generator 엔티티는 출력 전에 시뮬레이션 결과에 적용해야 하는 후처리 절차를 인코딩합니다(예: 데이터 정규화).
  • 출력 엔티티는 시뮬레이션 출력(예: 표시할 특정 플롯)을 지정합니다.

SED-ML 구조에 대한 자세한 내용은 SED-ML 홈페이지[1] 및 참조 [3]자료를 참조하십시오.

역사

시뮬레이션 실험 인코딩을 위한 표준 형식을 개발하는 아이디어는 유럽 생물정보학 연구소(EMBL-EBI)에서 탄생했다.2007년, Dagmar Waltemath와 Nicolas Le Novér는 [4]EMBL-EBI의 컴퓨터 신경과학 그룹에서 Dagmar의 Marie-Qurie가 자금을 지원하는 인턴십 동안 이러한 형식의 초안을 작성하기 시작했습니다.

SED-ML 프로젝트는 2007년 미국 롱비치에서 열린 제12회 SBML 포럼 회의에서 처음 공개 논의되었습니다.SED-ML의 첫 버전은 2008년 오키나와에서 열린 'Super-hackathon "Standards and Ontologies for Systems Biology"에서 발표되었습니다.그 당시에는 MIASE-ML로 불렸다(MIASE 가이드라인에 따라).오키나와에서는, 많은 연구자가 포맷에 높은 관심을 보였고, 논의가 불가결했다.MIASE는 시뮬레이션 실험을 위한 최소 정보 지침이 되었다.MIASE-ML은 "Simulation Experiment Description Markup Language"(SED-ML)로 이름이 변경되었습니다.

SED-ML의 레벨 1 버전 1은 2011년 3월에 정식으로 발표되었지만, SED-ML은 2009년의 「CellML-SBGN-SBO-BioPAX-MIASE 워크숍」이나 「2010 SBML-BioModels.net 해커톤」을 포함한, 그 사이에 몇개의 커뮤니티 회의에서 발표, 논의, 한층 더 구체화되었습니다.

그 후 SED-ML은 "생물학 네트워크의 컴퓨터 모델링"을 형성하는 커뮤니티와 협력하여 개발되었습니다.다양한 미팅에서의 전용 세션 외에 SED-ML 개발은 SED-ML 토론 메일링 [5]리스트의 커뮤니티 상호작용으로부터 혜택을 받습니다.

SED-ML 커뮤니티

SED-ML은 COMPutational Modeling in Biology Network(COMBINE)의 일부입니다.서식 개발은 [6]커뮤니티에 의해 선출된 편집위원회에 의해 조정됩니다.토론은 [5]SED-ML-Discuestion에서 이루어집니다.

레퍼런스

  1. ^ a b "Simulation Experiment Description Markup Language". SED-ML. Retrieved 6 July 2017.
  2. ^ D. Waltemath, F. T. Bergmann, R. Adams, N. Le Novère (2011). "Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) : Level 1 Version 1". Nature Precedings. doi:10.1038/npre.2011.5846.1.{{cite news}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  3. ^ D. Waltemath, R. Adams, F.T. Bergmann, M. Hucka, F. Kolpakov, A.K. Miller, I.I. Moraru, D. Nickerson, J.L. Snoep, N. Le Novère (2011). "Reproducible computational biology experiments with SED-ML – The Simulation Experiment Description Markup Language". BMC Systems Biology. Vol. 5. p. 198. doi:10.1186/1752-0509-5-198.{{cite news}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  4. ^ "Computational Systems Neurobiology Group". EMBL-EBI. 1 October 2012. Retrieved 24 April 2014.
  5. ^ a b "SED-ML-discuss Info Page". SED-ML. Retrieved 6 July 2017.
  6. ^ "Current SED-ML Editors". SED-ML. Retrieved 6 July 2017.