브렌다 조직 온톨로지

BRENDA tissue ontology
브렌다 조직 온톨로지(BTO)
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내용
묘사효소 공급원을 위한 모든 유기체의 존재학.
연락
주요 인용문PMID 21030441
발매일2003
접근
웹 사이트http://www.brenda-enzymes.org/ontology.php?ontology_id=3

BTO[1](BRENDA Tissue Ontology)는 포괄적인 구조화 백과사전을 나타냅니다.그것은 효소 공급원으로서 모든 분류학적 그룹(동물, 식물, 곰팡이, 원생동물)의 유기체의 조직, 장기, 해부학적 구조, 식물 부분, 세포 배양, 세포 유형 및 세포주에 대한 용어, 분류 및 정의를 제공한다.이 정보는 BRENDA("BRaunschweig ENzyme DAtabase")[2] 효소 정보 시스템의 기능 데이터에 연결됩니다.

BTO는 생명과학 최초의 조직 특이적 존재론 중 하나로, 광범위한 조직 및 세포형 정보에 대한 사용자 친화적인 접근을 제공하는 특정 유기체 또는 특정 유기체 그룹에 국한되지 않는다.온톨로지 룩업 서비스 또는 데이터베이스(MIRIAM Registry, EBI-EMBL, TissueDistributionDB, 하이델베르크의 독일암연구센터(DKFZ)의 조직 동의어 라이브러리 또는 국립생물의학센터의 생체피질 플랫폼을 포함)각 플랫폼에 정보를 저장하는 필수 저장소입니다.

BTO는 의학 연구 및 약학 분야의 사용자가 진단, 치료 및 약물 개발에 중요한 역할을 하는 조직 내 질병 관련 효소의 발생 및 조직학적 검출을 검색할 수 있도록 한다.생화학 및 생명공학에서 효소 기능 데이터에 연결된 유기체 특이 조직 용어는 생명과학의 신진대사와 조절을 이해하는 데 중요한 자원이다.온톨로지는 통제되고 구조화된 [3]어휘를 제공하는 분류 시스템을 나타냅니다.이들은 진화적 상관관계를 설명하고 연결하기 위한 중요한 도구입니다.

BTO의 개발은 2003년에 시작되었으며, BRENDA의 생화학 및 분자 생물학적 효소 데이터를 조직 특이 용어의 계층적이고 표준화된 수집과 연결하는 것을 목표로 했다.BRENDA의 기능적 효소 데이터와 정보는 생화학, 생물학, 화학 전문가들에 의해 수동으로 주석을 달고 구조화되었습니다.2019년 10월까지 BTO는 5,173개의 동의어와 5,074개의 정의에 연결된 6,042개 이상의 용어를 포함했다.이 용어는 오픈 소스 OBO-Edit을 [5]사용하여 작성된 유도 비순환 그래프(DAG)로 구성된 Gene Ontology Consortium(GO,[4] GO)의 일반 범주, 규칙 및 형식으로 분류됩니다.각 레벨의 모든 용어는 BRENDA의 효소 데이터에 직접 연결되어 있습니다. BTO는 조직 특이적인 방식으로 발현되는 서로 다른 효소를 구별하는 데 적합한 도구입니다.

콘텐츠 및 기능

BTO는 BRENDA 효소 정보 시스템의 포괄적인 효소 특이 데이터를 활용합니다.현재(2019년 10월) 11,000개 이상의 단백질로부터 11,200개의 효소-장기-조직 특이 데이터가 BRENDA에 저장되어 있다.이러한 항목은 150,000여 개의 다른 문헌 참조에서 수동으로 주석을 달았다.BTO의 모든 용어는 OBO 형식에 따라 평가 및 분류되며 특정 관계에 의해 연결됩니다.각 용어는 온톨로지 내에서 고유한 엔트리이며 고유 BTO-ID(BTO-ID)에 자동으로 할당됩니다.BTO-ID는 추가적인 외부 생화학 데이터베이스에 대한 상호 참조를 생성하기 위해 안정적인 가입 번호 역할을 한다.외부 데이터베이스(즉, UniProt)의 추가 조직 및 세포형 특정 용어는 BTO에 통합됩니다.

