바이오마트
BioMart | |
 바이오마트 QuickQuery 인터페이스 | |
| 기입처 | 자바 |
|---|---|
| 운영 체제 | Unix와 같은 |
| 이용가능기간: | 영어 |
| 유형 | 연합 데이터베이스 시스템 |
| 면허증. | LGPL |
| 웹 사이트 | biomart |
바이오마트는 분산된 연구 데이터에 대한 단일 액세스 지점을 제공하기 위한 커뮤니티 주도 프로젝트입니다.바이오마트 프로젝트는 국제 과학계에 오픈 소스 소프트웨어와 데이터 서비스를 제공합니다.바이오마트 소프트웨어는 주로 생물의학 연구 커뮤니티에서 사용되지만, 어떠한 유형의 데이터도 바이오마트 프레임워크에 통합될 수 있도록 설계되었습니다.바이오마트 프로젝트는 인간 [2]게놈 프로젝트의 데이터 관리[1] 솔루션으로서 유럽 생물 정보 연구소에서 시작되었다.그 이후 바이오마트는 [3][4][5][6]5개 대륙의 다양한 데이터베이스 프로젝트와 관련된 여러 기관 간의 협업으로 성장했다.
소프트웨어
BioMart는 지리적으로 분산된 서로 다른 데이터 [7]소스에 대한 통합 액세스를 제공하는 자유롭게 사용할 수 있는 오픈 소스 연합 데이터베이스 시스템입니다.바이오마트는 서로 다른 서버에 호스팅된 데이터베이스를 사용자에게 원활하게 제공할 수 있도록 하여 협업 프로젝트를 촉진합니다.BioMart는 대규모 데이터 세트를 효율적으로 관리하기 위한 몇 가지 수준의 쿼리 최적화 기능을 갖추고 있으며, 사용자에게 가장 편리한 방식으로 쿼리를 수행할 수 있도록 다양한 그래픽 사용자 인터페이스와 애플리케이션 프로그래밍 인터페이스를 제공합니다.바이오마트는 바이오컨덕터,[8] 갤럭시,[9] 사이토케이프,[10] 테버나 [11]등 널리 사용되는 여러 소프트웨어 패키지와의 통합으로 역량을 확장했다.
데이터 소스 및 커뮤니티
바이오마트에는 UTR 규제 활동 지도책(AURA), 우주 암 데이터베이스, 앙상블 게놈, 햅맵, 인터프로, 마우스 게놈 정보학(MGI), Rfam, UniProt 등 약 40개의 데이터 소스가 있다.접근은 유럽생물정보연구소(EBI)와 영국의 웰컴 트러스트 생어 연구소, 미국의 콜드 스프링 하버 연구소와 국립생명공학정보센터(NCBI), 프랑스 국립과학연구센터(CNRS)[12] 등의 기관에서 제공합니다.BioMart Central Portal은 증가하는 데이터 [3][5][6]소스에 대한 편리한 단일 액세스 지점을 제공하기 위해 설립되었습니다.
레퍼런스
- ^ Kasprzyk A, Keefe D, Smedley D, et al. (2004). "EnsMart: a generic system for fast and flexible access to biological data". Genome Res. 14 (1): 160–9. doi:10.1101/gr.1645104. PMC 314293. PMID 14707178.
- ^ Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. (2001). "Initial sequencing and analysis of the human genome" (PDF). Nature. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001Natur.409..860L. doi:10.1038/35057062. PMID 11237011.
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- ^ Kasprzyk A (2011). "BioMart: driving a paradigm change in biological data management". Database (Oxford). 2011: bar049. doi:10.1093/database/bar049. PMC 3215098. PMID 22083790.
- ^ a b Haider S, Ballester B, Smedley D, Zhang J, Rice P, Kasprzyk A (2009). "BioMart Central Portal--unified access to biological data". Nucleic Acids Res. 37 (Web Server issue): W23–7. doi:10.1093/nar/gkp265. PMC 2703988. PMID 19420058.
- ^ a b Guberman JM, Ai J, Arnaiz O, et al. (2011). "BioMart Central Portal: an open database network for the biological community". Database (Oxford). 2011: bar041. doi:10.1093/database/bar041. PMC 3263598. PMID 21930507.
- ^ Zhang J, Haider S, Baran J, et al. (2011). "BioMart: a data federation framework for large collaborative projects". Database (Oxford). 2011: bar038. doi:10.1093/database/bar038. PMC 3175789. PMID 21930506.
- ^ Durinck S, Moreau Y, Kasprzyk A, Davis S, De Moor B, Brazma A, et al. (2005). "BioMart and Bioconductor: a powerful link between biological databases and microarray data analysis". Bioinformatics. 21 (16): 3439–40. doi:10.1093/bioinformatics/bti525. PMID 16082012.
- ^ Liu B, Madduri RK, Sotomayor B, et al. (2014). "Cloud-based bioinformatics workflow platform for large-scale next-generation sequencing analyses". J Biomed Inform. 49: 119–33. doi:10.1016/j.jbi.2014.01.005. PMC 4203338. PMID 24462600.
- ^ Lopes CT, Franz M, Kazi F, Donaldson SL, Morris Q, Bader GD (2010). "Cytoscape Web: an interactive web-based network browser". Bioinformatics. 26 (18): 2347–8. doi:10.1093/bioinformatics/btq430. PMC 2935447. PMID 20656902.
- ^ Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, et al. (2013). "The Taverna workflow suite: designing and executing workflows of Web Services on the desktop, web or in the cloud". Nucleic Acids Res. 41 (Web Server issue): W557–61. doi:10.1093/nar/gkt328. PMC 3692062. PMID 23640334.
- ^ "BioMart". www.biomart.org. Retrieved 14 July 2016.
