미리암 레지스트리

MIRIAM Registry

미리암 레지스트리는 MIRIAM 가이드라인의 부산물이며, 균일한 자원 ID 작성에 사용되는 네임스페이스 및 관련 정보의 데이터베이스입니다.주로 생물과학 영역에 서비스를 제공하는 데이터베이스 및 리소스에 대해 커뮤니티에서 승인한 네임스페이스 세트를 포함합니다.이러한 공유 네임스페이스를 '데이터 수집' 식별자와 결합하면 데이터 저장소에 저장된 지식의 글로벌 고유 식별자를 생성할 수 있습니다.모델에 주석을 달기 위한 URI 의 사용 방법의 상세한 것에 대하여는, SBML 레벨 2 버전 2(이후)의 사양을 참조해 주세요.

'데이터 수집'은 공급자에 의해 생성된 데이터 집합으로 정의됩니다.'리소스'는 해당 데이터의 배포자로 정의됩니다.이러한 기술을 통해 다수의 자원을 하나의 수집과 관련지어 World Wide Web에서 생물학적 정보를 이용할 수 있는 방법을 정확하게 표현할 수 있습니다.종종 단일 데이터 수집에서 동일한 정보는 다른 자원에 의해 미러링되거나 핵심 정보가 다른 데이터로 보완될 수 있습니다.

MIRIAM 레지스트리에 저장된 엔트
  • 데이터 수집 이름:진 온톨로지
  • 데이터 수집 식별자: MIR: 00000022
  • 데이터 수집 동의어: GO
  • 데이터 수집 식별자 패턴: ^GO:\d{7}$
  • 데이터 수집 네임스페이스: urn:miriam:obo.go
  • 데이터 수집 '루트 URL' : http://identifiers.org/obo.go/
  • 데이터 수집 '루트 URN': urn:miriam:obo.go:
  • 수집 리소스:
    • 자원 #1
      • 자원 식별자: MIR:00100012
      • 자원 로케이션 웹사이트:http://www.ebi.ac.uk/ego/
      • 리소스 액세스 URL(인증 완료): http://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
      • 리소스 설명:QuickGO(Gene Ontology 브라우저)
      • 자원 기관:유럽생물정보학연구소, 영국
    • 자원 #2
      • [...]

MIRIAM 레지스트리는 큐레이티드 리소스이며, 무료로 이용할 수 있으며 모든 사용자에게 공개됩니다.새로운 컬렉션은 웹사이트를 [1]통해 제출할 수 있습니다.

미리암 시스템을 사용한 식별자

미리암 가이드라인에서는 모델 컴포넌트의 주석에서 균일한 자원 식별자를 사용하도록 요구하고 있습니다.이러한 네임스페이스는 MIRIAM 레지스트리에 정의된 공유 목록을 사용하여 생성됩니다.

미리암 URI

MIRIAM 레지스트리에 정의되어 있는 네임스페이스를 사용하면, URN 형식과 URL 형식의 양쪽 모두의 ID 를 작성할 수 있습니다.여기에는 정보 공간을 전체적으로 제약하기 위한 네임스페이스뿐만 아니라 고유한 수집 고유 식별자가 필요합니다.레지스트리의 각 데이터 수집에 대해 각 URI 양식의 네임스페이스와 루트가 모두 지정됩니다.두 형식은 동일한 네임스페이스에서 파생됩니다.예를 들어 다음과 같습니다.

이 예에서는 수집 고유의 ID는 16333295이며 네임스페이스는 퍼블리시됩니다.

URN 형식의 식별자를 사용하려면 Web Services 또는 프로그램 수단을 사용하여 참조된 레코드에 액세스해야 합니다.즉, 단순히 URN 폼을 브라우저 창에 넣고 참조된 정보에 도달할 수 없습니다.URL 형식은 직접 해결할 수 있으며 Identifiers.org에서 제공하는 해결 레이어에 의존합니다.

지원 기능 및 가용성

MIRIAM 레지스트리를 효율적으로 사용하고 주석 체계를 신속하게 채택할 수 있도록 많은 지원 기능이 제공됩니다.[2]여기에는 웹 서비스, 레지스트리 자체에 액세스하기 위한 웹 사이트[3] 인터페이스 및 Java[4] 라이브러리가 포함됩니다.

미리암 레지스트리는 유럽생물정보학연구소의 프로테오믹스 서비스 팀에 의해 개발되었습니다.지원 기능을 포함한 프로젝트 전체의 소스 코드는, [5]SourceForge.net 에서 입수할 수 있습니다.

미리암 레지스트리는 BioModels Database,[6][7] SABIO-RK,[8] COPASI [9]등 전 세계 여러 프로젝트에서 사용되고 있습니다.[10]자세한 목록은 웹 사이트에서 확인할 수 있습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ "New Collection Submission page". Ebi.ac.uk. Retrieved 2012-10-09.
  2. ^ Laibe, Camille; Le Novère, Nicolas (2007). "MIRIAM Resources: Tools to generate and resolve robust cross-references in Systems Biology". BMC Systems Biology. 1: 58. doi:10.1186/1752-0509-1-58. PMC 2259379. PMID 18078503.
  3. ^ "MIRIAM Resources Website". Ebi.ac.uk. Retrieved 2012-10-09.
  4. ^ Li, C.; Courtot, M.; Le Novere, N.; Laibe, C. (2009). "BioModels.net Web Services, a free and integrated toolkit for computational modelling software". Briefings in Bioinformatics. 11 (3): 270–7. doi:10.1093/bib/bbp056. PMC 2913671. PMID 19939940.
  5. ^ "Archived copy". Archived from the original on 2012-05-10. Retrieved 2012-10-23.{{cite web}}: CS1 maint: SourceForge[non-primary source needed].net의 타이틀(링크) MIRIAM 프로젝트 아카이브 완료
  6. ^ Li, C; Donizelli, M; Rodriguez, N; Dharuri, H; Endler, L; Chelliah, V; Li, L; He, E; Henry, A; Stefan, Melanie I; Snoep, Jacky L; Hucka, Michael; Le Novère, Nicolas; Laibe, Camille (2010). "BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models". BMC Systems Biology. 4: 92. doi:10.1186/1752-0509-4-92. PMC 2909940. PMID 20587024.
  7. ^ "BioModels Database Website". Ebi.ac.uk. Retrieved 2012-10-09.
  8. ^ SDBV. "SABIO-Reaction Kinetics Database Virtual Cell". Sabio.villa-bosch.de. Retrieved 2012-10-09.
  9. ^ "Complex Pathway Simulator and SBMLeditor". Copasi.org. Retrieved 2012-10-09.
  10. ^ "MIRIAM Usage". Ebi.ac.uk. Retrieved 2012-10-09.