용어는 크게 4가지 범주(하위 그래프)로 분류됩니다.

  • 동물성
  • 식물.
  • 균류
  • 다른 소스

상위 레벨은 주요 카테고리(=parents) 아래에 정의되며, 모두 특정 관계를 통해 연결된 "부모", "자녀" 및 "손자"를 분류한다(=parents).

  • is_a(예를 들어 골격근섬유는 근육섬유)
  • 일부(예를 들어 근육의 근섬유 부분)
  • (예를 들어 근종세포가 발달/근섬유에서 발생)
  • related_to(다른 용어에서는 다루지 않는 용어 간의 보다 일반적인 관계에 대한 설명)

대부분의 용어는 특정 유기체, 장기, 조직 또는 세포 유형과 명확하게 관련되어 있습니다.그러나 식물과 동물 모두에서 조직에 대한 동일한 명칭이 몇 가지 있다(예: "상피").이러한 조직 용어를 구별하고 식물 조직에 대한 BTO로 정확하게 분류하기 위해 접두사 "식물"을 용어 앞에 배치한다(예: "식물 표피").

조직 용어의 80% 이상이 의미와 맥락을 설명하는 정의를 가지고 있습니다.이러한 정의는 의학 사전과 셀 라인 데이터베이스(Webster's Dictionary, DSMZ)에서 얻을 수 있다.

유용성

BTO의 항목은 BRENDA의 주요 업데이트의 일부로 격년마다 업데이트됩니다.BRENDA 웹 사이트에서 "Ontology Explorer" 카테고리를 통해 이용할 수 있습니다.효소 소스 용어는 BTO 쿼리 양식을 통해 검색할 수 있습니다.그 결과, 사용자는 BRENDA의 효소 정보에 직접 접속된 EC 번호 리스트를 수신할 수 있다.또한 BRENDA "Source Tissue" 검색 양식("Classic View")을 통해 검색할 수도 있습니다.결과 페이지에는 BTO와 직접 연결된 검색된 조직 용어에서 분리되거나 검출된 모든 효소가 표시됩니다.

BTO 및 BRENDA는 학회 사용자가 자유롭게 액세스할 수 있습니다.BRENDA 웹 사이트의 "Ontology Explorer"를 통해 또는 "Obofoundry"에서 OBO 형식으로 무료로 다운로드할 수 있습니다.

참고 문헌

  1. ^ Gremse, M., Chang, A., Schomburg, I., Grote, A., Sheer, M., Ebeling, C., Schomburg, D. (2011): "BRENDA Tissue Ontology(BTO: 모든 유기체에 대한 최초의 모든 핵산 통합 온톨로지"D507–D513
  2. ^ 촘부르크, I., 창, A., 플라체크, S., Söhngen, C., Rother.M., Lang, M., M., Munaretto, C., Ulas, S., Stelzer, M., Grote, A., Sheer, M., Schomburg, D.(2013): 2013년 BRENDA: 통합 반응, 운동 데이터, 효소 데이터, 개선된 핵 분류 옵션, 새로운 내용: 브렌다.D764~D772
  3. ^ 촘부르크, I., Chang, A., Schomburg, D. (2014) : 【효소학 표준화—세계 효소 정보 시스템에서의 데이터 통합】, Perspectives in Science, 1:15-23.
  4. ^ Roncaglia, P., Martone, M.E, Hill, D.P., Berardini, T.Z., Foulder, R.E., Imam, F.T., Drabkin, H., Mungall, C.J., Lax, J.2013. 의미론, 4:20
  5. ^ Smith, B., Ashburner, M., Rosse, C., Bard, J., Bug, W., Ceusters, W., Goldberg, L.J., Eilbeck, K. 아일랜드, A., Mungall, C.J., OBI 컨소시엄, Leont.gratation.", Nat.바이오테크놀, 25: 1251–1255

링크